454 genes (FBgn) fulllfil your criteria.

FBid Symbol/Name Synonym Architecture Curator's verdict GO terms TF DB
FBgn0000011ab / abruptCG4807 ab clu l(2)k02807 ptdCG4807-RB (894): PFAM (BTB) (zf-C2H2)
CG4807-RB (894): Superfamily (0001007)
CG4807-RA (904): PFAM (BTB) (zf-C2H2)
CG4807-RA (904): Superfamily (0001007)
DNA binding: maybe

(TF, short range)

GO:0003704 GO:0006357

DBD
FBgn0000014abd-A / abdominal AAbd-A AbdA Abda CG10325 Cbxd DmabdA Hab abd A abd-A abd-a abdA abda iab iab-2 iab-3 iab-4 iab-5 iab2 iab3 iab4 l(3)89EcCG10325-RA (330): PFAM (Homeobox)
CG10325-RA (330): Superfamily (0005281)
CG10325-RB (590): PFAM (Homeobox)
CG10325-RB (590): Superfamily (0000647)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003677 GO:0003700 GO:0003704 GO:0003704 GO:0006357

DBD FlyReg FlyMine
FBgn0000015Abd-B / Abdominal BABDB Abd B Abd-B Abd-b AbdB AbdB(CA)26 AbdB-I AbdB-II AdbB CG10291 CG11648 DROABDB FAB Fab-7 Fab7 MCP Mc Mcp Sab Tab Uab-5Sab abd-B abdB iab iab-5 iab-6 iab-7 iab-8 iab5 iab6 iab7 iab8 iab8.9 iab9 l(3)89Ed pH189 tuh-3 twigCG11648-RD (270): PFAM (Homeobox)
CG11648-RD (270): Superfamily (0000647)
CG11648-RB (493): PFAM (Homeobox)
CG11648-RB (493): Superfamily (0000647)
CG11648-RC (270): PFAM (Homeobox)
CG11648-RC (270): Superfamily (0000647)
CG11648-RA (270): PFAM (Homeobox)
CG11648-RA (270): Superfamily (0000647)
CG11648-RE (270): PFAM (Homeobox)
CG11648-RE (270): Superfamily (0000647)
DNA binding: maybe

(sequence-specific TF)

GO:0003677 GO:0003700 GO:0003704 GO:0003704 GO:0006357

DBD FlyReg FlyMine
FBgn0000018abo / abnormal oocyteCG6093 aboCG6093-RA (539): PFAM 
CG6093-RA (539): Superfamily 
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0000122 GO:0006357 GO:0030528 GO:0030528

FBgn0000022ac / achaete990 E5 F1 AS-C T5 AS-C T5ac ASC Ac CG3796 EG:125H10.3 Hw T5 ac ascT5 sc/T5CG3796-RA (201): PFAM (HLH)
CG3796-RA (201): Superfamily (0000366)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003677 GO:0003700 GO:0003704 GO:0006355 GO:0016563 GO:0045941

DBD DBSD
FBgn0000054Adf1 / Adh transcription factor 1Adf 1 Adf-1 Adf1 CG15845 adf1 l(2)01349 l(2)04065 nalCG15845-RB (253): PFAM 
CG15845-RB (253): Superfamily 
CG15845-RA (253): PFAM 
CG15845-RA (253): Superfamily 
CG15845-RC (262): PFAM 
CG15845-RC (262): Superfamily 
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003702 GO:0006357 GO:0016251 GO:0045941

FlyReg FlyMine
FBgn0000057adp / adiposeCG5124 adp anon-WO0196371.1 anon-WO0196371.27 anon-WO0196371.3CG5124-RA (628): PFAM (WD40) (TPR_2) (WD40)
CG5124-RA (628): Superfamily (0002427) (0001626)2 (0002427) (0001626)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003677

FBgn0000061al / aristalessA1 AL CG3935 L13-4 al lambda13-4CG3935-RA (408): PFAM (Homeobox) (OAR)
CG3935-RA (408): Superfamily (0000647)
DNA binding: maybe

(TF, short range)

GO:0003700 GO:0003704 GO:0006355 GO:0006357

DBD
FBgn0000095Antp / Antennapedia3.4 ANT-C ANT-P ANTC Ant AntP Antp Antp1 BG:DS07700.1 CG1028 DMANTPE1 DRO15DC96Z DmAntp Hu Ns Scx antp l(3)84BaCG1028-RH (297): PFAM 
CG1028-RH (297): Superfamily 
CG1028-RL (378): PFAM (Homeobox)
CG1028-RL (378): Superfamily (0005281)
CG1028-RG (361): PFAM (Homeobox)
CG1028-RG (361): Superfamily (0000647)
CG1028-RM (378): PFAM (Homeobox)
CG1028-RM (378): Superfamily (0005281)
CG1028-RJ (378): PFAM (Homeobox)
CG1028-RJ (378): Superfamily (0005281)
CG1028-RD (374): PFAM (Homeobox)
CG1028-RD (374): Superfamily (0000647)
CG1028-RF (365): PFAM (Homeobox)
CG1028-RF (365): Superfamily (0005281)
CG1028-RE (365): PFAM (Homeobox)
CG1028-RE (365): Superfamily (0005281)
CG1028-RK (361): PFAM (Homeobox)
CG1028-RK (361): Superfamily (0000647)
CG1028-RN (374): PFAM (Homeobox)
CG1028-RN (374): Superfamily (0000647)
CG1028-RI (378): PFAM (Homeobox)
CG1028-RI (378): Superfamily (0005281)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003677 GO:0003700 GO:0003704 GO:0003704 GO:0006357

DBD FlyReg FlyMine
FBgn0000097aop / anterior openAop Aop/Yan CG3166 DROYANET DROYANETSB SK2-1 YAN Yan aop aop/yan pok yan yan/pokCG3166-RA (732): PFAM (SAM_PNT) (Ets)
CG3166-RA (732): Superfamily (0000959) (0006195)
CG3166-RB (732): PFAM (SAM_PNT) (Ets)
CG3166-RB (732): Superfamily (0000959) (0006195)
DNA binding: maybe

(TF, short range)

GO:0003700 GO:0003700 GO:0006357 GO:0016481 GO:0016564 GO:0016564

DBD
FBgn0000099ap / apterousCG8376 LIM Xa ap blt trwCG8376-RB (246): PFAM (LIM) (Homeobox)
CG8376-RB (246): Superfamily (0000647)
CG8376-RA (469): PFAM (LIM)2 (Homeobox)
CG8376-RA (469): Superfamily (0000681) (0000647)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003677 GO:0003700 GO:0003704 GO:0006350 GO:0006350 GO:0006357

DBD FlyReg FlyMine
FBgn0000137ase / asenseAS-C T8 AS-C T8ase AS-T8 ASC Ase CG3258 EG:165H7.2 T1 T1a T8 as-T8 ascT8 ase sc/T8CG3258-RA (486): PFAM (HLH)
CG3258-RA (486): Superfamily (0000355)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003677 GO:0003700 GO:0003702 GO:0006355

DBD
FBgn0000139ash2 / absent, small, or homeotic discs 21124/11 291.8 703 ASH2 CG6677 ash-2 ash2 l(3)112411 l(3)S112411 l(3)SG65 madCG6677-RC (556): PFAM (SPRY)
CG6677-RC (556): Superfamily (0002927)
CG6677-RB (350): PFAM (SPRY)
CG6677-RB (350): Superfamily 
CG6677-RA (623): PFAM (SPRY)
CG6677-RA (623): Superfamily (0002927)
DNA binding: maybe

(TF, long range)

GO:0003677 GO:0006366 GO:0030528 GO:0048096

FBgn0000157Dll / Distal-less2.7 Art Ba BcDNA:LP01770 CG3629 Dll E(Arp) En(Arp) dll l(2)01092 l(2)387CG3629-RA (327): PFAM (Homeobox)
CG3629-RA (327): Superfamily (0005281)
CG3629-RB (322): PFAM (Homeobox)
CG3629-RB (322): Superfamily (0005281)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003677 GO:0003700 GO:0003704 GO:0006357

DBD FlyReg FlyMine
FBgn0000166bcd / bicoidBG:DS00276.7 Bcd CG1034 bcd bic mum prd4CG1034-RF (413): PFAM (Homeobox)
CG1034-RF (413): Superfamily (0005281)
CG1034-RE (418): PFAM (Homeobox)
CG1034-RE (418): Superfamily (0005281)
CG1034-RD (489): PFAM (Homeobox)
CG1034-RD (489): Superfamily (0005281)
CG1034-RA (149): PFAM 
CG1034-RA (149): Superfamily 
CG1034-RG (494): PFAM (Homeobox)
CG1034-RG (494): Superfamily (0005281)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003677 GO:0003700 GO:0003704 GO:0006355 GO:0006355 GO:0006357

DBD FlyReg FlyMine
FBgn0000179bi / bifidBI CG3578 Dm-OMB Dm-omb OMB Omb Qd T3 bi dm-omb l(1)bi l(1)omb ombCG3578-RA (972): PFAM (T-box)
CG3578-RA (972): Superfamily (0004955)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003700 GO:0003700 GO:0003702 GO:0006357 GO:0030528 GO:0045449

DBD
FBgn0000210br / broad2B5 2Bc A18 BR BR-C BR-C Z1 BR-c BRC BRC-Z1 BR_C Br-C BrC-Z1 CG11491 CG11511 CG11514 EG:123F11.1 EG:17A9.1 EG:25D2.1 PP1 PP2 Z1 Z2 Z3 Z4 br br-C br-Z1 br-Z3 de12 ecs l(1)2Ba l(1)2Bab l(1)2Bad l(1)2Bb l(1)2Bc l(1)2Bd l(1)ESHS5 l(1)G0018 l(1)G0042 l(1)CG11491-RB (880): PFAM (BTB)
CG11491-RB (880): Superfamily (0001007)
CG11491-RG (663): PFAM (BTB)
CG11491-RG (663): Superfamily (0001007)
CG11491-RC (880): PFAM (BTB)
CG11491-RC (880): Superfamily (0001007)
CG11491-RD (628): PFAM (BTB) (zf-C2H2)2
CG11491-RD (628): Superfamily (0001007)
CG11491-RF (502): PFAM (BTB)
CG11491-RF (502): Superfamily (0001007)
CG11491-RE (724): PFAM (BTB)
CG11491-RE (724): Superfamily (0001007)
CG11491-RA (702): PFAM (BTB) (zf-C2H2)
CG11491-RA (702): Superfamily (0001007)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003677 GO:0003700 GO:0003704 GO:0006355 GO:0006355 GO:0006357

DBD FlyReg
FBgn0000233btd / buttonheadBTD CG12653 btdCG12653-RA (644): PFAM (zf-C2H2)3
CG12653-RA (644): Superfamily (0003882)2
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003702 GO:0006357 GO:0006357 GO:0008134 GO:0016563 GO:0016563 GO:0045893 GO:0045944

DBD
FBgn0000251cad / caudal38E.19 CG1759 Cad S67 anon-WO2004063362.83 cad cdCG1759-RB (427): PFAM (Homeobox)
CG1759-RB (427): Superfamily (0005281)
CG1759-RA (427): PFAM (Homeobox)
CG1759-RA (427): Superfamily (0005281)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003677 GO:0003700 GO:0003702 GO:0003704 GO:0006357

DBD FlyReg FlyMine
FBgn0000286Cf2 / Chorion factor 2BcDNA:GM09668 CF2 CF2.5 CG11924 Cf2 cf2CG11924-RA (510): PFAM (zf-C2H2)5
CG11924-RA (510): Superfamily (0005933) (0003882)2
CG11924-RB (482): PFAM (zf-C2H2)4
CG11924-RB (482): Superfamily (0005933) (0003882) (0005933)
CG11924-RC (482): PFAM (zf-C2H2)4
CG11924-RC (482): Superfamily (0005933) (0003882) (0005933)
CG11924-RD (514): PFAM (zf-C2H2)
CG11924-RD (514): Superfamily 
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003677 GO:0003677 GO:0003702 GO:0003702 GO:0006355 GO:0006355 GO:0030528 GO:0030528

DBD DBSD
FBgn0000287salr / spalt-related32F CG4881 Cf3 Sal-r Spalt sal sal-r salR salr spaltCG4881-RB (1267): PFAM (zf-C2H2)6
CG4881-RB (1267): Superfamily (0005623) (0005035) (0003882)2 (0005594)
CG4881-RA (1267): PFAM (zf-C2H2)6
CG4881-RA (1267): Superfamily (0005623) (0005035) (0003882)2 (0005594)
DNA binding: maybe

(TF, short range)

GO:0003704 GO:0045449

DBD
FBgn0000289cg / combgapCG8367 cg l(2)07659 l(2)k11504 migCG8367-RD (671): PFAM (zf-C2H2)9
CG8367-RD (671): Superfamily (0005623) (0000051) (0005035)2 (0003882) (0004018) (0005933) (0004681)
CG8367-RC (629): PFAM (zf-C2H2)9
CG8367-RC (629): Superfamily (0003882)3 (0004018) (0005933) (0004681)
CG8367-RA (671): PFAM (zf-C2H2)9
CG8367-RA (671): Superfamily (0005623) (0000051) (0005035)2 (0003882) (0004018) (0005933) (0004681)
CG8367-RB (772): PFAM (zf-C2H2)9
CG8367-RB (772): Superfamily (0005623) (0000051) (0005035)2 (0003882) (0004018) (0005933) (0004681)
DNA binding: maybe

(TF, short range)

GO:0003700 GO:0006357

DBD
FBgn0000338cnc / cap-n-collar5134 CG17894 CG4566 CG4578 CNC CNC_DROME Cnc anon-WO0153538.6 anon-WO0153538.7 cnc l(3)03921CG17894-RD (533): PFAM (bZIP_2)
CG17894-RD (533): Superfamily (0004651)
CG17894-RA (533): PFAM (bZIP_2)
CG17894-RA (533): Superfamily (0004651)
CG17894-RE (533): PFAM (bZIP_2)
CG17894-RE (533): Superfamily (0004651)
CG17894-RF (533): PFAM (bZIP_2)
CG17894-RF (533): Superfamily (0004651)
CG17894-RC (1383): PFAM 
CG17894-RC (1383): Superfamily (0004651)
CG17894-RG (533): PFAM (bZIP_2)
CG17894-RG (533): Superfamily (0004651)
CG17894-RB (805): PFAM (bZIP_2)
CG17894-RB (805): Superfamily (0004651)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003677 GO:0003700 GO:0003702 GO:0006357 GO:0016563

DBD
FBgn0000370crc / cryptocephal929 ATF-4 CG8669 crc dATF-4 l(2)crcCG8669-RA (381): PFAM (bZIP_1)
CG8669-RA (381): Superfamily 
CG8669-RB (298): PFAM (bZIP_1)
CG8669-RB (298): Superfamily 
DNA binding: maybe

(TF, short range)

GO:0003700 GO:0003700 GO:0006355 GO:0045449

DBD
FBgn0000376crm / crampedCG2714 EG:95B7.2 ZW-9 crm l(1)3C1 l(1)3Ca l(1)zw9 sa staP swa zw-9 zw9CG2714-RB (982): PFAM (Myb_DNA-bin)
CG2714-RB (982): Superfamily 
CG2714-RA (982): PFAM (Myb_DNA-bin)
CG2714-RA (982): Superfamily 
DNA binding: maybe

(TF, long range)

GO:0003677 GO:0045449

FBgn0000411D / DichaeteCG5893 D SOX70 SOX70D SOXB2.1 SOXDP Sox70D fish l(3)LG9 loDCG5893-RA (382): PFAM (HMG_box)
CG5893-RA (382): Superfamily (0005279)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003677 GO:0003700 GO:0003700 GO:0006355 GO:0006357 GO:0016563 GO:0045449 GO:0045893

FBgn0000413da / daughterlessCG5102 Da da l(2)31EaCG5102-RA (710): PFAM (HLH)
CG5102-RA (710): Superfamily 
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003677 GO:0003700 GO:0003704 GO:0006355 GO:0006357 GO:0016563 GO:0016563 GO:0045941

DBD DBSD
FBgn0000439Dfd / DeformedBG:DS00276.5 CG2189 Dfd DmDfd EbR11 dfd l(3)84AeCG2189-RA (586): PFAM (Homeobox)
CG2189-RA (586): Superfamily (0005281)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003700 GO:0003700 GO:0003702 GO:0006357

DBD FlyReg FlyMine
FBgn0000448Hr46 / Hormone receptor-like in 4612.6 2.4 CG11823 CG12208 CG33183 D DHR3 Dhr3 HR3 Hr3 Hr46 NR1F4 dHR3 l(2)46CFi l(2)k09242CG33183-RC (694): PFAM (zf-C4) (Hormone_rec)
CG33183-RC (694): Superfamily (0005367)3
CG33183-RA (487): PFAM (zf-C4) (Hormone_rec)
CG33183-RA (487): Superfamily (0005367)3
CG33183-RB (444): PFAM (zf-C4) (Hormone_rec)
CG33183-RB (444): Superfamily (0005367)3
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003700 GO:0006357

DBD FlyReg FlyMine
FBgn0000459disco / disconnectedCG9908 disc discoCG9908-RA (568): PFAM (zf-C2H2)
CG9908-RA (568): Superfamily 
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003700

DBD
FBgn0000462dl / dorsalCG6667 anon-EST:GressD7 dL dl fs(2)k10816 mat(2)dorsalCG6667-RA (677): PFAM (RHD) (TIG)
CG6667-RA (677): Superfamily (0003904) (0003903)
CG6667-RC (999): PFAM (RHD) (TIG)
CG6667-RC (999): Superfamily (0003904) (0000799)
CG6667-RB (677): PFAM (RHD) (TIG)
CG6667-RB (677): Superfamily (0003904) (0003903)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0000122 GO:0003677 GO:0003700 GO:0003700 GO:0003702 GO:0006355 GO:0016481 GO:0016563 GO:0016564 GO:0016564 GO:0045449 GO:0045892 GO:0045893 GO:0045944

DBD FlyReg FlyMine
FBgn0000472dm / diminutiveCG10798 D-Myc DMYc Dmyc EG:BACN5I9.1 Myc anon-WO03040301.171 c-MYC c-Myc d-myc dMYC dMyc dMyc1 dm dmyc dmyc1 l(1)G0139 mycCG10798-RA (717): PFAM (HLH)
CG10798-RA (717): Superfamily 
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003677 GO:0003700 GO:0003700 GO:0003700 GO:0006355

DBD DBSD
FBgn0000492Dr / Drop99B CG1897 Dr Msh l(3)FA30 ltt msh msh-1 msh1CG1897-RA (515): PFAM (Homeobox)
CG1897-RA (515): Superfamily (0005281)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003677 GO:0003677 GO:0003700 GO:0003700 GO:0006357 GO:0045449

DBD
FBgn0000504dsx / doublesexCG11094 Dmdsx Dsx Hr dsx ix-62cCG11094-RA (549): PFAM (DM)
CG11094-RA (549): Superfamily 
CG11094-RC (427): PFAM (DM)
CG11094-RC (427): Superfamily 
CG11094-RB (427): PFAM (DM)
CG11094-RB (427): Superfamily 
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0000122 GO:0003677 GO:0003677 GO:0003677 GO:0003700 GO:0003702 GO:0003704 GO:0003704 GO:0006366 GO:0030528 GO:0045449 GO:0045892 GO:0045893 GO:0045944

DBD DBSD
FBgn0000520dwg / deformed wingsCG2711 EG:95B7.6 SBP Sbp ZW-5 Zw-5 Zw5 dwg l(1)3Be l(1)zw5 ves zw-5 zw5CG2711-RA (592): PFAM (zf-AD) (zf-C2H2)8
CG2711-RA (592): Superfamily (0003882) (0005068) (0003882) (0005933)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003700 GO:0006357

DBD FlyReg FlyMine
FBgn0000529bsh / brain-specific homeobox&lgr;E86 Bsh CG10604 E86 Hox11-310 bshCG10604-RB (427): PFAM (Homeobox)
CG10604-RB (427): Superfamily (0000647)
CG10604-RA (287): PFAM (Homeobox)
CG10604-RA (287): Superfamily (0000647)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003700 GO:0003702 GO:0003702 GO:0006357

DBD
FBgn0000541E(bx) / Enhancer of bithoraxCG10894 CG17135 CG32346 CG32478 CG7022 E(Bx) E(bx) En-bx NURF NURF-215 NURF-301 NURF215 NURF301 Nurf-215 Nurf301 dNURF l(3)122 l(3)ry122 nurf301 p215 p301CG32346-RB (2649): PFAM (DDT) (PHD)3 (Bromodomain)
CG32346-RB (2649): Superfamily (0002648) (0007615)
CG32346-RC (2159): PFAM (DDT) (PHD)
CG32346-RC (2159): Superfamily (0002648)
CG32346-RA (2669): PFAM (DDT) (PHD)3 (Bromodomain)
CG32346-RA (2669): Superfamily (0002648) (0007615)
DNA binding: YES

(TF, long range)

GO:0003677 GO:0006350 GO:0006350 GO:0006357 GO:0030528

DBD
FBgn0000546EcR / Ecdysone receptorCG1765 CG8347 DEcR Dhr23 DmEcR ECR EcR EcR-A EcR-B1 EcRB-1 EcdR NR1H1 anon-WO0229075.1 dECR ecr lie ms(2)06410 ms(2)42A sntCG1765-RC (669): PFAM (zf-C4) (Hormone_rec)
CG1765-RC (669): Superfamily (0005367)2
CG1765-RB (878): PFAM (zf-C4) (Hormone_rec)
CG1765-RB (878): Superfamily (0005367)2
CG1765-RA (849): PFAM (zf-C4) (Hormone_rec)
CG1765-RA (849): Superfamily (0005367)2
CG1765-RD (849): PFAM (zf-C4) (Hormone_rec)
CG1765-RD (849): Superfamily (0005367)2
CG1765-RE (849): PFAM (zf-C4) (Hormone_rec)
CG1765-RE (849): Superfamily (0005367)2
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003677 GO:0003677 GO:0003700 GO:0003701 GO:0006357 GO:0006357 GO:0045892

DBD
FBgn0000560eg / eagleCG7383 EGON Egon NR0A3 T1 eag eg egon spyCG7383-RA (373): PFAM (zf-C4)
CG7383-RA (373): Superfamily (0005320)
CG7383-RB (373): PFAM (zf-C4)
CG7383-RB (373): Superfamily (0005320)
DNA binding: maybe

(TF, short range)

GO:0003700 GO:0006357

DBD
FBgn0000567Eip74EF / Ecdysone-induced protein 74EF3.3 CG32180 CG6273 CG6285 E-74 E74 E74-B E74A E74B ECIP Eip74EF e74 l(3)24 l(3)neo24 mE74CG32180-RC (868): PFAM (Ets)
CG32180-RC (868): Superfamily (0006195)
CG32180-RD (883): PFAM (Ets)
CG32180-RD (883): Superfamily (0006195)
CG32180-RA (829): PFAM (Ets)
CG32180-RA (829): Superfamily (0006195)
CG32180-RB (883): PFAM (Ets)
CG32180-RB (883): Superfamily (0006195)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003700 GO:0003704 GO:0006355 GO:0006357 GO:0045449

DBD FlyReg FlyMine
FBgn0000568Eip75B / Ecdysone-induced protein 75B57B BcDNA:GM02640 CG8127 DmE75A DmE75B E75 E75-C E75A E75B E75C EP1121b Eip75 Eip75B NR1D3 anon-WO0172774.31 anon-WO0172774.32 dE75 l(3)07041 l(3)j11A6 l(3)j12E8 l(3)j3A6 l(3)j5E1 l(3)neo25CG8127-RA (1355): PFAM (zf-C4) (Hormone_rec)
CG8127-RA (1355): Superfamily (0005367)2
CG8127-RD (906): PFAM (Hormone_rec)
CG8127-RD (906): Superfamily (0007583)
CG8127-RC (1199): PFAM (zf-C4) (Hormone_rec)
CG8127-RC (1199): Superfamily (0005367)2
CG8127-RB (1412): PFAM (zf-C4) (Hormone_rec)
CG8127-RB (1412): Superfamily (0005367)2
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003677 GO:0003700 GO:0003704 GO:0006355 GO:0006357

DBD
FBgn0000575emc / extra macrochaetae0094/26 0203/10 0587/01 0977/09 Ach CG1007 Dm0688 Emc emc gov l(3)04322 l(3)05592 l(3)j4E11 ms(3)61CDCG1007-RA (199): PFAM (HLH)
CG1007-RA (199): Superfamily (0003356)
DNA binding: maybe

(TF, short range)

GO:0000122 GO:0003714 GO:0003714 GO:0016481 GO:0016481

DBD
FBgn0000576ems / empty spiraclesCG2988 E4 W13 ant emsCG2988-RA (494): PFAM (Homeobox)
CG2988-RA (494): Superfamily (0000647)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003677 GO:0003700 GO:0003704 GO:0006355 GO:0006355

DBD FlyReg FlyMine
FBgn0000577en / engrailedApa CG9015 Eng Engrailed/Invected Es V en sptCG9015-RB (552): PFAM (Homeobox)
CG9015-RB (552): Superfamily (0000647)
CG9015-RA (552): PFAM (Homeobox)
CG9015-RA (552): Superfamily (0000647)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003677 GO:0003700 GO:0003704 GO:0006357 GO:0016481 GO:0016481 GO:0016564 GO:0030528

DBD FlyReg FlyMine
FBgn0000588esc / extra sexcombsCG14941 ESC Esc L41867 escCG14941-RA (425): PFAM (WD40)2
CG14941-RA (425): Superfamily (0002427)
DNA binding: YES

(TF, long range)

GO:0003677 GO:0006357 GO:0030528

FBgn0000591E(spl) / Enhancer of splitCG8365 E(spl) E(spl) m8 E(spl)-m8 E(spl)M8 E(spl)bHLH E(spl)m8 En(spl) En(spl)-C Hes anon-EST:Liang-1.71 clone 1.71 e(spl) l(3)96Fd m8CG8365-RA (179): PFAM (HLH) (Hairy_orang)
CG8365-RA (179): Superfamily (0003356)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0000122 GO:0003677 GO:0003700 GO:0016564 GO:0016566

DBD FlyReg FlyMine
FBgn0000606eve / even skipped10.5 10.9 14.10 20.35 CG2328 E(eve) EVE F V VI eve l(2)46CFg l(2)46CFh l(2)46CFj l(2)46CFp l(2)46Ce l(2)46CgCG2328-RA (376): PFAM (Homeobox)
CG2328-RA (376): Superfamily (0000647)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003677 GO:0003700 GO:0003700 GO:0006355 GO:0006355

DBD FlyReg FlyMine
FBgn0000611exd / extradenticleCG8933 DExd Dm-EXD Dpbx EXD Exd Pbx1 anon-EST:fe1H3 exd l(1)IV td48CG8933-RB (376): PFAM (PBX) (Homeobox)
CG8933-RB (376): Superfamily (0000648)
CG8933-RA (376): PFAM (PBX) (Homeobox)
CG8933-RA (376): Superfamily (0000648)
CG8933-RC (376): PFAM (PBX) (Homeobox)
CG8933-RC (376): Superfamily (0000648)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003677 GO:0003700 GO:0003704 GO:0006355

DBD FlyReg FlyMine
FBgn0000625eyg / eyegoneBK27 Bk27 CG10488 eyg lunCG10488-RA (670): PFAM (PAX) (Homeobox)
CG10488-RA (670): Superfamily (0007306) (0000647)
CG10488-RB (670): PFAM (PAX) (Homeobox)
CG10488-RB (670): Superfamily (0007306) (0000647)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003700 GO:0003700 GO:0005667 GO:0006357

DBD
FBgn0000659fkh / fork headCG10002 Dmfkh Fkh Sebp2 fkhCG10002-RA (510): PFAM (Fork_head)
CG10002-RA (510): Superfamily (0006804)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0000122 GO:0003700 GO:0003700 GO:0006355 GO:0006355 GO:0030528

DBD FlyReg FlyMine
FBgn0000964tj / traffic jamCG10034 Dmaf PL3 fs(2)eo-B fs(2)eo2 fs(2)eoPL3 tjCG10034-RA (509): PFAM (bZIP_Maf)
CG10034-RA (509): Superfamily (0004651)
DNA binding: maybe

(TF, short range)

GO:0003700 GO:0003700 GO:0003702 GO:0006350 GO:0006357 GO:0045449 GO:0045449

DBD
FBgn0001077ftz / fushi tarazuBG:DS07876.1 CG2047 Dm-Ftz Ual ftz l(3)84AgCG2047-RA (410): PFAM (FTZ) (Homeobox)
CG2047-RA (410): Superfamily (0005281)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003677 GO:0003700 GO:0003700 GO:0006355 GO:0006357

DBD FlyReg FlyMine
FBgn0001078ftz-f1 / ftz transcription factor 1&agr;FTZ-F1 &agr;FTZF1 &agr;ftz-f1 &bgr; FTZ-F1 &bgr;-Ftz-F1 &bgr;FTZ-F1 &bgr;FTZF1 &bgr;ftz-F1 &bgr;ftz-f1 CG13378 CG4059 DEP1 DmFTZ-F1 FIP1 FTZ-F1 FTZ-F1&agr; FTZF1 Ftz-F1 Ftz-f1 NR5A3 bFTZ-F1 beta FTZ-F1 dFTZ-F1&agr; dFtz-F1&agr; ftz-F1 ftz-f1 ftzCG4059-RA (803): PFAM (zf-C4) (Hormone_rec)
CG4059-RA (803): Superfamily (0005367)2
CG4059-RB (1027): PFAM (zf-C4) (Hormone_rec)
CG4059-RB (1027): Superfamily (0005462) (0003222) (0005462)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003677 GO:0003677 GO:0003700 GO:0003712 GO:0006355 GO:0006357

DBD FlyReg FlyMine
FBgn0001133grau / grauzoneCG3282 CG33133 grauCG33133-RA (570): PFAM (zf-AD) (zf-C2H2)5
CG33133-RA (570): Superfamily 
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003704 GO:0003704 GO:0006357

DBD
FBgn0001138grn / grainCG9656 GATAc GRAIN Gata-c Gata2 dGATA-2 dGATAc dGatac gra grn l(3)84FaCG9656-RA (486): PFAM (GATA)2
CG9656-RA (486): Superfamily (0005553)2
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003700 GO:0003702 GO:0006357 GO:0016251 GO:0016251

DBD
FBgn0001147gsb-n / gooseberry-neuroBSH-4 BSH4 CG2692 Gsb-p gsb gsb-n gsb-neuro gsb-p gsbn gsbpCG2692-RA (449): PFAM 
CG2692-RA (449): Superfamily (0004048) (0000647)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003677 GO:0003700 GO:0003700 GO:0005667 GO:0006357

DBD FlyReg FlyMine
FBgn0001148gsb / gooseberryBSH-9 BSH9 BSH9c2 CG3388 GSB-D Gsb-d gsb gsb-2 gsb-d gsb-distal gsbBSH9 gsbd l(2)01155 l(2)gsbCG3388-RA (427): PFAM (PAX) (Homeobox)
CG3388-RA (427): Superfamily (0004048) (0000647)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003677 GO:0003700 GO:0003700 GO:0005667 GO:0006357 GO:0045449

DBD FlyReg FlyMine
FBgn0001150gt / giantCG7952 EG:BACH7M4.5 GIAN_DROME Giant gt l(1)3Aa l(1)giantCG7952-RB (448): PFAM (bZIP_2)
CG7952-RB (448): Superfamily 
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0000122 GO:0000122 GO:0003677 GO:0003704 GO:0016566 GO:0016566

DBD FlyReg FlyMine
FBgn0001168h / hairy8247 CG6494 Hairy brr dDr1 h l(3)08247 l(3)rM384CG6494-RA (337): PFAM (HLH) (Hairy_orang)
CG6494-RA (337): Superfamily (0000366)
CG6494-RB (337): PFAM (HLH) (Hairy_orang)
CG6494-RB (337): Superfamily (0000366)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0000122 GO:0000122 GO:0000122 GO:0000122 GO:0003677 GO:0016481 GO:0016564 GO:0016565 GO:0016566 GO:0045892

DBD DBSD
FBgn0001170H2.0 / Homeodomain protein 2.0CG11607 H2.0CG11607-RA (418): PFAM (Homeobox)
CG11607-RA (418): Superfamily (0000647)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003677 GO:0003700 GO:0003704 GO:0006357

DBD
FBgn0001180hb / hunchbackCG9786 Hb R-pbx Rg-bx Rg-pbx hb hbHLH l(3)85AhCG9786-RA (758): PFAM (zf-C2H2)4
CG9786-RA (758): Superfamily (0003882)
CG9786-RB (758): PFAM (zf-C2H2)4
CG9786-RB (758): Superfamily (0003882)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003677 GO:0003704 GO:0006357 GO:0016563 GO:0045449 GO:0045941

DBD FlyReg FlyMine
FBgn0001185her / hermaphroditeCG4694 her l(2)matCG4694-RA (487): PFAM (zf-C2H2)3
CG4694-RA (487): Superfamily 
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003677 GO:0003700 GO:0006357 GO:0045944

DBD
FBgn0001204hkb / huckebein5953 CG9768 Hkb anon-82B3 hkbCG9768-RA (297): PFAM (zf-C2H2)3
CG9768-RA (297): Superfamily (0003882)2
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003704 GO:0006351 GO:0006357

DBD FlyReg FlyMine
FBgn0001206Hmr / Hybrid male rescueBcDNA:LD22117 CG1619 Hmr hmrCG1619-RB (1413): PFAM 
CG1619-RB (1413): Superfamily 
DNA binding: maybe

(sequence-specific TF)

GO:0003677 GO:0003700

FBgn0001222Hsf / Heat shock factorCG5748 D-HSF Dm-Hsf DmHSF HSF Hsf dHSF hsf l(2)03091CG5748-RA (691): PFAM (HSF_DNA-bin)
CG5748-RA (691): Superfamily (0003351)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003677 GO:0003677 GO:0003677 GO:0003700 GO:0003704 GO:0003704 GO:0006357 GO:0016563

DBD FlyReg FlyMine
FBgn0001235hth / homothorax1323/07 1422/04 CG17117 Dm-HTH Hth Meis1 P53 anon-EST:Liang-2.13 clone 2.13 dtl hth hth1 hth2 l(3)05745 l(3)86CaCG17117-RC (487): PFAM (Homeobox)
CG17117-RC (487): Superfamily (0003830)
CG17117-RA (457): PFAM (Homeobox)
CG17117-RA (457): Superfamily (0003830)
CG17117-RD (266): PFAM 
CG17117-RD (266): Superfamily 
CG17117-RB (471): PFAM (Homeobox)
CG17117-RB (471): Superfamily (0003830)
CG17117-RE (472): PFAM (Homeobox)
CG17117-RE (472): Superfamily (0003830)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003700 GO:0003700 GO:0006357

DBD DBSD
FBgn0001269inv / invectedCG17835 Engrailed/Invected IV er in invCG17835-RB (576): PFAM (Homeobox)
CG17835-RB (576): Superfamily (0005281)
CG17835-RD (576): PFAM (Homeobox)
CG17835-RD (576): Superfamily (0005281)
CG17835-RA (576): PFAM (Homeobox)
CG17835-RA (576): Superfamily (0005281)
CG17835-RC (576): PFAM (Homeobox)
CG17835-RC (576): Superfamily (0005281)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003677 GO:0003700 GO:0003702 GO:0006357

DBD
FBgn0001291Jra / Jun-related antigenAP-1 AP1 CG2275 D-Jun D-jun DJUN DJun Djun Jra Jun V c-Jun cJun d-JRA d-Jun d-jun dAP-1 dJRA dJUN dJra dJun dm-Jun jra jun l(2)46Ef l(2)IA109 l(2R)IA109CG2275-RB (289): PFAM (Jun) (bZIP_1)
CG2275-RB (289): Superfamily (0004651)
CG2275-RA (289): PFAM (Jun) (bZIP_1)
CG2275-RA (289): Superfamily (0004651)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003677 GO:0003700 GO:0003702 GO:0003704 GO:0006357 GO:0008134 GO:0008134

DBD
FBgn0001297kay / kayakAP-1 AP1 CG15507 CG15509 CG33956 D-Fos D-fos DFOS DFos DFra Dfos Fos Fra c-Fos d-fos dAP-1 dFRA dFos dFra dlhD fos kay sroCG15509-RB (546): PFAM (bZIP_1)
CG15509-RB (546): Superfamily 
CG15507-RA (210): PFAM 
CG15507-RA (210): Superfamily 
CG15509-RA (595): PFAM (bZIP_1)
CG15509-RA (595): Superfamily 
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003677 GO:0003700 GO:0003702 GO:0003704 GO:0006355 GO:0008134 GO:0008134

DBD DBSD
FBgn0001319kn / knotCG10197 Col Kn col knCG10197-RA (557): PFAM (TIG)
CG10197-RA (557): Superfamily (0000017)
DNA binding: maybe

(TF, short range)

GO:0003677 GO:0003704 GO:0006355 GO:0006355 GO:0006367 GO:0030528 GO:0045449

FBgn0001320kni / knirpsCG4717 Col KNI Kni NR0A1 kn kni riCG4717-RA (429): PFAM (zf-C4)
CG4717-RA (429): Superfamily (0005320)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0000122 GO:0003700 GO:0016481 GO:0016566 GO:0016566

DBD FlyReg FlyMine
FBgn0001323knrl / knirps-likeCG4761 Knrl NR0A2 knrlCG4761-RA (647): PFAM (zf-C4)
CG4761-RA (647): Superfamily (0005320)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003700 GO:0006357

DBD
FBgn0001325Kr / KruppelCG3340 If Kr krCG3340-RA (502): PFAM (zf-C2H2)4
CG3340-RA (502): Superfamily (0000834) (0003882)2
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0000122 GO:0003677 GO:0003704 GO:0016564 GO:0016566

DBD FlyReg FlyMine
FBgn0001978stc / shuttle craftBG:DS04929.4 BcDNA.LD22726 BcDNA:LD22726 CG3647 Cf4 br33 l(2)35Cb l(2)SH1565 l(2)SH2 1565 l(2)br33 l35Cb stcCG3647-RA (1099): PFAM (zf-NF-X1)8 (R3H)
CG3647-RA (1099): Superfamily (0007197)
CG3647-RB (1106): PFAM (zf-NF-X1)8 (R3H)
CG3647-RB (1106): Superfamily (0007197)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003697 GO:0003700 GO:0003702 GO:0006357 GO:0045449

DBD
FBgn0001981esg / escargot4B7 BG:DS07851.7 CG3758 br43 dgl esg flg l(2)07082 l(2)35Ce l(2)4B7 l(2)br43 l(2)esg l35Ce shof wizCG3758-RA (470): PFAM (zf-C2H2)5
CG3758-RA (470): Superfamily (0005594) (0000050)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003677 GO:0003702 GO:0003704 GO:0006357

DBD
FBgn0001983wor / worniuBG:DS03023.1 CG4158 br35 l(2)35Da l(2)br35 l35Da worCG4158-RA (548): PFAM (zf-C2H2)6
CG4158-RA (548): Superfamily (0005594) (0005035)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003702 GO:0006357 GO:0045449

DBD
FBgn0001990wek / weckleBG:DS09217.5 CG4148 l(2)35Ea l(2)br47 l35Ea wekCG4148-RA (470): PFAM (zf-AD) (zf-C2H2)4
CG4148-RA (470): Superfamily (0005594) (0003882)
DNA binding: maybe

(TF, short range)

GO:0003700 GO:0006357 GO:0045449

DBD
FBgn0001994crp / cropped35F(AT)17 AP-4 BG:DS02740.3 CG7664 MS:35F.AT17 crp dAP-4 l(2)00232 l(2)35Fd l(2)SH1614 l(2)SH2 1614 l(2)k00809 l(2)k03505CG7664-RA (631): PFAM (HLH)
CG7664-RA (631): Superfamily (0003356)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003702 GO:0003702

DBD
FBgn0002023Lim3 / CG10699 CG15174 Lim3 l(2)37Bd l(2)Bd lim3CG10699-RA (440): PFAM (LIM)2 (Homeobox)
CG10699-RA (440): Superfamily (0000681) (0000647)
CG10699-RB (520): PFAM (LIM)2 (Homeobox)
CG10699-RB (520): Superfamily (0000681) (0000647)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003700 GO:0003704 GO:0006355 GO:0006357

DBD
FBgn0002521pho / pleiohomeoticCG17743 PHO Pho YY1 l(4)102EFc l(4)29 l(4)BU-2 l(4)OC-1 l(4)pho phoCG17743-RB (520): PFAM (zf-C2H2)4
CG17743-RB (520): Superfamily (0004843) (0005623) (0004753) (0005933)
CG17743-RA (520): PFAM (zf-C2H2)4
CG17743-RA (520): Superfamily (0004843) (0005623) (0004753) (0005933)
DNA binding: YES

(TF, long range)

GO:0003677 GO:0003677 GO:0003677 GO:0003700 GO:0006357 GO:0045449

DBD FlyReg FlyMine
FBgn0002522lab / labialBG:DS00004.9 CG1264 EfR9 F121 F24 F90 F90-2 Lab l(3)01241 l(3)84Ac lab lbCG1264-RA (629): PFAM (Homeobox)
CG1264-RA (629): Superfamily (0000647)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003700 GO:0003704 GO:0003704 GO:0006357 GO:0006357

DBD DBSD
FBgn0002561l(1)sc / lethal of scuteAS-C T3 AS-T3 ASC-T3 CG3839 EG:198A6.2 L'Sc L'sc T3 ascT3 l'sc l(1)1Ba l(1)sc l-sc lsc sc/T3CG3839-RA (257): PFAM (HLH)
CG3839-RA (257): Superfamily (0003356)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003700 GO:0003704 GO:0006357

DBD
FBgn0002573sens / senseless1228/04 CG10714 CG32120 Ly Ly-1 Sen Sens l(3)70Ad sens senseCG32120-RA (541): PFAM (zf-C2H2)4
CG32120-RA (541): Superfamily (0000834) (0003882)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003700 GO:0003702 GO:0006357 GO:0045449

DBD
FBgn0002576lz / lozengeCG1689 Lz amx fs(1)A1569 fs(1)M69 lz speCG1689-RA (826): PFAM (Runt)
CG1689-RA (826): Superfamily (0001385)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0000122 GO:0003677 GO:0003700 GO:0003702 GO:0003702 GO:0003705 GO:0045944 GO:0045944

DBD
FBgn0002609HLHm3 / E(spl) region transcript m3CG8346 E(Spl)-HLH-m3 E(spl)M3 E(spl)m3 E(spl)m3/m4 HLH-m3 HLHM3 HLHm3 m3CG8346-RA (224): PFAM (HLH) (Hairy_orang)
CG8346-RA (224): Superfamily (0003356)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0000122 GO:0003677 GO:0003700 GO:0003700 GO:0016566

DBD
FBgn0002631HLHm5 / E(spl) region transcript m5CG6096 E(spl) transcription unit m5 E(spl)-m5 E(spl)M5 E(spl)m5 HLH-m5 HLHm5 m5CG6096-RA (178): PFAM (HLH) (Hairy_orang)
CG6096-RA (178): Superfamily (0003356)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003677 GO:0003677 GO:0003700 GO:0006357 GO:0016481 GO:0016566

DBD FlyReg FlyMine
FBgn0002633HLHm7 / E(spl) region transcript m7CG8361 E(SPL)m7 E(spl) m7 E(spl)-M7 E(spl)-m7 E(spl)M7 E(spl)m7 ESPL HLH-m7 HLHm7 M7 m7CG8361-RA (186): PFAM (HLH) (Hairy_orang)
CG8361-RA (186): Superfamily (0003356)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003700 GO:0003704 GO:0006357

DBD
FBgn0002723Rst(1)JH / Resistance to Juvenile HormoneCG1705 Met Mett Rst(1)JH metCG1705-RA (716): PFAM (HLH) (PAS)
CG1705-RA (716): Superfamily (0003356) (0002500) (0001082)
DNA binding: maybe

(TF, short range)

GO:0003700 GO:0006357 GO:0045449

DBD
FBgn0002733HLHm&bgr; / E(spl) region transcript m&bgr;CG14548 Dm-mA E(Spl) HLH-Mbeta E(spl) E(spl) mbeta E(spl)&bgr; E(spl)-M&bgr; E(spl)M&bgr; E(spl)m&bgr; E(spl)mA E(spl)mbeta HLH-m&bgr; HLHm&bgr; HLHmA HLHmbeta M&bgr; m&bgr; mA mbetaCG14548-RA (195): PFAM (HLH) (Hairy_orang)
CG14548-RA (195): Superfamily (0003356)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0000122 GO:0003677 GO:0003677 GO:0003700 GO:0006357 GO:0016481 GO:0016564 GO:0016566

DBD FlyReg FlyMine
FBgn0002734HLHm&dgr; / E(spl) region transcript m&dgr;CG8328 E(Spl) HLH-m delta E(Spl)-HLH-m&dgr; E(spl) mdelta E(spl)&dgr; E(spl)-mdelta E(spl)M&dgr; E(spl)m&bgr; E(spl)m&dgr; E(spl)mC E(spl)mdelta HLH-m&dgr; HLHMD HLHm&dgr; HLHmC HLHmdelta m&dgr; m&dgr;0.5 mCCG8328-RA (173): PFAM (HLH) (Hairy_orang)
CG8328-RA (173): Superfamily (0003356)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0000122 GO:0003677 GO:0003677 GO:0003700 GO:0006357 GO:0016481 GO:0016564 GO:0016566

DBD
FBgn0002735HLHm&ggr; / E(spl) region transcript m&ggr;CG8333 Dm-mB E(Spl) HLH-m gamma E(spl) m gamma E(spl) mgamma E(spl)&ggr; E(spl)-m&ggr; E(spl)M&ggr; E(spl)m&ggr; E(spl)mB E(spl)mgamma HLH-m&ggr; HLHm&ggr; HLHmB M&ggr; anon-EST:Liang-1.49 clone 1.49 e(spl)mgamma m&ggr; mB mgammaCG8333-RA (205): PFAM (HLH) (Hairy_orang)
CG8333-RA (205): Superfamily (0003356)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0000122 GO:0000122 GO:0003677 GO:0003677 GO:0003700 GO:0016481 GO:0016564 GO:0016566

DBD
FBgn0002780mod / modulo0952/14 CG2050 mod ms(3)100EFCG2050-RA (542): PFAM (RRM_1)4
CG2050-RA (542): Superfamily (0001632)2 (0004369) (0006554)
DNA binding: YES

(TF, long range)

GO:0003677 GO:0003677 GO:0003677

FBgn0002914Myb / Myb oncogene-likeCG9045 D-myb DMyb Dm Myb Dm myb Dm-Myb Dm-myb DmMYB DmMyb MYB Myb c-Myb c-myb dMyb dmMYB dmyb l(1)XVI myb p85CG9045-RE (657): PFAM (Myb_DNA-bin)3
CG9045-RE (657): Superfamily (0000119) (0007530) (0003490)
CG9045-RA (657): PFAM (Myb_DNA-bin)3
CG9045-RA (657): Superfamily (0000119) (0007530) (0003490)
CG9045-RD (657): PFAM (Myb_DNA-bin)3
CG9045-RD (657): Superfamily (0000119) (0007530) (0003490)
CG9045-RC (657): PFAM (Myb_DNA-bin)3
CG9045-RC (657): Superfamily (0000119) (0007530) (0003490)
CG9045-RB (657): PFAM (Myb_DNA-bin)3
CG9045-RB (657): Superfamily (0000119) (0007530) (0003490)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF) (TF, long

GO:0003677 GO:0003677 GO:0003677 GO:0003700 GO:0006355 GO:0006357 GO:0016563 GO:0045449

FlyReg FlyMine
FBgn0002922nau / nautilusCG10250 Dmyd MYOD Mdrf MyoD nauCG10250-RA (332): PFAM (Basic) (HLH)
CG10250-RA (332): Superfamily (0000366)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003677 GO:0003700 GO:0006355

DBD
FBgn0002931net / netCG11450 Group IId Shout net shoutCG11450-RA (365): PFAM (HLH)
CG11450-RA (365): Superfamily (0000366)
DNA binding: maybe

(TF, short range)

GO:0003700 GO:0003702 GO:0045449

DBD
FBgn0002941slou / slouchCG6534 NK-1 NK1 NK1/S59 Nk1 S-59 S59 S59/NK-1 prd9 s59 slou slou/NK1CG6534-RA (659): PFAM (Homeobox)
CG6534-RA (659): Superfamily (0005281)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003700 GO:0003702 GO:0006355 GO:0006357

DBD
FBgn0002970nub / nubbinCG6246 Oct-1 PDM1 POU33F1 Pdm Pdm-1 Pdm1 dOct1 dPOU-19 dPOU-19/pdm-1 dPOU19 nb nub pdm pdm-1 pdm1 twnCG6246-RA (601): PFAM (Pou) (Homeobox)
CG6246-RA (601): Superfamily (0005825) (0005281)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003700 GO:0003702 GO:0006357

DBD FlyReg FlyMine
FBgn0002985odd / odd skippedCG3851 ODD Odd l(2)01863 odd odsCG3851-RA (392): PFAM (zf-C2H2)4
CG3851-RA (392): Superfamily (0003882)2
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003704 GO:0006357 GO:0006357

DBD
FBgn0003002opa / odd pairedCG1133 opaCG1133-RA (609): PFAM (zf-C2H2)3
CG1133-RA (609): Superfamily (0003882)2
DNA binding: maybe

(TF, short range)

GO:0003700 GO:0003704 GO:0003704 GO:0006357 GO:0006357

DBD
FBgn0003028ovo / ovoCG15467 CG6824 Fs(1)K1103 Fs(1)K1237 Fs(1)K155 OVO Ovo Ovo-D Svb fs(1)K1237 fs(1)M1 fs(1)M38 ovo ovo/shavenbaby ovo/svb svbCG6824-RC (1222): PFAM (zf-C2H2)2
CG6824-RC (1222): Superfamily 
CG6824-RB (1351): PFAM 
CG6824-RB (1351): Superfamily 
CG6824-RA (975): PFAM (zf-C2H2)2
CG6824-RA (975): Superfamily 
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003677 GO:0003702 GO:0006366 GO:0045449

DBD FlyReg FlyMine
FBgn0003044Pcl / PolycomblikeCG5109 PCL Pcl l(2)s1859 pclCG5109-RA (1043): PFAM 
CG5109-RA (1043): Superfamily (0002927)
DNA binding: YES

(TF, long range)

GO:0003677 GO:0003700 GO:0003700 GO:0003700 GO:0006357 GO:0030528 GO:0045892 GO:0045892

FBgn0003053peb / pebbledCG12212 EG:66A1.1 EP55 HNT Hind Hnt PEB anon-4Cg hnd hnt pebCG12212-RA (1894): PFAM (zf-C2H2)7
CG12212-RA (1894): Superfamily (0003882)
CG12212-RB (1894): PFAM (zf-C2H2)7
CG12212-RB (1894): Superfamily (0003882)
DNA binding: maybe

(TF, short range)

GO:0003700 GO:0045449 GO:0045449

DBD
FBgn0003117pnr / pannierCG3978 GATAa GATAa/Pannier Pnr dGATAa dGATAa/pannier l(3)89B3 pnr prnCG3978-RA (540): PFAM (GATA)2
CG3978-RA (540): Superfamily (0005553)2
CG3978-RB (488): PFAM (GATA)2
CG3978-RB (488): Superfamily (0005553)2
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003700 GO:0003700 GO:0006357 GO:0045449 GO:0045892 GO:0045893

DBD
FBgn0003118pnt / pointed0123/09 0608/07 0998/12 3520 CG17077 D-Ets-2 D-ets-2 DMPOINT1A E(E2F)3D EK3-2 ETS2 EY3-1 Ets2 Ets58AB Ets94F PNTP1 PNTP2 POINT ets94F l(3)07825 l(3)j1B7 pnt ptdCG17077-RD (636): PFAM (SAM_PNT) (Ets)
CG17077-RD (636): Superfamily (0000959) (0006195)
CG17077-RC (623): PFAM (Ets)
CG17077-RC (623): Superfamily (0006195)
CG17077-RB (718): PFAM (SAM_PNT) (Ets)
CG17077-RB (718): Superfamily (0000959) (0006195)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003677 GO:0003700 GO:0003700 GO:0006357 GO:0045449

DBD
FBgn0003129Poxm / Pox mesoCG9610 P29 Pox-m Poxm meso poxmCG9610-RB (339): PFAM (PAX)
CG9610-RB (339): Superfamily (0004048)
CG9610-RA (402): PFAM (PAX)
CG9610-RA (402): Superfamily (0004048)
DNA binding: maybe

(TF, short range)

GO:0003704 GO:0006357 GO:0045449

DBD
FBgn0003130Poxn / Pox neuroCG8246 P4 Pox-n Poxn neuro pox-n poxnCG8246-RA (425): PFAM (PAX)
CG8246-RA (425): Superfamily (0004048)
DNA binding: maybe

(TF, short range)

GO:0003700 GO:0006355 GO:0006355 GO:0006357 GO:0030528

DBD
FBgn0003145prd / pairedCG6716 Prd pr prdCG6716-RA (590): PFAM (PAX) (Homeobox)
CG6716-RA (590): Superfamily (0004048) (0000647)
CG6716-RB (613): PFAM (PAX) (Homeobox)
CG6716-RB (613): Superfamily (0004048) (0000647)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003677 GO:0003700 GO:0003700 GO:0005667 GO:0006357 GO:0045449

DBD FlyReg FlyMine
FBgn0003254rib / ribbonCG7230 gene 5 ribCG7230-RA (661): PFAM (BTB) (HTH_psq)
CG7230-RA (661): Superfamily (0001007)
DNA binding: maybe

(TF, short range)

GO:0003677 GO:0003700 GO:0006355 GO:0045449

DBD
FBgn0003263rn / rotund5.3 CG10040 CG14600 CG14601 CG14603 CG32466 Dipr P5.3 rn roeCG32466-RB (692): PFAM (zf-C2H2)5
CG32466-RB (692): Superfamily (0000051) (0003882)2
CG32466-RA (946): PFAM (zf-C2H2)6
CG32466-RA (946): Superfamily (0004888) (0005623) (0004752) (0003882)
DNA binding: maybe

(TF, short range)

GO:0003700 GO:0006357 GO:0045449

DBD
FBgn0003267ro / roughCG6348 roCG6348-RB (350): PFAM (Homeobox)
CG6348-RB (350): Superfamily (0000647)
CG6348-RA (350): PFAM (Homeobox)
CG6348-RA (350): Superfamily (0000647)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003700 GO:0006355

DBD
FBgn0003270amos / absent MD neurons and olfactory sensillaAmos CG10393 Roi Tft amos asolo roloCG10393-RA (198): PFAM (HLH)
CG10393-RA (198): Superfamily (0000366)
DNA binding: maybe

(TF, short range)

GO:0003700 GO:0006355

DBD
FBgn0003300run / runt1 2 AA33 CG1849 LB5 P235 Runt l(1)19Ea l(1)AA33 l(1)B2/13.1 l(1)LB9 lLB5 leg runCG1849-RA (510): PFAM (Runt)
CG1849-RA (510): Superfamily (0001385)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003677 GO:0003702 GO:0003704 GO:0006357 GO:0030528

DBD
FBgn0003334Scm / Sex comb on midlegCG9495 SCM Scm Su(z)302 l(3)85Ef scmCG9495-RA (877): PFAM (zf-MYM) (MBT)2 (SAM_1)
CG9495-RA (877): Superfamily (0007398)
DNA binding: maybe

(TF, long range)

GO:0003704 GO:0045449

FBgn0003339Scr / Sex combs reducedBG:DS07876.2 CG1030 Msc SCR Scr l(3)84Af scrCG1030-RB (417): PFAM (Homeobox)
CG1030-RB (417): Superfamily (0005281)
CG1030-RA (417): PFAM (Homeobox)
CG1030-RA (417): Superfamily (0005281)
CG1030-RC (417): PFAM (Homeobox)
CG1030-RC (417): Superfamily (0005281)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003677 GO:0003700 GO:0003704 GO:0003704 GO:0006357

DBD
FBgn0003345sd / scallopedCG8544 DROEXO DROEXO2 EP(X)1088 EP1088 Sd anon-EST:Liang-2.14 clone 2.14 l(1)G0239 l(1)G0262 l(1)G0309 l(1)G0315 l(1)G0483 l(1)HF394 l(1)III sd spCG8544-RA (370): PFAM (TEA)
CG8544-RA (370): Superfamily 
CG8544-RB (440): PFAM (TEA)
CG8544-RB (440): Superfamily 
CG8544-RC (370): PFAM (TEA)
CG8544-RC (370): Superfamily 
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003700 GO:0003704 GO:0006357

DBD FlyReg FlyMine
FBgn0003396shn / schnurriBEST:SD06302 CG7734 EP(2)2359 EP2359 SD06302 Shn l(2)04738 quo shnCG7734-RB (2532): PFAM (zf-C2H2)6
CG7734-RB (2532): Superfamily (0005575)
CG7734-RD (2577): PFAM (zf-C2H2)6
CG7734-RD (2577): Superfamily (0005575)
CG7734-RA (2532): PFAM (zf-C2H2)6
CG7734-RA (2532): Superfamily (0005575)
CG7734-RC (2532): PFAM (zf-C2H2)6
CG7734-RC (2532): Superfamily (0005575)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0000122 GO:0003700 GO:0003700 GO:0003702 GO:0003702 GO:0003702

DBD FlyReg FlyMine
FBgn0003411sisA / sisterless ACG1641 sis A sis a sis-A sis-a sisA sisaCG1641-RA (189): PFAM 
CG1641-RA (189): Superfamily 
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003700 GO:0003700

FBgn0003430slp1 / sloppy paired 1CG16738 Dmslp1 FD6 Slp Slp-1 l(2)05965 slp slp-1 slp-2 slp1CG16738-RA (322): PFAM (Fork_head)
CG16738-RA (322): Superfamily (0006804)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003700 GO:0003702 GO:0006357 GO:0045449

DBD FlyReg FlyMine
FBgn0003448sna / snailBG:DS01845.1 CG3956 br28 l(2)35Db l(2)br28 l(3)br28 l35Db sn snaCG3956-RA (390): PFAM (zf-C2H2)5
CG3956-RA (390): Superfamily (0003882)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0000122 GO:0000122 GO:0003677 GO:0003702 GO:0003704 GO:0016566 GO:0045449

DBD FlyReg FlyMine
FBgn0003459stwl / stonewallCG3836 fs(3)02024 snw stwlCG3836-RA (1037): PFAM (BESS)
CG3836-RA (1037): Superfamily 
DNA binding: maybe

(TF, short range)

GO:0003677 GO:0003702 GO:0045449

DBD
FBgn0003460so / sine oculisCG11121 Drl So ami mda med old so somdaCG11121-RA (416): PFAM (Homeobox)
CG11121-RA (416): Superfamily (0000647)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003700 GO:0003700 GO:0003702 GO:0006357 GO:0045449

DBD FlyReg FlyMine
FBgn0003499sr / stripeCG7847 Sr l(3)03999 l(3)06948 l(3)06948b srCG7847-RB (906): PFAM (zf-C2H2)3
CG7847-RB (906): Superfamily (0003882) (0005933)
CG7847-RA (1186): PFAM (zf-C2H2)3
CG7847-RA (1186): Superfamily (0004846) (0005623) (0000050)
DNA binding: maybe

(TF, short range)

GO:0003702 GO:0006357 GO:0045449

DBD
FBgn0003507srp / serpentA7.1 ABF Abf CG3992 DmGATAb GATA GATAb Srp abf dGATAb l(3)01549 l(3)89B2 l(3)neo45 spt srpCG3992-RC (1249): PFAM (GATA)2
CG3992-RC (1249): Superfamily (0005212)2
CG3992-RB (1249): PFAM (GATA)2
CG3992-RB (1249): Superfamily (0005212)2
CG3992-RA (1264): PFAM (GATA)
CG3992-RA (1264): Superfamily (0005212)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003677 GO:0003677 GO:0003677 GO:0003700 GO:0003702 GO:0003702 GO:0006355 GO:0006357 GO:0016251 GO:0016563 GO:0045449 GO:0045893

DBD FlyReg FlyMine
FBgn0003511Sry-&bgr; / Serendipity &bgr;CG7938 Sry&bgr; Sry-&bgr; Sry-beta sry sry &bgr; sry beta sry&bgr; sry-&bgr; sry-b srybCG7938-RA (356): PFAM (zf-C2H2)5
CG7938-RA (356): Superfamily 
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003677

DBD DBSD
FBgn0003512Sry-&dgr; / Serendipity &dgr;CG17958 EH8 Sry &dgr; Sry&dgr; Sry-&dgr; Sry-delta anon-EH8 sry sry &dgr; sry&dgr; sry-&dgr;CG17958-RA (433): PFAM (zf-C2H2)5
CG17958-RA (433): Superfamily (0003882)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003677 GO:0006355 GO:0016563

DBD
FBgn0003513ss / spinelessAHR CG6993 SS ssCG6993-RA (884): PFAM (HLH) (PAS) (PAC)
CG6993-RA (884): Superfamily (0003356) (0002500)2
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003677 GO:0003700 GO:0003700 GO:0006355 GO:0006366

DBD
FBgn0003567su(Hw) / suppressor of Hairy wingCG8573 Su(HW) Su(Hw) Su(hw) Su[Hw] su(Hw) su(hw)CG8573-RB (941): PFAM (zf-C2H2)11
CG8573-RB (941): Superfamily (0003882)2 (0005933)
CG8573-RA (941): PFAM (zf-C2H2)11
CG8573-RA (941): Superfamily (0003882)2 (0005933)
DNA binding: YES

(TF, long range)

GO:0003677 GO:0003677 GO:0006357 GO:0016481 GO:0030528 GO:0030528

DBD FlyReg FlyMine
FBgn0003598Su(var)3-7 / Suppressor of variegation 3-7CG8599 SU(VAR)3-7 Su(var)(3)3 Su(var)(3)7 Su(var)3-7 Su-var(3)7 Suvar(3)7 l(3)87ElCG8599-RA (1250): PFAM (BESS)
CG8599-RA (1250): Superfamily 
DNA binding: YES

(TF, long range)

GO:0003677

DBD
FBgn0003607Su(var)205 / Suppressor of variegation 205CG8409 DmHP-1 DmHP1 E(var)29 E(var)29A HP-1 HP1 HP1&agr; HP1-VS HP1a Hp1 Su(Var)2-5 Su(var) Su(var)2-05 Su(var)2-5 Su(var)2-501 Su(var)205 Su(var)29A Su(var)205 Su-var(2)5 Suvar(2)5 Suvar2-5 dHP1 su(var)205CG8409-RA (206): PFAM (Chromo) (Chromo_shad)
CG8409-RA (206): Superfamily (0000403) (0002033)
CG8409-RB (206): PFAM (Chromo) (Chromo_shad)
CG8409-RB (206): Superfamily (0000403) (0002033)
DNA binding: YES

(TF, long range)

GO:0006357 GO:0016563 GO:0016564 GO:0045892 GO:0045893

FBgn0003612Su(var)2-10 / Suppressor of variegation 2-10CG8068 CLOT2057 DPIAS Dpias PIAS Su(Var)2-10 Su(var)2-10 Su-var(2)10 Suvar(2)10 ZimpA ZimpB dPIAS dpias i184 l(2)03697 zimpCG8068-RD (601): PFAM (SAP) (zf-MIZ)
CG8068-RD (601): Superfamily 
CG8068-RG (604): PFAM (SAP) (zf-MIZ)
CG8068-RG (604): Superfamily 
CG8068-RF (533): PFAM (SAP) (zf-MIZ)
CG8068-RF (533): Superfamily 
CG8068-RH (569): PFAM (SAP) (zf-MIZ)
CG8068-RH (569): Superfamily 
CG8068-RA (554): PFAM (SAP) (zf-MIZ)
CG8068-RA (554): Superfamily 
CG8068-RE (522): PFAM (SAP) (zf-MIZ)
CG8068-RE (522): Superfamily 
CG8068-RC (565): PFAM (SAP) (zf-MIZ)
CG8068-RC (565): Superfamily 
CG8068-RI (640): PFAM (SAP) (zf-MIZ)
CG8068-RI (640): Superfamily 
CG8068-RB (593): PFAM (SAP) (zf-MIZ)
CG8068-RB (593): Superfamily 
DNA binding: maybe

(TF, long range)

GO:0003677 GO:0006357

DBD
FBgn0003651svp / seven up0005/12 0042/01 0106/18 0114/20 0351/01 0598/01 0861/07 BcDNA:GH08189 CG11502 CG18158 NR2F3 SVP Svp ck16 don l(3)07842 l(3)87Bd l(3)ck16 l(3)j2E2 l(3)rA028 l(3)rL069 svpCG11502-RA (746): PFAM (zf-C4) (Hormone_rec)
CG11502-RA (746): Superfamily (0005367)2
CG11502-RB (543): PFAM (zf-C4) (Hormone_rec)
CG11502-RB (543): Superfamily (0005367)2
CG11502-RC (281): PFAM (Hormone_rec)
CG11502-RC (281): Superfamily (0007238)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003700 GO:0006357 GO:0045449

DBD
FBgn0003683term / terminusBsg75C CG4216 Term ter termCG4216-RA (428): PFAM 
CG4216-RA (428): Superfamily 
DNA binding: maybe

(TF, short range)

GO:0003677

FBgn0003715Tkr / Tyrosine kinase-related proteinBTB-III BtbIII CG16778 CG2672 Tkr anon-G2 dTKR g2 tkrCG16778-RD (1046): PFAM (BTB) (HTH_psq)
CG16778-RD (1046): Superfamily (0001007)
CG16778-RB (1046): PFAM (BTB) (HTH_psq)
CG16778-RB (1046): Superfamily (0001007)
CG16778-RC (1046): PFAM (BTB) (HTH_psq)
CG16778-RC (1046): Superfamily (0001007)
CG16778-RA (1046): PFAM (BTB) (HTH_psq)
CG16778-RA (1046): Superfamily (0001007)
DNA binding: maybe

(TF, short range)

GO:0003677 GO:0003677

DBD
FBgn0003720tll / taillessCG1378 NR2E2 Tll tllCG1378-RA (452): PFAM (zf-C4) (Hormone_rec)
CG1378-RA (452): Superfamily (0005367)4
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003677 GO:0003700 GO:0006351 GO:0006357

DBD FlyReg FlyMine
FBgn0003749trh / trachealess3.1 CG6883 DMU42699 TRH l(3)10512 trhCG6883-RA (958): PFAM (HLH) (PAS)
CG6883-RA (958): Superfamily (0000355) (0002500)2
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003700 GO:0003700 GO:0003702 GO:0003702 GO:0003702 GO:0003702 GO:0006355 GO:0006357

DBD
FBgn0003862trx / trithorax4720 4733 CG8651 DMTRXIII NR0A5 R-bx Rg-bx TRX Trx l(3)bxv l(3)j14A6 l(3)j3A2 l(3)s5452 trx trx-g trxI and trxIICG8651-RA (3726): PFAM (PHD)2 (FYRN) (FYRC) (SET)
CG8651-RA (3726): Superfamily 
CG8651-RE (3358): PFAM (PHD)2 (FYRN) (FYRC) (SET)
CG8651-RE (3358): Superfamily 
CG8651-RD (3726): PFAM (PHD)2 (FYRN) (FYRC) (SET)
CG8651-RD (3726): Superfamily 
CG8651-RB (3358): PFAM (PHD)2 (FYRN) (FYRC) (SET)
CG8651-RB (3358): Superfamily 
CG8651-RC (3358): PFAM (PHD)2 (FYRN) (FYRC) (SET)
CG8651-RC (3358): Superfamily 
DNA binding: YES

(sequence-specific TF) (TF, long

GO:0003677 GO:0006367 GO:0030528 GO:0048096

FBgn0003866tsh / teashirtCG1374 T shirt ae ael l(2)04319 l(2)B4-2-12 tshCG1374-RB (885): PFAM (zf-C2H2)3
CG1374-RB (885): Superfamily 
CG1374-RA (954): PFAM (zf-C2H2)3
CG1374-RA (954): Superfamily 
DNA binding: maybe

(TF, short range)

GO:0000122 GO:0003704 GO:0006357 GO:0006357

DBD
FBgn0003870ttk / tramtrack0037/17 0250/25 0438/31 0702/07 1049/07 1119/04 1184/16 1209/05 1209/10 1260/10 1281/04 1325/15 1372/08 1396/14 1418/06 3540 5125 5311 CG11558 CG1856 E(yan)100D FTZ-F2 TTK88 Ttk Ttk69 anon-EST:Liang-2.9 clone 2.9 ftz-f2 ftzf2/ttk l(3)02667 l(3)j2A1 lCG1856-RB (813): PFAM (BTB) (zf-C2H2)
CG1856-RB (813): Superfamily (0001007) (0005171)
CG1856-RC (643): PFAM (BTB) (zf-C2H2)2
CG1856-RC (643): Superfamily (0001007) (0005170) (0005171)
CG1856-RF (643): PFAM (BTB) (zf-C2H2)2
CG1856-RF (643): Superfamily (0001007) (0005170) (0005171)
CG1856-RA (813): PFAM (BTB) (zf-C2H2)
CG1856-RA (813): Superfamily (0001007) (0005171)
CG1856-RD (643): PFAM (BTB) (zf-C2H2)2
CG1856-RD (643): Superfamily (0001007) (0005170) (0005171)
CG1856-RE (813): PFAM (BTB) (zf-C2H2)
CG1856-RE (813): Superfamily (0001007) (0005171)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0000122 GO:0000122 GO:0003677 GO:0003704 GO:0006357 GO:0016564 GO:0016564

DBD FlyReg FlyMine
FBgn0003896tup / tailupCG10619 Isl isl l(2)37Aa l(2)E41 tupCG10619-RA (534): PFAM (LIM)2 (Homeobox)
CG10619-RA (534): Superfamily (0000681) (0000647)
CG10619-RB (465): PFAM (LIM)2 (Homeobox)
CG10619-RB (465): Superfamily (0000681) (0000647)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003677 GO:0003700 GO:0003704 GO:0006357 GO:0006357

DBD
FBgn0003900twi / twistCG2956 DTwist EC9 dip5 twiCG2956-RA (490): PFAM (HLH)
CG2956-RA (490): Superfamily (0000366)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003677 GO:0003704 GO:0006357 GO:0016563 GO:0045944

DBD FlyReg FlyMine
FBgn0003944Ubx / UltrabithoraxBX-C Bxl CG10388 Cbx DUbx DmUbx Hm UBx Ubx Ubx1b abx bx bxD bxd bxdD bxl l(3)89Eb pbx ubxCG10388-RC (372): PFAM (Homeobox)
CG10388-RC (372): Superfamily (0005281)
CG10388-RD (363): PFAM (Homeobox)
CG10388-RD (363): Superfamily (0005281)
CG10388-RA (389): PFAM (Homeobox)
CG10388-RA (389): Superfamily (0005281)
CG10388-RF (355): PFAM (Homeobox)
CG10388-RF (355): Superfamily (0005281)
CG10388-RB (346): PFAM (Homeobox)
CG10388-RB (346): Superfamily (0000647)
CG10388-RE (380): PFAM (Homeobox)
CG10388-RE (380): Superfamily (0005281)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003677 GO:0003700 GO:0003704 GO:0003704 GO:0006355 GO:0006357 GO:0006357 GO:0045449

DBD FlyReg FlyMine
FBgn0003963ush / u-shapedCG2762 FOG Ush l(2)19 u-sh ush ushapedCG2762-RA (1191): PFAM (zf-C2H2)4
CG2762-RA (1191): Superfamily (0003006) (0002988)2 (0003006) (0002988)
DNA binding: maybe

(TF, short range)

GO:0003700 GO:0008134 GO:0008134 GO:0045449

DBD
FBgn0003964usp / ultraspiracle2C CF1 CF1/USP CF1/Usp CG4380 Cf1 DmUSP DmUsp EG:22E5.1 NR2B4 USP Usp XR2C cf1 dUSP dmUSP l(1)2Cf l(1)usp uspCG4380-RA (508): PFAM (zf-C4) (Hormone_rec)
CG4380-RA (508): Superfamily (0005367)3
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003677 GO:0003700 GO:0006357 GO:0045892 GO:0045941

DBD FlyReg FlyMine
FBgn0003986vnd / ventral nervous system defectiveCG6172 EC6 EG:118B3.1 NK-2 NK2 VND Vnd dNK-2 l(1)1Bf l(1)EA142 l(1)EC6 l(1)GA100 l(1)GA122 l(1)RC24 l(1)VA208 l(1)VE769 nk-2 vnd vnd/NK-2CG6172-RA (723): PFAM (Homeobox)
CG6172-RA (723): Superfamily (0000647)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003700 GO:0006355 GO:0006357 GO:0030528

DBD FlyReg FlyMine
FBgn0003995vvl / ventral veins lackingCG10037 Cf1-a Cf1a Cf1a/drifter Cfla DFR Dfr/Vvl Drifter/Ventral veinless VVL Vv1 dfr dfr-vvl dfr/vvl drf prd3 ut vvlCG10037-RA (427): PFAM (Pou) (Homeobox)
CG10037-RA (427): Superfamily (0005825) (0005281)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003677 GO:0003700 GO:0003702 GO:0006355 GO:0006357

DBD FlyReg FlyMine
FBgn0004050z / zesteCG7803 EG:BACH59J11.3 e(bx) en-bx zCG7803-RA (575): PFAM 
CG7803-RA (575): Superfamily 
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003677 GO:0006355 GO:0006357 GO:0030528 GO:0045893

FlyReg FlyMine
FBgn0004053zen / zerknulltBG:DS00276.9 CG1046 l(3)84Ad z1 zen zen1CG1046-RA (353): PFAM (Homeobox)
CG1046-RA (353): Superfamily (0000647)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003677 GO:0003700 GO:0003704 GO:0006357

DBD FlyReg FlyMine
FBgn0004054zen2 / zerknullt-relatedBG:DS00276.10 CG1048 z2 zen2 zprCG1048-RA (252): PFAM (Homeobox)
CG1048-RA (252): Superfamily (0000329)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003700 GO:0006355 GO:0006357

DBD
FBgn0004101bs / blisteredBS CG3411 D-SRF DSRF DSrf DSrf/bs DmSRF Group IIc SRF Serf Srf ba bs dSRF dsrf l(2)03267 pruned/DSRF pxCG3411-RA (449): PFAM (SRF-TF)
CG3411-RA (449): Superfamily (0004693)
DNA binding: maybe

(TF, short range)

GO:0003700 GO:0003702 GO:0006357

DBD
FBgn0004102oc / ocellilessCG12154 Otd Otx l(1)7Ff l(1)8Ac oc ort otd uviCG12154-RB (542): PFAM (Homeobox)
CG12154-RB (542): Superfamily (0000647)
CG12154-RA (671): PFAM (Homeobox)
CG12154-RA (671): Superfamily (0000647)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003700 GO:0006355

DBD
FBgn0004110tin / tinmanCG7895 DROHOXHK4 DmNK-4 HOX NK-4 NK-4/msh-2 NK4 NK4/msh-2 Tin msh-2 msh2 tin tin/NK4CG7895-RA (416): PFAM (Homeobox)
CG7895-RA (416): Superfamily (0005281)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003677 GO:0003700 GO:0003702 GO:0006357 GO:0045449 GO:0045892 GO:0045893

DBD FlyReg FlyMine
FBgn0004170sc / scuteAS-C T4 AS-C T4sc CG3827 DROACS2 EG:198A6.1 Hw Sc T4 T4 AS-C ascT4 l(1)1Ba sc sc&agr; sc/T4 scute/sisterlessB sis b sis-b sisB sisbCG3827-RA (345): PFAM (HLH)
CG3827-RA (345): Superfamily (0000366)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003677 GO:0003677 GO:0003704 GO:0006355 GO:0006357 GO:0016563

DBD DBSD
FBgn0004198ct / cutBcDNA:GH10590 CG11387 Ct Cut ct kf l(1)7Ba l(1)7Bb l(1)VE614CG11387-RA (2175): PFAM (CUT)3 (Homeobox)
CG11387-RA (2175): Superfamily (0003830)
CG11387-RB (257): PFAM 
CG11387-RB (257): Superfamily 
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003677 GO:0003677 GO:0003700 GO:0003704 GO:0006357

DBD
FBgn0004394pdm2 / POU domain protein 2CG12287 CG15486 CG15487 Pdm-2 dOct2 dPOU-28 dPOU28 dPOU28/pdm-2 dim dpou28 miti pdm pdm-2 pdm2CG12287-RB (893): PFAM (Pou) (Homeobox)
CG12287-RB (893): Superfamily (0005825) (0005281)
CG12287-RA (498): PFAM (Pou) (Homeobox)
CG12287-RA (498): Superfamily (0005825) (0005281)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003677 GO:0003700 GO:0003704 GO:0003704 GO:0006355 GO:0006357

DBD
FBgn0004396CrebA / Cyclic-AMP response element binding protein ABBF-2 BBF2_DROME BOX B Binding Factor-2 Bbbf2 BcDNA:SD05937 CG7450 CREB CREB-A CREB-a Creb Creb-A CrebA creb crebA dCREB-A dCREBA dCreb-A dCrebA l(3)03576CG7450-RA (516): PFAM (bZIP_1)
CG7450-RA (516): Superfamily (0004651)
CG7450-RB (516): PFAM (bZIP_1)
CG7450-RB (516): Superfamily (0004651)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003677 GO:0003677 GO:0003677 GO:0003700 GO:0003702 GO:0006357 GO:0006366

DBD DBSD
FBgn0004399psq / pipsqueakBTB-V BtbV CG2368 Psq pip psk psq psq-1 zepCG2368-RE (645): PFAM (HTH_psq)4
CG2368-RE (645): Superfamily 
CG2368-RB (1064): PFAM (BTB) (HTH_psq)4
CG2368-RB (1064): Superfamily (0001007)
CG2368-RH (645): PFAM (HTH_psq)4
CG2368-RH (645): Superfamily 
CG2368-RK (639): PFAM (HTH_psq)4
CG2368-RK (639): Superfamily 
CG2368-RI (639): PFAM (HTH_psq)4
CG2368-RI (639): Superfamily 
CG2368-RD (645): PFAM (HTH_psq)4
CG2368-RD (645): Superfamily 
CG2368-RG (645): PFAM (HTH_psq)4
CG2368-RG (645): Superfamily 
CG2368-RF (645): PFAM (HTH_psq)4
CG2368-RF (645): Superfamily 
CG2368-RJ (639): PFAM (HTH_psq)4
CG2368-RJ (639): Superfamily 
CG2368-RC (1064): PFAM (BTB) (HTH_psq)4
CG2368-RC (1064): Superfamily (0001007)
CG2368-RA (1046): PFAM (BTB) (HTH_psq)4
CG2368-RA (1046): Superfamily (0001007)
CG2368-RL (535): PFAM (BTB)
CG2368-RL (535): Superfamily (0001007)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003677 GO:0003677 GO:0003700 GO:0006355

DBD
FBgn0004401Pep / Protein on ecdysone puffsCG6143 PEP PEP/X4 Pep X4/PEP p100CG6143-RB (716): PFAM 
CG6143-RB (716): Superfamily 
CG6143-RC (693): PFAM 
CG6143-RC (693): Superfamily 
CG6143-RA (502): PFAM 
CG6143-RA (502): Superfamily 
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

FBgn0004510Ets97D / Ets at 97DCG6338 D-Elg D-elg DELG Elg Ets Ets97D elg tne tnyCG6338-RA (464): PFAM (SAM_PNT) (Ets)
CG6338-RA (464): Superfamily (0000959) (0006195)
DNA binding: maybe

(TF, short range)

GO:0003677 GO:0003677 GO:0006357 GO:0006357

DBD
FBgn0004567slp2 / sloppy paired 2CG2939 Dmslp2 FD7 slp slp2CG2939-RA (451): PFAM (Fork_head)
CG2939-RA (451): Superfamily (0006804)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003700 GO:0003702 GO:0006357 GO:0045449

DBD
FBgn0004579salm / spalt major3602 CG6464 SPALT Sal SalM l(2)03602 sal salII salM salmCG6464-RA (1365): PFAM (zf-C2H2)5
CG6464-RA (1365): Superfamily (0005594) (0000051)2
DNA binding: maybe

(TF, short range)

GO:0003704 GO:0016481 GO:0030528 GO:0045449

DBD
FBgn0004586grh / grainy headCG5058 DREB EG:191D12.1 Elf-1 Elf-1/NTF-1 Elf1 Gh NTF-1 NTF-1/Elf-1 NTF1 Ntf Ntf1 elf1 elf1(CAG)7 grh hsk l(2)06850 l(2)IM45 l(2)s2140CG5058-RA (1063): PFAM (CP2)
CG5058-RA (1063): Superfamily 
CG5058-RC (1302): PFAM (CP2)
CG5058-RC (1302): Superfamily 
CG5058-RB (1032): PFAM (CP2)
CG5058-RB (1032): Superfamily 
CG5058-RF (155): PFAM (CP2)
CG5058-RF (155): Superfamily 
CG5058-RG (729): PFAM (CP2)
CG5058-RG (729): Superfamily 
CG5058-RD (1333): PFAM (CP2)
CG5058-RD (1333): Superfamily 
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003677 GO:0003702 GO:0003704 GO:0006357

DBD FlyReg FlyMine
FBgn0004595pros / prospero0244/09 0320/10 0441/16 0451/09 0563/18 0585/13 0664/07 0671/02 0763/13 0989/01 1135/07 1135/09 1167/13 1316/02 671/2 BcDNA:HL08040 CG17228 DMPROSPER DROPROSA PROS-1 PROS-2 Pros Prosp Voila anon-WO0140519.15 l(3)10419 l(3)j12C8 l(3)j6E2 l(3)rH013 l(3CG17228-RA (1535): PFAM (Prox1)
CG17228-RA (1535): Superfamily 
CG17228-RD (1374): PFAM (Prox1)
CG17228-RD (1374): Superfamily 
CG17228-RC (1403): PFAM (Prox1)
CG17228-RC (1403): Superfamily 
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003700 GO:0003700 GO:0003700 GO:0003700 GO:0006355 GO:0006355 GO:0006357 GO:0030528

DBD
FBgn0004606zfh1 / Zn finger homeodomain 1CG1322 ZFH-1 Zfh-1 Zfh1 l(3)00865 zfh-1 zfh1 zfl-1CG1322-RC (859): PFAM (zf-C2H2)3 (Homeobox) (zf-C2H2)2
CG1322-RC (859): Superfamily (0000647) (0000051) (0005623)
CG1322-RA (747): PFAM (zf-C2H2)4 (Homeobox) (zf-C2H2)2
CG1322-RA (747): Superfamily (0005069) (0000647) (0005623)
CG1322-RB (1054): PFAM (zf-C2H2)5 (Homeobox) (zf-C2H2)2
CG1322-RB (1054): Superfamily (0005594) (0000647) (0005623)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003677 GO:0003700 GO:0003702 GO:0006357

DBD FlyReg FlyMine
FBgn0004607zfh2 / Zn finger homeodomain 2CG1449 ZFH-2 Zfh-2 Zfh2 zfh-2 zfh2CG1449-RA (3005): PFAM (zf-C2H2)5 (Homeobox)2 (zf-C2H2)2 (Homeobox)
CG1449-RA (3005): Superfamily (0003830) (0005281) (0000647)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003677 GO:0003677 GO:0003700 GO:0003702 GO:0006357 GO:0045449

DBD
FBgn0004618gl / glassCG7672 E(sina)5 Glass SS3-2 SY3-3 gl none rhCG7672-RB (557): PFAM (zf-C2H2)4
CG7672-RB (557): Superfamily (0005623) (0000051) (0004752)
CG7672-RA (604): PFAM (zf-C2H2)5
CG7672-RA (604): Superfamily (0005623) (0000051) (0004752) (0000051)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003700 GO:0003704 GO:0006357

DBD FlyReg FlyMine
FBgn0004652fru / fruitlessBTB-VI BtbVI CG14307 CG7688 CG7689 CG7690 CT22773 cg7688 cg7689 fru fty ms(3)06411 satCG14307-RA (516): PFAM (BTB)
CG14307-RA (516): Superfamily (0001007)
CG14307-RE (955): PFAM (BTB) (zf-C2H2)
CG14307-RE (955): Superfamily (0001007) (0005171)
CG14307-RJ (906): PFAM (BTB) (zf-C2H2)
CG14307-RJ (906): Superfamily (0001007) (0005171)
CG14307-RM (854): PFAM (BTB) (zf-C2H2)
CG14307-RM (854): Superfamily (0001007) (0005171)
CG14307-RD (665): PFAM (BTB)
CG14307-RD (665): Superfamily (0001007)
CG14307-RK (705): PFAM (BTB) (zf-C2H2)
CG14307-RK (705): Superfamily (0001007) (0005171)
CG14307-RB (789): PFAM (BTB)
CG14307-RB (789): Superfamily (0001007)
CG14307-RL (854): PFAM (BTB) (zf-C2H2)
CG14307-RL (854): Superfamily (0001007) (0005171)
CG14307-RG (796): PFAM (BTB) (zf-C2H2)
CG14307-RG (796): Superfamily (0001007) (0005171)
CG14307-RC (854): PFAM (BTB) (zf-C2H2)
CG14307-RC (854): Superfamily (0001007) (0005171)
CG14307-RI (870): PFAM (BTB) (zf-C2H2)
CG14307-RI (870): Superfamily (0001007) (0005171)
CG14307-RF (688): PFAM (BTB)
CG14307-RF (688): Superfamily (0001007)
CG14307-RH (695): PFAM (BTB) (zf-C2H2)
CG14307-RH (695): Superfamily (0001007) (0005171)
DNA binding: maybe

(TF, short range)

GO:0003700 GO:0003700 GO:0003700 GO:0003702 GO:0003702 GO:0006357

DBD
FBgn0004666sim / single-minded0483/09 0716/08 0899/14 0953/08 1002/10 1034/02 1050/13 1110/04 1111/10 1330/08 1479/04 CG7771 S8 SIM l(3)87Ea l(3)E320 l(3)RD l(3)S8 l(3)s8 schm shm simCG7771-RB (664): PFAM (HLH) (PAS) (PAC)
CG7771-RB (664): Superfamily (0000355) (0001082)2
CG7771-RA (688): PFAM (HLH) (PAS) (PAC)
CG7771-RA (688): Superfamily (0000355) (0001082)2
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003700 GO:0003702 GO:0006357

DBD
FBgn0004795retn / retained2535 BcDNA:LD35748 CG5403 DRI Dead Ringer/Retain Dri EY2-10 dri l(2)02535 retn retn/driCG5403-RB (911): PFAM (ARID)
CG5403-RB (911): Superfamily (0001120)
CG5403-RA (906): PFAM (ARID)
CG5403-RA (906): Superfamily (0001120)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0000122 GO:0003677 GO:0003677 GO:0003677 GO:0003700 GO:0016563 GO:0016564 GO:0045941

DBD
FBgn0004837Su(H) / Suppressor of HairlessBG:DS00929.10 C CG3497 D E(H) FTZ-F2 RBP-J&Kgr; RBP-Jkappa Su(H) Su(h) SuH anon-WO0257455.3 br7 dRBP-J&Kgr; dRBP-JK dRBP-Jk l(1)br7 l(2)35Bh l(2)br7 l(2)k07904 oss su(H)CG3497-RA (594): PFAM (TIG)
CG3497-RA (594): Superfamily (0000083)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003677 GO:0003677 GO:0003702 GO:0006367 GO:0016563 GO:0016563 GO:0016564 GO:0045892 GO:0045893 GO:0045944 GO:0045944

FlyReg FlyMine
FBgn0004854B-H2 / BarH2B B-H2 Bar Bar-H2 CG5488CG5488-RA (645): PFAM (Homeobox)
CG5488-RA (645): Superfamily (0005281)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003677 GO:0003700 GO:0003704 GO:0006355

DBD
FBgn0004858elB / elbow BBG:DS06238.3 CG4220 P10 el elB elb elbowCG4220-RC (552): PFAM 
CG4220-RC (552): Superfamily 
CG4220-RB (818): PFAM 
CG4220-RB (818): Superfamily 
CG4220-RA (678): PFAM 
CG4220-RA (678): Superfamily 
DNA binding: maybe

(TF, short range)

GO:0003702

FBgn0004859ci / cubitus interruptusCG2125 CI CID Ce Ci CiD CiD ci ci-D ci155 ciD ciD l(4)102ABc l(4)13 l(4)17CG2125-RA (1397): PFAM (zf-C2H2)4
CG2125-RA (1397): Superfamily (0005218) (0004846) (0004748) (0003882)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0000122 GO:0003700 GO:0003704 GO:0016563 GO:0016563 GO:0016564 GO:0016564 GO:0045449 GO:0045944 GO:0045944

DBD
FBgn0004861ph-p / polyhomeotic proximalCG18412 CG18414 EG:87B1.5 PH PH-p Ph ph ph-P ph-p phP phm phpCG18412-RA (1589): PFAM (SAM_2)
CG18412-RA (1589): Superfamily (0007398)
DNA binding: maybe

(TF, long range)

GO:0003677 GO:0006366 GO:0009299

FBgn0004862bap / bagpipeCG7902 NK-3 NK3 bap bgp dNK-3 nk-3CG7902-RA (382): PFAM (Homeobox)
CG7902-RA (382): Superfamily (0000647)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003677 GO:0003700 GO:0003700 GO:0006357

DBD FlyReg FlyMine
FBgn0004863C15 / C15311 93Bal C15 CG7937 Ect5 Hox11-311CG7937-RA (339): PFAM (Homeobox)
CG7937-RA (339): Superfamily (0000647)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003700 GO:0006355

DBD
FBgn0004865Eip78C / Ecdysone-induced protein 78CCG18023 DR-78 E78 E78A E78B E78D Eip78 Eip78C Eip78D NR1E1 anon-WO0172774.42 anon-WO0172774.44 dE78CG18023-RC (338): PFAM (Hormone_rec)
CG18023-RC (338): Superfamily (0006439)2
CG18023-RB (392): PFAM (Hormone_rec)
CG18023-RB (392): Superfamily (0006439)2
CG18023-RA (862): PFAM (zf-C4) (Hormone_rec)
CG18023-RA (862): Superfamily (0005367)2
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003677 GO:0003700 GO:0003704 GO:0006357

DBD
FBgn0004870bab1 / bric a brac 1BAB1 CG13910 CG9097 anon-WO0118547.639 bab bab-I bab1CG9097-RB (977): PFAM (BTB) (HTH_psq)
CG9097-RB (977): Superfamily (0001007)
CG9097-RA (526): PFAM (BTB)
CG9097-RA (526): Superfamily (0001007)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003677 GO:0003700 GO:0003700 GO:0003700 GO:0006350 GO:0006350 GO:0006357 GO:0045449

DBD FlyReg FlyMine
FBgn0004878cas / castorCG2102 Cas cas l(3)j1C2 l(3)neo33 mingCG2102-RA (793): PFAM (zf-C2H2) (AT_hook)
CG2102-RA (793): Superfamily 
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003677 GO:0003700 GO:0003702 GO:0006355 GO:0006357 GO:0045892

DBD
FBgn0004880scrt / scratchBcDNA:RH71479 CG1130 anon-EST:Liang-1.31 anon-EST:Liang-1.67 anon-WO02059370.57 clone 1.31 clone 1.67 scrtCG1130-RA (653): PFAM (zf-C2H2)5
CG1130-RA (653): Superfamily (0005069) (0000834)
DNA binding: maybe

(TF, short range)

GO:0003700 GO:0006357 GO:0045449

DBD
FBgn0004892sob / sister of odd and bowlCG3242 org1 sobCG3242-RA (578): PFAM (zf-C2H2)5
CG3242-RA (578): Superfamily (0004888) (0003882)
DNA binding: maybe

(TF, short range)

GO:0003702 GO:0006357 GO:0030528 GO:0045449

DBD
FBgn0004893bowl / brother of odd with entrails limited17-29-5 Bowl CG10021 Su(tor)2-1 bowl l(2)c org2CG10021-RA (744): PFAM (zf-C2H2)5
CG10021-RA (744): Superfamily (0000834) (0005933) (0003882)
CG10021-RD (744): PFAM (zf-C2H2)5
CG10021-RD (744): Superfamily (0000834) (0005933) (0003882)
CG10021-RC (744): PFAM (zf-C2H2)5
CG10021-RC (744): Superfamily (0000834) (0005933) (0003882)
CG10021-RB (744): PFAM (zf-C2H2)5
CG10021-RB (744): Superfamily (0000834) (0005933) (0003882)
DNA binding: maybe

(TF, short range)

GO:0003702 GO:0006357

DBD
FBgn0004895fd64A / forkhead domain 64ACG1132 Dmfd2 FD2 fd2 fd64ACG1132-RA (365): PFAM (Fork_head)
CG1132-RA (365): Superfamily (0006804)
DNA binding: maybe

(TF, short range)

GO:0003700 GO:0006355 GO:0006357

DBD
FBgn0004896fd59A / forkhead domain 59ACG3668 Dmfd3 FD3 fd3 fd59ACG3668-RA (456): PFAM (Fork_head)
CG3668-RA (456): Superfamily (0006804)
DNA binding: maybe

(TF, short range)

GO:0003700 GO:0006357 GO:0006357

DBD
FBgn0004897fd96Ca / forkhead domain 96CaCG11921 Dmfd4 FD4 fd4 fd96CaCG11921-RA (372): PFAM (Fork_head)
CG11921-RA (372): Superfamily (0006804)
DNA binding: maybe

(TF, short range)

GO:0003700 GO:0006357

DBD
FBgn0004898fd96Cb / forkhead domain 96CbCG11922 Dmfd5 FD5 fd5 fd96CbCG11922-RA (271): PFAM (Fork_head)
CG11922-RA (271): Superfamily (0006804)
DNA binding: maybe

(TF, short range)

GO:0003700 GO:0006357

DBD
FBgn0004914Hnf4 / Hepatocyte nuclear factor 4CG9310 DmHNF4 HNF-4 HNF-4(D) HNF4 Hnf-4h Hnf4 NR2A4 dHNF4CG9310-RB (732): PFAM (zf-C4) (Hormone_rec)
CG9310-RB (732): Superfamily (0005367)
CG9310-RA (704): PFAM (zf-C4) (Hormone_rec)
CG9310-RA (704): Superfamily (0005367)
CG9310-RC (666): PFAM (zf-C4) (Hormone_rec)
CG9310-RC (666): Superfamily (0005367)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003700 GO:0003700 GO:0006357

DBD
FBgn0005386ash1 / absent, small, or homeotic discs 1ASH1 Ash1 CG8887 ash ash-1 ash1 dash l(3)SG29aCG8887-RA (2217): PFAM (SET) (PHD) (BAH)
CG8887-RA (2217): Superfamily 
DNA binding: maybe

(TF, long range)

GO:0003677 GO:0006357 GO:0030528 GO:0048096

FBgn0005427ewg / erect wingCG3114 EC3 EG:BACR37P7.7 EWG NRF-1 ewg l(1)1Ag l(1)DA659 l(1)EC3 l(1)EC3f l(1)VA720 lEC3CG3114-RB (840): PFAM 
CG3114-RB (840): Superfamily 
CG3114-RE (699): PFAM 
CG3114-RE (699): Superfamily 
CG3114-RF (579): PFAM 
CG3114-RF (579): Superfamily 
CG3114-RA (733): PFAM 
CG3114-RA (733): Superfamily 
CG3114-RC (733): PFAM 
CG3114-RC (733): Superfamily 
CG3114-RG (545): PFAM 
CG3114-RG (545): Superfamily 
CG3114-RH (427): PFAM 
CG3114-RH (427): Superfamily 
CG3114-RD (581): PFAM 
CG3114-RD (581): Superfamily 
DNA binding: maybe

(TF, short range)

GO:0003677 GO:0003677 GO:0003704 GO:0003704

FBgn0005558ey / eyelessCG1464 DPax-6 EYEL Ey Ey/Pax6 Pax6 ey eye l(4)102CDh l(4)102CDr l(4)33 pax6CG1464-RC (857): PFAM (PAX) (Homeobox)
CG1464-RC (857): Superfamily (0004048) (0000647)
CG1464-RB (624): PFAM (Homeobox)
CG1464-RB (624): Superfamily (0000647)
CG1464-RD (898): PFAM (PAX) (Homeobox)
CG1464-RD (898): Superfamily (0004048) (0000647)
CG1464-RA (838): PFAM (PAX) (Homeobox)
CG1464-RA (838): Superfamily (0004048) (0000647)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003700 GO:0003700 GO:0005667 GO:0006355 GO:0006357

DBD FlyReg FlyMine
FBgn0005561sv / shavenCG11049 Cat D-Pax2 D-pax2 DPax-2 Dpax-2 Dpax2 PAX2 Pax2 Pax2/5/8 Pax258 d-Pax2 dPax2 dPax258 en(lz)4G/I l(4)40 pax2/sparkling pol shaven/sparkling spa spa-sv svCG11049-RC (647): PFAM (PAX)
CG11049-RC (647): Superfamily (0004048)
CG11049-RE (794): PFAM (PAX)
CG11049-RE (794): Superfamily (0004048)
CG11049-RA (844): PFAM (PAX)
CG11049-RA (844): Superfamily (0004048)
CG11049-RF (792): PFAM (PAX)
CG11049-RF (792): Superfamily (0004048)
CG11049-RG (628): PFAM (PAX)
CG11049-RG (628): Superfamily (0004048)
CG11049-RD (680): PFAM (PAX)
CG11049-RD (680): Superfamily (0004048)
CG11049-RH (842): PFAM (PAX)
CG11049-RH (842): Superfamily (0004048)
DNA binding: maybe

(TF, short range)

GO:0003700 GO:0003702 GO:0006357 GO:0045449

DBD
FBgn0005612Sox14 / Sox box protein 14CG17263 CG3090 DSox-14 DSox14 DSox60B Dsox-14 SOX14 SOX60B SOXC Sox14CG3090-RB (669): PFAM (HMG_box)
CG3090-RB (669): Superfamily (0005279)
CG3090-RA (669): PFAM (HMG_box)
CG3090-RA (669): Superfamily (0005279)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003700 GO:0006357 GO:0045449

FBgn0005613Sox15 / Sox box protein 15CG13945 CG8404 DSox-15 Dsox-15 SOX15 SOX50E SOXF Sox F Sox15 Sox50E SoxECG8404-RA (784): PFAM (HMG_box)
CG8404-RA (784): Superfamily (0001288)
DNA binding: maybe

(TF, short range)

GO:0003700 GO:0006357 GO:0045449

FBgn0005624Psc / Posterior sex combs49Ea CG3886 D-Bmi PSC Psc Su(z)2-C l(2)49Ea l(2)Psc l(2)vr14 psc vr14CG3886-RA (1601): PFAM (zf-C3HC4)
CG3886-RA (1601): Superfamily (0007174)
DNA binding: maybe

(TF, long range)

GO:0003677 GO:0006357 GO:0030528

FBgn0005630lola / longitudinals lackingBEST:LD03274 BTB-IV BcDNA:LD17006 BcDNA:RH31485 BtbIV CG12052 CG18376 CG18378 CG18379 CG18380 CG18381 CG30012 CG30013 CG30014 LD03274 NEST:bs06a08 bs06a08.y1 l(2)00642 l(2)s3697 lola sw59CG12052-RR (856): PFAM 
CG12052-RR (856): Superfamily (0001007)
CG12052-RI (970): PFAM (BTB) (zf-C2H2)2
CG12052-RI (970): Superfamily (0001007)
CG12052-RL (608): PFAM (BTB) (zf-C2H2)2
CG12052-RL (608): Superfamily (0001007)
CG12052-RG (891): PFAM (BTB) (zf-C2H2)2
CG12052-RG (891): Superfamily (0001007)
CG12052-RQ (603): PFAM (BTB) (zf-C2H2)
CG12052-RQ (603): Superfamily (0001007)
CG12052-RN (878): PFAM (BTB) (zf-C2H2)2
CG12052-RN (878): Superfamily (0001007)
CG12052-RH (518): PFAM (BTB)
CG12052-RH (518): Superfamily (0001007)
CG12052-RF (565): PFAM (BTB) (zf-C2H2)2
CG12052-RF (565): Superfamily (0001007)
CG12052-RS (720): PFAM (BTB)
CG12052-RS (720): Superfamily (0001007)
CG12052-RX (602): PFAM (BTB) (zf-C2H2)
CG12052-RX (602): Superfamily (0001007)
CG12052-RA (706): PFAM (BTB) (zf-C2H2)2
CG12052-RA (706): Superfamily (0001007)
CG12052-RU (575): PFAM (BTB) (zf-C2H2)
CG12052-RU (575): Superfamily (0001007)
CG12052-RO (668): PFAM (BTB)
CG12052-RO (668): Superfamily (0001007)
CG12052-RP (963): PFAM (BTB)
CG12052-RP (963): Superfamily (0001007)
CG12052-RD (748): PFAM (BTB) (zf-C2H2)2
CG12052-RD (748): Superfamily (0001007)
CG12052-RM (465): PFAM (BTB)
CG12052-RM (465): Superfamily (0001007)
CG12052-RV (549): PFAM (BTB)
CG12052-RV (549): Superfamily (0001007)
CG12052-RC (787): PFAM (BTB) (zf-C2H2)
CG12052-RC (787): Superfamily (0001007)
CG12052-RY (577): PFAM (BTB) (zf-C2H2)
CG12052-RY (577): Superfamily (0001007)
CG12052-RT (575): PFAM (BTB) (zf-C2H2)
CG12052-RT (575): Superfamily (0001007)
CG12052-RB (748): PFAM (BTB) (zf-C2H2)2
CG12052-RB (748): Superfamily (0001007)
CG12052-RK (546): PFAM (BTB) (zf-C2H2)2
CG12052-RK (546): Superfamily (0001007)
CG12052-RW (771): PFAM (BTB) (zf-C2H2)
CG12052-RW (771): Superfamily (0001007)
CG12052-RE (748): PFAM (BTB) (zf-C2H2)2
CG12052-RE (748): Superfamily (0001007)
CG12052-RJ (757): PFAM (BTB) (zf-C2H2)2
CG12052-RJ (757): Superfamily (0001007)
DNA binding: maybe

(TF, short range)

GO:0003702 GO:0003704 GO:0003704 GO:0006357

DBD
FBgn0005638slbo / slow border cellsC/EBP CG4354 DC/EBP DmC/EBP fs(2)7 fs(2)8 fs(2)ry7 fs(2)ry8 slbo sloboCG4354-RA (449): PFAM (bZIP_2)
CG4354-RA (449): Superfamily 
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003677 GO:0006355 GO:0030528

DBD FlyReg FlyMine
FBgn0005658Ets65A / Ets at 65ACG13294 CG6882 CG7018 D-Ets-3 D-ets-3 ETS3 Ets Ets3 Ets65A ets65ACG7018-RA (490): PFAM (Ets)
CG7018-RA (490): Superfamily (0006195)
CG7018-RB (257): PFAM (Ets)
CG7018-RB (257): Superfamily (0006195)
DNA binding: maybe

(TF, short range)

GO:0003677 GO:0003677 GO:0003700 GO:0003700 GO:0006355 GO:0006357

DBD
FBgn0005659Ets98B / Ets at 98BCG5583 D-Ets-4 D-ets-4 ETS4 Ets Ets4 Ets98B ets98BCG5583-RA (518): PFAM (SAM_PNT) (Ets)
CG5583-RA (518): Superfamily (0000959) (0006195)
DNA binding: maybe

(TF, short range)

GO:0003677 GO:0003700 GO:0006357

DBD
FBgn0005660Ets21C / Ets at 21CCG2914 D-Ets-6 D-ets-6 ETS6 Ets Ets21C Ets6 ets21C ets21cCG2914-RA (475): PFAM (Ets)
CG2914-RA (475): Superfamily (0000959) (0006195)
DNA binding: maybe

(TF, short range)

GO:0003677 GO:0003700 GO:0006357

DBD
FBgn0005677dac / dachshundBG:DS02780.3 CG4952 Dac Dm-DAC dac dach l(2)36Ae l(2)rK364 spnCG4952-RF (1072): PFAM (Ski_Sno)
CG4952-RF (1072): Superfamily (0007867)
CG4952-RC (1065): PFAM (Ski_Sno)
CG4952-RC (1065): Superfamily (0007867)
CG4952-RA (1072): PFAM (Ski_Sno)
CG4952-RA (1072): Superfamily (0007867)
CG4952-RB (1081): PFAM (Ski_Sno)
CG4952-RB (1081): Superfamily (0007867)
CG4952-RE (1081): PFAM (Ski_Sno)
CG4952-RE (1081): Superfamily (0007867)
CG4952-RD (1074): PFAM (Ski_Sno)
CG4952-RD (1074): Superfamily (0007867)
CG4952-RG (1063): PFAM (Ski_Sno)
CG4952-RG (1063): Superfamily (0007867)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003702 GO:0006350

FBgn0005694Aef1 / Adult enhancer factor 1AEF-1 Aef1 CG5683CG5683-RA (308): PFAM (zf-C2H2)4
CG5683-RA (308): Superfamily (0003882)2
CG5683-RB (308): PFAM (zf-C2H2)4
CG5683-RB (308): Superfamily (0003882)2
CG5683-RC (308): PFAM (zf-C2H2)4
CG5683-RC (308): Superfamily (0003882)2
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0000122 GO:0003700 GO:0003702 GO:0003702 GO:0016566

DBD FlyReg FlyMine
FBgn0005771noc / no ocelliBG:DS04641.1 CG4491 Sco br22 br29 l(2)35Ba l(2)35Ba/nocA l(2)br22 l(2)br29 l35Ba noc nocACG4491-RA (537): PFAM (zf-C2H2)
CG4491-RA (537): Superfamily 
DNA binding: maybe

(TF, short range)

GO:0003702 GO:0006357

DBD
FBgn0008636hbn / homeobrain57San CG10614 CG15647 CG15648 CG33152 hbnCG33152-RA (409): PFAM (Homeobox)
CG33152-RA (409): Superfamily (0000647)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003700 GO:0003700 GO:0006355 GO:0006357

DBD
FBgn0008646E5 / E5CG9930 E5CG9930-RA (524): PFAM (Homeobox)
CG9930-RA (524): Superfamily (0000647)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003700 GO:0006355 GO:0006355

DBD
FBgn0008649dei / delilahCG5441 Delilah dei delCG5441-RA (384): PFAM (HLH)
CG5441-RA (384): Superfamily (0003775)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003700 GO:0003704

DBD
FBgn0008651lbl / ladybird lateCG6570 Lb NK? NKch4 lb lbl nkch4CG6570-RA (372): PFAM (Homeobox)
CG6570-RA (372): Superfamily (0005281)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003677 GO:0003700 GO:0003704 GO:0006355 GO:0045449

DBD
FBgn0008654Su(z)2 / Suppressor of zeste 2Arp CG3905 SUZ2 Su(z)2 Su(z)2 l(2)k06344 su(z)2CG3905-RA (1368): PFAM (zf-C3HC4)
CG3905-RA (1368): Superfamily (0007174)
DNA binding: maybe

(TF, long range)

GO:0003677 GO:0006357 GO:0030528

FBgn0010109dpn / deadpan44C CG3161 CG8704 Dpn anon-EST:fe1B12 dpnCG3161-RC (159): PFAM (ATP-synt_C)2
CG3161-RC (159): Superfamily (0001186)
CG3161-RD (159): PFAM (ATP-synt_C)2
CG3161-RD (159): Superfamily (0001186)
CG3161-RA (159): PFAM (ATP-synt_C)2
CG3161-RA (159): Superfamily (0001186)
CG8704-RA (435): PFAM (HLH) (Hairy_orang)
CG8704-RA (435): Superfamily (0003356)
CG3161-RB (159): PFAM (ATP-synt_C)2
CG3161-RB (159): Superfamily (0001186)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0000122 GO:0003677 GO:0003702 GO:0003704 GO:0006357 GO:0016481 GO:0016564

DBD FlyReg FlyMine
FBgn0010228HmgZ / HMG protein ZBcDNA:RE28596 CG17921 HMG-Z HmgZ anon-EST:Liang-1.58 clone 1.58 dHMG-Z hmg-ZCG17921-RA (111): PFAM (HMG_box)
CG17921-RA (111): Superfamily (0005279)
CG17921-RB (111): PFAM (HMG_box)
CG17921-RB (111): Superfamily (0005279)
DNA binding: YES

(TF, long range)

GO:0003677 GO:0006357 GO:0030528

FBgn0010229Hr39 / Hormone receptor-like in 39&bgr;FTZ-F1 CG8676 DHR30 DHR39 DHR39/Ftz-F1&bgr; EP(2)2490 FTZ-F1 FTZ-F1&bgr; FTZ-F1B Hr39 NR5B1 dFTZ-F1&bgr; ftz-F1 ftz-F1&bgr; ftz-f1&bgr; i70CG8676-RB (808): PFAM (zf-C4) (Hormone_rec)
CG8676-RB (808): Superfamily (0005367)2
CG8676-RA (808): PFAM (zf-C4) (Hormone_rec)
CG8676-RA (808): Superfamily (0005367)2
CG8676-RD (808): PFAM (zf-C4) (Hormone_rec)
CG8676-RD (808): Superfamily (0005367)2
CG8676-RC (701): PFAM (zf-C4) (Hormone_rec)
CG8676-RC (701): Superfamily (0005367)2
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003677 GO:0003700 GO:0003712 GO:0006355 GO:0006357

DBD FlyReg FlyMine
FBgn0010287Trf / TBP-related factorCG7562 TRF TRF1 Trf Trf1 X70838 dTRF1 trfCG7562-RA (224): PFAM (TBP)2
CG7562-RA (224): Superfamily (0004383) (0000311)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003677 GO:0003677 GO:0003677 GO:0003702 GO:0003704 GO:0003709 GO:0003709 GO:0005667 GO:0005669 GO:0005669 GO:0005669 GO:0006357 GO:0006359 GO:0006359 GO:0006367 GO:0006367 GO:0006367 GO:0006384 GO:0008134 GO:0008134 GO:0016251 GO:0016251 GO:0045944

FlyReg FlyMine
FBgn0010313corto / corto7128 CG2530 CP-1 Ccf anon-WO02059370.59 ccf corto l(3)07128 l(3)neo31 l(3)neo32CG2530-RA (550): PFAM 
CG2530-RA (550): Superfamily 
DNA binding: maybe

(TF, long range)

GO:0003702

FBgn0010323Gsc / Goosecoid60Mun1 60Mun2 CG2851 D-Gsc D-gsc Gsc M72 PPH25 Pph25 gsc l(2)05341CG2851-RA (419): PFAM (Homeobox)
CG2851-RA (419): Superfamily (0000647)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003677 GO:0003700 GO:0003700 GO:0006355 GO:0006357 GO:0016481 GO:0016564

DBD
FBgn0010433ato / atonalATO CG7508 ato ato1CG7508-RA (312): PFAM (HLH)
CG7508-RA (312): Superfamily (0000366)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003677 GO:0003700 GO:0003700 GO:0006355

DBD
FBgn0010460bun / bunched1550 CG5461 EP(2)0488 TSC-22 Tsc22 bun l(2)00255 l(2)02687 l(2)05479 l(2)06475 l(2)k02903 l(2)rI043 shsCG5461-RC (189): PFAM (TSC22)
CG5461-RC (189): Superfamily 
CG5461-RB (219): PFAM (TSC22)
CG5461-RB (219): Superfamily 
CG5461-RA (1206): PFAM (TSC22)
CG5461-RA (1206): Superfamily 
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003700 GO:0003702 GO:0003702 GO:0006357

FBgn0010575sbb / scribblerBks CG5580 GM04742 Group IIa Scrib bks disc6 l(2)04440 mtv sbbCG5580-RB (939): PFAM 
CG5580-RB (939): Superfamily 
CG5580-RA (2280): PFAM 
CG5580-RA (2280): Superfamily 
CG5580-RC (929): PFAM 
CG5580-RC (929): Superfamily 
DNA binding: maybe

(TF, short range)

GO:0000122 GO:0003700

FBgn0010768sqz / squeezeCG5557 anon-WO0118547.697 l(3)02102 sqzCG5557-RA (535): PFAM (zf-C2H2)5
CG5557-RA (535): Superfamily (0003882) (0005933) (0003882)
DNA binding: maybe

(TF, short range)

GO:0003700 GO:0006357 GO:0045449

DBD
FBgn0010825Gug / GrungeAtro CG6964 Gug atro gug l(3)01323 l(3)03928 l(3)j5A3 l(3)rO116CG6964-RC (1988): PFAM (ELM2)
CG6964-RC (1988): Superfamily 
CG6964-RD (1985): PFAM (ELM2)
CG6964-RD (1985): Superfamily 
CG6964-RB (1985): PFAM (ELM2)
CG6964-RB (1985): Superfamily 
CG6964-RA (1966): PFAM (ELM2)
CG6964-RA (1966): Superfamily 
DNA binding: maybe

(TF, short range)

GO:0003677 GO:0003714 GO:0003714 GO:0016481

FBgn0011236ken / ken and barbie2970 3907 5029 8253 CG5575 P420 ken l(2)00628 l(2)02970 l(2)05029 ok okinaCG5575-RA (601): PFAM (BTB) (zf-C2H2)
CG5575-RA (601): Superfamily (0001007) (0005594)
DNA binding: maybe

(TF, short range)

GO:0003700

DBD
FBgn0011271Bbbf1 / Box B-binding factor 1BBF-1 Bbbf1DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003702 GO:0003702 GO:0006366

FBgn0011274Dif / Dorsal-related immunity factorCG6794 DIF Dif difCG6794-RB (667): PFAM (RHD) (TIG)
CG6794-RB (667): Superfamily (0000084) (0007709)
CG6794-RA (667): PFAM (RHD) (TIG)
CG6794-RA (667): Superfamily (0000084) (0007709)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003677 GO:0003700 GO:0003700 GO:0006357

DBD
FBgn0011276HLH3B / Helix loop helix protein 3BCG2655 DroSCL EG:155E2.2 HLH3B HLH3bCG2655-RA (376): PFAM (HLH)
CG2655-RA (376): Superfamily (0003356)
DNA binding: maybe

(TF, short range)

GO:0003700 GO:0006357

DBD
FBgn0011277HLH4C / Helix loop helix protein 4CCG3052 DroNHLH EG:84H4.2 HLH4CCG3052-RA (167): PFAM (HLH)
CG3052-RA (167): Superfamily (0003356)
DNA binding: maybe

(TF, short range)

GO:0003700 GO:0045449

DBD
FBgn0011278lbe / ladybird earlyCG6545 Hox11-D125 Lb Lbe NK? lb lbeCG6545-RA (479): PFAM (Homeobox)
CG6545-RA (479): Superfamily (0005281)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003700 GO:0003700 GO:0006355 GO:0006355

DBD
FBgn0011648Mad / Mothers against dpp2/23 CG12399 E(zen)2 En(vvl) MAD Mad apg l(2)K00237 l(2)k00237 mad pMADCG12399-RA (455): PFAM (MH1) (MH2)
CG12399-RA (455): Superfamily (0003795) (0001682)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003677 GO:0003702 GO:0003702 GO:0003702 GO:0003702 GO:0003702 GO:0006357 GO:0006357

DBD FlyReg FlyMine
FBgn0011655Med / MedeaCG1775 E(zen)3 Med anon-EST:Posey121 dSmad4 l(3)11m-254 l(3)12m-137 l(3)SG36 l(3)SG70 l(3)XIIm137 med medeaCG1775-RB (697): PFAM (MH1) (MH2)
CG1775-RB (697): Superfamily (0003795) (0001682)
CG1775-RA (771): PFAM (MH1) (MH2)
CG1775-RA (771): Superfamily (0003795) (0001682)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003677 GO:0003702 GO:0006355 GO:0006357

DBD FlyReg FlyMine
FBgn0011656Mef2 / Myocyte enhancing factor 222.21 BEST:SD04091 C CG1429 D-MEF2 D-Mef2 D-mef2 DMEF-2 DMEF2 DMedf2 DMef-2 DMef2 Dmef Dmef-2 Dmef2 MEF-2 MEF2 MEF2# Mef Mef2 SD04091 dMEF2 dMef2 dmef2 l(2)46CFr mef mef-2 mef2CG1429-RB (509): PFAM (SRF-TF)
CG1429-RB (509): Superfamily (0004693)
CG1429-RE (193): PFAM (SRF-TF)
CG1429-RE (193): Superfamily (0004693)
CG1429-RC (515): PFAM (SRF-TF)
CG1429-RC (515): Superfamily (0004693)
CG1429-RD (540): PFAM (SRF-TF)
CG1429-RD (540): Superfamily (0004693)
CG1429-RA (516): PFAM (SRF-TF)
CG1429-RA (516): Superfamily (0004693)
CG1429-RF (501): PFAM (SRF-TF)
CG1429-RF (501): Superfamily (0004693)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003700 GO:0003702 GO:0006355 GO:0006357 GO:0006366

DBD DBSD
FBgn0011701repo / reversed polarity3702 AbRK2 CG31240 CG8045(CT24072) CT24072 REPO RK2 l(3)03702 repo rk2CG31240-RA (612): PFAM (Homeobox)
CG31240-RA (612): Superfamily (0005281)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003677 GO:0003700 GO:0003702 GO:0006357

DBD
FBgn0011723byn / brachyenteronByn CG7260 D-TRA D-Trg DTrg Dm-BYN Tra Trg apro byn byn/apro dm-Trg trgCG7260-RA (747): PFAM (T-box)
CG7260-RA (747): Superfamily (0004955)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003677 GO:0003700 GO:0006355 GO:0006357

DBD FlyReg FlyMine
FBgn0011758B-H1 / BarH1B-H1 Bar Bar H1 Bar-H1 BarHI CG5529 barH1 barh1CG5529-RA (544): PFAM (Homeobox)
CG5529-RA (544): Superfamily (0005281)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003677 GO:0003700 GO:0003704 GO:0006355

DBD
FBgn0011763Dp / DP transcription factor49Fk CG4654 DP DP1 DmDP Dp dDP dDP1 dDp l(2)49Fk l(2)vr10 vr10CG4654-RB (441): PFAM (E2F_TDP)
CG4654-RB (441): Superfamily (0001270)
CG4654-RA (445): PFAM (E2F_TDP)
CG4654-RA (445): Superfamily (0001270)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003677 GO:0003700 GO:0003702 GO:0003704 GO:0005667 GO:0006357

DBD
FBgn0011764Dsp1 / Dorsal switch protein 1CG12223 DSP1 Dsp1 Hmg14D Ssrp2 dsp1 ssrp2CG12223-RA (385): PFAM (HMG_box)2
CG12223-RA (385): Superfamily (0001288)2
CG12223-RD (386): PFAM (HMG_box)2
CG12223-RD (386): Superfamily (0001288)2
CG12223-RB (385): PFAM (HMG_box)2
CG12223-RB (385): Superfamily (0001288)2
CG12223-RC (385): PFAM (HMG_box)2
CG12223-RC (385): Superfamily (0001288)2
CG12223-RE (393): PFAM (HMG_box)2
CG12223-RE (393): Superfamily (0001288)2
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003697 GO:0003697 GO:0003714 GO:0003714 GO:0006357

FBgn0011766E2f / E2F transcription factorCG6376 DRTF1/E2F DmE2F-1 E(Sev-CycE)3A E(var)3-93E E(var)3-95E E(var)93E E2F E2F-1 E2F1 E2f E2f1 Evar(3)164 dE2F dE2F1 dE2f dE2f1 de2f1 def21 drosE2F1 e2f e2f1 l(3)07172 l(3)j3B1 l(3)j3C2 l(3)rM729CG6376-RB (805): PFAM (E2F_TDP)
CG6376-RB (805): Superfamily (0001269)
CG6376-RC (805): PFAM (E2F_TDP)
CG6376-RC (805): Superfamily (0001269)
CG6376-RA (805): PFAM (E2F_TDP)
CG6376-RA (805): Superfamily (0001269)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0000083 GO:0003677 GO:0003700 GO:0003702 GO:0003702 GO:0003702 GO:0003702 GO:0005667 GO:0006357 GO:0016563 GO:0045941

DBD
FBgn0011774Irbp / Inverted repeat-binding proteinCG5247 DmKu70 IRBP IRBP/Ku70 Irbp Ku Ku70 YPF1 YPF1&bgr; Ypf1b dp70 p70CG5247-RA (631): PFAM (Ku_N) (Ku) (Ku_C)
CG5247-RA (631): Superfamily (0007096)
DNA binding: YES

(TF, short range)

GO:0003677 GO:0003677 GO:0003677 GO:0003677

FBgn0012049BtbVII / BTB-protein-VIIBTB-VII BtbVII CG11494CG11494-RB (743): PFAM (BTB) (HTH_psq)
CG11494-RB (743): Superfamily (0001007)
CG11494-RA (743): PFAM (BTB) (HTH_psq)
CG11494-RA (743): Superfamily (0001007)
DNA binding: maybe

(TF, short range)

GO:0003677 GO:0006357 GO:0030528

DBD
FBgn0013263Trl / Trithorax-likeAdf-2 Adf-2-519 Adf2 CG13470 CG33261 CG9343 E(var)3-trl E(var)62 GAF GAGA Gaf Gaga NC70F Nc70F TfGAGA/Adf-2 Trl Trl-GAGA anon-EST:fe2E12 l(3)s2325 trlCG33261-RF (582): PFAM (BTB)
CG33261-RF (582): Superfamily (0001007) (0005027)
CG33261-RE (519): PFAM (BTB)
CG33261-RE (519): Superfamily (0001007) (0005027)
CG33261-RA (582): PFAM (BTB)
CG33261-RA (582): Superfamily (0001007) (0005027)
CG33261-RD (519): PFAM (BTB)
CG33261-RD (519): Superfamily (0001007) (0005027)
CG33261-RB (519): PFAM (BTB)
CG33261-RB (519): Superfamily (0001007) (0005027)
CG33261-RC (519): PFAM (BTB)
CG33261-RC (519): Superfamily (0001007) (0005027)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF) (TF, long

GO:0003677 GO:0003702 GO:0003704 GO:0003704 GO:0006357 GO:0045449 GO:0045893

DBD FlyReg FlyMine
FBgn0013469klu / klumpfussCG12296 P09036 klu l(3)09036 l(3)10052CG12296-RA (803): PFAM (zf-C2H2)4
CG12296-RA (803): Superfamily (0005623) (0003882)
DNA binding: maybe

(TF, short range)

GO:0006357 GO:0030528

DBD
FBgn0013591Mi-2 / 0006/06 0854/01 CG8103 Dm-Mi-2 MI2 Mi 2 Mi-2 Mi2 Pha dMI-2 dMi dMi-2 hip76 l(3)01058 l(3)A154.3M3 l(3)S000606 l(3)S085401 l(3)j3D4 phaCG8103-RB (1983): PFAM (PHD)2 (Chromo) (SNF2_N) (Helicase_C) (DUF1087) (DUF1086)
CG8103-RB (1983): Superfamily (0000057) (0007069) (0000403) (0006090) (0007069) (0000057) (0007069) (0000057)
CG8103-RA (1982): PFAM (PHD)2 (Chromo) (SNF2_N) (Helicase_C) (DUF1087) (DUF1086)
CG8103-RA (1982): Superfamily (0000057) (0007069) (0000403) (0006090) (0007069) (0000057) (0007069) (0000057)
DNA binding: YES

(TF, long range)

GO:0003677 GO:0006357 GO:0016564

FBgn0013751Awh / ArrowheadAwh CG1072 l(3)63Ea l(3)63Ea/Awh l(3)64Ea l(3)SH9 l63EaCG1072-RB (275): PFAM (LIM)2 (Homeobox)
CG1072-RB (275): Superfamily (0000681) (0000647)
CG1072-RA (214): PFAM (LIM)2 (Homeobox)
CG1072-RA (214): Superfamily (0000681) (0000647)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003700 GO:0003700 GO:0006355 GO:0006355 GO:0006357

DBD
FBgn0013753Bgb / Big brotherBgb CG7959 bgb en(lz)D/9 rp&bgr;2CG7959-RA (213): PFAM (CBF_beta)
CG7959-RA (213): Superfamily (0001357)
DNA binding: maybe

(TF, short range)

GO:0003713 GO:0003713 GO:0003713 GO:0003713 GO:0006357 GO:0008134 GO:0045944

FBgn0013755Bro / BrotherBro CG7960 bro rp&bgr;1CG7960-RA (213): PFAM (CBF_beta)
CG7960-RA (213): Superfamily (0001357)
DNA binding: maybe

(TF, short range)

GO:0003713 GO:0003713 GO:0006357 GO:0008134 GO:0045944

FBgn0013799Deaf1 / Deformed epidermal autoregulatory factor-1CG8567 DEAF-1 Deaf-1 Deaf1CG8567-RA (576): PFAM (SAND) (zf-MYND)
CG8567-RA (576): Superfamily (0006153)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003677 GO:0003702 GO:0003702 GO:0030528

DBD FlyReg FlyMine
FBgn0013910Dtf-1 / Dtf-1DTF-1 Dtf-1DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003702

DBSD
FBgn0013948Eip93F / CG18389 E93 Eip93F anon-WO02059370.58CG18389-RA (1165): PFAM (HTH_psq)
CG18389-RA (1165): Superfamily 
DNA binding: maybe

(TF, short range)

GO:0003677 GO:0003700 GO:0045449 GO:0045893

DBD
FBgn0013970Gebf-I / glue enhancer binding factor-IGEBF-I Gebf-IDNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003677 GO:0003702

DBSD
FBgn0014018Rel / RelishCG11992 Rel ird ird4 l(3)neo36 relCG11992-RD (859): PFAM (RHD) (TIG) (Ank)3
CG11992-RD (859): Superfamily (0003530) (0003904) (0007709) (0003530)
CG11992-RA (971): PFAM (RHD) (TIG) (Ank)3
CG11992-RA (971): Superfamily (0003904) (0007709) (0003530)
CG11992-RB (971): PFAM (RHD) (TIG) (Ank)3
CG11992-RB (971): Superfamily (0003904) (0007709) (0003530)
CG11992-RC (971): PFAM (RHD) (TIG) (Ank)3
CG11992-RC (971): Superfamily (0003904) (0007709) (0003530)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003700 GO:0003700 GO:0003704 GO:0006357 GO:0030528 GO:0045449 GO:0045944

DBD
FBgn0014143croc / crocodileCG5069 Dmfd1 FD1 croc fd1 fd78ECG5069-RA (508): PFAM (Fork_head)
CG5069-RA (508): Superfamily (0006804)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003677 GO:0003677 GO:0003700 GO:0003702 GO:0003702 GO:0006357

DBD
FBgn0014179gcm / glial cells missingCG12245 GCM Gcm N7-4 gcm glide glide/gcm l(2)N7-4 uccCG12245-RA (504): PFAM (GCM)
CG12245-RA (504): Superfamily 
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003677 GO:0003677 GO:0003700 GO:0006355 GO:0045449

DBD DBSD
FBgn0014343mirr / mirrorCG10601 DH1 De1 De3 IRO-C Iro Iro-C Mrr Sai cre crep iro iro-C l(3)69Ca l(3)69Da l(3)6D1 l(3)A5-3-42 mir mirr mrrCG10601-RA (641): PFAM (Homeobox)
CG10601-RA (641): Superfamily (0003830)
CG10601-RB (641): PFAM (Homeobox)
CG10601-RB (641): Superfamily (0003830)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003700 GO:0003700 GO:0006355 GO:0006357 GO:0016563 GO:0045941

DBD
FBgn0014467CrebB-17A / Cyclic-AMP response element binding protein B at 17ACG6103 CREB CREB-B CREB-b CREB2 CREB2a CREB2b Creb Creb2b CrebB-17A CrebB17-A S162 dCREB dCREB-2 dCREB-2a dCREB-B dCREB2 dCREB2-a dCREB2-b dCREB2a dCREB2b dCbz l(1)17AfCG6103-RF (285): PFAM (pKID) (bZIP_1)
CG6103-RF (285): Superfamily 
CG6103-RD (331): PFAM (pKID) (bZIP_1)
CG6103-RD (331): Superfamily 
CG6103-RG (281): PFAM (pKID) (bZIP_1)
CG6103-RG (281): Superfamily 
CG6103-RE (359): PFAM (pKID) (bZIP_1)
CG6103-RE (359): Superfamily 
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003677 GO:0003677 GO:0003700 GO:0003702 GO:0003702 GO:0006355

DBD
FBgn0014858Hmx / H6-like-homeoboxCG5832 HmxCG5832-RA (263): PFAM (Homeobox)
CG5832-RA (263): Superfamily (0000647)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003700 GO:0006357

DBD
FBgn0014859Hr38 / Hormone receptor-like in 3838E.3 38E.7 CG1864 DHR38 Dhr38 HR38 Hr38 NR4A4 l(2)02306CG1864-RC (556): PFAM (zf-C4) (Hormone_rec)
CG1864-RC (556): Superfamily (0005367)
CG1864-RB (1078): PFAM (zf-C4) (Hormone_rec)
CG1864-RB (1078): Superfamily (0005367)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003677 GO:0003700 GO:0006357 GO:0030528

DBD
FBgn0014931CG2678 / CG2678B CG2678 anon-84EbCG2678-RA (434): PFAM (zf-AD) (zf-C2H2)6
CG2678-RA (434): Superfamily (0003882)
DNA binding: maybe

(TF, short range)

GO:0003700 GO:0006355

DBD
FBgn0014949btn / buttonless1261/13 CG5264 btn btn/MEOXCG5264-RA (158): PFAM (Homeobox)
CG5264-RA (158): Superfamily (0005281)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003677 GO:0003677 GO:0003700 GO:0003700 GO:0006355 GO:0006357

DBD
FBgn0015014tgo / tangoARNT Arnt CG11987 DARNT HIF-1&bgr; HIF1b Hif1 TGO Tango arnt dARNT darnt prd7 tgoCG11987-RA (642): PFAM (HLH) (PAS)
CG11987-RA (642): Superfamily (0003356) (0001082)2
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003677 GO:0003700 GO:0003702 GO:0003702 GO:0003702 GO:0003702 GO:0006357 GO:0045449

DBD
FBgn0015025CkII&agr;-i1 / CKII-&agr; subunit interactor-1CG6215 CKIIalpha-I1 CkII&agr;-i1 CkIIalpha-i1CG6215-RA (410): PFAM (zf-C2H2)2
CG6215-RA (410): Superfamily 
DNA binding: maybe

(TF, short range)

DBD
FBgn0015232GpHLH / Glial precursor HLH proteinGPHLH GpHLHDNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003700

FBgn0015234HLH106 / Helix loop helix protein 106CG8522 HLH106 SREBP Srebp dSREBPCG8522-RA (1113): PFAM (HLH)
CG8522-RA (1113): Superfamily (0000355)
CG8522-RC (1113): PFAM (HLH)
CG8522-RC (1113): Superfamily (0000355)
CG8522-RB (1113): PFAM (HLH)
CG8522-RB (1113): Superfamily (0000355)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003700 GO:0003700 GO:0006366 GO:0045941

DBD
FBgn0015239Hr78 / Hormone-receptor-like in 78CG7199 DHR78 Dhr78 HR78 Hr78 Hr78D NR2D1 XR78E/FCG7199-RC (601): PFAM (zf-C4) (Hormone_rec)
CG7199-RC (601): Superfamily (0005367)3
CG7199-RB (601): PFAM (zf-C4) (Hormone_rec)
CG7199-RB (601): Superfamily (0005367)3
CG7199-RA (599): PFAM (zf-C4) (Hormone_rec)
CG7199-RA (599): Superfamily (0005367)3
CG7199-RD (601): PFAM (zf-C4) (Hormone_rec)
CG7199-RD (601): Superfamily (0005367)3
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003677 GO:0003677 GO:0003700 GO:0006357

DBD
FBgn0015240Hr96 / Hormone receptor-like in 96CG11783 DHR96 Dhr96 Hr96 NR1J1CG11783-RA (723): PFAM (zf-C4) (Hormone_rec)
CG11783-RA (723): Superfamily (0005367)2
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003677 GO:0003700 GO:0006357

DBD
FBgn0015299Ssb-c31a / Single stranded-binding protein c31AC31A CG8396 Ssb-c31a p11CG8396-RA (110): PFAM (PC4)
CG8396-RA (110): Superfamily (0004036)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003697 GO:0003697 GO:0003713 GO:0005667 GO:0006357

FBgn0015371chn / charlatanCG11798 EPIL#6 EPIL6 anon-EST:Liang-1.13 chn clone 1.13 l(2)02064 l(2)k04218 tacoCG11798-RA (1108): PFAM (zf-C2H2)2
CG11798-RA (1108): Superfamily 
CG11798-RB (1108): PFAM (zf-C2H2)2
CG11798-RB (1108): Superfamily 
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0000122 GO:0003700 GO:0003700 GO:0003705 GO:0045944

DBD
FBgn0015381dsf / dissatisfactionCG9019 DSF dsfCG9019-RA (691): PFAM (zf-C4) (Hormone_rec)
CG9019-RA (691): Superfamily (0005367)2
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003700 GO:0006357

DBD
FBgn0015396jumu / jumeau5295 CG4029 Dmjumu Dom Dwhn E(var)631 Scim31 Whn jumu jumu/Dom l(3)06142 l(3)06439CG4029-RA (719): PFAM (Fork_head)
CG4029-RA (719): Superfamily (0006804)
DNA binding: maybe

(TF, short range)

GO:0003700 GO:0003700 GO:0003700 GO:0003700 GO:0006350 GO:0006355 GO:0006366

DBD
FBgn0015524otp / orthopediaBcDNA:RE58095 CG10036 CG2965 Otp W26 bk24 otp w26CG10036-RB (293): PFAM (Homeobox)
CG10036-RB (293): Superfamily (0000647)
CG10036-RA (264): PFAM (Homeobox)
CG10036-RA (264): Superfamily (0000647)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003677 GO:0003700 GO:0003704 GO:0006357 GO:0045449

DBD
FBgn0015542sima / similarCG7951 DMU43090 Hif-1A SIMA Sima l(3)j11B7 simaCG7951-RA (1507): PFAM (PAS) (PAC)
CG7951-RA (1507): Superfamily (0000355) (0002500) (0001082)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003700 GO:0003702 GO:0006355 GO:0006357 GO:0016563

DBD
FBgn0015550tap / target of PoxnCG7659 bps l(3)01658 tapCG7659-RA (398): PFAM (HLH)
CG7659-RA (398): Superfamily (0000366)
DNA binding: maybe

(TF, short range)

GO:0003704 GO:0006357

DBD
FBgn0015561unpg / unpluggedCG1650 Gbx anon-45C unp unpg upgCG1650-RA (485): PFAM (Homeobox)
CG1650-RA (485): Superfamily (0005281)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003677 GO:0003700 GO:0003702 GO:0006357

DBD
FBgn0015602BEAF-32 / Boundary element-associated factor of 32kDBEAF BEAF-32 BEAF-32A BEAF-32B BEAF32 BEAF32A BEAF32B Beaf-32 CG10159 bs04c01.y1CG10159-RA (283): PFAM (zf-BED) (BESS)
CG10159-RA (283): Superfamily 
CG10159-RB (282): PFAM (zf-BED) (BESS)
CG10159-RB (282): Superfamily 
DNA binding: YES

(TF, long range)

GO:0003677 GO:0006357

DBD FlyReg FlyMine
FBgn0015624nej / nejireCBP CBP/p300 CG15319 Cbp Crbp anon-WO0147981.11 anon-WO03040301.89 cbp dCBP dmCBP nej p300/CBPCG15319-RB (3276): PFAM (zf-TAZ) (KIX) (Bromodomain) (DUF902) (DUF906) (zf-TAZ)
CG15319-RB (3276): Superfamily (0007371) (0002666)
DNA binding: YES

(TF, long range)

GO:0003713 GO:0003713 GO:0006357

DBD
FBgn0015664Dref / DNA replication-related element factorCG5838 DREF DmDREF Dref dDREF p80 p80/DREFCG5838-RA (709): PFAM (zf-BED)
CG5838-RA (709): Superfamily 
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003700 GO:0005667 GO:0006355 GO:0006357

DBD FlyReg FlyMine
FBgn0015721king-tubby / king tubby87D3S CG9398 D-tulp Dtulp ESTS:87D3S TULP Tulp king-tubbyCG9398-RB (460): PFAM (Tub)
CG9398-RB (460): Superfamily (0001185)
CG9398-RA (443): PFAM (Tub)
CG9398-RA (443): Superfamily (0001185)
DNA binding: maybe

(TF, short range)

DBD
FBgn0015799Rbf / Retinoblastoma-family proteinCG7413 EG:34F3.3 FBF RBF RBF1 Rb Rb1 RbF Rbf Rbf1 dRBF rb rbf rbf1CG7413-RA (845): PFAM (RB_A) (RB_B)
CG7413-RA (845): Superfamily (0003275) (0003276)
DNA binding: maybe

(TF, long range)

GO:0000122 GO:0000122 GO:0000122 GO:0000122 GO:0003677 GO:0006357 GO:0008134 GO:0030528 GO:0051101

FBgn0015903apt / apontic3041 CG5393 TDF TDF/APT apt l(2)03041 l(2)06369 l(2)09049 l(2)59Ea l(2)k11531 tdfCG5393-RD (483): PFAM 
CG5393-RD (483): Superfamily 
CG5393-RC (483): PFAM 
CG5393-RC (483): Superfamily 
CG5393-RA (483): PFAM 
CG5393-RA (483): Superfamily 
CG5393-RE (469): PFAM 
CG5393-RE (469): Superfamily 
CG5393-RB (489): PFAM 
CG5393-RB (489): Superfamily 
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003677 GO:0003702 GO:0006357

FBgn0015904ara / araucanCG10571 IRO-C Iro Iro-C ara iro iro-CCG10571-RA (717): PFAM (Homeobox)
CG10571-RA (717): Superfamily (0003830)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003677 GO:0003677 GO:0003700 GO:0003700 GO:0003704 GO:0006352 GO:0006355 GO:0006357 GO:0030528 GO:0045893

DBD FlyReg FlyMine
FBgn0015919caup / caupolicanCG10605 IRO-C Iro Iro-C caup iro iro-CCG10605-RA (693): PFAM (Homeobox)
CG10605-RA (693): Superfamily (0003830)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003677 GO:0003700 GO:0003704 GO:0006357 GO:0030528

DBD
FBgn0016076vri / vrilleCG14029 argo jf23 l(2)25Db l(2)jf23 mat(2)ea-G mat(2)earlyRS32 vriCG14029-RC (610): PFAM (bZIP_2)
CG14029-RC (610): Superfamily 
CG14029-RA (729): PFAM (bZIP_2)
CG14029-RA (729): Superfamily 
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003677 GO:0003702 GO:0006351 GO:0006355 GO:0030528

DBD
FBgn0016660H15 / H15CG6604 Dm-H15 H15 dm-H15 nmr nmr1CG6604-RA (660): PFAM (T-box)
CG6604-RA (660): Superfamily (0004955)
DNA binding: maybe

(TF, short range)

GO:0003700 GO:0006357

DBD
FBgn0016694Pdp1 / PAR-domain protein 1CG17888 PDP1 Pdp1 Pdp1&egr; anon-WO0140519.206 pdp1CG17888-RC (570): PFAM (bZIP_2)
CG17888-RC (570): Superfamily 
CG17888-RD (647): PFAM (bZIP_2)
CG17888-RD (647): Superfamily 
CG17888-RB (270): PFAM (bZIP_2)
CG17888-RB (270): Superfamily 
CG17888-RE (284): PFAM (bZIP_2)
CG17888-RE (284): Superfamily 
CG17888-RA (270): PFAM (bZIP_2)
CG17888-RA (270): Superfamily 
CG17888-RH (353): PFAM (bZIP_2)
CG17888-RH (353): Superfamily 
CG17888-RF (250): PFAM (bZIP_2)
CG17888-RF (250): Superfamily 
CG17888-RG (284): PFAM (bZIP_2)
CG17888-RG (284): Superfamily 
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003677 GO:0003700 GO:0006350 GO:0006357

DBD
FBgn0016917Stat92E / Signal-transducer and activator of transcription protein at 92ECG4257 D-STAT D-Stat D-stat D-stat/stat92E DRODSRC DSRC DSTAT DmSTAT Dstat Dstat 92E Dstat92E SD-stat STAT STAT 92E STAT92E Stat Stat1&agr;-like Stat92E Stat92E/marelle d-STAT dSTAT dSTAT92E/marelle l(3)06346 l(3)j6C8 mrL mrl mrl stat92E stat stat92ECG4257-RB (628): PFAM (STAT_alpha) (STAT_bind)
CG4257-RB (628): Superfamily (0000802) (0000803) (0000790)
CG4257-RG (635): PFAM (STAT_alpha) (STAT_bind)
CG4257-RG (635): Superfamily (0000802) (0000803) (0000790)
CG4257-RF (761): PFAM (STAT_int) (STAT_alpha) (STAT_bind)
CG4257-RF (761): Superfamily (0000802) (0000803) (0000790)
CG4257-RE (754): PFAM (STAT_int) (STAT_alpha) (STAT_bind)
CG4257-RE (754): Superfamily (0000802) (0000803) (0000790)
CG4257-RC (754): PFAM (STAT_int) (STAT_alpha) (STAT_bind)
CG4257-RC (754): Superfamily (0000802) (0000803) (0000790)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003677 GO:0003677 GO:0003700 GO:0003702 GO:0003702 GO:0006357 GO:0045449

DBD DBSD
FBgn0017578Max / CG9648 Max dMax dmax maxCG9648-RA (161): PFAM (HLH)
CG9648-RA (161): Superfamily (0000366)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003700 GO:0003700 GO:0006355 GO:0006357 GO:0045449

DBD
FBgn0019650toy / twin of eyelessCG11186 l(4)102CDg l(4)8 toyCG11186-RA (543): PFAM (PAX) (Homeobox)
CG11186-RA (543): Superfamily (0004048) (0000647)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003677 GO:0003700 GO:0003704 GO:0006357 GO:0045449

DBD FlyReg FlyMine
FBgn0019664pan / pangolinCG17964 DTCF DTcf IA5 LEF-1 LEF/TCF LEF/TCF-1 Pan TCF TCF/LEF TCF/LEF1 Tcf Tcf-1 Tcf/LEF cTCF dTCF dTcf l(4)102ABb l(4)13 lef1 panCG17964-RA (751): PFAM (HMG_box)
CG17964-RA (751): Superfamily (0005279)
CG17964-RG (751): PFAM (HMG_box)
CG17964-RG (751): Superfamily (0005279)
CG17964-RF (751): PFAM (HMG_box)
CG17964-RF (751): Superfamily (0005279)
CG17964-RB (751): PFAM (HMG_box)
CG17964-RB (751): Superfamily (0005279)
CG17964-RH (747): PFAM (HMG_box)
CG17964-RH (747): Superfamily (0005279)
CG17964-RE (751): PFAM (HMG_box)
CG17964-RE (751): Superfamily (0005279)
CG17964-RD (751): PFAM (HMG_box)
CG17964-RD (751): Superfamily (0005279)
CG17964-RC (751): PFAM (HMG_box)
CG17964-RC (751): Superfamily (0005279)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0005667 GO:0006355 GO:0006357 GO:0030528

FlyReg FlyMine
FBgn0019809gcm2 / CG3858 dGCM2 gcm2CG3858-RB (613): PFAM (GCM)
CG3858-RB (613): Superfamily 
CG3858-RA (606): PFAM (GCM)
CG3858-RA (606): Superfamily 
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003677 GO:0003700 GO:0003700 GO:0006355

DBD
FBgn0020306dom / domino27/4 CG9696 anon-WO0172774.190 dom l(2)81/8 l(2)k02704 l(2)k08108CG9696-RA (3198): PFAM (HSA) (SNF2_N) (Helicase_C)
CG9696-RA (3198): Superfamily (0000057) (0001151) (0000057)
CG9696-RD (3183): PFAM (HSA) (SNF2_N) (Helicase_C)
CG9696-RD (3183): Superfamily (0000057) (0001151) (0000057)
CG9696-RE (2497): PFAM (HSA) (SNF2_N) (Helicase_C)
CG9696-RE (2497): Superfamily (0000057) (0001151) (0000057)
DNA binding: YES

(TF, long range)

GO:0003677 GO:0006357 GO:0016251

FBgn0020307dve / defective proventriculusCG5799 Dve Dve-s dep dve l(2)01738CG5799-RB (780): PFAM (Homeobox)2
CG5799-RB (780): Superfamily (0000647) (0005281)
CG5799-RA (1024): PFAM (Homeobox)2
CG5799-RA (1024): Superfamily (0000647) (0005281)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003680 GO:0003700 GO:0003700 GO:0003700 GO:0006355 GO:0006355 GO:0045449

DBD
FBgn0020309crol / crooked legsCG14938 anon-EST:Liang-1.74 anon-EST:Liang-2.48 clone 1.74 clone 2.48 crol crol alpha crol beta crol gamma l(2)04418 l(2)s2346CG14938-RC (756): PFAM (zf-C2H2)12
CG14938-RC (756): Superfamily (0003882)5 (0005933) (0003882)2
CG14938-RD (878): PFAM (zf-C2H2)15
CG14938-RD (878): Superfamily (0003882) (0004681) (0003882)5
CG14938-RB (891): PFAM (zf-C2H2)16
CG14938-RB (891): Superfamily (0003882) (0004681) (0000834) (0004681) (0005594) (0003882)4 (0005933) (0003882)
CG14938-RA (962): PFAM (zf-C2H2)18
CG14938-RA (962): Superfamily (0003882) (0004681) (0000834) (0004681) (0005594) (0003882)4 (0005933) (0003882)2
DNA binding: maybe

(TF, short range)

GO:0003702 GO:0006357 GO:0006357

DBD
FBgn0020378Sp1 / CG1343 D-Sp1 D.Sp1 Sp1CG1343-RA (691): PFAM (zf-C2H2)3
CG1343-RA (691): Superfamily (0003882) (0005933)
CG1343-RB (520): PFAM (zf-C2H2)3
CG1343-RB (520): Superfamily (0003882) (0005933)
DNA binding: maybe

(TF, short range)

GO:0003702 GO:0006357 GO:0045449

DBD
FBgn0020379Rfx / CG6312 RFX Rfx dRFX dRfx rfxCG6312-RA (897): PFAM (RFX_DNA_bin)
CG6312-RA (897): Superfamily (0001882)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003677 GO:0003702 GO:0006357 GO:0045449

DBD
FBgn0020617Rx / Retinal HomeoboxCG10052 DRx Drx E97 PPH17 Rx W60 bk50 drx womCG10052-RA (873): PFAM (Homeobox) (OAR)
CG10052-RA (873): Superfamily (0005281)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003677 GO:0003700 GO:0003704 GO:0006357

DBD
FBgn0020887Su(z)12 / Su(z)12CG8013 SU(Z)12 Su(z)12 l(3)76BDoCG8013-RB (900): PFAM 
CG8013-RB (900): Superfamily 
CG8013-RA (855): PFAM 
CG8013-RA (855): Superfamily 
DNA binding: maybe

(TF, long range)

GO:0003677

FBgn0020912Ptx1 / CG1447 D-Ptx1 Ptx Ptx1 ptx1CG1447-RA (509): PFAM (Homeobox) (OAR)
CG1447-RA (509): Superfamily (0000647)
CG1447-RC (514): PFAM (Homeobox) (OAR)
CG1447-RC (514): Superfamily (0000647)
CG1447-RB (318): PFAM (Homeobox) (OAR)
CG1447-RB (318): Superfamily (0000647)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003677 GO:0003700 GO:0003700 GO:0005667 GO:0006357 GO:0045449

DBD
FBgn0021738Crg-1 / Circadianly Regulated GeneCG32788 Crg-1 crg1CG32788-RB (114): PFAM (Fork_head)
CG32788-RB (114): Superfamily (0001605)
DNA binding: maybe

(TF, short range)

GO:0003700 GO:0003702 GO:0006357

DBD
FBgn0021767org-1 / optomotor-blind-related-gene-1CG11202 Dm-ORG-1 Org-1 org-1CG11202-RA (699): PFAM (T-box)
CG11202-RA (699): Superfamily (0004955)
DNA binding: maybe

(TF, short range)

GO:0003700 GO:0006357 GO:0045449

DBD
FBgn0021872Xbp1 / X box binding protein-1138/3 CG9415 Xbp1 anon-EST:Liang-1.41 clone 1.41 l(2)k13803 xbp1CG9415-RB (488): PFAM (bZIP_2)
CG9415-RB (488): Superfamily 
CG9415-RA (307): PFAM (bZIP_2)
CG9415-RA (307): Superfamily 
DNA binding: maybe

(TF, short range)

GO:0003700 GO:0003700 GO:0006355 GO:0045449

DBD
FBgn0022665Dep4 / Dep4DEP4 Dep4DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003677

FBgn0022666Dep3 / Dep3DEP3 Dep3DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003677

DBSD
FBgn0022667Dep2 / Dep2DEP2 Dep2DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003677

DBSD
FBgn0022720zf30C / Zinc finger protein 30CCG3998 anon-EST:Liang-1.52 clone 1.52 l(2)k02506 zf30CCG3998-RA (777): PFAM (zf-C2H2)7
CG3998-RA (777): Superfamily 
DNA binding: maybe

(TF, short range)

GO:0003700 GO:0006357

DBD
FBgn0022740HLH54F / HLH54FCG5005 HLH102C HLH54F bHLH54FCG5005-RA (242): PFAM (HLH)
CG5005-RA (242): Superfamily (0003356)
DNA binding: maybe

(TF, short range)

GO:0003700

DBD
FBgn0022945CFDD / Common regulatory Factor for DNA replication and DREF genesCFDDDNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003677

FBgn0023076Clk / ClockCG7391 CLOCK Clk Jerk Jrk PAS1 clk clock dCLK dCLK/JRK dCLOCK dClck dClk jrkCG7391-RB (1023): PFAM (HLH) (PAS) (PAC)
CG7391-RB (1023): Superfamily (0000355) (0002500)2
CG7391-RE (87): PFAM (HLH)
CG7391-RE (87): Superfamily (0003356)
CG7391-RF (961): PFAM (PAS) (PAC)
CG7391-RF (961): Superfamily (0002500)2
CG7391-RA (1023): PFAM (HLH) (PAS) (PAC)
CG7391-RA (1023): Superfamily (0000355) (0002500)2
CG7391-RC (1027): PFAM (HLH) (PAS) (PAC)
CG7391-RC (1027): Superfamily (0000355) (0002500)2
CG7391-RD (1027): PFAM (HLH) (PAS) (PAC)
CG7391-RD (1027): Superfamily (0000355) (0002500)2
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0000122 GO:0003677 GO:0003677 GO:0003700 GO:0003702 GO:0003702 GO:0045893 GO:0045893 GO:0045893 GO:0045893 GO:0045944 GO:0045944

DBD DBSD
FBgn0023091dimm / dimmedCG8667 Dimm Mistr dimmCG8667-RA (390): PFAM (HLH)
CG8667-RA (390): Superfamily (0000355)
DNA binding: maybe

(TF, short range)

GO:0003700 GO:0045449

DBD
FBgn0023094cyc / cycleBMAL1 Bmal1 CG8727 CYCLE Cyc Cycle MOP3 Mop3 bMAL1 bmal1 cyc dBMAL dBMAL1 dBma1 dBmal dCYC dbmal dbmal1CG8727-RA (413): PFAM (HLH) (PAS)
CG8727-RA (413): Superfamily (0003356) (0002500)2
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0000122 GO:0003700 GO:0003702 GO:0003704 GO:0045893 GO:0045893 GO:0045944 GO:0045944

DBD DBSD
FBgn0023097bon / bonus0241/08 0249/12 0434/20 0487/06 Bonus CG15687 CG5206 anon-WO0118547.418 bon l(3)S043420CG5206-RA (1133): PFAM (zf-B_box)2 (PHD) (Bromodomain)
CG5206-RA (1133): Superfamily (0007197) (0007615)
DNA binding: maybe

(TF, short range)

GO:0003677 GO:0003713 GO:0006355 GO:0006366

FBgn0023215Mnt / CG13316 CG2856 DmMnt EG:114E2.2 Mad Mad-3E Mnt dMad dMntCG13316-RA (582): PFAM (HLH)
CG13316-RA (582): Superfamily (0000366)
CG13316-RB (595): PFAM (HLH)
CG13316-RB (595): Superfamily (0000366)
CG13316-RC (582): PFAM (HLH)
CG13316-RC (582): Superfamily (0000366)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003677 GO:0003700 GO:0003702 GO:0045449

DBD FlyReg FlyMine
FBgn0023417AP-2 / AP-2 CG7807 DAP-2 dAP-2 dAP-2&agr;CG7807-RB (465): PFAM (TF_AP-2)
CG7807-RB (465): Superfamily 
CG7807-RA (461): PFAM (TF_AP-2)
CG7807-RA (461): Superfamily 
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003700 GO:0003700 GO:0003702 GO:0006355 GO:0006357

DBD
FBgn0023489Pph13 / PvuII-PstI homology 1360Mun1 CG2819 Mu PPH13 Pph13CG2819-RA (357): PFAM (Homeobox)
CG2819-RA (357): Superfamily (0000647)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003700 GO:0003702 GO:0006357 GO:0045449

DBD
FBgn0023518trr / trithorax-relatedCG3848 EG:63B12.3 anon-2Bb trrCG3848-RD (2431): PFAM (FYRN) (FYRC) (SET)
CG3848-RD (2431): Superfamily 
CG3848-RC (2410): PFAM (FYRN) (FYRC) (SET)
CG3848-RC (2410): Superfamily 
DNA binding: maybe

(TF, long range)

GO:0003677 GO:0003713 GO:0006357 GO:0006367 GO:0030528 GO:0045941

FBgn0023546Hr4 / Hr4CG16902 DHR4 EG:133E12.2 GRF Hr4 NR6A2CG16902-RB (1521): PFAM (zf-C4) (Hormone_rec)
CG16902-RB (1521): Superfamily (0005367)3
CG16902-RA (1543): PFAM (zf-C4) (Hormone_rec)
CG16902-RA (1543): Superfamily (0005367)3
DNA binding: maybe

(TF, short range)

GO:0003677 GO:0003700 GO:0006357 GO:0030528

DBD
FBgn0024184unc-4 / unc-4CG6269 DPHD-1 Dunc-4 unc-4CG6269-RA (428): PFAM (Homeobox)
CG6269-RA (428): Superfamily (0000647)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003700 GO:0006357 GO:0045449

DBD
FBgn0024244drm / drumstickCG10016 drm drumCG10016-RA (81): PFAM (zf-C2H2)2
CG10016-RA (81): Superfamily 
CG10016-RB (81): PFAM (zf-C2H2)2
CG10016-RB (81): Superfamily 
DNA binding: maybe

(TF, short range)

DBD
FBgn0024249cato / cousin of atonalCG7760 Cato DATH-B catoCG7760-RA (189): PFAM (HLH)
CG7760-RA (189): Superfamily (0000366)
DNA binding: maybe

(TF, short range)

GO:0003700 GO:0006355

DBD
FBgn0024250brk / brinkerBrk CG9653 brk ssg-1CG9653-RA (704): PFAM 
CG9653-RA (704): Superfamily 
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0000122 GO:0000122 GO:0000122 GO:0003700 GO:0003702 GO:0016564 GO:0016566 GO:0016566

FlyReg FlyMine
FBgn0024321NK7.1 / NK7.1CG8524 NK7.1CG8524-RA (721): PFAM (Homeobox)
CG8524-RA (721): Superfamily (0000647)
CG8524-RB (721): PFAM (Homeobox)
CG8524-RB (721): Superfamily (0000647)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003700 GO:0006355

DBD
FBgn0024371E2f2 / E2F transcription factor 2CG1071 E2F E2F2 E2f2 dE2F-2 dE2F2 dE2f2 de2f2CG1071-RA (370): PFAM (E2F_TDP)
CG1071-RA (370): Superfamily (0001270)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0000122 GO:0000122 GO:0003700 GO:0003702 GO:0005667 GO:0006357 GO:0016481 GO:0016564 GO:0045449

DBD
FBgn0024887kin17 / kin17CG5649 kin17CG5649-RA (390): PFAM 
CG5649-RA (390): Superfamily 
DNA binding: maybe

(TF, short range)

FBgn0024968FebpN / ftz enhancer binding protein NFebpNDNA binding: maybe

(sequence-specific TF)

GO:0003677

FBgn0025334PHDP / Putative homeodomain proteinCG11182 PHDP anon-60AcCG11182-RA (220): PFAM (Homeobox)
CG11182-RA (220): Superfamily (0000647)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003700 GO:0006357 GO:0045449

DBD
FBgn0025360Optix / OptixCG18455 D-Six3 Dsix3 Optix Six3 anon-WO0153538.79 opt optixCG18455-RA (487): PFAM (Homeobox)
CG18455-RA (487): Superfamily (0000647)
CG18455-RB (259): PFAM 
CG18455-RB (259): Superfamily 
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003677 GO:0003700 GO:0003702 GO:0006357 GO:0045449

DBD
FBgn0025525bab2 / BAB2 BTB-II BtbII CG13911 CG9102 bab bab-II bab2CG9102-RA (1067): PFAM (BTB) (HTH_psq)
CG9102-RA (1067): Superfamily (0001007)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003677 GO:0003700 GO:0003700 GO:0006350 GO:0006357 GO:0045449

DBD
FBgn0025776ind / intermediate neuroblasts defectiveCG11551 indCG11551-RA (391): PFAM (Homeobox)
CG11551-RA (391): Superfamily (0000647)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003700 GO:0006355 GO:0045449

DBD
FBgn0025800Smox / Smad on XCG2262 DSMAD2 SMAD2 Sad Smad2 Smox dSMAD2 dSmad2 l(1)G0348 sad smad2 smox ted tmpCG2262-RA (486): PFAM (MH1) (MH2)
CG2262-RA (486): Superfamily (0003795) (0001682)
DNA binding: maybe

(TF, short range)

GO:0006357 GO:0030528

DBD
FBgn0026058OdsH / Ods-site homeoboxCG6352 OdsH OdsHmelCG6352-RA (382): PFAM (Homeobox)
CG6352-RA (382): Superfamily (0000647)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003700 GO:0006357 GO:0045449

DBD
FBgn0026080Tip60 / Tip60CG6121 DmEG0007.7 EG0007.7 EG:EG0007.7 Tip60 dmHAG405CG6121-RA (541): PFAM (MOZ_SAS)
CG6121-RA (541): Superfamily (0003036)
DNA binding: maybe

(TF, long range)

GO:0006357 GO:0030528

FBgn0026208mbf1 / multiprotein bridging factor 1BcDNA:GH10148 BcDNA:GM01267 CG4143 MBF1 mbf1CG4143-RB (145): PFAM (HTH_3)
CG4143-RB (145): Superfamily (0000251)
CG4143-RA (145): PFAM (HTH_3)
CG4143-RA (145): Superfamily (0000251)
DNA binding: maybe

(TF, short range)

GO:0003713 GO:0006357

DBD
FBgn0026411Lim1 / BcDNA:GH04929 CG10760 CG11354 Dlim1 Lim1 dLim1 dlim-1 dlim1CG11354-RA (505): PFAM (LIM)2 (Homeobox)
CG11354-RA (505): Superfamily (0000681) (0003830)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003700 GO:0006355 GO:0006357

DBD
FBgn0026533Dek / DekCG593 CG5935 DEK Dek EG:EG0003.6 anon-WO0172774.191 anon-WO0172774.192 anon-WO0172774.194 dDEK l(2)04154 l(2)k09907CG5935-RA (663): PFAM 
CG5935-RA (663): Superfamily 
CG5935-RC (667): PFAM 
CG5935-RC (667): Superfamily 
CG5935-RD (612): PFAM 
CG5935-RD (612): Superfamily 
CG5935-RB (669): PFAM 
CG5935-RB (669): Superfamily 
DNA binding: maybe

(TF, long range)

GO:0003677

FBgn0027364Six4 / Six4CG3871 D-Six4 Dsix4 Six4 six4 six4/5CG3871-RA (392): PFAM (Homeobox)
CG3871-RA (392): Superfamily (0000647)
CG3871-RB (392): PFAM (Homeobox)
CG3871-RB (392): Superfamily (0000647)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003677 GO:0003700 GO:0003702 GO:0003702 GO:0006357 GO:0045449

DBD
FBgn0027788Hey / Hairy/E(spl)-related with YRPW motifCG11194 Hesr-1 Hey d-hey dHey hesr-1CG11194-RA (425): PFAM (HLH) (Hairy_orang)
CG11194-RA (425): Superfamily (0000366)
DNA binding: maybe

(TF, short range)

GO:0003700 GO:0006357

DBD
FBgn0027950MBD-like / MBD-likeCG8208 Dm Mbd2/3 DmMbd2/3 MBD-like MBD2-3 MBD2/3 dMBD-like dMBD2/3 dMbD2/3CG8208-RB (226): PFAM (MBD)
CG8208-RB (226): Superfamily 
CG8208-RA (339): PFAM (MBD)2
CG8208-RA (339): Superfamily (0001637)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0006357 GO:0030528 GO:0045892 GO:0045892

DBD
FBgn0027951MTA1-like / MTA1-likeCG2244 MTA1-like dMTA dMTA1-like p120CG2244-RB (844): PFAM (BAH) (ELM2) (Myb_DNA-bin) (GATA) (zf-C2H2)
CG2244-RB (844): Superfamily 
CG2244-RA (880): PFAM (BAH) (ELM2) (Myb_DNA-bin) (GATA) (zf-C2H2)
CG2244-RA (880): Superfamily 
DNA binding: YES

(TF, long range)

DBD FlyReg
FBgn0028386cic / capicuaCG5067 E(Dl)D49 cic fetCG5067-RA (1403): PFAM (HMG_box)
CG5067-RA (1403): Superfamily (0005279)
DNA binding: maybe

(TF, short range)

GO:0003700 GO:0003702 GO:0003712 GO:0006355 GO:0016481 GO:0016481 GO:0030528

FBgn0028420Kr-h1 / Kruppel homolog 144/11 CG18783 CG9167 Kr h Kr-h Kr-h1 P381 Pow l(2)05208 l(2)10642CG18783-RA (791): PFAM (zf-C2H2)7
CG18783-RA (791): Superfamily (0000834) (0003882)3
CG18783-RB (845): PFAM (zf-C2H2)7
CG18783-RB (845): Superfamily (0005594) (0003882)3
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003700 GO:0006357 GO:0045449

DBD
FBgn0028550A3-3 / A3-3A3-3 CG11405 EG:33C11.1CG11405-RA (613): PFAM (bZIP_1)
CG11405-RA (613): Superfamily 
DNA binding: maybe

(TF, short range)

GO:0003677 GO:0006355

DBD
FBgn0028789Doc1 / Dorsocross1CG5133 Dm-DOC1 Doc Doc1 Ect2 Tb66F2CG5133-RA (391): PFAM (T-box)
CG5133-RA (391): Superfamily (0007559)
DNA binding: maybe

(TF, short range)

GO:0003700 GO:0006355 GO:0006357

DBD
FBgn0028926NC2&bgr; / NC2&bgr;BG:DS00929.3 CG4185 Dr1 NC2&bgr; NC2beta dDr1 dNC2CG4185-RA (183): PFAM (CBFD_NFYB_H)
CG4185-RA (183): Superfamily (0006523)
DNA binding: maybe

(TF, short range)

GO:0000122 GO:0003677 GO:0003702 GO:0016563 GO:0016564 GO:0016565 GO:0016565 GO:0017055 GO:0045944

FBgn0028931CG16863 / CG16863BG:DS00797.6 CG16863 DS00797.6CG16863-RA (555): PFAM 
CG16863-RA (555): Superfamily 
DNA binding: maybe

(TF, short range)

GO:0003677

FBgn0028991seq / sequoia49Fc CG17724b CG32904 CG4037 CG4055 l(2)49Fc l(2)vr5 seq vr5CG17724-RA (518): PFAM 
CG17724-RA (518): Superfamily 
DNA binding: maybe

(TF, short range)

FBgn0028993scro / scarecrowCG17594 CG17595 CG18452 scro scrouDNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003677 GO:0003700 GO:0006355 GO:0006357 GO:0030528

FBgn0028996onecut / onecutA1 CG1922 onecutCG1922-RA (1081): PFAM (CUT) (Homeobox)
CG1922-RA (1081): Superfamily 
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003677 GO:0003700 GO:0003702 GO:0006350 GO:0006355 GO:0006357 GO:0030528

DBD
FBgn0028999nerfin-1 / nervous fingers 1CG13906 nerfin-1CG13906-RA (469): PFAM (zf-C2H2)2
CG13906-RA (469): Superfamily 
DNA binding: maybe

(TF, short range)

GO:0003702 GO:0006357

DBD
FBgn0029123SoxN / SoxNeuroCG18024 SOX29F SOXB1 Sox B1 SoxN soxNCG18024-RA (572): PFAM (HMG_box)
CG18024-RA (572): Superfamily (0000212)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003700 GO:0006357 GO:0045449

FBgn0029711Usf / UsfCG17592 Dm Usf DmUsf UsfCG17592-RA (348): PFAM (HLH)
CG17592-RA (348): Superfamily (0000367)2
CG17592-RB (437): PFAM (HLH)
CG17592-RB (437): Superfamily (0000367)2
DNA binding: maybe

(TF, short range)

GO:0003700 GO:0006350

DBD
FBgn0029773CG15782 / CG15782CG15782CG15782-RA (142): PFAM (Homeobox)
CG15782-RA (142): Superfamily (0000647)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003700 GO:0006355 GO:0006357

DBD
FBgn0029775CG4136 / CG4136CG4136CG4136-RA (837): PFAM (Homeobox)
CG4136-RA (837): Superfamily (0000647)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003677 GO:0003700 GO:0006357 GO:0006366 GO:0030528

DBD
FBgn0029824CG3726 / CG3726CG3726CG3726-RA (676): PFAM (BTB) (HTH_psq)
CG3726-RA (676): Superfamily (0001007)
DNA binding: maybe

(TF, short range)

GO:0003677 GO:0003700 GO:0006357 GO:0030528

DBD
FBgn0029920CG4575 / CG4575CG4575CG4575-RA (94): PFAM (bZIP_2)
CG4575-RA (94): Superfamily 
DNA binding: maybe

(TF, short range)

GO:0003700 GO:0006355

DBD
FBgn0030058CG11294 / CG11294CG11294CG11294-RA (261): PFAM (Homeobox)
CG11294-RA (261): Superfamily (0000647)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003700 GO:0006357

DBD
FBgn0030082HP1b / HP1bCG7041 HP1 HP1b Hp1bCG7041-RA (240): PFAM (Chromo) (Chromo_shad)
CG7041-RA (240): Superfamily (0000403) (0002033)
DNA binding: maybe

(TF, long range)

GO:0006357

FBgn0030408CG11085 / CG11085CG11085CG11085-RA (275): PFAM (Homeobox)
CG11085-RA (275): Superfamily (0000647)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003700

DBD
FBgn0030432CG4404 / CG4404CG4404CG4404-RA (308): PFAM (BESS)
CG4404-RA (308): Superfamily 
DNA binding: maybe

(TF, short range)

GO:0003677

DBD
FBgn0030477dmrt11E / doublesex-Mab related 11ECG15749 dmrt11ECG15749-RA (377): PFAM (DM)
CG15749-RA (377): Superfamily 
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003700 GO:0006355

DBD
FBgn0030505NFAT / CG11172 EP1335 MESR1 NF-AT5 NFAT NFAT5 dNFATCG11172-RA (1419): PFAM (RHD) (TIG)
CG11172-RA (1419): Superfamily (0006845) (0000017)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003700 GO:0003700 GO:0003702 GO:0006350 GO:0006350 GO:0006355

DBD
FBgn0030627gce / germ cell-expressed bHLH-PASCG6211 gceCG6211-RA (689): PFAM (HLH)
CG6211-RA (689): Superfamily (0000355) (0001082)2
DNA binding: maybe

(TF, short range)

GO:0003700 GO:0006357 GO:0045449

DBD
FBgn0030664CG8119 / CG8119CG8119CG8119-RA (244): PFAM (BESS)
CG8119-RA (244): Superfamily 
DNA binding: maybe

(TF, short range)

GO:0003677

DBD
FBgn0030710CG8924 / CG8924CG8924CG8924-RA (514): PFAM (BTB)
CG8924-RA (514): Superfamily (0001007)
CG8924-RB (514): PFAM (BTB)
CG8924-RB (514): Superfamily (0001007)
DNA binding: maybe

(TF, short range)

GO:0003677 GO:0006357 GO:0030528

FBgn0030899Her / HES-relatedCG5927 HerCG5927-RA (149): PFAM (HLH)
CG5927-RA (149): Superfamily (0000366)
DNA binding: maybe

(TF, short range)

GO:0000122 GO:0016564

DBD
FBgn0031086CG9571 / CG9571CG9571 Dmcg9571CG9571-RA (260): PFAM (Fork_head)
CG9571-RA (260): Superfamily (0006804)
DNA binding: maybe

(TF, short range)

GO:0003700 GO:0006357

DBD
FBgn0031232CG11617 / CG11617CG11617CG11617-RA (294): PFAM (Homeobox)
CG11617-RA (294): Superfamily (0000329)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003700 GO:0006355

DBD
FBgn0031391CG11723 / CG11723CG11723CG11723-RA (350): PFAM (BESS)
CG11723-RA (350): Superfamily 
DNA binding: maybe

(TF, short range)

GO:0003677

DBD
FBgn0031556CG2808 / CG2808CG2808CG2808-RA (319): PFAM (Homeobox)
CG2808-RA (319): Superfamily (0002984)
CG2808-RB (236): PFAM 
CG2808-RB (236): Superfamily 
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003700 GO:0006355

DBD
FBgn0031759lid / little imaginal discsCG9088 l(2)10424 lidCG9088-RA (1838): PFAM (JmjN) (ARID) (PHD) (JmjC) (zf-C5HC2) (PHD)2
CG9088-RA (1838): Superfamily (0001120) (0002648)
CG9088-RB (1838): PFAM (JmjN) (ARID) (PHD) (JmjC) (zf-C5HC2) (PHD)2
CG9088-RB (1838): Superfamily (0001120) (0002648)
DNA binding: maybe

(TF, long range)

GO:0003677 GO:0006355 GO:0030528

DBD
FBgn0032130CG3838 / CG3838CG3838 NEST:bs09e08 anon-WO0118547.445 bs09e08.y1CG3838-RB (435): PFAM (BESS)
CG3838-RB (435): Superfamily 
CG3838-RA (435): PFAM (BESS)
CG3838-RA (435): Superfamily 
DNA binding: maybe

(TF, short range)

GO:0003677

DBD
FBgn0032209Hand / HandCG18144 Dhand Hand dHAND dHand handCG18144-RA (174): PFAM (HLH)
CG18144-RA (174): Superfamily (0000366)
DNA binding: maybe

(TF, short range)

GO:0003700 GO:0006357 GO:0045449

DBD
FBgn0032223GATAd / GATAdCG5034 GATAd dGATA-D dGATAdCG5034-RA (842): PFAM (zf-AD) (GATA)
CG5034-RA (842): Superfamily (0005212)
DNA binding: maybe

(TF, short range)

GO:0003700 GO:0006355 GO:0016251

DBD
FBgn0032227CG5369 / CG5369CG5369CG5369-RA (281): PFAM (Homeobox)
CG5369-RA (281): Superfamily (0000647)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003700 GO:0006357

DBD
FBgn0032651Oli / Olig familyCG5545 Doli OliCG5545-RA (232): PFAM (HLH)
CG5545-RA (232): Superfamily (0000366)
DNA binding: maybe

(TF, short range)

GO:0003700 GO:0006357 GO:0045449

DBD
FBgn0032741Side / similar to DeadpanCG10446 SideCG10446-RA (507): PFAM (HLH) (Hairy_orang)
CG10446-RA (507): Superfamily (0000355)
DNA binding: maybe

(TF, short range)

GO:0000122 GO:0003677 GO:0006357 GO:0016564 GO:0045449

DBD
FBgn0032940Mio / Mlx interactorCG18362 Mio anon-39Da dmondoCG18362-RA (1119): PFAM (HLH)
CG18362-RA (1119): Superfamily (0000367)
CG18362-RB (1119): PFAM (HLH)
CG18362-RB (1119): Superfamily (0000367)
CG18362-RC (1070): PFAM (HLH)
CG18362-RC (1070): Superfamily (0000367)
CG18362-RE (925): PFAM (HLH)
CG18362-RE (925): Superfamily (0000366)
CG18362-RD (836): PFAM (HLH)
CG18362-RD (836): Superfamily (0000366)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003700 GO:0003700 GO:0045449

DBD
FBgn0033182CG1621 / CG1621CG1621CG1621-RA (358): PFAM (BESS)
CG1621-RA (358): Superfamily 
DNA binding: maybe

(TF, short range)

GO:0003677

DBD
FBgn0033288CG11641 / CG11641BcDNA:AT16994 CG11641CG11641-RA (994): PFAM (Pou) (Homeobox)
CG11641-RA (994): Superfamily (0000458) (0005281)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003700 GO:0006357

DBD
FBgn0033310rgr / regularCG14751 CG8643 rgrCG8643-RA (856): PFAM (zf-C2H2)6
CG8643-RA (856): Superfamily (0005594) (0000050) (0004888)
DNA binding: maybe

(TF, short range)

GO:0003700 GO:0006357 GO:0045449

DBD
FBgn0033417Camta / Calmodulin-binding transcription activatorCG8809 Camta DmCAMTA camtaCG8809-RA (1504): PFAM (TIG) (IQ)3
CG8809-RA (1504): Superfamily (0004710)2 (0000661) (0004710)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003677 GO:0003700 GO:0045941

FBgn0033627CG13204 / CG13204CG13204CG13204-RA (605): PFAM (BESS)
CG13204-RA (605): Superfamily 
CG13204-RB (504): PFAM (BESS)
CG13204-RB (504): Superfamily 
DNA binding: maybe

(TF, short range)

GO:0003677

DBD
FBgn0033748vis / vismayCG8821 vis zaaCG8821-RB (524): PFAM (Homeobox)
CG8821-RB (524): Superfamily (0000648)
CG8821-RA (424): PFAM (Homeobox)
CG8821-RA (424): Superfamily (0000648)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003700 GO:0003714 GO:0006357

DBD
FBgn0033749achi / achintyaCG8819 achi zaaCG8819-RC (555): PFAM (Homeobox)
CG8819-RC (555): Superfamily (0000648)
CG8819-RA (426): PFAM (Homeobox)
CG8819-RA (426): Superfamily (0000648)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003700 GO:0003714 GO:0006357 GO:0045449

DBD
FBgn0033782sug / sugarbabeCG3850 sugCG3850-RA (384): PFAM (zf-C2H2)4
CG3850-RA (384): Superfamily (0005217) (0005218) (0003882) (0005933)
DNA binding: maybe

(TF, short range)

GO:0006357 GO:0006366 GO:0030528

DBD
FBgn0033846mip120 / Myb-interacting protein 120CG6061 Mip120 l(3)L4569 mip120 p120CG6061-RA (950): PFAM (CXC)2
CG6061-RA (950): Superfamily 
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0000122 GO:0000122 GO:0003677 GO:0006357 GO:0006366 GO:0030528

FlyReg
FBgn0034012CG16801 / CG16801CG16801 NR2E3 PNRCG16801-RA (532): PFAM (zf-C4) (Hormone_rec)
CG16801-RA (532): Superfamily (0005367)
CG16801-RB (744): PFAM (zf-C4) (Hormone_rec)
CG16801-RB (744): Superfamily (0003386) (0005367) (0003386) (0005367)
DNA binding: maybe

(TF, short range)

GO:0003700 GO:0006357

DBD
FBgn0034520CG13424 / CG13424CG13424CG13424-RA (411): PFAM (Homeobox)
CG13424-RA (411): Superfamily (0000647)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003700 GO:0006355

DBD
FBgn0034534maf-S / CG9954 anon-EST:Posey173 maf-SCG9954-RA (132): PFAM (bZIP_Maf)
CG9954-RA (132): Superfamily (0004651)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003700 GO:0006350 GO:0006357

DBD
FBgn0034599CG9437 / CG9437CG9437CG9437-RA (315): PFAM (BESS)
CG9437-RA (315): Superfamily 
DNA binding: maybe

(TF, short range)

GO:0003677

DBD
FBgn0034650NC2&agr; / NC2&agr;CG10318 Drap1 NC2&agr; NC2alpha dDrap dDrap1 dDrap1/dNC2a dNC2CG10318-RA (341): PFAM (CBFD_NFYB_H)
CG10318-RA (341): Superfamily (0002649)
CG10318-RB (321): PFAM (CBFD_NFYB_H)
CG10318-RB (321): Superfamily (0006523)
DNA binding: maybe

(TF, short range)

GO:0003677 GO:0016565 GO:0016565 GO:0017055

FBgn0034667comr / cookie monsterCG13493 Z2-1340 comrCG13493-RA (600): PFAM 
CG13493-RA (600): Superfamily (0003351)
DNA binding: maybe

(TF, short range)

GO:0016563 GO:0045944

DBD
FBgn0034821CG9876 / CG9876CG9876CG9876-RA (275): PFAM (Homeobox)
CG9876-RA (275): Superfamily (0000647)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003700 GO:0006357

DBD
FBgn0035160CG13897 / CG13897CG13897 anon-WO0118547.557CG13897-RA (333): PFAM (BESS)
CG13897-RA (333): Superfamily 
DNA binding: maybe

(TF, short range)

GO:0003677

DBD
FBgn0035292CG12361 / CG12361CG12361CG12361-RA (553): PFAM (Homeobox)
CG12361-RA (553): Superfamily (0005281)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003700 GO:0006355 GO:0006357

DBD
FBgn0035405pfk / piefkeCG15812 pfkCG15812-RA (518): PFAM (BTB) (HTH_psq)2
CG15812-RA (518): Superfamily (0001007)
CG15812-RB (512): PFAM (BTB) (HTH_psq)2
CG15812-RB (512): Superfamily (0001007)
DNA binding: maybe

(TF, short range)

GO:0003677

DBD
FBgn0035769CTCF / CTCFCG8591 CTCF dCTCFCG8591-RA (818): PFAM (zf-C2H2)9
CG8591-RA (818): Superfamily (0000834) (0003882)
DNA binding: YES

(TF, long range)

GO:0003700 GO:0006357

DBD
FBgn0035849ERR / estrogen-related receptorCG7404 ERR dERRCG7404-RA (484): PFAM (zf-C4) (Hormone_rec)
CG7404-RA (484): Superfamily (0005367)2
CG7404-RB (496): PFAM (zf-C4) (Hormone_rec)
CG7404-RB (496): Superfamily (0005367)2
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003677 GO:0003700 GO:0006355 GO:0006366 GO:0030528

DBD
FBgn0035954Doc3 / Dorsocross3CG5093 Dm-DOC3 Doc3CG5093-RA (424): PFAM (T-box)
CG5093-RA (424): Superfamily (0007559)
DNA binding: maybe

(TF, short range)

GO:0003700 GO:0006357

DBD
FBgn0035956Doc2 / Dorsocross2CG5187 Dm-DOC2 Doc2CG5187-RA (469): PFAM (T-box)
CG5187-RA (469): Superfamily (0004955)
CG5187-RB (469): PFAM (T-box)
CG5187-RB (469): Superfamily (0004955)
DNA binding: maybe

(TF, short range)

GO:0003700 GO:0006357 GO:0045449

DBD
FBgn0035993CG3891 / CG3891CG3891CG3891-RA (399): PFAM (CBFB_NFYA)
CG3891-RA (399): Superfamily 
DNA binding: maybe

(TF, short range)

GO:0003700 GO:0006357

DBD
FBgn0035997phol / pleiohomeotic likeCG3445 pholCG3445-RA (669): PFAM (zf-C2H2)4
CG3445-RA (669): Superfamily (0004843)
DNA binding: YES

(TF, long range)

GO:0003677 GO:0006357 GO:0030528

DBD
FBgn0036134Mnf / MnfCG11799 DmLD16137 DmMNF MNF MnfCG11799-RA (740): PFAM (FHA) (Fork_head)
CG11799-RA (740): Superfamily (0007997) (0001605)
CG11799-RB (740): PFAM (FHA) (Fork_head)
CG11799-RB (740): Superfamily (0007997) (0001605)
CG11799-RE (699): PFAM (FHA) (Fork_head)
CG11799-RE (699): Superfamily (0007997) (0001605)
CG11799-RD (740): PFAM (FHA) (Fork_head)
CG11799-RD (740): Superfamily (0007997) (0001605)
CG11799-RC (740): PFAM (FHA) (Fork_head)
CG11799-RC (740): Superfamily (0007997) (0001605)
DNA binding: maybe

(TF, short range)

GO:0003700 GO:0003700 GO:0006357

DBD
FBgn0036274CG4328 / CG4328CG4328CG4328-RA (530): PFAM (LIM)2 (Homeobox)
CG4328-RA (530): Superfamily (0000681) (0000647)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003700 GO:0006357

DBD
FBgn0036285toe / twin of eygCG10704 anon-WO0172774.89 toeCG10704-RA (640): PFAM (PAX) (Homeobox)
CG10704-RA (640): Superfamily (0007306) (0000647)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003700 GO:0003700 GO:0005667 GO:0006357 GO:0045449

DBD
FBgn0036478CG6854 / CG6854CG6854 anon-WO0172774.90 anon-WO0172774.92CG6854-RB (623): PFAM (CTP_synth_N) (GATase)
CG6854-RB (623): Superfamily (0006278)2 (0000208) (0006278) (0000208)
CG6854-RA (429): PFAM (BESS)
CG6854-RA (429): Superfamily 
CG6854-RC (627): PFAM (CTP_synth_N) (GATase)
CG6854-RC (627): Superfamily (0002621) (0000208) (0002621) (0000208)
DNA binding: maybe

(TF, short range)

GO:0003700

DBD
FBgn0036672Lmpt / LimpetBcDNA:RE37250 CG11914 CG11916 CG32171 CG9959 LmptCG32171-RA (245): PFAM (LIM)3
CG32171-RA (245): Superfamily (0000681)2
CG32171-RH (558): PFAM (PET) (LIM)6
CG32171-RH (558): Superfamily (0000681)2 (0001471) (0000681)2
CG32171-RE (245): PFAM (LIM)3
CG32171-RE (245): Superfamily (0000681)2
CG32171-RB (559): PFAM (PET) (LIM)6
CG32171-RB (559): Superfamily (0000681)2 (0001471) (0000681)2
CG32171-RG (559): PFAM (PET) (LIM)6
CG32171-RG (559): Superfamily (0000681)2 (0001471) (0000681)2
CG32171-RC (339): PFAM (LIM)5
CG32171-RC (339): Superfamily (0000681) (0001471) (0000681)2
CG32171-RF (286): PFAM (LIM)5
CG32171-RF (286): Superfamily (0000681) (0001471) (0000681)2
CG32171-RD (558): PFAM (PET) (LIM)6
CG32171-RD (558): Superfamily (0000681)2 (0001471) (0000681)2
DNA binding: maybe

(TF, short range)

GO:0003700

FBgn0037436CG10296 / CG10296CG10296 FAX-1 NR2E5CG10296-RA (278): PFAM (zf-C4)
CG10296-RA (278): Superfamily (0005320) (0005367)
DNA binding: maybe

(TF, short range)

GO:0003677 GO:0003700 GO:0006357 GO:0030528

DBD
FBgn0037471Alh / AlhambraAF10 Alh CG1070 Dalf anon-WO0118547.226 l(3)j13A6 l(3)j8C8CG1070-RA (1376): PFAM 
CG1070-RA (1376): Superfamily (0002927)
CG1070-RB (824): PFAM 
CG1070-RB (824): Superfamily 
CG1070-RC (976): PFAM 
CG1070-RC (976): Superfamily 
CG1070-RD (1323): PFAM 
CG1070-RD (1323): Superfamily (0002927)
DNA binding: maybe

(TF, long range)

GO:0003677 GO:0003700 GO:0003700 GO:0006355 GO:0006367

FBgn0037475Fer1 / 48 related 1BcDNA:RH30329 CG10066 CG14611 CG33323 Fer1CG33323-RA (251): PFAM (HLH)
CG33323-RA (251): Superfamily (0000366)
DNA binding: maybe

(TF, short range)

GO:0003700 GO:0045449

DBD
FBgn0037634CG8359 / CG8359CG8359CG8359-RA (254): PFAM (BESS)
CG8359-RA (254): Superfamily 
DNA binding: maybe

(TF, short range)

GO:0003677

DBD
FBgn0037672sage / salivary gland-expressed bHLHCG12952 Sage sageCG12952-RB (178): PFAM (HLH)
CG12952-RB (178): Superfamily (0000366)
CG12952-RA (268): PFAM (HLH)
CG12952-RA (268): Superfamily (0000366)
DNA binding: maybe

(TF, short range)

GO:0003700 GO:0045449

DBD
FBgn0037735CG16899 / CG16899CG16899 Dmcg16899CG16899-RA (357): PFAM (Fork_head)
CG16899-RA (357): Superfamily (0001605)
DNA binding: maybe

(TF, short range)

GO:0003700 GO:0006355

DBD
FBgn0037751topi / matotopetliCG8484 topiCG8484-RA (814): PFAM (zf-C2H2)6
CG8484-RA (814): Superfamily (0005594) (0004748) (0000050) (0005594) (0005933)
DNA binding: maybe

(TF, short range)

GO:0003677 GO:0006355 GO:0006357 GO:0030528

DBD
FBgn0037813CG17100 / CG17100AAF24476.1 CG17100 GM05287CG17100-RA (698): PFAM (HLH) (Hairy_orang)
CG17100-RA (698): Superfamily (0003356)
DNA binding: maybe

(TF, short range)

GO:0003677 GO:0003702 GO:0006355 GO:0045449

DBD
FBgn0037937Fer3 / 48 related 3BcDNA:LD04689 CG6913 Dnato3 Fer3 nato3CG6913-RA (195): PFAM (HLH)
CG6913-RA (195): Superfamily (0000366)
DNA binding: maybe

(sequence-specific TF)

GO:0003700 GO:0003714 GO:0016481 GO:0045449

DBD
FBgn0038128Ravus / RavusCG15889 RavusCG15889-RA (359): PFAM (BESS)
CG15889-RA (359): Superfamily 
DNA binding: maybe

(TF, short range)

GO:0003677

DBD
FBgn0038197foxo / forkhead box, sub-group OAfx CG3143 Dfoxo DmQ95V5 FKHR FOXO Foxo Q95V55 anon-WO0118547.374 cg3143 dFOXO foxoCG3143-RC (613): PFAM (Fork_head)
CG3143-RC (613): Superfamily (0002061)
CG3143-RB (613): PFAM (Fork_head)
CG3143-RB (613): Superfamily (0002061)
CG3143-RA (798): PFAM (Fork_head)
CG3143-RA (798): Superfamily (0002061)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003700 GO:0006355

DBD
FBgn0038390Rbf2 / Retinoblastoma-family protein 2CG5083 RBF2 Rbf2 rbf2CG5083-RA (783): PFAM (RB_A) (RB_B)
CG5083-RA (783): Superfamily (0003275) (0003276)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0000122 GO:0003677 GO:0006357 GO:0030528

FBgn0038391GATAe / GATAeCG10278 GATAe dGATA-E dGATAeCG10278-RA (746): PFAM (GATA)
CG10278-RA (746): Superfamily (0005212)
DNA binding: maybe

(TF, short range)

GO:0003700 GO:0006357 GO:0016251 GO:0016251

DBD
FBgn0038402Fer2 / 48 related 2CG5952 Fer2CG5952-RA (279): PFAM (HLH)
CG5952-RA (279): Superfamily (0000366)
DNA binding: maybe

(TF, short range)

GO:0003700 GO:0045449

DBD
FBgn0038805TFAM / mitochondrial transcription factor ACG4217 D-mtTFA TFAM Tfam d-TFAM d-mttfa d-tfam mttfaCG4217-RB (284): PFAM (HMG_box)2
CG4217-RB (284): Superfamily (0001288) (0006903)
CG4217-RA (257): PFAM (HMG_box)2
CG4217-RA (257): Superfamily (0001288) (0006903)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003700 GO:0003700 GO:0003700 GO:0003700 GO:0006357 GO:0045449 GO:0045893

FBgn0038833CG15696 / CG15696CG15696CG15696-RA (179): PFAM (Homeobox)
CG15696-RA (179): Superfamily (0005281)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003700 GO:0006355 GO:0006355

DBD
FBgn0038851dmrt93B / doublesex-Mab related 93BCG5737 dmrt93BCG5737-RA (325): PFAM (DM) (DMA)
CG5737-RA (325): Superfamily 
DNA binding: maybe

(TF, short range)

GO:0003700 GO:0006355

DBD
FBgn0038852CG7056 / CG7056CG7056CG7056-RA (272): PFAM (Homeobox)
CG7056-RA (272): Superfamily (0000647)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003700 GO:0006357 GO:0045449

DBD
FBgn0039019HP1c / HP1cCG6990 HP1 HP1c Hp1cCG6990-RA (237): PFAM (Chromo) (Chromo_shad)
CG6990-RA (237): Superfamily (0000403) (0002033)
DNA binding: maybe

(TF, long range)

GO:0006357

FBgn0039039lmd / lame duckCG4677 K Lmd anon-EST:CL2d4 gfl lmd mincCG4677-RA (692): PFAM (zf-C2H2)3
CG4677-RA (692): Superfamily (0005217) (0005218) (0004753)2 (0000834)
CG4677-RB (866): PFAM (zf-C2H2)3
CG4677-RB (866): Superfamily (0005217) (0005218) (0004753) (0004752) (0000834)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003700 GO:0003700 GO:0006355 GO:0006357 GO:0045449

DBD
FBgn0039044p53 / CG10873 CG31325 CG33336 Dm-P53 DmP53 Dmp53 dmp53 dp53 p53 pracCG33336-RA (385): PFAM (P53)
CG33336-RA (385): Superfamily (0004992)
CG33336-RB (495): PFAM (P53)
CG33336-RB (495): Superfamily (0004992)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003677 GO:0003700 GO:0003702 GO:0006357 GO:0006357

DBD DBSD
FBgn0039225Ets96B / Ets96BCG6892 Ets Ets96BCG6892-RA (637): PFAM (Ets)
CG6892-RA (637): Superfamily (0006195)
CG6892-RB (640): PFAM (Ets)
CG6892-RB (640): Superfamily (0006195)
DNA binding: maybe

(TF, short range)

GO:0003677 GO:0003700 GO:0006355 GO:0006357

DBD
FBgn0039411dys / dysfusionCG12561 CG14552 CG14553 CG14554 CG32474 Dys dysCG32474-RA (881): PFAM (HLH)
CG32474-RA (881): Superfamily (0003356) (0002500)2
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003700 GO:0006355 GO:0045449

DBD
FBgn0039509bigmax / bigmaxBIGMAX CG3350 DmMlx bigmaxCG3350-RA (254): PFAM (HLH)
CG3350-RA (254): Superfamily (0003356)
DNA binding: maybe

(TF, short range)

GO:0003700 GO:0003700 GO:0006350 GO:0006357 GO:0045449

DBD
FBgn0039683dmrt99B / doublesex-Mab related 99BCG15504 dmrt99BCG15504-RA (510): PFAM (DM) (DMA)
CG15504-RA (510): Superfamily 
DNA binding: maybe

(TF, short range)

GO:0003700 GO:0006355

DBD
FBgn0039937CG11152 / CG11152CG11152 Dmcg11152CG11152-RA (599): PFAM (Fork_head)
CG11152-RA (599): Superfamily (0006804)
DNA binding: maybe

(TF, short range)

GO:0003700 GO:0006357

DBD
FBgn0039946ATbp / (A+T)-stretch binding proteinATBP ATbp CG17172 CG40145DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0006357 GO:0006357 GO:0030528 GO:0030528

FBgn0040305MTF-1 / MTF-1CG3743 MTF-1 anon-WO0118547.411 dMTF-1 mtf-1CG3743-RB (570): PFAM (zf-C2H2)2
CG3743-RB (570): Superfamily (0003882) (0005933)
CG3743-RA (791): PFAM (zf-C2H2)6
CG3743-RA (791): Superfamily (0003882)2 (0005933)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003700 GO:0003704 GO:0003704 GO:0006350 GO:0006357

DBD
FBgn0040318HGTX / HGTXCG13475 CG4745 HGTX Nk6CG13475-RA (513): PFAM (Homeobox)
CG13475-RA (513): Superfamily (0000647)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003700 GO:0006355 GO:0045449

DBD
FBgn0040465Dip3 / Dorsal interacting protein 3CG12767 Dip3 anon-WO0118547.169 dip3CG12767-RA (348): PFAM (BESS)
CG12767-RA (348): Superfamily 
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003677 GO:0003677 GO:0003700 GO:0045941

DBD
FBgn0040765luna / lunaCG17326 CG33473 CG9087 DKLF Klf lunaCG33473-RB (570): PFAM (zf-C2H2)3
CG33473-RB (570): Superfamily (0003882)2
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003677 GO:0003700 GO:0003700 GO:0006355 GO:0045449

DBD
FBgn0040918Lag1 / Longevity assurance gene 1CG15898 CG3576 DLAG1 Dlag1 Lag1 l(1)G0061 l(1)G0365 l(1)G0489 lonCG3576-RB (400): PFAM (Homeobox) (LAG1)
CG3576-RB (400): Superfamily (0001954)
CG3576-RA (400): PFAM (Homeobox) (LAG1)
CG3576-RA (400): Superfamily (0001954)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003677 GO:0003700 GO:0006355

DBD
FBgn0041092tai / taiman58/2 CG13109 CG18494 DAIB1 DmTaiman EP(2)2630 NEST:bs13g05 bs13g05.y1 l(2)01351 l(2)k05802 l(2)k05809 taiCG13109-RA (2047): PFAM 
CG13109-RA (2047): Superfamily (0003775)
DNA binding: maybe

(TF, short range)

GO:0003713 GO:0003713 GO:0045449

DBD
FBgn0041105nerfin-2 / nervous fingers 2CG12809 nerfin-2CG12809-RA (695): PFAM (zf-C2H2)2
CG12809-RA (695): Superfamily 
DNA binding: maybe

(TF, short range)

DBD
FBgn0041111lilli / lilliputianBEST:GH09955 BcDNA:GM02019 CG8817 SS2-1 SY2-1 Su(Raf)2A Su(Raf)2a l(2)00632 l(2)23Cc l(2)K00632 l(2)K07920 l(2)k07920 l(2)k16124 lilliCG8817-RC (1673): PFAM 
CG8817-RC (1673): Superfamily 
CG8817-RB (1673): PFAM 
CG8817-RB (1673): Superfamily 
CG8817-RA (1673): PFAM 
CG8817-RA (1673): Superfamily 
DNA binding: maybe

(TF, short range)

GO:0003677 GO:0003700 GO:0003700 GO:0006355

FBgn0041145jing / CG9403 jing l(2)01094 l(2)22F3CG9403-RD (1582): PFAM 
CG9403-RD (1582): Superfamily 
CG9403-RC (1486): PFAM 
CG9403-RC (1486): Superfamily 
CG9403-RA (1486): PFAM 
CG9403-RA (1486): Superfamily 
DNA binding: maybe

(TF, short range)

GO:0003700 GO:0045449

FBgn0041156exex / extra-extraCG8254 DHB9 HB9 Hb9 dHb9 exexCG8254-RA (525): PFAM (Homeobox)
CG8254-RA (525): Superfamily (0000647)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003700 GO:0006355 GO:0045449

DBD
FBgn0042630Sox21b / Sox21bCG13483 CG32139 CG6419 SOXB2.2 Sox B2-2 Sox21b SoxB2.2CG32139-RA (571): PFAM (HMG_box)
CG32139-RA (571): Superfamily (0000212)
DNA binding: maybe

(TF, short range)

GO:0003700 GO:0006357 GO:0045449

FBgn0042650disco-r / disco-relatedCG32577 CG9219 CG9223 disco-rCG32577-RA (1311): PFAM 
CG32577-RA (1311): Superfamily 
DNA binding: maybe

(TF, short range)

GO:0003700 GO:0003700 GO:0045449

FBgn0042696NfI / Nuclear factor ICG2380 NFI NfICG2380-RA (701): PFAM (MH1)
CG2380-RA (701): Superfamily 
CG2380-RB (765): PFAM (MH1)
CG2380-RB (765): Superfamily 
DNA binding: maybe

(TF, short range)

GO:0003700 GO:0006357

FBgn0043364cbt / cbtCG4427 EP(2)2237 EP2237 cabut cbtCG4427-RA (428): PFAM (zf-C2H2)3
CG4427-RA (428): Superfamily (0003882) (0005933)
CG4427-RB (347): PFAM (zf-C2H2)3
CG4427-RB (347): Superfamily (0003882) (0005933)
DNA binding: maybe

(TF, short range)

GO:0006357 GO:0016563 GO:0045941

DBD
FBgn0044056Gpal / GpalGPAL GpalDNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003677

FBgn0045759bin / biniouCG18647 Dmbin FoxF XIV bin l(3)65CEeCG18647-RA (676): PFAM (Fork_head)
CG18647-RA (676): Superfamily (0006804)
CG18647-RB (61): PFAM 
CG18647-RB (61): Superfamily 
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003700 GO:0006357 GO:0045449

DBD FlyReg FlyMine
FBgn0045852ham / hamletCG10568 CG15906 CG15907 CG31753 hamCG31753-RA (1108): PFAM (zf-C2H2)9
CG31753-RA (1108): Superfamily (0005623) (0005069) (0003882)
DNA binding: maybe

(TF, short range)

GO:0003700 GO:0003700 GO:0006355 GO:0006357 GO:0045449

DBD
FBgn0050011gem / geminiBcDNA:HL07889 CG11867 CG30011 CG3459 anon-AE003830.1 dCP2 gemCG30011-RA (919): PFAM (CP2)
CG30011-RA (919): Superfamily 
CG30011-RC (932): PFAM (CP2)
CG30011-RC (932): Superfamily 
DNA binding: maybe

(TF, short range)

GO:0003700 GO:0006357 GO:0045449

DBD
FBgn0050420CG30420 / CG30420CG12850 CG30420 CG3749CG30420-RB (536): PFAM (NPDC1)
CG30420-RB (536): Superfamily 
CG30420-RA (850): PFAM (bZIP_2) (NPDC1)
CG30420-RA (850): Superfamily 
DNA binding: maybe

(TF, short range)

GO:0003677 GO:0006357 GO:0030528

DBD
FBgn0051481pb / proboscipediaBG:DS01719.1 CG17880 CG31481 PB l(3)04498 pb pdCG31481-RB (777): PFAM (Homeobox)
CG31481-RB (777): Superfamily (0000647)
CG31481-RC (777): PFAM (Homeobox)
CG31481-RC (777): Superfamily (0000647)
CG31481-RD (772): PFAM (Homeobox)
CG31481-RD (772): Superfamily (0000647)
CG31481-RA (782): PFAM (Homeobox)
CG31481-RA (782): Superfamily (0000647)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003677 GO:0003700 GO:0003704 GO:0003704 GO:0006357

DBD
FBgn0051666CG31666 / CG31666CG10871 CG17156 CG17649 CG31666CG31666-RD (604): PFAM (BTB) (zf-C2H2)2
CG31666-RD (604): Superfamily (0001007)
CG31666-RC (604): PFAM (BTB) (zf-C2H2)2
CG31666-RC (604): Superfamily (0001007)
CG31666-RA (604): PFAM (BTB) (zf-C2H2)2
CG31666-RA (604): Superfamily (0001007)
CG31666-RB (794): PFAM (BTB) (zf-C2H2)
CG31666-RB (794): Superfamily (0001007)
DNA binding: maybe

(TF, short range)

GO:0003700

DBD
FBgn0052006CG32006 / CG32006BcDNA:RE51913 CG32006 DmCg32006CG32006-RA (443): PFAM (Fork_head)
CG32006-RA (443): Superfamily (0006804)
DNA binding: maybe

(TF, short range)

GO:0003700 GO:0006355

DBD
FBgn0052105CG32105 / CG32105CG10432 CG17615 CG32105CG32105-RB (640): PFAM (LIM)2 (Homeobox)
CG32105-RB (640): Superfamily (0000681) (0000647)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003700 GO:0006357 GO:0045449

DBD
FBgn0052296Mrtf / Myocardin-related transcription factorCG12188 CG14951 CG32296 DMRTF Mrtf mal-dCG32296-RA (1473): PFAM (RPEL)2 (SAP)
CG32296-RA (1473): Superfamily 
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003677 GO:0016563 GO:0045893

FBgn0052532CG32532 / CG32532CG14201 CG14202 CG14203 CG32532CG32532-RA (736): PFAM (Homeobox)
CG32532-RA (736): Superfamily (0000647)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003677 GO:0003700 GO:0006355 GO:0006357

DBD
FBgn0053557CG33557 / CG33557CG12648 CG33557CG33557-RA (150): PFAM (HLH)
CG33557-RA (150): Superfamily (0000366)
DNA binding: maybe

(TF, short range)

GO:0003700 GO:0045449

DBD
FBgn0061173fd3F / forkhead domain 3FCG12632 fd3FCG12632-RB (360): PFAM (Fork_head)
CG12632-RB (360): Superfamily (0002061)
DNA binding: maybe

(TF, short range)

GO:0003700 GO:0006355

DBD
FBgn0069093p170 / p170p170DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003677 GO:0045449

End of table. If you are unhappy with the annotation, please contact Boris with your suggestions.