1052 genes (FBgn) fulllfil your criteria.

FBid Symbol/Name Synonym Architecture Curator's verdict GO terms TF DB
FBgn0000011ab / abruptCG4807 ab clu l(2)k02807 ptdCG4807-RB (894): PFAM (BTB) (zf-C2H2)
CG4807-RB (894): Superfamily (0001007)
CG4807-RA (904): PFAM (BTB) (zf-C2H2)
CG4807-RA (904): Superfamily (0001007)
DNA binding: maybe

(TF, short range)

GO:0003704 GO:0006357

DBD
FBgn0000014abd-A / abdominal AAbd-A AbdA Abda CG10325 Cbxd DmabdA Hab abd A abd-A abd-a abdA abda iab iab-2 iab-3 iab-4 iab-5 iab2 iab3 iab4 l(3)89EcCG10325-RA (330): PFAM (Homeobox)
CG10325-RA (330): Superfamily (0005281)
CG10325-RB (590): PFAM (Homeobox)
CG10325-RB (590): Superfamily (0000647)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003677 GO:0003700 GO:0003704 GO:0003704 GO:0006357

DBD FlyReg FlyMine
FBgn0000015Abd-B / Abdominal BABDB Abd B Abd-B Abd-b AbdB AbdB(CA)26 AbdB-I AbdB-II AdbB CG10291 CG11648 DROABDB FAB Fab-7 Fab7 MCP Mc Mcp Sab Tab Uab-5Sab abd-B abdB iab iab-5 iab-6 iab-7 iab-8 iab5 iab6 iab7 iab8 iab8.9 iab9 l(3)89Ed pH189 tuh-3 twigCG11648-RD (270): PFAM (Homeobox)
CG11648-RD (270): Superfamily (0000647)
CG11648-RB (493): PFAM (Homeobox)
CG11648-RB (493): Superfamily (0000647)
CG11648-RC (270): PFAM (Homeobox)
CG11648-RC (270): Superfamily (0000647)
CG11648-RA (270): PFAM (Homeobox)
CG11648-RA (270): Superfamily (0000647)
CG11648-RE (270): PFAM (Homeobox)
CG11648-RE (270): Superfamily (0000647)
DNA binding: maybe

(sequence-specific TF)

GO:0003677 GO:0003700 GO:0003704 GO:0003704 GO:0006357

DBD FlyReg FlyMine
FBgn0000018abo / abnormal oocyteCG6093 aboCG6093-RA (539): PFAM 
CG6093-RA (539): Superfamily 
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0000122 GO:0006357 GO:0030528 GO:0030528

FBgn0000022ac / achaete990 E5 F1 AS-C T5 AS-C T5ac ASC Ac CG3796 EG:125H10.3 Hw T5 ac ascT5 sc/T5CG3796-RA (201): PFAM (HLH)
CG3796-RA (201): Superfamily (0000366)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003677 GO:0003700 GO:0003704 GO:0006355 GO:0016563 GO:0045941

DBD DBSD
FBgn0000028acj6 / abnormal chemosensory jump 6ACJ6 Acj6 CG9151 I-POU Ipou acj6 tI-POUCG9151-RD (394): PFAM (Pou) (Homeobox)
CG9151-RD (394): Superfamily (0005825) (0000647)
CG9151-RB (375): PFAM (Pou) (Homeobox)
CG9151-RB (375): Superfamily (0005825) (0000647)
CG9151-RA (396): PFAM (Pou) (Homeobox)
CG9151-RA (396): Superfamily (0005825) (0000647)
CG9151-RC (368): PFAM (Pou) (Homeobox)
CG9151-RC (368): Superfamily (0005825) (0000647)
DNA binding: NO

(TF, short range)

GO:0003677 GO:0003700 GO:0003702 GO:0003714 GO:0003714 GO:0006357 GO:0045449

DBD
FBgn0000054Adf1 / Adh transcription factor 1Adf 1 Adf-1 Adf1 CG15845 adf1 l(2)01349 l(2)04065 nalCG15845-RB (253): PFAM 
CG15845-RB (253): Superfamily 
CG15845-RA (253): PFAM 
CG15845-RA (253): Superfamily 
CG15845-RC (262): PFAM 
CG15845-RC (262): Superfamily 
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003702 GO:0006357 GO:0016251 GO:0045941

FlyReg FlyMine
FBgn0000057adp / adiposeCG5124 adp anon-WO0196371.1 anon-WO0196371.27 anon-WO0196371.3CG5124-RA (628): PFAM (WD40) (TPR_2) (WD40)
CG5124-RA (628): Superfamily (0002427) (0001626)2 (0002427) (0001626)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003677

FBgn0000061al / aristalessA1 AL CG3935 L13-4 al lambda13-4CG3935-RA (408): PFAM (Homeobox) (OAR)
CG3935-RA (408): Superfamily (0000647)
DNA binding: maybe

(TF, short range)

GO:0003700 GO:0003704 GO:0006355 GO:0006357

DBD
FBgn0000095Antp / Antennapedia3.4 ANT-C ANT-P ANTC Ant AntP Antp Antp1 BG:DS07700.1 CG1028 DMANTPE1 DRO15DC96Z DmAntp Hu Ns Scx antp l(3)84BaCG1028-RH (297): PFAM 
CG1028-RH (297): Superfamily 
CG1028-RL (378): PFAM (Homeobox)
CG1028-RL (378): Superfamily (0005281)
CG1028-RG (361): PFAM (Homeobox)
CG1028-RG (361): Superfamily (0000647)
CG1028-RM (378): PFAM (Homeobox)
CG1028-RM (378): Superfamily (0005281)
CG1028-RJ (378): PFAM (Homeobox)
CG1028-RJ (378): Superfamily (0005281)
CG1028-RD (374): PFAM (Homeobox)
CG1028-RD (374): Superfamily (0000647)
CG1028-RF (365): PFAM (Homeobox)
CG1028-RF (365): Superfamily (0005281)
CG1028-RE (365): PFAM (Homeobox)
CG1028-RE (365): Superfamily (0005281)
CG1028-RK (361): PFAM (Homeobox)
CG1028-RK (361): Superfamily (0000647)
CG1028-RN (374): PFAM (Homeobox)
CG1028-RN (374): Superfamily (0000647)
CG1028-RI (378): PFAM (Homeobox)
CG1028-RI (378): Superfamily (0005281)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003677 GO:0003700 GO:0003704 GO:0003704 GO:0006357

DBD FlyReg FlyMine
FBgn0000097aop / anterior openAop Aop/Yan CG3166 DROYANET DROYANETSB SK2-1 YAN Yan aop aop/yan pok yan yan/pokCG3166-RA (732): PFAM (SAM_PNT) (Ets)
CG3166-RA (732): Superfamily (0000959) (0006195)
CG3166-RB (732): PFAM (SAM_PNT) (Ets)
CG3166-RB (732): Superfamily (0000959) (0006195)
DNA binding: maybe

(TF, short range)

GO:0003700 GO:0003700 GO:0006357 GO:0016481 GO:0016564 GO:0016564

DBD
FBgn0000099ap / apterousCG8376 LIM Xa ap blt trwCG8376-RB (246): PFAM (LIM) (Homeobox)
CG8376-RB (246): Superfamily (0000647)
CG8376-RA (469): PFAM (LIM)2 (Homeobox)
CG8376-RA (469): Superfamily (0000681) (0000647)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003677 GO:0003700 GO:0003704 GO:0006350 GO:0006350 GO:0006357

DBD FlyReg FlyMine
FBgn0000137ase / asenseAS-C T8 AS-C T8ase AS-T8 ASC Ase CG3258 EG:165H7.2 T1 T1a T8 as-T8 ascT8 ase sc/T8CG3258-RA (486): PFAM (HLH)
CG3258-RA (486): Superfamily (0000355)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003677 GO:0003700 GO:0003702 GO:0006355

DBD
FBgn0000139ash2 / absent, small, or homeotic discs 21124/11 291.8 703 ASH2 CG6677 ash-2 ash2 l(3)112411 l(3)S112411 l(3)SG65 madCG6677-RC (556): PFAM (SPRY)
CG6677-RC (556): Superfamily (0002927)
CG6677-RB (350): PFAM (SPRY)
CG6677-RB (350): Superfamily 
CG6677-RA (623): PFAM (SPRY)
CG6677-RA (623): Superfamily (0002927)
DNA binding: maybe

(TF, long range)

GO:0003677 GO:0006366 GO:0030528 GO:0048096

FBgn0000157Dll / Distal-less2.7 Art Ba BcDNA:LP01770 CG3629 Dll E(Arp) En(Arp) dll l(2)01092 l(2)387CG3629-RA (327): PFAM (Homeobox)
CG3629-RA (327): Superfamily (0005281)
CG3629-RB (322): PFAM (Homeobox)
CG3629-RB (322): Superfamily (0005281)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003677 GO:0003700 GO:0003704 GO:0006357

DBD FlyReg FlyMine
FBgn0000166bcd / bicoidBG:DS00276.7 Bcd CG1034 bcd bic mum prd4CG1034-RF (413): PFAM (Homeobox)
CG1034-RF (413): Superfamily (0005281)
CG1034-RE (418): PFAM (Homeobox)
CG1034-RE (418): Superfamily (0005281)
CG1034-RD (489): PFAM (Homeobox)
CG1034-RD (489): Superfamily (0005281)
CG1034-RA (149): PFAM 
CG1034-RA (149): Superfamily 
CG1034-RG (494): PFAM (Homeobox)
CG1034-RG (494): Superfamily (0005281)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003677 GO:0003700 GO:0003704 GO:0006355 GO:0006355 GO:0006357

DBD FlyReg FlyMine
FBgn0000179bi / bifidBI CG3578 Dm-OMB Dm-omb OMB Omb Qd T3 bi dm-omb l(1)bi l(1)omb ombCG3578-RA (972): PFAM (T-box)
CG3578-RA (972): Superfamily (0004955)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003700 GO:0003700 GO:0003702 GO:0006357 GO:0030528 GO:0045449

DBD
FBgn0000181bic / bicaudal107/12 5A BcDNA.GM05329 BcDNA:GM05329 Bic Btf CG3644 E(2)Bic E(Bic) bic l(2)49Da l(2)k10712 l(2)vr22 vr22CG3644-RA (169): PFAM (NAC)
CG3644-RA (169): Superfamily 
CG3644-RB (169): PFAM (NAC)
CG3644-RB (169): Superfamily 
DNA binding: NO

GO:0003700 GO:0006357 GO:0006367 GO:0016251

FBgn0000210br / broad2B5 2Bc A18 BR BR-C BR-C Z1 BR-c BRC BRC-Z1 BR_C Br-C BrC-Z1 CG11491 CG11511 CG11514 EG:123F11.1 EG:17A9.1 EG:25D2.1 PP1 PP2 Z1 Z2 Z3 Z4 br br-C br-Z1 br-Z3 de12 ecs l(1)2Ba l(1)2Bab l(1)2Bad l(1)2Bb l(1)2Bc l(1)2Bd l(1)ESHS5 l(1)G0018 l(1)G0042 l(1)CG11491-RB (880): PFAM (BTB)
CG11491-RB (880): Superfamily (0001007)
CG11491-RG (663): PFAM (BTB)
CG11491-RG (663): Superfamily (0001007)
CG11491-RC (880): PFAM (BTB)
CG11491-RC (880): Superfamily (0001007)
CG11491-RD (628): PFAM (BTB) (zf-C2H2)2
CG11491-RD (628): Superfamily (0001007)
CG11491-RF (502): PFAM (BTB)
CG11491-RF (502): Superfamily (0001007)
CG11491-RE (724): PFAM (BTB)
CG11491-RE (724): Superfamily (0001007)
CG11491-RA (702): PFAM (BTB) (zf-C2H2)
CG11491-RA (702): Superfamily (0001007)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003677 GO:0003700 GO:0003704 GO:0006355 GO:0006355 GO:0006357

DBD FlyReg
FBgn0000212brm / brahmaBRM Brm CG18438 CG5942 E(E2F)3A brm dBRM l(3)72AaCG5942-RB (1638): PFAM (HSA) (TCH) (SNF2_N) (Helicase_C) (Bromodomain)
CG5942-RB (1638): Superfamily (0000057) (0001151) (0000057) (0007615)
CG5942-RA (1638): PFAM (HSA) (TCH) (SNF2_N) (Helicase_C) (Bromodomain)
CG5942-RA (1638): Superfamily (0000057) (0001151) (0000057) (0007615)
CG5942-RD (1634): PFAM (HSA) (TCH) (SNF2_N) (Helicase_C) (Bromodomain)
CG5942-RD (1634): Superfamily (0000057) (0007069)2 (0000057) (0007069) (0007615)
CG5942-RC (1634): PFAM (HSA) (TCH) (SNF2_N) (Helicase_C) (Bromodomain)
CG5942-RC (1634): Superfamily (0000057) (0007069)2 (0000057) (0007069) (0007615)
DNA binding: NO

GO:0003677 GO:0003713 GO:0003713 GO:0006357 GO:0016251 GO:0048096

FBgn0000233btd / buttonheadBTD CG12653 btdCG12653-RA (644): PFAM (zf-C2H2)3
CG12653-RA (644): Superfamily (0003882)2
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003702 GO:0006357 GO:0006357 GO:0008134 GO:0016563 GO:0016563 GO:0045893 GO:0045944

DBD
FBgn0000242Bx / BeadexBd Bx CG6500 DLMO Dlmo Lmo Ptd Rho beadex/dLMO dLMO dlmo dttg fliH hdp hdp-a hld mgg mgtCG6500-RA (313): PFAM (LIM)2
CG6500-RA (313): Superfamily (0000681)
CG6500-RB (384): PFAM (LIM)2
CG6500-RB (384): Superfamily (0000681)
CG6500-RC (313): PFAM (LIM)2
CG6500-RC (313): Superfamily (0000681)
DNA binding: NO

GO:0006357 GO:0030528

FBgn0000251cad / caudal38E.19 CG1759 Cad S67 anon-WO2004063362.83 cad cdCG1759-RB (427): PFAM (Homeobox)
CG1759-RB (427): Superfamily (0005281)
CG1759-RA (427): PFAM (Homeobox)
CG1759-RA (427): Superfamily (0005281)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003677 GO:0003700 GO:0003702 GO:0003704 GO:0006357

DBD FlyReg FlyMine
FBgn0000256capu / cappuccinoCG15420 CG3399 Capu capp capuCG3399-RC (1154): PFAM (FH2)
CG3399-RC (1154): Superfamily 
CG3399-RB (1049): PFAM (FH2)
CG3399-RB (1049): Superfamily 
CG3399-RD (1207): PFAM (FH2)
CG3399-RD (1207): Superfamily 
CG3399-RA (1059): PFAM (FH2)
CG3399-RA (1059): Superfamily 
DNA binding: NO

GO:0003677

FBgn0000283Cp190 / Centrosomal protein 190kDAbS1-4 Bx63 CG6384 CP-190 CP-60 CP190 Cen185 Cen190 Cp190 DMAP-190 DMAP190 Dmap190 Map190 Rb188 dmap190CG6384-RA (1096): PFAM (BTB) (zf-C2H2)
CG6384-RA (1096): Superfamily (0001007)
CG6384-RB (1096): PFAM (BTB) (zf-C2H2)
CG6384-RB (1096): Superfamily (0001007)
DNA binding: NO

DBD
FBgn0000286Cf2 / Chorion factor 2BcDNA:GM09668 CF2 CF2.5 CG11924 Cf2 cf2CG11924-RA (510): PFAM (zf-C2H2)5
CG11924-RA (510): Superfamily (0005933) (0003882)2
CG11924-RB (482): PFAM (zf-C2H2)4
CG11924-RB (482): Superfamily (0005933) (0003882) (0005933)
CG11924-RC (482): PFAM (zf-C2H2)4
CG11924-RC (482): Superfamily (0005933) (0003882) (0005933)
CG11924-RD (514): PFAM (zf-C2H2)
CG11924-RD (514): Superfamily 
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003677 GO:0003677 GO:0003702 GO:0003702 GO:0006355 GO:0006355 GO:0030528 GO:0030528

DBD DBSD
FBgn0000287salr / spalt-related32F CG4881 Cf3 Sal-r Spalt sal sal-r salR salr spaltCG4881-RB (1267): PFAM (zf-C2H2)6
CG4881-RB (1267): Superfamily (0005623) (0005035) (0003882)2 (0005594)
CG4881-RA (1267): PFAM (zf-C2H2)6
CG4881-RA (1267): Superfamily (0005623) (0005035) (0003882)2 (0005594)
DNA binding: maybe

(TF, short range)

GO:0003704 GO:0045449

DBD
FBgn0000289cg / combgapCG8367 cg l(2)07659 l(2)k11504 migCG8367-RD (671): PFAM (zf-C2H2)9
CG8367-RD (671): Superfamily (0005623) (0000051) (0005035)2 (0003882) (0004018) (0005933) (0004681)
CG8367-RC (629): PFAM (zf-C2H2)9
CG8367-RC (629): Superfamily (0003882)3 (0004018) (0005933) (0004681)
CG8367-RA (671): PFAM (zf-C2H2)9
CG8367-RA (671): Superfamily (0005623) (0000051) (0005035)2 (0003882) (0004018) (0005933) (0004681)
CG8367-RB (772): PFAM (zf-C2H2)9
CG8367-RB (772): Superfamily (0005623) (0000051) (0005035)2 (0003882) (0004018) (0005933) (0004681)
DNA binding: maybe

(TF, short range)

GO:0003700 GO:0006357

DBD
FBgn0000307chif / chiffonBG:DS09218.1 BG:DS09218.2 CG5813 CG5817 DS09218.1 Dbf4 chf chif fs(2)chiffonCG5813-RA (1711): PFAM (zf-DBF)
CG5813-RA (1711): Superfamily 
CG5813-RB (1695): PFAM (zf-DBF)
CG5813-RB (1695): Superfamily 
DNA binding: NO

GO:0003677 GO:0006355

FBgn0000338cnc / cap-n-collar5134 CG17894 CG4566 CG4578 CNC CNC_DROME Cnc anon-WO0153538.6 anon-WO0153538.7 cnc l(3)03921CG17894-RD (533): PFAM (bZIP_2)
CG17894-RD (533): Superfamily (0004651)
CG17894-RA (533): PFAM (bZIP_2)
CG17894-RA (533): Superfamily (0004651)
CG17894-RE (533): PFAM (bZIP_2)
CG17894-RE (533): Superfamily (0004651)
CG17894-RF (533): PFAM (bZIP_2)
CG17894-RF (533): Superfamily (0004651)
CG17894-RC (1383): PFAM 
CG17894-RC (1383): Superfamily (0004651)
CG17894-RG (533): PFAM (bZIP_2)
CG17894-RG (533): Superfamily (0004651)
CG17894-RB (805): PFAM (bZIP_2)
CG17894-RB (805): Superfamily (0004651)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003677 GO:0003700 GO:0003702 GO:0006357 GO:0016563

DBD
FBgn0000370crc / cryptocephal929 ATF-4 CG8669 crc dATF-4 l(2)crcCG8669-RA (381): PFAM (bZIP_1)
CG8669-RA (381): Superfamily 
CG8669-RB (298): PFAM (bZIP_1)
CG8669-RB (298): Superfamily 
DNA binding: maybe

(TF, short range)

GO:0003700 GO:0003700 GO:0006355 GO:0045449

DBD
FBgn0000376crm / crampedCG2714 EG:95B7.2 ZW-9 crm l(1)3C1 l(1)3Ca l(1)zw9 sa staP swa zw-9 zw9CG2714-RB (982): PFAM (Myb_DNA-bin)
CG2714-RB (982): Superfamily 
CG2714-RA (982): PFAM (Myb_DNA-bin)
CG2714-RA (982): Superfamily 
DNA binding: maybe

(TF, long range)

GO:0003677 GO:0045449

FBgn0000411D / DichaeteCG5893 D SOX70 SOX70D SOXB2.1 SOXDP Sox70D fish l(3)LG9 loDCG5893-RA (382): PFAM (HMG_box)
CG5893-RA (382): Superfamily (0005279)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003677 GO:0003700 GO:0003700 GO:0006355 GO:0006357 GO:0016563 GO:0045449 GO:0045893

FBgn0000413da / daughterlessCG5102 Da da l(2)31EaCG5102-RA (710): PFAM (HLH)
CG5102-RA (710): Superfamily 
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003677 GO:0003700 GO:0003704 GO:0006355 GO:0006357 GO:0016563 GO:0016563 GO:0045941

DBD DBSD
FBgn0000439Dfd / DeformedBG:DS00276.5 CG2189 Dfd DmDfd EbR11 dfd l(3)84AeCG2189-RA (586): PFAM (Homeobox)
CG2189-RA (586): Superfamily (0005281)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003700 GO:0003700 GO:0003702 GO:0006357

DBD FlyReg FlyMine
FBgn0000448Hr46 / Hormone receptor-like in 4612.6 2.4 CG11823 CG12208 CG33183 D DHR3 Dhr3 HR3 Hr3 Hr46 NR1F4 dHR3 l(2)46CFi l(2)k09242CG33183-RC (694): PFAM (zf-C4) (Hormone_rec)
CG33183-RC (694): Superfamily (0005367)3
CG33183-RA (487): PFAM (zf-C4) (Hormone_rec)
CG33183-RA (487): Superfamily (0005367)3
CG33183-RB (444): PFAM (zf-C4) (Hormone_rec)
CG33183-RB (444): Superfamily (0005367)3
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003700 GO:0006357

DBD FlyReg FlyMine
FBgn0000459disco / disconnectedCG9908 disc discoCG9908-RA (568): PFAM (zf-C2H2)
CG9908-RA (568): Superfamily 
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003700

DBD
FBgn0000462dl / dorsalCG6667 anon-EST:GressD7 dL dl fs(2)k10816 mat(2)dorsalCG6667-RA (677): PFAM (RHD) (TIG)
CG6667-RA (677): Superfamily (0003904) (0003903)
CG6667-RC (999): PFAM (RHD) (TIG)
CG6667-RC (999): Superfamily (0003904) (0000799)
CG6667-RB (677): PFAM (RHD) (TIG)
CG6667-RB (677): Superfamily (0003904) (0003903)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0000122 GO:0003677 GO:0003700 GO:0003700 GO:0003702 GO:0006355 GO:0016481 GO:0016563 GO:0016564 GO:0016564 GO:0045449 GO:0045892 GO:0045893 GO:0045944

DBD FlyReg FlyMine
FBgn0000472dm / diminutiveCG10798 D-Myc DMYc Dmyc EG:BACN5I9.1 Myc anon-WO03040301.171 c-MYC c-Myc d-myc dMYC dMyc dMyc1 dm dmyc dmyc1 l(1)G0139 mycCG10798-RA (717): PFAM (HLH)
CG10798-RA (717): Superfamily 
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003677 GO:0003700 GO:0003700 GO:0003700 GO:0006355

DBD DBSD
FBgn0000492Dr / Drop99B CG1897 Dr Msh l(3)FA30 ltt msh msh-1 msh1CG1897-RA (515): PFAM (Homeobox)
CG1897-RA (515): Superfamily (0005281)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003677 GO:0003677 GO:0003700 GO:0003700 GO:0006357 GO:0045449

DBD
FBgn0000504dsx / doublesexCG11094 Dmdsx Dsx Hr dsx ix-62cCG11094-RA (549): PFAM (DM)
CG11094-RA (549): Superfamily 
CG11094-RC (427): PFAM (DM)
CG11094-RC (427): Superfamily 
CG11094-RB (427): PFAM (DM)
CG11094-RB (427): Superfamily 
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0000122 GO:0003677 GO:0003677 GO:0003677 GO:0003700 GO:0003702 GO:0003704 GO:0003704 GO:0006366 GO:0030528 GO:0045449 GO:0045892 GO:0045893 GO:0045944

DBD DBSD
FBgn0000520dwg / deformed wingsCG2711 EG:95B7.6 SBP Sbp ZW-5 Zw-5 Zw5 dwg l(1)3Be l(1)zw5 ves zw-5 zw5CG2711-RA (592): PFAM (zf-AD) (zf-C2H2)8
CG2711-RA (592): Superfamily (0003882) (0005068) (0003882) (0005933)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003700 GO:0006357

DBD FlyReg FlyMine
FBgn0000528E81 / E81E81DNA binding: NO

GO:0003702 GO:0006357

FBgn0000529bsh / brain-specific homeobox&lgr;E86 Bsh CG10604 E86 Hox11-310 bshCG10604-RB (427): PFAM (Homeobox)
CG10604-RB (427): Superfamily (0000647)
CG10604-RA (287): PFAM (Homeobox)
CG10604-RA (287): Superfamily (0000647)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003700 GO:0003702 GO:0003702 GO:0006357

DBD
FBgn0000531E103 / E10390Bre E103DNA binding: NO

GO:0003702

FBgn0000532E111 / E111E111DNA binding: NO

GO:0003702

FBgn0000533ea / easterCG4920 SP24 c-SP24 eaCG4920-RA (392): PFAM (Trypsin)
CG4920-RA (392): Superfamily (0005659)
DNA binding: NO

GO:0003677 GO:0003700 GO:0006355

FBgn0000541E(bx) / Enhancer of bithoraxCG10894 CG17135 CG32346 CG32478 CG7022 E(Bx) E(bx) En-bx NURF NURF-215 NURF-301 NURF215 NURF301 Nurf-215 Nurf301 dNURF l(3)122 l(3)ry122 nurf301 p215 p301CG32346-RB (2649): PFAM (DDT) (PHD)3 (Bromodomain)
CG32346-RB (2649): Superfamily (0002648) (0007615)
CG32346-RC (2159): PFAM (DDT) (PHD)
CG32346-RC (2159): Superfamily (0002648)
CG32346-RA (2669): PFAM (DDT) (PHD)3 (Bromodomain)
CG32346-RA (2669): Superfamily (0002648) (0007615)
DNA binding: YES

(TF, long range)

GO:0003677 GO:0006350 GO:0006350 GO:0006357 GO:0030528

DBD
FBgn0000543ecd / ecdysonelessCG5714 ecd ecd-1 ecd1 ecdl l(3)62Db l(3)ecd l(3)ecd-1 l(3)ecd1CG5714-RA (684): PFAM (SGT1)
CG5714-RA (684): Superfamily 
DNA binding: maybe

DBD
FBgn0000546EcR / Ecdysone receptorCG1765 CG8347 DEcR Dhr23 DmEcR ECR EcR EcR-A EcR-B1 EcRB-1 EcdR NR1H1 anon-WO0229075.1 dECR ecr lie ms(2)06410 ms(2)42A sntCG1765-RC (669): PFAM (zf-C4) (Hormone_rec)
CG1765-RC (669): Superfamily (0005367)2
CG1765-RB (878): PFAM (zf-C4) (Hormone_rec)
CG1765-RB (878): Superfamily (0005367)2
CG1765-RA (849): PFAM (zf-C4) (Hormone_rec)
CG1765-RA (849): Superfamily (0005367)2
CG1765-RD (849): PFAM (zf-C4) (Hormone_rec)
CG1765-RD (849): Superfamily (0005367)2
CG1765-RE (849): PFAM (zf-C4) (Hormone_rec)
CG1765-RE (849): Superfamily (0005367)2
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003677 GO:0003677 GO:0003700 GO:0003701 GO:0006357 GO:0006357 GO:0045892

DBD
FBgn0000560eg / eagleCG7383 EGON Egon NR0A3 T1 eag eg egon spyCG7383-RA (373): PFAM (zf-C4)
CG7383-RA (373): Superfamily (0005320)
CG7383-RB (373): PFAM (zf-C4)
CG7383-RB (373): Superfamily (0005320)
DNA binding: maybe

(TF, short range)

GO:0003700 GO:0006357

DBD
FBgn0000567Eip74EF / Ecdysone-induced protein 74EF3.3 CG32180 CG6273 CG6285 E-74 E74 E74-B E74A E74B ECIP Eip74EF e74 l(3)24 l(3)neo24 mE74CG32180-RC (868): PFAM (Ets)
CG32180-RC (868): Superfamily (0006195)
CG32180-RD (883): PFAM (Ets)
CG32180-RD (883): Superfamily (0006195)
CG32180-RA (829): PFAM (Ets)
CG32180-RA (829): Superfamily (0006195)
CG32180-RB (883): PFAM (Ets)
CG32180-RB (883): Superfamily (0006195)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003700 GO:0003704 GO:0006355 GO:0006357 GO:0045449

DBD FlyReg FlyMine
FBgn0000568Eip75B / Ecdysone-induced protein 75B57B BcDNA:GM02640 CG8127 DmE75A DmE75B E75 E75-C E75A E75B E75C EP1121b Eip75 Eip75B NR1D3 anon-WO0172774.31 anon-WO0172774.32 dE75 l(3)07041 l(3)j11A6 l(3)j12E8 l(3)j3A6 l(3)j5E1 l(3)neo25CG8127-RA (1355): PFAM (zf-C4) (Hormone_rec)
CG8127-RA (1355): Superfamily (0005367)2
CG8127-RD (906): PFAM (Hormone_rec)
CG8127-RD (906): Superfamily (0007583)
CG8127-RC (1199): PFAM (zf-C4) (Hormone_rec)
CG8127-RC (1199): Superfamily (0005367)2
CG8127-RB (1412): PFAM (zf-C4) (Hormone_rec)
CG8127-RB (1412): Superfamily (0005367)2
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003677 GO:0003700 GO:0003704 GO:0006355 GO:0006357

DBD
FBgn0000575emc / extra macrochaetae0094/26 0203/10 0587/01 0977/09 Ach CG1007 Dm0688 Emc emc gov l(3)04322 l(3)05592 l(3)j4E11 ms(3)61CDCG1007-RA (199): PFAM (HLH)
CG1007-RA (199): Superfamily (0003356)
DNA binding: maybe

(TF, short range)

GO:0000122 GO:0003714 GO:0003714 GO:0016481 GO:0016481

DBD
FBgn0000576ems / empty spiraclesCG2988 E4 W13 ant emsCG2988-RA (494): PFAM (Homeobox)
CG2988-RA (494): Superfamily (0000647)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003677 GO:0003700 GO:0003704 GO:0006355 GO:0006355

DBD FlyReg FlyMine
FBgn0000577en / engrailedApa CG9015 Eng Engrailed/Invected Es V en sptCG9015-RB (552): PFAM (Homeobox)
CG9015-RB (552): Superfamily (0000647)
CG9015-RA (552): PFAM (Homeobox)
CG9015-RA (552): Superfamily (0000647)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003677 GO:0003700 GO:0003704 GO:0006357 GO:0016481 GO:0016481 GO:0016564 GO:0030528

DBD FlyReg FlyMine
FBgn0000588esc / extra sexcombsCG14941 ESC Esc L41867 escCG14941-RA (425): PFAM (WD40)2
CG14941-RA (425): Superfamily (0002427)
DNA binding: YES

(TF, long range)

GO:0003677 GO:0006357 GO:0030528

FBgn0000591E(spl) / Enhancer of splitCG8365 E(spl) E(spl) m8 E(spl)-m8 E(spl)M8 E(spl)bHLH E(spl)m8 En(spl) En(spl)-C Hes anon-EST:Liang-1.71 clone 1.71 e(spl) l(3)96Fd m8CG8365-RA (179): PFAM (HLH) (Hairy_orang)
CG8365-RA (179): Superfamily (0003356)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0000122 GO:0003677 GO:0003700 GO:0016564 GO:0016566

DBD FlyReg FlyMine
FBgn0000606eve / even skipped10.5 10.9 14.10 20.35 CG2328 E(eve) EVE F V VI eve l(2)46CFg l(2)46CFh l(2)46CFj l(2)46CFp l(2)46Ce l(2)46CgCG2328-RA (376): PFAM (Homeobox)
CG2328-RA (376): Superfamily (0000647)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003677 GO:0003700 GO:0003700 GO:0006355 GO:0006355

DBD FlyReg FlyMine
FBgn0000611exd / extradenticleCG8933 DExd Dm-EXD Dpbx EXD Exd Pbx1 anon-EST:fe1H3 exd l(1)IV td48CG8933-RB (376): PFAM (PBX) (Homeobox)
CG8933-RB (376): Superfamily (0000648)
CG8933-RA (376): PFAM (PBX) (Homeobox)
CG8933-RA (376): Superfamily (0000648)
CG8933-RC (376): PFAM (PBX) (Homeobox)
CG8933-RC (376): Superfamily (0000648)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003677 GO:0003700 GO:0003704 GO:0006355

DBD FlyReg FlyMine
FBgn0000617e(y)1 / enhancer of yellow 1CG6474 TAF40 TAF40/42 TAF40/42/e(y)1 TAF42 TAF9 TAFII TAFII40 TAFII40/42 TAFII42 TAFII40 TAFII40 TAFII40(42) TFIID TFIID 42 TFIID-p42 Taf40 Taf42 TafII40 d40 dTAF42 dTAF9 dTAF<CG6474-RA (278): PFAM (TFIID-31kDa)
CG6474-RA (278): Superfamily (0004722)
DNA binding: NO

GO:0003677 GO:0003702 GO:0005669 GO:0005669 GO:0006357 GO:0006367 GO:0016251 GO:0016563

FBgn0000618e(y)2 / enhancer of yellow 2CG15191 d e(y)2 e(y)2CG15191-RA (101): PFAM 
CG15191-RA (101): Superfamily 
DNA binding: NO

GO:0003700 GO:0006350

FBgn0000619e(y)3 / enhancer of yellow 3CG12238 e(y)3 e(y)3 l(1)G0084 l(1)G0266 l(1)G0283 l(1)G0381 l(1)G0409CG12238-RA (2006): PFAM (PHD)
CG12238-RA (2006): Superfamily 
DNA binding: NO

GO:0003677 GO:0006355 GO:0030528 GO:0045892 GO:0045893

FBgn0000625eyg / eyegoneBK27 Bk27 CG10488 eyg lunCG10488-RA (670): PFAM (PAX) (Homeobox)
CG10488-RA (670): Superfamily (0007306) (0000647)
CG10488-RB (670): PFAM (PAX) (Homeobox)
CG10488-RB (670): Superfamily (0007306) (0000647)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003700 GO:0003700 GO:0005667 GO:0006357

DBD
FBgn0000629E(z) / Enhancer of zesteCG6502 E(Z) E(z) E(z)1 EZ E[z] Ez Su(z)301 l(3)1902 l(3)67Fa l(3)B12 l(3)SG17 l(3)ds12 pco pco/E(z)CG6502-RA (760): PFAM (SET)
CG6502-RA (760): Superfamily 
DNA binding: NO

GO:0003677 GO:0003712 GO:0006357

FBgn0000659fkh / fork headCG10002 Dmfkh Fkh Sebp2 fkhCG10002-RA (510): PFAM (Fork_head)
CG10002-RA (510): Superfamily (0006804)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0000122 GO:0003700 GO:0003700 GO:0006355 GO:0006355 GO:0030528

DBD FlyReg FlyMine
FBgn0000810fs(1)K10 / female sterile (1) K10CG3218 EG:30B8.5 K-10 K10 fs(1)K10 fs(1)M9 fs(1)k10CG3218-RA (463): PFAM 
CG3218-RA (463): Superfamily 
DNA binding: NO

GO:0003677

FBgn0000964tj / traffic jamCG10034 Dmaf PL3 fs(2)eo-B fs(2)eo2 fs(2)eoPL3 tjCG10034-RA (509): PFAM (bZIP_Maf)
CG10034-RA (509): Superfamily (0004651)
DNA binding: maybe

(TF, short range)

GO:0003700 GO:0003700 GO:0003702 GO:0006350 GO:0006357 GO:0045449 GO:0045449

DBD
FBgn0000996dup / double parked19k CDT1/DUP CG8171 Cdt1 DUP anon-WO0257455.31 cdt1/dup dup fs(2)51Fa fs(2)PA77 fs(2)ltoPA77 l(2)51Ec l(2)k03308CG8171-RA (743): PFAM 
CG8171-RA (743): Superfamily 
DNA binding: NO

GO:0003677

FBgn0001075ft / fat79/18 CG3352 CT11259 Ft ft l(2)24Da l(2)79/18 l(2)fat l(2)fd l(2)ft l(2)gd-1 l(2)gd-l l(2)gd2 l(2)k07918CG3352-RA (5147): PFAM (Cadherin)25
CG3352-RA (5147): Superfamily (0001154) (0003881) (0007837)8 (0007475) (0007837) (0007590) (0007837) (0007590) (0007837)10 (0003880) (0007837) (0007590) (0007837)3 (00)
DNA binding: NO

GO:0003700 GO:0006355

FBgn0001077ftz / fushi tarazuBG:DS07876.1 CG2047 Dm-Ftz Ual ftz l(3)84AgCG2047-RA (410): PFAM (FTZ) (Homeobox)
CG2047-RA (410): Superfamily (0005281)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003677 GO:0003700 GO:0003700 GO:0006355 GO:0006357

DBD FlyReg FlyMine
FBgn0001078ftz-f1 / ftz transcription factor 1&agr;FTZ-F1 &agr;FTZF1 &agr;ftz-f1 &bgr; FTZ-F1 &bgr;-Ftz-F1 &bgr;FTZ-F1 &bgr;FTZF1 &bgr;ftz-F1 &bgr;ftz-f1 CG13378 CG4059 DEP1 DmFTZ-F1 FIP1 FTZ-F1 FTZ-F1&agr; FTZF1 Ftz-F1 Ftz-f1 NR5A3 bFTZ-F1 beta FTZ-F1 dFTZ-F1&agr; dFtz-F1&agr; ftz-F1 ftz-f1 ftzCG4059-RA (803): PFAM (zf-C4) (Hormone_rec)
CG4059-RA (803): Superfamily (0005367)2
CG4059-RB (1027): PFAM (zf-C4) (Hormone_rec)
CG4059-RB (1027): Superfamily (0005462) (0003222) (0005462)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003677 GO:0003677 GO:0003700 GO:0003712 GO:0006355 GO:0006357

DBD FlyReg FlyMine
FBgn0001133grau / grauzoneCG3282 CG33133 grauCG33133-RA (570): PFAM (zf-AD) (zf-C2H2)5
CG33133-RA (570): Superfamily 
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003704 GO:0003704 GO:0006357

DBD
FBgn0001138grn / grainCG9656 GATAc GRAIN Gata-c Gata2 dGATA-2 dGATAc dGatac gra grn l(3)84FaCG9656-RA (486): PFAM (GATA)2
CG9656-RA (486): Superfamily (0005553)2
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003700 GO:0003702 GO:0006357 GO:0016251 GO:0016251

DBD
FBgn0001139gro / grouchoBEST:GM01575 BEST:LD15161 BcDNA.LD33829 BcDNA:LD33829 CG8384 E(spl)-WD E(spl)2 E(spl)gro E(spl)m9/m10 En-spl Gro anon-WO0118547.385 dAES1 dAES2 dGro gro l(3)gro m10 m9 m9,m10 m9-m10 m9/10 m9/m10CG8384-RC (719): PFAM (TLE_N) (WD40)3
CG8384-RC (719): Superfamily (0007453)2
CG8384-RD (719): PFAM (TLE_N) (WD40)3
CG8384-RD (719): Superfamily (0007453)2
CG8384-RE (730): PFAM (TLE_N) (WD40)3
CG8384-RE (730): Superfamily (0007453)2
CG8384-RB (719): PFAM (TLE_N) (WD40)3
CG8384-RB (719): Superfamily (0007453)2
CG8384-RA (719): PFAM (TLE_N) (WD40)3
CG8384-RA (719): Superfamily (0007453)2
DNA binding: NO

GO:0000122 GO:0000122 GO:0000122 GO:0003677 GO:0003714 GO:0003714 GO:0003714 GO:0003714 GO:0003714 GO:0016481 GO:0016481

FBgn0001147gsb-n / gooseberry-neuroBSH-4 BSH4 CG2692 Gsb-p gsb gsb-n gsb-neuro gsb-p gsbn gsbpCG2692-RA (449): PFAM 
CG2692-RA (449): Superfamily (0004048) (0000647)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003677 GO:0003700 GO:0003700 GO:0005667 GO:0006357

DBD FlyReg FlyMine
FBgn0001148gsb / gooseberryBSH-9 BSH9 BSH9c2 CG3388 GSB-D Gsb-d gsb gsb-2 gsb-d gsb-distal gsbBSH9 gsbd l(2)01155 l(2)gsbCG3388-RA (427): PFAM (PAX) (Homeobox)
CG3388-RA (427): Superfamily (0004048) (0000647)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003677 GO:0003700 GO:0003700 GO:0005667 GO:0006357 GO:0045449

DBD FlyReg FlyMine
FBgn0001150gt / giantCG7952 EG:BACH7M4.5 GIAN_DROME Giant gt l(1)3Aa l(1)giantCG7952-RB (448): PFAM (bZIP_2)
CG7952-RB (448): Superfamily 
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0000122 GO:0000122 GO:0003677 GO:0003704 GO:0016566 GO:0016566

DBD FlyReg FlyMine
FBgn0001168h / hairy8247 CG6494 Hairy brr dDr1 h l(3)08247 l(3)rM384CG6494-RA (337): PFAM (HLH) (Hairy_orang)
CG6494-RA (337): Superfamily (0000366)
CG6494-RB (337): PFAM (HLH) (Hairy_orang)
CG6494-RB (337): Superfamily (0000366)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0000122 GO:0000122 GO:0000122 GO:0000122 GO:0003677 GO:0016481 GO:0016564 GO:0016565 GO:0016566 GO:0045892

DBD DBSD
FBgn0001170H2.0 / Homeodomain protein 2.0CG11607 H2.0CG11607-RA (418): PFAM (Homeobox)
CG11607-RA (418): Superfamily (0000647)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003677 GO:0003700 GO:0003704 GO:0006357

DBD
FBgn0001179hay / haywireCG8019 DhR25 DhXPB DmXPB ERCC3 TFIIH Xpb/hay hay hwr i50 ms(3)nc2 nc2CG8019-RA (798): PFAM (DEAD) (Helicase_C)
CG8019-RA (798): Superfamily (0001151) (0007070)
DNA binding: NO

GO:0003677 GO:0005675 GO:0006367 GO:0016251

FBgn0001180hb / hunchbackCG9786 Hb R-pbx Rg-bx Rg-pbx hb hbHLH l(3)85AhCG9786-RA (758): PFAM (zf-C2H2)4
CG9786-RA (758): Superfamily (0003882)
CG9786-RB (758): PFAM (zf-C2H2)4
CG9786-RB (758): Superfamily (0003882)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003677 GO:0003704 GO:0006357 GO:0016563 GO:0045449 GO:0045941

DBD FlyReg FlyMine
FBgn0001185her / hermaphroditeCG4694 her l(2)matCG4694-RA (487): PFAM (zf-C2H2)3
CG4694-RA (487): Superfamily 
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003677 GO:0003700 GO:0006357 GO:0045944

DBD
FBgn0001195His1 / Histone H1DmeH1 H1 H1A His1 HisC hislDNA binding: NO

GO:0003677

FBgn0001196His2A / Histone H2ADmeH2a H2A H2A H2A.1 H2A1 H2a His2A His2a HisCDNA binding: NO

GO:0003677

FBgn0001197His2Av / Histone H2A variantCG5499 H2A.Z H2AZ H2Av H2AvD His2Av His2AvD l(3)05146 l(3)810 l(3)97Dd l(3)L1602CG5499-RA (141): PFAM (Histone)
CG5499-RA (141): Superfamily (0002421)
DNA binding: NO

GO:0003677

FBgn0001198His2B / Histone H2BDmeH2b H2B H2B H2b His2B His2b HisC dH2BDNA binding: NO

GO:0003677 GO:0003677

FlyReg
FBgn0001204hkb / huckebein5953 CG9768 Hkb anon-82B3 hkbCG9768-RA (297): PFAM (zf-C2H2)3
CG9768-RA (297): Superfamily (0003882)2
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003704 GO:0006351 GO:0006357

DBD FlyReg FlyMine
FBgn0001206Hmr / Hybrid male rescueBcDNA:LD22117 CG1619 Hmr hmrCG1619-RB (1413): PFAM 
CG1619-RB (1413): Superfamily 
DNA binding: maybe

(sequence-specific TF)

GO:0003677 GO:0003700

FBgn0001222Hsf / Heat shock factorCG5748 D-HSF Dm-Hsf DmHSF HSF Hsf dHSF hsf l(2)03091CG5748-RA (691): PFAM (HSF_DNA-bin)
CG5748-RA (691): Superfamily (0003351)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003677 GO:0003677 GO:0003677 GO:0003700 GO:0003704 GO:0003704 GO:0006357 GO:0016563

DBD FlyReg FlyMine
FBgn0001235hth / homothorax1323/07 1422/04 CG17117 Dm-HTH Hth Meis1 P53 anon-EST:Liang-2.13 clone 2.13 dtl hth hth1 hth2 l(3)05745 l(3)86CaCG17117-RC (487): PFAM (Homeobox)
CG17117-RC (487): Superfamily (0003830)
CG17117-RA (457): PFAM (Homeobox)
CG17117-RA (457): Superfamily (0003830)
CG17117-RD (266): PFAM 
CG17117-RD (266): Superfamily 
CG17117-RB (471): PFAM (Homeobox)
CG17117-RB (471): Superfamily (0003830)
CG17117-RE (472): PFAM (Homeobox)
CG17117-RE (472): Superfamily (0003830)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003700 GO:0003700 GO:0006357

DBD DBSD
FBgn0001269inv / invectedCG17835 Engrailed/Invected IV er in invCG17835-RB (576): PFAM (Homeobox)
CG17835-RB (576): Superfamily (0005281)
CG17835-RD (576): PFAM (Homeobox)
CG17835-RD (576): Superfamily (0005281)
CG17835-RA (576): PFAM (Homeobox)
CG17835-RA (576): Superfamily (0005281)
CG17835-RC (576): PFAM (Homeobox)
CG17835-RC (576): Superfamily (0005281)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003677 GO:0003700 GO:0003702 GO:0006357

DBD
FBgn0001291Jra / Jun-related antigenAP-1 AP1 CG2275 D-Jun D-jun DJUN DJun Djun Jra Jun V c-Jun cJun d-JRA d-Jun d-jun dAP-1 dJRA dJUN dJra dJun dm-Jun jra jun l(2)46Ef l(2)IA109 l(2R)IA109CG2275-RB (289): PFAM (Jun) (bZIP_1)
CG2275-RB (289): Superfamily (0004651)
CG2275-RA (289): PFAM (Jun) (bZIP_1)
CG2275-RA (289): Superfamily (0004651)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003677 GO:0003700 GO:0003702 GO:0003704 GO:0006357 GO:0008134 GO:0008134

DBD
FBgn0001297kay / kayakAP-1 AP1 CG15507 CG15509 CG33956 D-Fos D-fos DFOS DFos DFra Dfos Fos Fra c-Fos d-fos dAP-1 dFRA dFos dFra dlhD fos kay sroCG15509-RB (546): PFAM (bZIP_1)
CG15509-RB (546): Superfamily 
CG15507-RA (210): PFAM 
CG15507-RA (210): Superfamily 
CG15509-RA (595): PFAM (bZIP_1)
CG15509-RA (595): Superfamily 
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003677 GO:0003700 GO:0003702 GO:0003704 GO:0006355 GO:0008134 GO:0008134

DBD DBSD
FBgn0001309kis / kismet136/31 2532 5841 BEST:GM02209 CG18326 CG3660 CG3696 EK2-4 GM02209 KIS Su(Pc)21AB anon-WO0172774.164 anon-WO0257455.5 kis kiss l(2)07812 l(2)k08827 l(2)k13631 l(2)k14112 l(2)s3527 l(2)s4771 l(2)s4793CG3696-RB (2151): PFAM (TCH)
CG3696-RB (2151): Superfamily 
CG3696-RA (5322): PFAM (SNF2_N) (Helicase_C)
CG3696-RA (5322): Superfamily (0000057)2
DNA binding: NO

GO:0003677 GO:0006357

FBgn0001319kn / knotCG10197 Col Kn col knCG10197-RA (557): PFAM (TIG)
CG10197-RA (557): Superfamily (0000017)
DNA binding: maybe

(TF, short range)

GO:0003677 GO:0003704 GO:0006355 GO:0006355 GO:0006367 GO:0030528 GO:0045449

FBgn0001320kni / knirpsCG4717 Col KNI Kni NR0A1 kn kni riCG4717-RA (429): PFAM (zf-C4)
CG4717-RA (429): Superfamily (0005320)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0000122 GO:0003700 GO:0016481 GO:0016566 GO:0016566

DBD FlyReg FlyMine
FBgn0001323knrl / knirps-likeCG4761 Knrl NR0A2 knrlCG4761-RA (647): PFAM (zf-C4)
CG4761-RA (647): Superfamily (0005320)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003700 GO:0006357

DBD
FBgn0001324kto / kohtaloCG8491 Kto MED12 SRB8 Srb8/KTO/TRAP230 Trap230 dTRAP230 ktoCG8491-RA (2531): PFAM 
CG8491-RA (2531): Superfamily 
DNA binding: NO

GO:0003712 GO:0006357 GO:0006366 GO:0006367 GO:0016455 GO:0016455

FBgn0001325Kr / KruppelCG3340 If Kr krCG3340-RA (502): PFAM (zf-C2H2)4
CG3340-RA (502): Superfamily (0000834) (0003882)2
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0000122 GO:0003677 GO:0003704 GO:0016564 GO:0016566

DBD FlyReg FlyMine
FBgn0001330kz / kurzCG3228 EG:30B8.2 N1 N8 kz l(1)2Eb l(1)N4 l67CG3228-RA (1192): PFAM (DEAD) (Helicase_C) (HA2) (DUF1605)
CG3228-RA (1192): Superfamily (0000057) (0004840) (0000057)3
DNA binding: NO

FBgn0001491l(1)10Bb / lethal (1) 10Bb10Ba CG1639 l(1)10Bb l(1)G0169 l(1)G14 l(1)GLM14CG1639-RA (144): PFAM (G10)
CG1639-RA (144): Superfamily 
DNA binding: NO

GO:0030528

FBgn0001965Sos / Son of sevenless2.3 34Ea BG:DS00941.4 CG7793 E(sev)2A E(var)189 EK2-8 EY2-3 SOS Sos Sos1 Su(tor)2-2 br24 br25 dSos dme-SOS l(2)34Ea l(2)Sos l(2)br24 l(2)br25 l(2)k05224 l(2)k06321 sosCG7793-RA (1596): PFAM (Histone) (RhoGEF) (PH) (RasGEF_N) (RasGEF)
CG7793-RA (1596): Superfamily (0002649) (0001659) (0007941) (0000879)2
DNA binding: NO

GO:0003677

FBgn0001978stc / shuttle craftBG:DS04929.4 BcDNA.LD22726 BcDNA:LD22726 CG3647 Cf4 br33 l(2)35Cb l(2)SH1565 l(2)SH2 1565 l(2)br33 l35Cb stcCG3647-RA (1099): PFAM (zf-NF-X1)8 (R3H)
CG3647-RA (1099): Superfamily (0007197)
CG3647-RB (1106): PFAM (zf-NF-X1)8 (R3H)
CG3647-RB (1106): Superfamily (0007197)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003697 GO:0003700 GO:0003702 GO:0006357 GO:0045449

DBD
FBgn0001981esg / escargot4B7 BG:DS07851.7 CG3758 br43 dgl esg flg l(2)07082 l(2)35Ce l(2)4B7 l(2)br43 l(2)esg l35Ce shof wizCG3758-RA (470): PFAM (zf-C2H2)5
CG3758-RA (470): Superfamily (0005594) (0000050)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003677 GO:0003702 GO:0003704 GO:0006357

DBD
FBgn0001983wor / worniuBG:DS03023.1 CG4158 br35 l(2)35Da l(2)br35 l35Da worCG4158-RA (548): PFAM (zf-C2H2)6
CG4158-RA (548): Superfamily (0005594) (0005035)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003702 GO:0006357 GO:0045449

DBD
FBgn0001990wek / weckleBG:DS09217.5 CG4148 l(2)35Ea l(2)br47 l35Ea wekCG4148-RA (470): PFAM (zf-AD) (zf-C2H2)4
CG4148-RA (470): Superfamily (0005594) (0003882)
DNA binding: maybe

(TF, short range)

GO:0003700 GO:0006357 GO:0045449

DBD
FBgn0001994crp / cropped35F(AT)17 AP-4 BG:DS02740.3 CG7664 MS:35F.AT17 crp dAP-4 l(2)00232 l(2)35Fd l(2)SH1614 l(2)SH2 1614 l(2)k00809 l(2)k03505CG7664-RA (631): PFAM (HLH)
CG7664-RA (631): Superfamily (0003356)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003702 GO:0003702

DBD
FBgn0002023Lim3 / CG10699 CG15174 Lim3 l(2)37Bd l(2)Bd lim3CG10699-RA (440): PFAM (LIM)2 (Homeobox)
CG10699-RA (440): Superfamily (0000681) (0000647)
CG10699-RB (520): PFAM (LIM)2 (Homeobox)
CG10699-RB (520): Superfamily (0000681) (0000647)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003700 GO:0003704 GO:0006355 GO:0006357

DBD
FBgn0002183dre4 / dre4CG1828 DRE4/dSPT16 Spt16 dSPT16 dre4 dspt16 l(3)62Bg l(3)dre4 spt16CG1828-RA (1122): PFAM 
CG1828-RA (1122): Superfamily (0000533)
CG1828-RB (1083): PFAM 
CG1828-RB (1083): Superfamily (0000533)
DNA binding: NO

GO:0003677 GO:0003712 GO:0006357

FBgn0002441l(3)mbt / lethal (3) malignant brain tumorCG5954 L(3)MBT/LIN-61 MBT l(3)malignant braintumor l(3)mbt mbtCG5954-RB (1477): PFAM (MBT)3 (SAM_PNT)
CG5954-RB (1477): Superfamily 
CG5954-RA (1477): PFAM (MBT)3 (SAM_PNT)
CG5954-RA (1477): Superfamily 
DNA binding: NO

GO:0000122 GO:0003700 GO:0045449

FBgn0002521pho / pleiohomeoticCG17743 PHO Pho YY1 l(4)102EFc l(4)29 l(4)BU-2 l(4)OC-1 l(4)pho phoCG17743-RB (520): PFAM (zf-C2H2)4
CG17743-RB (520): Superfamily (0004843) (0005623) (0004753) (0005933)
CG17743-RA (520): PFAM (zf-C2H2)4
CG17743-RA (520): Superfamily (0004843) (0005623) (0004753) (0005933)
DNA binding: YES

(TF, long range)

GO:0003677 GO:0003677 GO:0003677 GO:0003700 GO:0006357 GO:0045449

DBD FlyReg FlyMine
FBgn0002522lab / labialBG:DS00004.9 CG1264 EfR9 F121 F24 F90 F90-2 Lab l(3)01241 l(3)84Ac lab lbCG1264-RA (629): PFAM (Homeobox)
CG1264-RA (629): Superfamily (0000647)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003700 GO:0003704 GO:0003704 GO:0006357 GO:0006357

DBD DBSD
FBgn0002542lds / lodestarCG2684 DmF2 NTef2 early lds lodCG2684-RA (1061): PFAM (SNF2_N) (Helicase_C)
CG2684-RA (1061): Superfamily (0007069)4
DNA binding: NO

GO:0003677 GO:0003717 GO:0006353 GO:0006357 GO:0006369

FBgn0002561l(1)sc / lethal of scuteAS-C T3 AS-T3 ASC-T3 CG3839 EG:198A6.2 L'Sc L'sc T3 ascT3 l'sc l(1)1Ba l(1)sc l-sc lsc sc/T3CG3839-RA (257): PFAM (HLH)
CG3839-RA (257): Superfamily (0003356)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003700 GO:0003704 GO:0006357

DBD
FBgn0002573sens / senseless1228/04 CG10714 CG32120 Ly Ly-1 Sen Sens l(3)70Ad sens senseCG32120-RA (541): PFAM (zf-C2H2)4
CG32120-RA (541): Superfamily (0000834) (0003882)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003700 GO:0003702 GO:0006357 GO:0045449

DBD
FBgn0002576lz / lozengeCG1689 Lz amx fs(1)A1569 fs(1)M69 lz speCG1689-RA (826): PFAM (Runt)
CG1689-RA (826): Superfamily (0001385)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0000122 GO:0003677 GO:0003700 GO:0003702 GO:0003702 GO:0003705 GO:0045944 GO:0045944

DBD
FBgn0002609HLHm3 / E(spl) region transcript m3CG8346 E(Spl)-HLH-m3 E(spl)M3 E(spl)m3 E(spl)m3/m4 HLH-m3 HLHM3 HLHm3 m3CG8346-RA (224): PFAM (HLH) (Hairy_orang)
CG8346-RA (224): Superfamily (0003356)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0000122 GO:0003677 GO:0003700 GO:0003700 GO:0016566

DBD
FBgn0002622RpS3 / Ribosomal protein S3CG6779 DmRpS3 M(3)124 M(3)95A M(3)B M(3)B2 M(3)Fla M(3)w M(3R)w Mw Mw RS3 RpS3 Rps3 S3 X72921 dS3 rpS3CG6779-RA (246): PFAM (KH_2) (Ribosomal_S)
CG6779-RA (246): Superfamily (0007747) (0007682)
DNA binding: NO

FBgn0002631HLHm5 / E(spl) region transcript m5CG6096 E(spl) transcription unit m5 E(spl)-m5 E(spl)M5 E(spl)m5 HLH-m5 HLHm5 m5CG6096-RA (178): PFAM (HLH) (Hairy_orang)
CG6096-RA (178): Superfamily (0003356)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003677 GO:0003677 GO:0003700 GO:0006357 GO:0016481 GO:0016566

DBD FlyReg FlyMine
FBgn0002633HLHm7 / E(spl) region transcript m7CG8361 E(SPL)m7 E(spl) m7 E(spl)-M7 E(spl)-m7 E(spl)M7 E(spl)m7 ESPL HLH-m7 HLHm7 M7 m7CG8361-RA (186): PFAM (HLH) (Hairy_orang)
CG8361-RA (186): Superfamily (0003356)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003700 GO:0003704 GO:0006357

DBD
FBgn0002707mei-9 / meiotic 9CG3697 DhR1 DmXPF MEI-9 mei-9 mei9 mus(1)110 mus110 xpf/mei-9CG3697-RA (961): PFAM (ERCC4)
CG3697-RA (961): Superfamily 
DNA binding: NO

FBgn0002723Rst(1)JH / Resistance to Juvenile HormoneCG1705 Met Mett Rst(1)JH metCG1705-RA (716): PFAM (HLH) (PAS)
CG1705-RA (716): Superfamily (0003356) (0002500) (0001082)
DNA binding: maybe

(TF, short range)

GO:0003700 GO:0006357 GO:0045449

DBD
FBgn0002733HLHm&bgr; / E(spl) region transcript m&bgr;CG14548 Dm-mA E(Spl) HLH-Mbeta E(spl) E(spl) mbeta E(spl)&bgr; E(spl)-M&bgr; E(spl)M&bgr; E(spl)m&bgr; E(spl)mA E(spl)mbeta HLH-m&bgr; HLHm&bgr; HLHmA HLHmbeta M&bgr; m&bgr; mA mbetaCG14548-RA (195): PFAM (HLH) (Hairy_orang)
CG14548-RA (195): Superfamily (0003356)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0000122 GO:0003677 GO:0003677 GO:0003700 GO:0006357 GO:0016481 GO:0016564 GO:0016566

DBD FlyReg FlyMine
FBgn0002734HLHm&dgr; / E(spl) region transcript m&dgr;CG8328 E(Spl) HLH-m delta E(Spl)-HLH-m&dgr; E(spl) mdelta E(spl)&dgr; E(spl)-mdelta E(spl)M&dgr; E(spl)m&bgr; E(spl)m&dgr; E(spl)mC E(spl)mdelta HLH-m&dgr; HLHMD HLHm&dgr; HLHmC HLHmdelta m&dgr; m&dgr;0.5 mCCG8328-RA (173): PFAM (HLH) (Hairy_orang)
CG8328-RA (173): Superfamily (0003356)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0000122 GO:0003677 GO:0003677 GO:0003700 GO:0006357 GO:0016481 GO:0016564 GO:0016566

DBD
FBgn0002735HLHm&ggr; / E(spl) region transcript m&ggr;CG8333 Dm-mB E(Spl) HLH-m gamma E(spl) m gamma E(spl) mgamma E(spl)&ggr; E(spl)-m&ggr; E(spl)M&ggr; E(spl)m&ggr; E(spl)mB E(spl)mgamma HLH-m&ggr; HLHm&ggr; HLHmB M&ggr; anon-EST:Liang-1.49 clone 1.49 e(spl)mgamma m&ggr; mB mgammaCG8333-RA (205): PFAM (HLH) (Hairy_orang)
CG8333-RA (205): Superfamily (0003356)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0000122 GO:0000122 GO:0003677 GO:0003677 GO:0003700 GO:0016481 GO:0016564 GO:0016566

DBD
FBgn0002775msl-3 / male-specific lethal 3CG8631 DmMsl-3 MSL MSL-3 MSL3 mle(3)132 mle3 mls3 msl msl-3 msl3CG8631-RA (512): PFAM (MRG)
CG8631-RA (512): Superfamily 
CG8631-RB (481): PFAM (MRG)
CG8631-RB (481): Superfamily 
DNA binding: NO

GO:0006357 GO:0030528

FBgn0002780mod / modulo0952/14 CG2050 mod ms(3)100EFCG2050-RA (542): PFAM (RRM_1)4
CG2050-RA (542): Superfamily (0001632)2 (0004369) (0006554)
DNA binding: YES

(TF, long range)

GO:0003677 GO:0003677 GO:0003677

FBgn0002781mod(mdg4) / modifier of mdg4BcDNA:GH07769 BcDNA:SD03001 CG15500 CG15501 CG15802 CG18151 CG32491 CG7836 CG7859 CG8076 Doom E(var)129 E(var)3-93D E(var)93D E-(var)3-93D E-var(3)1 E-var(3)3 MOD(MDG4)56.3 Mod(mdg)4 Mod(mdg4) Mod[mdg4] bpd doom l(3)03852 l(3)L3101 l(3)j2B7 mod(gypsyCG32491-RC (534): PFAM (BTB)
CG32491-RC (534): Superfamily (0001007)
CG32491-RV (567): PFAM (BTB) (FLYWCH)
CG32491-RV (567): Superfamily (0001007)
CG32491-RQ (430): PFAM (BTB)
CG32491-RQ (430): Superfamily (0001007)
CG32491-RI (541): PFAM (BTB) (FLYWCH)
CG32491-RI (541): Superfamily (0001007)
CG32491-RS (506): PFAM (BTB)
CG32491-RS (506): Superfamily (0001007)
CG32491-RB (498): PFAM (BTB) (FLYWCH)
CG32491-RB (498): Superfamily (0001007)
CG32491-RU (486): PFAM (BTB)
CG32491-RU (486): Superfamily (0001007)
CG32491-RL (476): PFAM (BTB)
CG32491-RL (476): Superfamily (0001007)
CG32491-RN (580): PFAM (BTB) (FLYWCH)
CG32491-RN (580): Superfamily (0001007)
CG32491-RX (490): PFAM (BTB) (FLYWCH)
CG32491-RX (490): Superfamily (0001007)
CG32491-RM (503): PFAM (BTB)
CG32491-RM (503): Superfamily (0001007)
CG32491-RK (510): PFAM (BTB) (FLYWCH)
CG32491-RK (510): Superfamily (0001007)
CG32491-RO (545): PFAM (BTB) (FLYWCH)
CG32491-RO (545): Superfamily (0001007)
CG32491-RY (500): PFAM (BTB) (FLYWCH)
CG32491-RY (500): Superfamily (0001007)
CG32491-RP (539): PFAM (BTB) (FLYWCH)
CG32491-RP (539): Superfamily (0001007)
CG32491-RJ (473): PFAM (BTB) (FLYWCH)
CG32491-RJ (473): Superfamily (0001007)
CG32491-RZ (526): PFAM (BTB) (FLYWCH)
CG32491-RZ (526): Superfamily (0001007)
CG32491-RE (603): PFAM (BTB)
CG32491-RE (603): Superfamily (0001007)
CG32491-RF (536): PFAM (BTB) (FLYWCH)
CG32491-RF (536): Superfamily (0001007)
CG32491-RG (497): PFAM (BTB) (FLYWCH)
CG32491-RG (497): Superfamily (0001007)
CG32491-RA (485): PFAM (BTB) (FLYWCH)
CG32491-RA (485): Superfamily (0001007)
CG32491-RT (610): PFAM (BTB) (FLYWCH)
CG32491-RT (610): Superfamily (0001007)
CG32491-RW (505): PFAM (BTB) (FLYWCH)
CG32491-RW (505): Superfamily (0001007)
CG32491-RD (520): PFAM (BTB)
CG32491-RD (520): Superfamily (0001007)
CG32491-RH (514): PFAM (BTB) (FLYWCH)
CG32491-RH (514): Superfamily (0001007)
CG32491-RR (475): PFAM (BTB) (FLYWCH)
CG32491-RR (475): Superfamily (0001007)
DNA binding: NO

GO:0003702 GO:0006357

FBgn0002906mus309 / mutagen-sensitive 309CG6920 DmBlm DmKu70 Dmblm RecQ blm mus 309 mus309CG6920-RA (1487): PFAM (DEAD) (Helicase_C) (HRDC)
CG6920-RA (1487): Superfamily (0000057) (0001151) (0000057)
DNA binding: NO

FBgn0002914Myb / Myb oncogene-likeCG9045 D-myb DMyb Dm Myb Dm myb Dm-Myb Dm-myb DmMYB DmMyb MYB Myb c-Myb c-myb dMyb dmMYB dmyb l(1)XVI myb p85CG9045-RE (657): PFAM (Myb_DNA-bin)3
CG9045-RE (657): Superfamily (0000119) (0007530) (0003490)
CG9045-RA (657): PFAM (Myb_DNA-bin)3
CG9045-RA (657): Superfamily (0000119) (0007530) (0003490)
CG9045-RD (657): PFAM (Myb_DNA-bin)3
CG9045-RD (657): Superfamily (0000119) (0007530) (0003490)
CG9045-RC (657): PFAM (Myb_DNA-bin)3
CG9045-RC (657): Superfamily (0000119) (0007530) (0003490)
CG9045-RB (657): PFAM (Myb_DNA-bin)3
CG9045-RB (657): Superfamily (0000119) (0007530) (0003490)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF) (TF, long

GO:0003677 GO:0003677 GO:0003677 GO:0003700 GO:0006355 GO:0006357 GO:0016563 GO:0045449

FlyReg FlyMine
FBgn0002922nau / nautilusCG10250 Dmyd MYOD Mdrf MyoD nauCG10250-RA (332): PFAM (Basic) (HLH)
CG10250-RA (332): Superfamily (0000366)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003677 GO:0003700 GO:0006355

DBD
FBgn0002931net / netCG11450 Group IId Shout net shoutCG11450-RA (365): PFAM (HLH)
CG11450-RA (365): Superfamily (0000366)
DNA binding: maybe

(TF, short range)

GO:0003700 GO:0003702 GO:0045449

DBD
FBgn0002932neur / neuralized0328/12 0971/15 1293/09 1315/05 BEST:LD21494 CG11988 Neur l(3)j6B12 l(3)j9B8 l(3)j9B9 l(3)j9C8 l(3)neo37 neu neurCG11988-RC (672): PFAM (Neuralized)2 (zf-C3HC4)
CG11988-RC (672): Superfamily (0004571)
CG11988-RA (754): PFAM (Neuralized)2 (zf-C3HC4)
CG11988-RA (754): Superfamily (0004571)
CG11988-RB (753): PFAM (Neuralized)2 (zf-C3HC4)
CG11988-RB (753): Superfamily (0004571)
CG11988-RD (671): PFAM (Neuralized)2 (zf-C3HC4)
CG11988-RD (671): Superfamily (0004571)
DNA binding: NO

GO:0003677

FBgn0002941slou / slouchCG6534 NK-1 NK1 NK1/S59 Nk1 S-59 S59 S59/NK-1 prd9 s59 slou slou/NK1CG6534-RA (659): PFAM (Homeobox)
CG6534-RA (659): Superfamily (0005281)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003700 GO:0003702 GO:0006355 GO:0006357

DBD
FBgn0002970nub / nubbinCG6246 Oct-1 PDM1 POU33F1 Pdm Pdm-1 Pdm1 dOct1 dPOU-19 dPOU-19/pdm-1 dPOU19 nb nub pdm pdm-1 pdm1 twnCG6246-RA (601): PFAM (Pou) (Homeobox)
CG6246-RA (601): Superfamily (0005825) (0005281)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003700 GO:0003702 GO:0006357

DBD FlyReg FlyMine
FBgn0002973numb / numbCG3779 N7-1 Numb d-numb dNumb l(2)03235 l(2)3235 l(2)s2201 nb numbCG3779-RA (556): PFAM (PID) (NumbF)
CG3779-RA (556): Superfamily (0004643)
CG3779-RB (515): PFAM (PID) (NumbF)
CG3779-RB (515): Superfamily (0004643)
DNA binding: NO

FBgn0002985odd / odd skippedCG3851 ODD Odd l(2)01863 odd odsCG3851-RA (392): PFAM (zf-C2H2)4
CG3851-RA (392): Superfamily (0003882)2
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003704 GO:0006357 GO:0006357

DBD
FBgn0003002opa / odd pairedCG1133 opaCG1133-RA (609): PFAM (zf-C2H2)3
CG1133-RA (609): Superfamily (0003882)2
DNA binding: maybe

(TF, short range)

GO:0003700 GO:0003704 GO:0003704 GO:0006357 GO:0006357

DBD
FBgn0003013osa / osaCG7467 E(E2F)3C OSA Osa anon-WO0118547.314 anon-WO0172774.126 eld en(lz)4F/4H l(3)00090 l(3)04539 l(3)j9C3 osa p300CG7467-RC (2556): PFAM 
CG7467-RC (2556): Superfamily (0003082) (0007850) (0003082)
CG7467-RB (2716): PFAM 
CG7467-RB (2716): Superfamily (0003082) (0007850) (0003082)
CG7467-RA (2703): PFAM 
CG7467-RA (2703): Superfamily (0003082) (0007850) (0003082)
DNA binding: NO

GO:0003677 GO:0003677 GO:0003677 GO:0003713 GO:0006357 GO:0030528 GO:0045449 GO:0045449 GO:0045893

DBD
FBgn0003028ovo / ovoCG15467 CG6824 Fs(1)K1103 Fs(1)K1237 Fs(1)K155 OVO Ovo Ovo-D Svb fs(1)K1237 fs(1)M1 fs(1)M38 ovo ovo/shavenbaby ovo/svb svbCG6824-RC (1222): PFAM (zf-C2H2)2
CG6824-RC (1222): Superfamily 
CG6824-RB (1351): PFAM 
CG6824-RB (1351): Superfamily 
CG6824-RA (975): PFAM (zf-C2H2)2
CG6824-RA (975): Superfamily 
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003677 GO:0003702 GO:0006366 GO:0045449

DBD FlyReg FlyMine
FBgn0003044Pcl / PolycomblikeCG5109 PCL Pcl l(2)s1859 pclCG5109-RA (1043): PFAM 
CG5109-RA (1043): Superfamily (0002927)
DNA binding: YES

(TF, long range)

GO:0003677 GO:0003700 GO:0003700 GO:0003700 GO:0006357 GO:0030528 GO:0045892 GO:0045892

FBgn0003053peb / pebbledCG12212 EG:66A1.1 EP55 HNT Hind Hnt PEB anon-4Cg hnd hnt pebCG12212-RA (1894): PFAM (zf-C2H2)7
CG12212-RA (1894): Superfamily (0003882)
CG12212-RB (1894): PFAM (zf-C2H2)7
CG12212-RB (1894): Superfamily (0003882)
DNA binding: maybe

(TF, short range)

GO:0003700 GO:0045449 GO:0045449

DBD
FBgn0003090pk / prickleCG11084 CG12830 Pk Pk-Sple pk pk-sple spleCG11084-RC (1299): PFAM (PET) (LIM)2
CG11084-RC (1299): Superfamily (0000681)2
CG11084-RA (963): PFAM (PET) (LIM)2
CG11084-RA (963): Superfamily (0000681) (0001471)
CG11084-RB (1029): PFAM (PET) (LIM)2
CG11084-RB (1029): Superfamily (0000681) (0001471)
DNA binding: NO

FBgn0003117pnr / pannierCG3978 GATAa GATAa/Pannier Pnr dGATAa dGATAa/pannier l(3)89B3 pnr prnCG3978-RA (540): PFAM (GATA)2
CG3978-RA (540): Superfamily (0005553)2
CG3978-RB (488): PFAM (GATA)2
CG3978-RB (488): Superfamily (0005553)2
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003700 GO:0003700 GO:0006357 GO:0045449 GO:0045892 GO:0045893

DBD
FBgn0003118pnt / pointed0123/09 0608/07 0998/12 3520 CG17077 D-Ets-2 D-ets-2 DMPOINT1A E(E2F)3D EK3-2 ETS2 EY3-1 Ets2 Ets58AB Ets94F PNTP1 PNTP2 POINT ets94F l(3)07825 l(3)j1B7 pnt ptdCG17077-RD (636): PFAM (SAM_PNT) (Ets)
CG17077-RD (636): Superfamily (0000959) (0006195)
CG17077-RC (623): PFAM (Ets)
CG17077-RC (623): Superfamily (0006195)
CG17077-RB (718): PFAM (SAM_PNT) (Ets)
CG17077-RB (718): Superfamily (0000959) (0006195)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003677 GO:0003700 GO:0003700 GO:0006357 GO:0045449

DBD
FBgn0003129Poxm / Pox mesoCG9610 P29 Pox-m Poxm meso poxmCG9610-RB (339): PFAM (PAX)
CG9610-RB (339): Superfamily (0004048)
CG9610-RA (402): PFAM (PAX)
CG9610-RA (402): Superfamily (0004048)
DNA binding: maybe

(TF, short range)

GO:0003704 GO:0006357 GO:0045449

DBD
FBgn0003130Poxn / Pox neuroCG8246 P4 Pox-n Poxn neuro pox-n poxnCG8246-RA (425): PFAM (PAX)
CG8246-RA (425): Superfamily (0004048)
DNA binding: maybe

(TF, short range)

GO:0003700 GO:0006355 GO:0006355 GO:0006357 GO:0030528

DBD
FBgn0003145prd / pairedCG6716 Prd pr prdCG6716-RA (590): PFAM (PAX) (Homeobox)
CG6716-RA (590): Superfamily (0004048) (0000647)
CG6716-RB (613): PFAM (PAX) (Homeobox)
CG6716-RB (613): Superfamily (0004048) (0000647)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003677 GO:0003700 GO:0003700 GO:0005667 GO:0006357 GO:0045449

DBD FlyReg FlyMine
FBgn0003189r / rudimentaryACT CAD CG18572 CG4601 CPS DHO DRORUD GAT PYR1 Su(b) csp2 fs(1)829 fs(1)M34 l(1)Ab rCG18572-RB (1387): PFAM (CPSase_sm_c) (GATase) (CPSase_L_ch) (CPSase_L_D2) (CPSase_L_D3) (CPSase_L_ch) (CPSase_L_D2) (MGS)
CG18572-RB (1387): Superfamily (0000207) (0000208) (0000203) (0000206) (0000201) (0000204) (0000206) (0000202)
CG18572-RA (2224): PFAM (CPSase_sm_c) (GATase) (CPSase_L_ch) (CPSase_L_D2) (CPSase_L_D3) (CPSase_L_ch) (CPSase_L_D2) (MGS) (Amidohydro_) (OTCace_N) (OTCace)
CG18572-RA (2224): Superfamily (0000207) (0000208) (0000203) (0000205) (0000201) (0000204) (0000206) (0000202) (0006468) (0001962) (0002350)
DNA binding: NO

GO:0003700 GO:0006355

FlyReg FlyMine
FBgn0003231ref(2)P / refractory to sigma PCG10360 Ref(2)P Ref(2)p Ref2P ref ref(2)P ref(2)Pn ref(2)Po2 ref(2)p ref2pCG10360-RA (599): PFAM (PB1) (ZZ)
CG10360-RA (599): Superfamily 
CG10360-RB (599): PFAM (PB1) (ZZ)
CG10360-RB (599): Superfamily 
DNA binding: NO

GO:0030528

FBgn0003254rib / ribbonCG7230 gene 5 ribCG7230-RA (661): PFAM (BTB) (HTH_psq)
CG7230-RA (661): Superfamily (0001007)
DNA binding: maybe

(TF, short range)

GO:0003677 GO:0003700 GO:0006355 GO:0045449

DBD
FBgn0003263rn / rotund5.3 CG10040 CG14600 CG14601 CG14603 CG32466 Dipr P5.3 rn roeCG32466-RB (692): PFAM (zf-C2H2)5
CG32466-RB (692): Superfamily (0000051) (0003882)2
CG32466-RA (946): PFAM (zf-C2H2)6
CG32466-RA (946): Superfamily (0004888) (0005623) (0004752) (0003882)
DNA binding: maybe

(TF, short range)

GO:0003700 GO:0006357 GO:0045449

DBD
FBgn0003267ro / roughCG6348 roCG6348-RB (350): PFAM (Homeobox)
CG6348-RB (350): Superfamily (0000647)
CG6348-RA (350): PFAM (Homeobox)
CG6348-RA (350): Superfamily (0000647)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003700 GO:0006355

DBD
FBgn0003270amos / absent MD neurons and olfactory sensillaAmos CG10393 Roi Tft amos asolo roloCG10393-RA (198): PFAM (HLH)
CG10393-RA (198): Superfamily (0000366)
DNA binding: maybe

(TF, short range)

GO:0003700 GO:0006355

DBD
FBgn0003278RpI135 / RNA polymerase I 135kD subunitCG4033 DmRP135 RP135 RpI135 RpIII135 l(2)k16513CG4033-RA (1129): PFAM (RNA_pol_Rpb)3 (RNA_pol_Rpa) (RNA_pol_Rpb)3
CG4033-RA (1129): Superfamily (0006322)
DNA binding: NO

GO:0003677 GO:0006360 GO:0006360

FBgn0003300run / runt1 2 AA33 CG1849 LB5 P235 Runt l(1)19Ea l(1)AA33 l(1)B2/13.1 l(1)LB9 lLB5 leg runCG1849-RA (510): PFAM (Runt)
CG1849-RA (510): Superfamily (0001385)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003677 GO:0003702 GO:0003704 GO:0006357 GO:0030528

DBD
FBgn0003334Scm / Sex comb on midlegCG9495 SCM Scm Su(z)302 l(3)85Ef scmCG9495-RA (877): PFAM (zf-MYM) (MBT)2 (SAM_1)
CG9495-RA (877): Superfamily (0007398)
DNA binding: maybe

(TF, long range)

GO:0003704 GO:0045449

FBgn0003339Scr / Sex combs reducedBG:DS07876.2 CG1030 Msc SCR Scr l(3)84Af scrCG1030-RB (417): PFAM (Homeobox)
CG1030-RB (417): Superfamily (0005281)
CG1030-RA (417): PFAM (Homeobox)
CG1030-RA (417): Superfamily (0005281)
CG1030-RC (417): PFAM (Homeobox)
CG1030-RC (417): Superfamily (0005281)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003677 GO:0003700 GO:0003704 GO:0003704 GO:0006357

DBD
FBgn0003345sd / scallopedCG8544 DROEXO DROEXO2 EP(X)1088 EP1088 Sd anon-EST:Liang-2.14 clone 2.14 l(1)G0239 l(1)G0262 l(1)G0309 l(1)G0315 l(1)G0483 l(1)HF394 l(1)III sd spCG8544-RA (370): PFAM (TEA)
CG8544-RA (370): Superfamily 
CG8544-RB (440): PFAM (TEA)
CG8544-RB (440): Superfamily 
CG8544-RC (370): PFAM (TEA)
CG8544-RC (370): Superfamily 
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003700 GO:0003704 GO:0006357

DBD FlyReg FlyMine
FBgn0003396shn / schnurriBEST:SD06302 CG7734 EP(2)2359 EP2359 SD06302 Shn l(2)04738 quo shnCG7734-RB (2532): PFAM (zf-C2H2)6
CG7734-RB (2532): Superfamily (0005575)
CG7734-RD (2577): PFAM (zf-C2H2)6
CG7734-RD (2577): Superfamily (0005575)
CG7734-RA (2532): PFAM (zf-C2H2)6
CG7734-RA (2532): Superfamily (0005575)
CG7734-RC (2532): PFAM (zf-C2H2)6
CG7734-RC (2532): Superfamily (0005575)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0000122 GO:0003700 GO:0003700 GO:0003702 GO:0003702 GO:0003702

DBD FlyReg FlyMine
FBgn0003411sisA / sisterless ACG1641 sis A sis a sis-A sis-a sisA sisaCG1641-RA (189): PFAM 
CG1641-RA (189): Superfamily 
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003700 GO:0003700

FBgn0003430slp1 / sloppy paired 1CG16738 Dmslp1 FD6 Slp Slp-1 l(2)05965 slp slp-1 slp-2 slp1CG16738-RA (322): PFAM (Fork_head)
CG16738-RA (322): Superfamily (0006804)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003700 GO:0003702 GO:0006357 GO:0045449

DBD FlyReg FlyMine
FBgn0003448sna / snailBG:DS01845.1 CG3956 br28 l(2)35Db l(2)br28 l(3)br28 l35Db sn snaCG3956-RA (390): PFAM (zf-C2H2)5
CG3956-RA (390): Superfamily (0003882)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0000122 GO:0000122 GO:0003677 GO:0003702 GO:0003704 GO:0016566 GO:0045449

DBD FlyReg FlyMine
FBgn0003459stwl / stonewallCG3836 fs(3)02024 snw stwlCG3836-RA (1037): PFAM (BESS)
CG3836-RA (1037): Superfamily 
DNA binding: maybe

(TF, short range)

GO:0003677 GO:0003702 GO:0045449

DBD
FBgn0003460so / sine oculisCG11121 Drl So ami mda med old so somdaCG11121-RA (416): PFAM (Homeobox)
CG11121-RA (416): Superfamily (0000647)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003700 GO:0003700 GO:0003702 GO:0006357 GO:0045449

DBD FlyReg FlyMine
FBgn0003483spn-E / spindle ECG3158 Spn-E fs(1)hls fs(3)hls hls spn E spn-E spn-E/hls spnECG3158-RA (1434): PFAM (DEAD) (Helicase_C) (HA2) (TUDOR)
CG3158-RA (1434): Superfamily (0004840) (0000057)
DNA binding: NO

FBgn0003499sr / stripeCG7847 Sr l(3)03999 l(3)06948 l(3)06948b srCG7847-RB (906): PFAM (zf-C2H2)3
CG7847-RB (906): Superfamily (0003882) (0005933)
CG7847-RA (1186): PFAM (zf-C2H2)3
CG7847-RA (1186): Superfamily (0004846) (0005623) (0000050)
DNA binding: maybe

(TF, short range)

GO:0003702 GO:0006357 GO:0045449

DBD
FBgn0003507srp / serpentA7.1 ABF Abf CG3992 DmGATAb GATA GATAb Srp abf dGATAb l(3)01549 l(3)89B2 l(3)neo45 spt srpCG3992-RC (1249): PFAM (GATA)2
CG3992-RC (1249): Superfamily (0005212)2
CG3992-RB (1249): PFAM (GATA)2
CG3992-RB (1249): Superfamily (0005212)2
CG3992-RA (1264): PFAM (GATA)
CG3992-RA (1264): Superfamily (0005212)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003677 GO:0003677 GO:0003677 GO:0003700 GO:0003702 GO:0003702 GO:0006355 GO:0006357 GO:0016251 GO:0016563 GO:0045449 GO:0045893

DBD FlyReg FlyMine
FBgn0003511Sry-&bgr; / Serendipity &bgr;CG7938 Sry&bgr; Sry-&bgr; Sry-beta sry sry &bgr; sry beta sry&bgr; sry-&bgr; sry-b srybCG7938-RA (356): PFAM (zf-C2H2)5
CG7938-RA (356): Superfamily 
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003677

DBD DBSD
FBgn0003512Sry-&dgr; / Serendipity &dgr;CG17958 EH8 Sry &dgr; Sry&dgr; Sry-&dgr; Sry-delta anon-EH8 sry sry &dgr; sry&dgr; sry-&dgr;CG17958-RA (433): PFAM (zf-C2H2)5
CG17958-RA (433): Superfamily (0003882)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003677 GO:0006355 GO:0016563

DBD
FBgn0003513ss / spinelessAHR CG6993 SS ssCG6993-RA (884): PFAM (HLH) (PAS) (PAC)
CG6993-RA (884): Superfamily (0003356) (0002500)2
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003677 GO:0003700 GO:0003700 GO:0006355 GO:0006366

DBD
FBgn0003567su(Hw) / suppressor of Hairy wingCG8573 Su(HW) Su(Hw) Su(hw) Su[Hw] su(Hw) su(hw)CG8573-RB (941): PFAM (zf-C2H2)11
CG8573-RB (941): Superfamily (0003882)2 (0005933)
CG8573-RA (941): PFAM (zf-C2H2)11
CG8573-RA (941): Superfamily (0003882)2 (0005933)
DNA binding: YES

(TF, long range)

GO:0003677 GO:0003677 GO:0006357 GO:0016481 GO:0030528 GO:0030528

DBD FlyReg FlyMine
FBgn0003598Su(var)3-7 / Suppressor of variegation 3-7CG8599 SU(VAR)3-7 Su(var)(3)3 Su(var)(3)7 Su(var)3-7 Su-var(3)7 Suvar(3)7 l(3)87ElCG8599-RA (1250): PFAM (BESS)
CG8599-RA (1250): Superfamily 
DNA binding: YES

(TF, long range)

GO:0003677

DBD
FBgn0003607Su(var)205 / Suppressor of variegation 205CG8409 DmHP-1 DmHP1 E(var)29 E(var)29A HP-1 HP1 HP1&agr; HP1-VS HP1a Hp1 Su(Var)2-5 Su(var) Su(var)2-05 Su(var)2-5 Su(var)2-501 Su(var)205 Su(var)29A Su(var)205 Su-var(2)5 Suvar(2)5 Suvar2-5 dHP1 su(var)205CG8409-RA (206): PFAM (Chromo) (Chromo_shad)
CG8409-RA (206): Superfamily (0000403) (0002033)
CG8409-RB (206): PFAM (Chromo) (Chromo_shad)
CG8409-RB (206): Superfamily (0000403) (0002033)
DNA binding: YES

(TF, long range)

GO:0006357 GO:0016563 GO:0016564 GO:0045892 GO:0045893

FBgn0003612Su(var)2-10 / Suppressor of variegation 2-10CG8068 CLOT2057 DPIAS Dpias PIAS Su(Var)2-10 Su(var)2-10 Su-var(2)10 Suvar(2)10 ZimpA ZimpB dPIAS dpias i184 l(2)03697 zimpCG8068-RD (601): PFAM (SAP) (zf-MIZ)
CG8068-RD (601): Superfamily 
CG8068-RG (604): PFAM (SAP) (zf-MIZ)
CG8068-RG (604): Superfamily 
CG8068-RF (533): PFAM (SAP) (zf-MIZ)
CG8068-RF (533): Superfamily 
CG8068-RH (569): PFAM (SAP) (zf-MIZ)
CG8068-RH (569): Superfamily 
CG8068-RA (554): PFAM (SAP) (zf-MIZ)
CG8068-RA (554): Superfamily 
CG8068-RE (522): PFAM (SAP) (zf-MIZ)
CG8068-RE (522): Superfamily 
CG8068-RC (565): PFAM (SAP) (zf-MIZ)
CG8068-RC (565): Superfamily 
CG8068-RI (640): PFAM (SAP) (zf-MIZ)
CG8068-RI (640): Superfamily 
CG8068-RB (593): PFAM (SAP) (zf-MIZ)
CG8068-RB (593): Superfamily 
DNA binding: maybe

(TF, long range)

GO:0003677 GO:0006357

DBD
FBgn0003651svp / seven up0005/12 0042/01 0106/18 0114/20 0351/01 0598/01 0861/07 BcDNA:GH08189 CG11502 CG18158 NR2F3 SVP Svp ck16 don l(3)07842 l(3)87Bd l(3)ck16 l(3)j2E2 l(3)rA028 l(3)rL069 svpCG11502-RA (746): PFAM (zf-C4) (Hormone_rec)
CG11502-RA (746): Superfamily (0005367)2
CG11502-RB (543): PFAM (zf-C4) (Hormone_rec)
CG11502-RB (543): Superfamily (0005367)2
CG11502-RC (281): PFAM (Hormone_rec)
CG11502-RC (281): Superfamily (0007238)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003700 GO:0006357 GO:0045449

DBD
FBgn0003683term / terminusBsg75C CG4216 Term ter termCG4216-RA (428): PFAM 
CG4216-RA (428): Superfamily 
DNA binding: maybe

(TF, short range)

GO:0003677

FBgn0003687Tbp / TATA binding proteinCG9874 RBP TBP TBP38 TFIID TFIID&tgr; Tbp TfIID dTBP dTFIID dTbpCG9874-RA (353): PFAM (TBP)2
CG9874-RA (353): Superfamily (0004383) (0000311)
DNA binding: NO

GO:0000126 GO:0003677 GO:0005669 GO:0005669 GO:0006357 GO:0006357 GO:0006359 GO:0006367 GO:0008134 GO:0016251 GO:0042796 GO:0042797 GO:0042797 GO:0042797

FBgn0003715Tkr / Tyrosine kinase-related proteinBTB-III BtbIII CG16778 CG2672 Tkr anon-G2 dTKR g2 tkrCG16778-RD (1046): PFAM (BTB) (HTH_psq)
CG16778-RD (1046): Superfamily (0001007)
CG16778-RB (1046): PFAM (BTB) (HTH_psq)
CG16778-RB (1046): Superfamily (0001007)
CG16778-RC (1046): PFAM (BTB) (HTH_psq)
CG16778-RC (1046): Superfamily (0001007)
CG16778-RA (1046): PFAM (BTB) (HTH_psq)
CG16778-RA (1046): Superfamily (0001007)
DNA binding: maybe

(TF, short range)

GO:0003677 GO:0003677

DBD
FBgn0003720tll / taillessCG1378 NR2E2 Tll tllCG1378-RA (452): PFAM (zf-C4) (Hormone_rec)
CG1378-RA (452): Superfamily (0005367)4
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003677 GO:0003700 GO:0006351 GO:0006357

DBD FlyReg FlyMine
FBgn0003732Top2 / Topoisomerase 2CG10223 CHRAC TOP2 TOPOII Top2 TopII Topo II TopoII dCHRAC dTopoII top2 topo II topoIICG10223-RA (1447): PFAM (HATPase_c) (DNA_gyraseB) (DNA_topoiso)
CG10223-RA (1447): Superfamily (0007996) (0002302) (0000868)
DNA binding: NO

GO:0003677 GO:0006366 GO:0009299

FlyReg FlyMine
FBgn0003749trh / trachealess3.1 CG6883 DMU42699 TRH l(3)10512 trhCG6883-RA (958): PFAM (HLH) (PAS)
CG6883-RA (958): Superfamily (0000355) (0002500)2
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003700 GO:0003700 GO:0003702 GO:0003702 GO:0003702 GO:0003702 GO:0006355 GO:0006357

DBD
FBgn0003862trx / trithorax4720 4733 CG8651 DMTRXIII NR0A5 R-bx Rg-bx TRX Trx l(3)bxv l(3)j14A6 l(3)j3A2 l(3)s5452 trx trx-g trxI and trxIICG8651-RA (3726): PFAM (PHD)2 (FYRN) (FYRC) (SET)
CG8651-RA (3726): Superfamily 
CG8651-RE (3358): PFAM (PHD)2 (FYRN) (FYRC) (SET)
CG8651-RE (3358): Superfamily 
CG8651-RD (3726): PFAM (PHD)2 (FYRN) (FYRC) (SET)
CG8651-RD (3726): Superfamily 
CG8651-RB (3358): PFAM (PHD)2 (FYRN) (FYRC) (SET)
CG8651-RB (3358): Superfamily 
CG8651-RC (3358): PFAM (PHD)2 (FYRN) (FYRC) (SET)
CG8651-RC (3358): Superfamily 
DNA binding: YES

(sequence-specific TF) (TF, long

GO:0003677 GO:0006367 GO:0030528 GO:0048096

FBgn0003866tsh / teashirtCG1374 T shirt ae ael l(2)04319 l(2)B4-2-12 tshCG1374-RB (885): PFAM (zf-C2H2)3
CG1374-RB (885): Superfamily 
CG1374-RA (954): PFAM (zf-C2H2)3
CG1374-RA (954): Superfamily 
DNA binding: maybe

(TF, short range)

GO:0000122 GO:0003704 GO:0006357 GO:0006357

DBD
FBgn0003870ttk / tramtrack0037/17 0250/25 0438/31 0702/07 1049/07 1119/04 1184/16 1209/05 1209/10 1260/10 1281/04 1325/15 1372/08 1396/14 1418/06 3540 5125 5311 CG11558 CG1856 E(yan)100D FTZ-F2 TTK88 Ttk Ttk69 anon-EST:Liang-2.9 clone 2.9 ftz-f2 ftzf2/ttk l(3)02667 l(3)j2A1 lCG1856-RB (813): PFAM (BTB) (zf-C2H2)
CG1856-RB (813): Superfamily (0001007) (0005171)
CG1856-RC (643): PFAM (BTB) (zf-C2H2)2
CG1856-RC (643): Superfamily (0001007) (0005170) (0005171)
CG1856-RF (643): PFAM (BTB) (zf-C2H2)2
CG1856-RF (643): Superfamily (0001007) (0005170) (0005171)
CG1856-RA (813): PFAM (BTB) (zf-C2H2)
CG1856-RA (813): Superfamily (0001007) (0005171)
CG1856-RD (643): PFAM (BTB) (zf-C2H2)2
CG1856-RD (643): Superfamily (0001007) (0005170) (0005171)
CG1856-RE (813): PFAM (BTB) (zf-C2H2)
CG1856-RE (813): Superfamily (0001007) (0005171)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0000122 GO:0000122 GO:0003677 GO:0003704 GO:0006357 GO:0016564 GO:0016564

DBD FlyReg FlyMine
FBgn0003896tup / tailupCG10619 Isl isl l(2)37Aa l(2)E41 tupCG10619-RA (534): PFAM (LIM)2 (Homeobox)
CG10619-RA (534): Superfamily (0000681) (0000647)
CG10619-RB (465): PFAM (LIM)2 (Homeobox)
CG10619-RB (465): Superfamily (0000681) (0000647)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003677 GO:0003700 GO:0003704 GO:0006357 GO:0006357

DBD
FBgn0003900twi / twistCG2956 DTwist EC9 dip5 twiCG2956-RA (490): PFAM (HLH)
CG2956-RA (490): Superfamily (0000366)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003677 GO:0003704 GO:0006357 GO:0016563 GO:0045944

DBD FlyReg FlyMine
FBgn0003941RpL40 / Ribosomal protein L40BcDNA:RE10554 CEP52 CG2960 DUb52 Dub52 RpL40 Ub52 Ubi-f Ubi-f52CG2960-RA (128): PFAM (ubiquitin) (Ribosomal_L)
CG2960-RA (128): Superfamily (0007820)
DNA binding: NO

GO:0006355

FBgn0003942RpS27A / Ribosomal protein S27ACG5271 DUb80 Dub80 RpS27A UB3-D Ubi-f80 Ubi-m l(2)04820 l(2)31Ei mfs(2)31 mfs(2)48 mfs48CG5271-RA (156): PFAM (ubiquitin) (Ribosomal_S)
CG5271-RA (156): Superfamily (0007820)
DNA binding: NO

GO:0006355

FBgn0003944Ubx / UltrabithoraxBX-C Bxl CG10388 Cbx DUbx DmUbx Hm UBx Ubx Ubx1b abx bx bxD bxd bxdD bxl l(3)89Eb pbx ubxCG10388-RC (372): PFAM (Homeobox)
CG10388-RC (372): Superfamily (0005281)
CG10388-RD (363): PFAM (Homeobox)
CG10388-RD (363): Superfamily (0005281)
CG10388-RA (389): PFAM (Homeobox)
CG10388-RA (389): Superfamily (0005281)
CG10388-RF (355): PFAM (Homeobox)
CG10388-RF (355): Superfamily (0005281)
CG10388-RB (346): PFAM (Homeobox)
CG10388-RB (346): Superfamily (0000647)
CG10388-RE (380): PFAM (Homeobox)
CG10388-RE (380): Superfamily (0005281)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003677 GO:0003700 GO:0003704 GO:0003704 GO:0006355 GO:0006357 GO:0006357 GO:0045449

DBD FlyReg FlyMine
FBgn0003963ush / u-shapedCG2762 FOG Ush l(2)19 u-sh ush ushapedCG2762-RA (1191): PFAM (zf-C2H2)4
CG2762-RA (1191): Superfamily (0003006) (0002988)2 (0003006) (0002988)
DNA binding: maybe

(TF, short range)

GO:0003700 GO:0008134 GO:0008134 GO:0045449

DBD
FBgn0003964usp / ultraspiracle2C CF1 CF1/USP CF1/Usp CG4380 Cf1 DmUSP DmUsp EG:22E5.1 NR2B4 USP Usp XR2C cf1 dUSP dmUSP l(1)2Cf l(1)usp uspCG4380-RA (508): PFAM (zf-C4) (Hormone_rec)
CG4380-RA (508): Superfamily (0005367)3
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003677 GO:0003700 GO:0006357 GO:0045892 GO:0045941

DBD FlyReg FlyMine
FBgn0003977vir / virilizerCG3496 virCG3496-RA (1854): PFAM 
CG3496-RA (1854): Superfamily 
DNA binding: NO

FBgn0003986vnd / ventral nervous system defectiveCG6172 EC6 EG:118B3.1 NK-2 NK2 VND Vnd dNK-2 l(1)1Bf l(1)EA142 l(1)EC6 l(1)GA100 l(1)GA122 l(1)RC24 l(1)VA208 l(1)VE769 nk-2 vnd vnd/NK-2CG6172-RA (723): PFAM (Homeobox)
CG6172-RA (723): Superfamily (0000647)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003700 GO:0006355 GO:0006357 GO:0030528

DBD FlyReg FlyMine
FBgn0003995vvl / ventral veins lackingCG10037 Cf1-a Cf1a Cf1a/drifter Cfla DFR Dfr/Vvl Drifter/Ventral veinless VVL Vv1 dfr dfr-vvl dfr/vvl drf prd3 ut vvlCG10037-RA (427): PFAM (Pou) (Homeobox)
CG10037-RA (427): Superfamily (0005825) (0005281)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003677 GO:0003700 GO:0003702 GO:0006355 GO:0006357

DBD FlyReg FlyMine
FBgn0004050z / zesteCG7803 EG:BACH59J11.3 e(bx) en-bx zCG7803-RA (575): PFAM 
CG7803-RA (575): Superfamily 
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003677 GO:0006355 GO:0006357 GO:0030528 GO:0045893

FlyReg FlyMine
FBgn0004053zen / zerknulltBG:DS00276.9 CG1046 l(3)84Ad z1 zen zen1CG1046-RA (353): PFAM (Homeobox)
CG1046-RA (353): Superfamily (0000647)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003677 GO:0003700 GO:0003704 GO:0006357

DBD FlyReg FlyMine
FBgn0004054zen2 / zerknullt-relatedBG:DS00276.10 CG1048 z2 zen2 zprCG1048-RA (252): PFAM (Homeobox)
CG1048-RA (252): Superfamily (0000329)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003700 GO:0006355 GO:0006357

DBD
FBgn0004101bs / blisteredBS CG3411 D-SRF DSRF DSrf DSrf/bs DmSRF Group IIc SRF Serf Srf ba bs dSRF dsrf l(2)03267 pruned/DSRF pxCG3411-RA (449): PFAM (SRF-TF)
CG3411-RA (449): Superfamily (0004693)
DNA binding: maybe

(TF, short range)

GO:0003700 GO:0003702 GO:0006357

DBD
FBgn0004102oc / ocellilessCG12154 Otd Otx l(1)7Ff l(1)8Ac oc ort otd uviCG12154-RB (542): PFAM (Homeobox)
CG12154-RB (542): Superfamily (0000647)
CG12154-RA (671): PFAM (Homeobox)
CG12154-RA (671): Superfamily (0000647)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003700 GO:0006355

DBD
FBgn0004110tin / tinmanCG7895 DROHOXHK4 DmNK-4 HOX NK-4 NK-4/msh-2 NK4 NK4/msh-2 Tin msh-2 msh2 tin tin/NK4CG7895-RA (416): PFAM (Homeobox)
CG7895-RA (416): Superfamily (0005281)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003677 GO:0003700 GO:0003702 GO:0006357 GO:0045449 GO:0045892 GO:0045893

DBD FlyReg FlyMine
FBgn0004170sc / scuteAS-C T4 AS-C T4sc CG3827 DROACS2 EG:198A6.1 Hw Sc T4 T4 AS-C ascT4 l(1)1Ba sc sc&agr; sc/T4 scute/sisterlessB sis b sis-b sisB sisbCG3827-RA (345): PFAM (HLH)
CG3827-RA (345): Superfamily (0000366)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003677 GO:0003677 GO:0003704 GO:0006355 GO:0006357 GO:0016563

DBD DBSD
FBgn0004198ct / cutBcDNA:GH10590 CG11387 Ct Cut ct kf l(1)7Ba l(1)7Bb l(1)VE614CG11387-RA (2175): PFAM (CUT)3 (Homeobox)
CG11387-RA (2175): Superfamily (0003830)
CG11387-RB (257): PFAM 
CG11387-RB (257): Superfamily 
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003677 GO:0003677 GO:0003700 GO:0003704 GO:0006357

DBD
FBgn0004369Ptp99A / Protein tyrosine phosphatase 99ACG2005 CT6383 DPTP99A DPTP99A PTP99A Ptp99A R-PTP 99A dptp99ACG2005-RA (1226): PFAM (fn3)2 (Y_phosphata)2
CG2005-RA (1226): Superfamily (0001277) (0003476) (0007630)2
CG2005-RB (1297): PFAM (fn3)2 (Y_phosphata)2
CG2005-RB (1297): Superfamily (0001277) (0003476) (0007630)2
CG2005-RC (1241): PFAM (fn3)2 (Y_phosphata)2
CG2005-RC (1241): Superfamily (0001277) (0003476) (0007630)2
CG2005-RD (1058): PFAM (fn3)2 (Y_phosphata)2
CG2005-RD (1058): Superfamily (0001277) (0003476) (0007630)2
DNA binding: NO

GO:0003677

FBgn0004394pdm2 / POU domain protein 2CG12287 CG15486 CG15487 Pdm-2 dOct2 dPOU-28 dPOU28 dPOU28/pdm-2 dim dpou28 miti pdm pdm-2 pdm2CG12287-RB (893): PFAM (Pou) (Homeobox)
CG12287-RB (893): Superfamily (0005825) (0005281)
CG12287-RA (498): PFAM (Pou) (Homeobox)
CG12287-RA (498): Superfamily (0005825) (0005281)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003677 GO:0003700 GO:0003704 GO:0003704 GO:0006355 GO:0006357

DBD
FBgn0004396CrebA / Cyclic-AMP response element binding protein ABBF-2 BBF2_DROME BOX B Binding Factor-2 Bbbf2 BcDNA:SD05937 CG7450 CREB CREB-A CREB-a Creb Creb-A CrebA creb crebA dCREB-A dCREBA dCreb-A dCrebA l(3)03576CG7450-RA (516): PFAM (bZIP_1)
CG7450-RA (516): Superfamily (0004651)
CG7450-RB (516): PFAM (bZIP_1)
CG7450-RB (516): Superfamily (0004651)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003677 GO:0003677 GO:0003677 GO:0003700 GO:0003702 GO:0006357 GO:0006366

DBD DBSD
FBgn0004399psq / pipsqueakBTB-V BtbV CG2368 Psq pip psk psq psq-1 zepCG2368-RE (645): PFAM (HTH_psq)4
CG2368-RE (645): Superfamily 
CG2368-RB (1064): PFAM (BTB) (HTH_psq)4
CG2368-RB (1064): Superfamily (0001007)
CG2368-RH (645): PFAM (HTH_psq)4
CG2368-RH (645): Superfamily 
CG2368-RK (639): PFAM (HTH_psq)4
CG2368-RK (639): Superfamily 
CG2368-RI (639): PFAM (HTH_psq)4
CG2368-RI (639): Superfamily 
CG2368-RD (645): PFAM (HTH_psq)4
CG2368-RD (645): Superfamily 
CG2368-RG (645): PFAM (HTH_psq)4
CG2368-RG (645): Superfamily 
CG2368-RF (645): PFAM (HTH_psq)4
CG2368-RF (645): Superfamily 
CG2368-RJ (639): PFAM (HTH_psq)4
CG2368-RJ (639): Superfamily 
CG2368-RC (1064): PFAM (BTB) (HTH_psq)4
CG2368-RC (1064): Superfamily (0001007)
CG2368-RA (1046): PFAM (BTB) (HTH_psq)4
CG2368-RA (1046): Superfamily (0001007)
CG2368-RL (535): PFAM (BTB)
CG2368-RL (535): Superfamily (0001007)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003677 GO:0003677 GO:0003700 GO:0006355

DBD
FBgn0004401Pep / Protein on ecdysone puffsCG6143 PEP PEP/X4 Pep X4/PEP p100CG6143-RB (716): PFAM 
CG6143-RB (716): Superfamily 
CG6143-RC (693): PFAM 
CG6143-RC (693): Superfamily 
CG6143-RA (502): PFAM 
CG6143-RA (502): Superfamily 
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

FBgn0004463RpIII128 / RNA polymerase III 128kD subunitCG8344 DmRP128 RP128 RpIII128CG8344-RA (1137): PFAM (RNA_pol_Rpb)7
CG8344-RA (1137): Superfamily (0006322)
DNA binding: NO

GO:0003677 GO:0006366 GO:0006383 GO:0006383 GO:0009299

FBgn0004493DNApol-&agr;180 / DNA polymerase &agr; 180kD183 kDa pol &agr; AAB24152 CG6349 DNA pol&agr; DNApol&agr; DNApol-&agr; DNApol-&agr;180 DNApol-alpha180 DNApola DmPol&agr; POLA Pol&agr; pol &agr; pol&agr; pol&agr;p180CG6349-RA (1488): PFAM (DNA_pol_B_e) (DNA_pol_B)
CG6349-RA (1488): Superfamily (0004297)3 (0004764)
DNA binding: NO

GO:0003677

FBgn0004510Ets97D / Ets at 97DCG6338 D-Elg D-elg DELG Elg Ets Ets97D elg tne tnyCG6338-RA (464): PFAM (SAM_PNT) (Ets)
CG6338-RA (464): Superfamily (0000959) (0006195)
DNA binding: maybe

(TF, short range)

GO:0003677 GO:0003677 GO:0006357 GO:0006357

DBD
FBgn0004567slp2 / sloppy paired 2CG2939 Dmslp2 FD7 slp slp2CG2939-RA (451): PFAM (Fork_head)
CG2939-RA (451): Superfamily (0006804)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003700 GO:0003702 GO:0006357 GO:0045449

DBD
FBgn0004579salm / spalt major3602 CG6464 SPALT Sal SalM l(2)03602 sal salII salM salmCG6464-RA (1365): PFAM (zf-C2H2)5
CG6464-RA (1365): Superfamily (0005594) (0000051)2
DNA binding: maybe

(TF, short range)

GO:0003704 GO:0016481 GO:0030528 GO:0045449

DBD
FBgn0004584Rrp1 / Recombination repair protein 1CG3178 RRP1 Rrp1 rrpCG3178-RA (679): PFAM (Exo_endo_ph)
CG3178-RA (679): Superfamily (0003314)
DNA binding: NO

FBgn0004586grh / grainy headCG5058 DREB EG:191D12.1 Elf-1 Elf-1/NTF-1 Elf1 Gh NTF-1 NTF-1/Elf-1 NTF1 Ntf Ntf1 elf1 elf1(CAG)7 grh hsk l(2)06850 l(2)IM45 l(2)s2140CG5058-RA (1063): PFAM (CP2)
CG5058-RA (1063): Superfamily 
CG5058-RC (1302): PFAM (CP2)
CG5058-RC (1302): Superfamily 
CG5058-RB (1032): PFAM (CP2)
CG5058-RB (1032): Superfamily 
CG5058-RF (155): PFAM (CP2)
CG5058-RF (155): Superfamily 
CG5058-RG (729): PFAM (CP2)
CG5058-RG (729): Superfamily 
CG5058-RD (1333): PFAM (CP2)
CG5058-RD (1333): Superfamily 
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003677 GO:0003702 GO:0003704 GO:0006357

DBD FlyReg FlyMine
FBgn0004595pros / prospero0244/09 0320/10 0441/16 0451/09 0563/18 0585/13 0664/07 0671/02 0763/13 0989/01 1135/07 1135/09 1167/13 1316/02 671/2 BcDNA:HL08040 CG17228 DMPROSPER DROPROSA PROS-1 PROS-2 Pros Prosp Voila anon-WO0140519.15 l(3)10419 l(3)j12C8 l(3)j6E2 l(3)rH013 l(3CG17228-RA (1535): PFAM (Prox1)
CG17228-RA (1535): Superfamily 
CG17228-RD (1374): PFAM (Prox1)
CG17228-RD (1374): Superfamily 
CG17228-RC (1403): PFAM (Prox1)
CG17228-RC (1403): Superfamily 
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003700 GO:0003700 GO:0003700 GO:0003700 GO:0006355 GO:0006355 GO:0006357 GO:0030528

DBD
FBgn0004606zfh1 / Zn finger homeodomain 1CG1322 ZFH-1 Zfh-1 Zfh1 l(3)00865 zfh-1 zfh1 zfl-1CG1322-RC (859): PFAM (zf-C2H2)3 (Homeobox) (zf-C2H2)2
CG1322-RC (859): Superfamily (0000647) (0000051) (0005623)
CG1322-RA (747): PFAM (zf-C2H2)4 (Homeobox) (zf-C2H2)2
CG1322-RA (747): Superfamily (0005069) (0000647) (0005623)
CG1322-RB (1054): PFAM (zf-C2H2)5 (Homeobox) (zf-C2H2)2
CG1322-RB (1054): Superfamily (0005594) (0000647) (0005623)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003677 GO:0003700 GO:0003702 GO:0006357

DBD FlyReg FlyMine
FBgn0004607zfh2 / Zn finger homeodomain 2CG1449 ZFH-2 Zfh-2 Zfh2 zfh-2 zfh2CG1449-RA (3005): PFAM (zf-C2H2)5 (Homeobox)2 (zf-C2H2)2 (Homeobox)
CG1449-RA (3005): Superfamily (0003830) (0005281) (0000647)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003677 GO:0003677 GO:0003700 GO:0003702 GO:0006357 GO:0045449

DBD
FBgn0004618gl / glassCG7672 E(sina)5 Glass SS3-2 SY3-3 gl none rhCG7672-RB (557): PFAM (zf-C2H2)4
CG7672-RB (557): Superfamily (0005623) (0000051) (0004752)
CG7672-RA (604): PFAM (zf-C2H2)5
CG7672-RA (604): Superfamily (0005623) (0000051) (0004752) (0000051)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003700 GO:0003704 GO:0006357

DBD FlyReg FlyMine
FBgn0004644hh / hedgehogCG4637 HH Hh Mir Mrt anon-WO0134654.19 anon-WO0182946.19 bar bar-3 bar3 hg hh l(3)hh l(3)neo56 l(3)neo57CG4637-RA (471): PFAM (HH_signal) (Hint)
CG4637-RA (471): Superfamily (0004893) (0000446)
DNA binding: NO

GO:0006357 GO:0007228

FBgn0004652fru / fruitlessBTB-VI BtbVI CG14307 CG7688 CG7689 CG7690 CT22773 cg7688 cg7689 fru fty ms(3)06411 satCG14307-RA (516): PFAM (BTB)
CG14307-RA (516): Superfamily (0001007)
CG14307-RE (955): PFAM (BTB) (zf-C2H2)
CG14307-RE (955): Superfamily (0001007) (0005171)
CG14307-RJ (906): PFAM (BTB) (zf-C2H2)
CG14307-RJ (906): Superfamily (0001007) (0005171)
CG14307-RM (854): PFAM (BTB) (zf-C2H2)
CG14307-RM (854): Superfamily (0001007) (0005171)
CG14307-RD (665): PFAM (BTB)
CG14307-RD (665): Superfamily (0001007)
CG14307-RK (705): PFAM (BTB) (zf-C2H2)
CG14307-RK (705): Superfamily (0001007) (0005171)
CG14307-RB (789): PFAM (BTB)
CG14307-RB (789): Superfamily (0001007)
CG14307-RL (854): PFAM (BTB) (zf-C2H2)
CG14307-RL (854): Superfamily (0001007) (0005171)
CG14307-RG (796): PFAM (BTB) (zf-C2H2)
CG14307-RG (796): Superfamily (0001007) (0005171)
CG14307-RC (854): PFAM (BTB) (zf-C2H2)
CG14307-RC (854): Superfamily (0001007) (0005171)
CG14307-RI (870): PFAM (BTB) (zf-C2H2)
CG14307-RI (870): Superfamily (0001007) (0005171)
CG14307-RF (688): PFAM (BTB)
CG14307-RF (688): Superfamily (0001007)
CG14307-RH (695): PFAM (BTB) (zf-C2H2)
CG14307-RH (695): Superfamily (0001007) (0005171)
DNA binding: maybe

(TF, short range)

GO:0003700 GO:0003700 GO:0003700 GO:0003702 GO:0003702 GO:0006357

DBD
FBgn0004656fs(1)h / female sterile (1) homoeoticCG2252 N72 anon-EST:Liang-1.81 anon-EST:fe1G2 clone 1.81 fs(1)1456 fs(1)26/26A fs(1)M16 fs(1)R10.4 fs(1)h fsh fst(1)h l(1)7Da l(1)G0093 l(1)G0495 rncCG2252-RB (2038): PFAM (Bromodomain)2
CG2252-RB (2038): Superfamily (0002416) (0007615)
CG2252-RA (1110): PFAM (Bromodomain)2
CG2252-RA (1110): Superfamily (0002416) (0007615)
CG2252-RE (1110): PFAM (Bromodomain)2
CG2252-RE (1110): Superfamily (0002416) (0007615)
CG2252-RC (1110): PFAM (Bromodomain)2
CG2252-RC (1110): Superfamily (0002416) (0007615)
CG2252-RD (1110): PFAM (Bromodomain)2
CG2252-RD (1110): Superfamily (0002416) (0007615)
DNA binding: NO

GO:0003677 GO:0003697 GO:0006357

FBgn0004666sim / single-minded0483/09 0716/08 0899/14 0953/08 1002/10 1034/02 1050/13 1110/04 1111/10 1330/08 1479/04 CG7771 S8 SIM l(3)87Ea l(3)E320 l(3)RD l(3)S8 l(3)s8 schm shm simCG7771-RB (664): PFAM (HLH) (PAS) (PAC)
CG7771-RB (664): Superfamily (0000355) (0001082)2
CG7771-RA (688): PFAM (HLH) (PAS) (PAC)
CG7771-RA (688): Superfamily (0000355) (0001082)2
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003700 GO:0003702 GO:0006357

DBD
FBgn0004795retn / retained2535 BcDNA:LD35748 CG5403 DRI Dead Ringer/Retain Dri EY2-10 dri l(2)02535 retn retn/driCG5403-RB (911): PFAM (ARID)
CG5403-RB (911): Superfamily (0001120)
CG5403-RA (906): PFAM (ARID)
CG5403-RA (906): Superfamily (0001120)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0000122 GO:0003677 GO:0003677 GO:0003677 GO:0003700 GO:0016563 GO:0016564 GO:0045941

DBD
FBgn0004837Su(H) / Suppressor of HairlessBG:DS00929.10 C CG3497 D E(H) FTZ-F2 RBP-J&Kgr; RBP-Jkappa Su(H) Su(h) SuH anon-WO0257455.3 br7 dRBP-J&Kgr; dRBP-JK dRBP-Jk l(1)br7 l(2)35Bh l(2)br7 l(2)k07904 oss su(H)CG3497-RA (594): PFAM (TIG)
CG3497-RA (594): Superfamily (0000083)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003677 GO:0003677 GO:0003702 GO:0006367 GO:0016563 GO:0016563 GO:0016564 GO:0045892 GO:0045893 GO:0045944 GO:0045944

FlyReg FlyMine
FBgn0004854B-H2 / BarH2B B-H2 Bar Bar-H2 CG5488CG5488-RA (645): PFAM (Homeobox)
CG5488-RA (645): Superfamily (0005281)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003677 GO:0003700 GO:0003704 GO:0006355

DBD
FBgn0004855RpII15 / RNA polymerase II 15kD subunit8WG16 CG3284 H5 Pol II Pol IIa PolII RNA Pol II RNA pol II RNA polII RNAP RNAP II RNApolII RPII15 RpII15 RpII215 dRPB9 l(3)88Be l(3)Z23 polIICG3284-RA (129): PFAM (RNA_POL_M_1) (TFIIS_C)
CG3284-RA (129): Superfamily (0006326) (0006327)
DNA binding: NO

GO:0003677 GO:0003700 GO:0006355 GO:0006366 GO:0006366 GO:0009299

FBgn0004858elB / elbow BBG:DS06238.3 CG4220 P10 el elB elb elbowCG4220-RC (552): PFAM 
CG4220-RC (552): Superfamily 
CG4220-RB (818): PFAM 
CG4220-RB (818): Superfamily 
CG4220-RA (678): PFAM 
CG4220-RA (678): Superfamily 
DNA binding: maybe

(TF, short range)

GO:0003702

FBgn0004859ci / cubitus interruptusCG2125 CI CID Ce Ci CiD CiD ci ci-D ci155 ciD ciD l(4)102ABc l(4)13 l(4)17CG2125-RA (1397): PFAM (zf-C2H2)4
CG2125-RA (1397): Superfamily (0005218) (0004846) (0004748) (0003882)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0000122 GO:0003700 GO:0003704 GO:0016563 GO:0016563 GO:0016564 GO:0016564 GO:0045449 GO:0045944 GO:0045944

DBD
FBgn0004861ph-p / polyhomeotic proximalCG18412 CG18414 EG:87B1.5 PH PH-p Ph ph ph-P ph-p phP phm phpCG18412-RA (1589): PFAM (SAM_2)
CG18412-RA (1589): Superfamily (0007398)
DNA binding: maybe

(TF, long range)

GO:0003677 GO:0006366 GO:0009299

FBgn0004862bap / bagpipeCG7902 NK-3 NK3 bap bgp dNK-3 nk-3CG7902-RA (382): PFAM (Homeobox)
CG7902-RA (382): Superfamily (0000647)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003677 GO:0003700 GO:0003700 GO:0006357

DBD FlyReg FlyMine
FBgn0004863C15 / C15311 93Bal C15 CG7937 Ect5 Hox11-311CG7937-RA (339): PFAM (Homeobox)
CG7937-RA (339): Superfamily (0000647)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003700 GO:0006355

DBD
FBgn0004865Eip78C / Ecdysone-induced protein 78CCG18023 DR-78 E78 E78A E78B E78D Eip78 Eip78C Eip78D NR1E1 anon-WO0172774.42 anon-WO0172774.44 dE78CG18023-RC (338): PFAM (Hormone_rec)
CG18023-RC (338): Superfamily (0006439)2
CG18023-RB (392): PFAM (Hormone_rec)
CG18023-RB (392): Superfamily (0006439)2
CG18023-RA (862): PFAM (zf-C4) (Hormone_rec)
CG18023-RA (862): Superfamily (0005367)2
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003677 GO:0003700 GO:0003704 GO:0006357

DBD
FBgn0004870bab1 / bric a brac 1BAB1 CG13910 CG9097 anon-WO0118547.639 bab bab-I bab1CG9097-RB (977): PFAM (BTB) (HTH_psq)
CG9097-RB (977): Superfamily (0001007)
CG9097-RA (526): PFAM (BTB)
CG9097-RA (526): Superfamily (0001007)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003677 GO:0003700 GO:0003700 GO:0003700 GO:0006350 GO:0006350 GO:0006357 GO:0045449

DBD FlyReg FlyMine
FBgn0004878cas / castorCG2102 Cas cas l(3)j1C2 l(3)neo33 mingCG2102-RA (793): PFAM (zf-C2H2) (AT_hook)
CG2102-RA (793): Superfamily 
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003677 GO:0003700 GO:0003702 GO:0006355 GO:0006357 GO:0045892

DBD
FBgn0004880scrt / scratchBcDNA:RH71479 CG1130 anon-EST:Liang-1.31 anon-EST:Liang-1.67 anon-WO02059370.57 clone 1.31 clone 1.67 scrtCG1130-RA (653): PFAM (zf-C2H2)5
CG1130-RA (653): Superfamily (0005069) (0000834)
DNA binding: maybe

(TF, short range)

GO:0003700 GO:0006357 GO:0045449

DBD
FBgn0004892sob / sister of odd and bowlCG3242 org1 sobCG3242-RA (578): PFAM (zf-C2H2)5
CG3242-RA (578): Superfamily (0004888) (0003882)
DNA binding: maybe

(TF, short range)

GO:0003702 GO:0006357 GO:0030528 GO:0045449

DBD
FBgn0004893bowl / brother of odd with entrails limited17-29-5 Bowl CG10021 Su(tor)2-1 bowl l(2)c org2CG10021-RA (744): PFAM (zf-C2H2)5
CG10021-RA (744): Superfamily (0000834) (0005933) (0003882)
CG10021-RD (744): PFAM (zf-C2H2)5
CG10021-RD (744): Superfamily (0000834) (0005933) (0003882)
CG10021-RC (744): PFAM (zf-C2H2)5
CG10021-RC (744): Superfamily (0000834) (0005933) (0003882)
CG10021-RB (744): PFAM (zf-C2H2)5
CG10021-RB (744): Superfamily (0000834) (0005933) (0003882)
DNA binding: maybe

(TF, short range)

GO:0003702 GO:0006357

DBD
FBgn0004895fd64A / forkhead domain 64ACG1132 Dmfd2 FD2 fd2 fd64ACG1132-RA (365): PFAM (Fork_head)
CG1132-RA (365): Superfamily (0006804)
DNA binding: maybe

(TF, short range)

GO:0003700 GO:0006355 GO:0006357

DBD
FBgn0004896fd59A / forkhead domain 59ACG3668 Dmfd3 FD3 fd3 fd59ACG3668-RA (456): PFAM (Fork_head)
CG3668-RA (456): Superfamily (0006804)
DNA binding: maybe

(TF, short range)

GO:0003700 GO:0006357 GO:0006357

DBD
FBgn0004897fd96Ca / forkhead domain 96CaCG11921 Dmfd4 FD4 fd4 fd96CaCG11921-RA (372): PFAM (Fork_head)
CG11921-RA (372): Superfamily (0006804)
DNA binding: maybe

(TF, short range)

GO:0003700 GO:0006357

DBD
FBgn0004898fd96Cb / forkhead domain 96CbCG11922 Dmfd5 FD5 fd5 fd96CbCG11922-RA (271): PFAM (Fork_head)
CG11922-RA (271): Superfamily (0006804)
DNA binding: maybe

(TF, short range)

GO:0003700 GO:0006357

DBD
FBgn000490714-3-3&zgr; / 14-3-3 14-3-3&zgr; 14-3-3zeta 2G1 4-3-3 zeta 5.11 549 BEST:GH05075 CG17870 D14-3-3 D14-3-3&zgr; K PAR5 Par-5 d14-3-3zeta l(2)07103 l(2)46CFe l(2)46Ee leo par-5CG17870-RH (248): PFAM (14-3-3)
CG17870-RH (248): Superfamily (0004317)
CG17870-RD (248): PFAM (14-3-3)
CG17870-RD (248): Superfamily (0004317)
CG17870-RJ (248): PFAM (14-3-3)
CG17870-RJ (248): Superfamily (0004317)
CG17870-RI (248): PFAM (14-3-3)
CG17870-RI (248): Superfamily (0004317)
CG17870-RB (248): PFAM (14-3-3)
CG17870-RB (248): Superfamily (0004317)
CG17870-RA (248): PFAM (14-3-3)
CG17870-RA (248): Superfamily (0004317)
CG17870-RF (248): PFAM (14-3-3)
CG17870-RF (248): Superfamily (0004317)
CG17870-RG (248): PFAM (14-3-3)
CG17870-RG (248): Superfamily (0004317)
CG17870-RE (248): PFAM (14-3-3)
CG17870-RE (248): Superfamily (0004317)
CG17870-RC (248): PFAM (14-3-3)
CG17870-RC (248): Superfamily (0004317)
DNA binding: NO

GO:0030528

FBgn0004913Gnf1 / Germ line transcription factor 1CG1119 GTF-1 Gnf-1 Gnf1 Gtf1 ONF-CAACAA RF-C 140 RFC RfC140 dRF-Cp140 gtf1CG1119-RB (1008): PFAM (BRCT) (AAA)
CG1119-RB (1008): Superfamily (0006460) (0001756) (0006460)
CG1119-RA (986): PFAM (BRCT) (AAA)
CG1119-RA (986): Superfamily (0006460) (0001756) (0006460)
DNA binding: maybe

GO:0003677 GO:0003677 GO:0003677 GO:0003677

FBgn0004914Hnf4 / Hepatocyte nuclear factor 4CG9310 DmHNF4 HNF-4 HNF-4(D) HNF4 Hnf-4h Hnf4 NR2A4 dHNF4CG9310-RB (732): PFAM (zf-C4) (Hormone_rec)
CG9310-RB (732): Superfamily (0005367)
CG9310-RA (704): PFAM (zf-C4) (Hormone_rec)
CG9310-RA (704): Superfamily (0005367)
CG9310-RC (666): PFAM (zf-C4) (Hormone_rec)
CG9310-RC (666): Superfamily (0005367)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003700 GO:0003700 GO:0006357

DBD
FBgn0004915TfIIB / Transcription factor IIBCG5193 TFIIB TfIIB Tfiib dTFIIB dTfIIBCG5193-RA (315): PFAM (TFIIB)2
CG5193-RA (315): Superfamily (0001818) (0004910)2
DNA binding: NO

GO:0005667 GO:0006357 GO:0006367 GO:0008134 GO:0016251 GO:0051101

FBgn0004919gol / goliathCG2679 anon-G1 g1 gol mesoCG2679-RA (286): PFAM (zf-C3HC4)
CG2679-RA (286): Superfamily (0007564)
CG2679-RB (461): PFAM (PA) (zf-C3HC4)
CG2679-RB (461): Superfamily (0001706) (0007564)
DNA binding: NO

GO:0006355 GO:0006366 GO:0030528 GO:0030528 GO:0045449

FBgn0004924Top1 / Topoisomerase 1CG6146 TOP1 Top1 TopI dTopoI l(1)G0134 l(1)G0201 l(1)G0229 l(1)G0278 l(1)top1 top1 topi topo I topoICG6146-RB (581): PFAM (Topoisom_I_) (Topoisom_I)
CG6146-RB (581): Superfamily (0003977) (0000071) (0000076) (0000071)
CG6146-RC (974): PFAM (Topoisom_I_) (Topoisom_I)
CG6146-RC (974): Superfamily (0003977) (0000071) (0000076) (0000071)
CG6146-RA (974): PFAM (Topoisom_I_) (Topoisom_I)
CG6146-RA (974): Superfamily (0003977) (0000071) (0000076) (0000071)
DNA binding: NO

GO:0006366 GO:0009299

FBgn0005386ash1 / absent, small, or homeotic discs 1ASH1 Ash1 CG8887 ash ash-1 ash1 dash l(3)SG29aCG8887-RA (2217): PFAM (SET) (PHD) (BAH)
CG8887-RA (2217): Superfamily 
DNA binding: maybe

(TF, long range)

GO:0003677 GO:0006357 GO:0030528 GO:0048096

FBgn0005410sno / strawberry notchCG1903 Sno g-l l(1)11Ea snoCG1903-RA (191): PFAM 
CG1903-RA (191): Superfamily 
CG1903-RB (1547): PFAM (Helicase_C)
CG1903-RB (1547): Superfamily 
DNA binding: NO

GO:0045944

FBgn0005427ewg / erect wingCG3114 EC3 EG:BACR37P7.7 EWG NRF-1 ewg l(1)1Ag l(1)DA659 l(1)EC3 l(1)EC3f l(1)VA720 lEC3CG3114-RB (840): PFAM 
CG3114-RB (840): Superfamily 
CG3114-RE (699): PFAM 
CG3114-RE (699): Superfamily 
CG3114-RF (579): PFAM 
CG3114-RF (579): Superfamily 
CG3114-RA (733): PFAM 
CG3114-RA (733): Superfamily 
CG3114-RC (733): PFAM 
CG3114-RC (733): Superfamily 
CG3114-RG (545): PFAM 
CG3114-RG (545): Superfamily 
CG3114-RH (427): PFAM 
CG3114-RH (427): Superfamily 
CG3114-RD (581): PFAM 
CG3114-RD (581): Superfamily 
DNA binding: maybe

(TF, short range)

GO:0003677 GO:0003677 GO:0003704 GO:0003704

FBgn0005511mid / midlineCG6634 H15r H15r/nmr2 mid nmr2CG6634-RA (580): PFAM (T-box)
CG6634-RA (580): Superfamily (0007559)
DNA binding: maybe

GO:0003700 GO:0006357 GO:0045449

DBD
FBgn0005558ey / eyelessCG1464 DPax-6 EYEL Ey Ey/Pax6 Pax6 ey eye l(4)102CDh l(4)102CDr l(4)33 pax6CG1464-RC (857): PFAM (PAX) (Homeobox)
CG1464-RC (857): Superfamily (0004048) (0000647)
CG1464-RB (624): PFAM (Homeobox)
CG1464-RB (624): Superfamily (0000647)
CG1464-RD (898): PFAM (PAX) (Homeobox)
CG1464-RD (898): Superfamily (0004048) (0000647)
CG1464-RA (838): PFAM (PAX) (Homeobox)
CG1464-RA (838): Superfamily (0004048) (0000647)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003700 GO:0003700 GO:0005667 GO:0006355 GO:0006357

DBD FlyReg FlyMine
FBgn0005561sv / shavenCG11049 Cat D-Pax2 D-pax2 DPax-2 Dpax-2 Dpax2 PAX2 Pax2 Pax2/5/8 Pax258 d-Pax2 dPax2 dPax258 en(lz)4G/I l(4)40 pax2/sparkling pol shaven/sparkling spa spa-sv svCG11049-RC (647): PFAM (PAX)
CG11049-RC (647): Superfamily (0004048)
CG11049-RE (794): PFAM (PAX)
CG11049-RE (794): Superfamily (0004048)
CG11049-RA (844): PFAM (PAX)
CG11049-RA (844): Superfamily (0004048)
CG11049-RF (792): PFAM (PAX)
CG11049-RF (792): Superfamily (0004048)
CG11049-RG (628): PFAM (PAX)
CG11049-RG (628): Superfamily (0004048)
CG11049-RD (680): PFAM (PAX)
CG11049-RD (680): Superfamily (0004048)
CG11049-RH (842): PFAM (PAX)
CG11049-RH (842): Superfamily (0004048)
DNA binding: maybe

(TF, short range)

GO:0003700 GO:0003702 GO:0006357 GO:0045449

DBD
FBgn0005596yem&agr; / yemanuclein &agr;CG11879 CG14513 yG4.5 yT4.5 yem&agr; yem-&agr; yemaCG14513-RA (1002): PFAM 
CG14513-RA (1002): Superfamily 
DNA binding: YES

GO:0003677 GO:0003677

FBgn0005612Sox14 / Sox box protein 14CG17263 CG3090 DSox-14 DSox14 DSox60B Dsox-14 SOX14 SOX60B SOXC Sox14CG3090-RB (669): PFAM (HMG_box)
CG3090-RB (669): Superfamily (0005279)
CG3090-RA (669): PFAM (HMG_box)
CG3090-RA (669): Superfamily (0005279)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003700 GO:0006357 GO:0045449

FBgn0005613Sox15 / Sox box protein 15CG13945 CG8404 DSox-15 Dsox-15 SOX15 SOX50E SOXF Sox F Sox15 Sox50E SoxECG8404-RA (784): PFAM (HMG_box)
CG8404-RA (784): Superfamily (0001288)
DNA binding: maybe

(TF, short range)

GO:0003700 GO:0006357 GO:0045449

FBgn0005616msl-2 / male-specific lethal 2CG3241 MSL MSL-2 MSL2 Msl2 km(2)A kmA msl msl-2 msl2CG3241-RA (773): PFAM 
CG3241-RA (773): Superfamily (0007197)
CG3241-RB (773): PFAM 
CG3241-RB (773): Superfamily (0007197)
DNA binding: NO

GO:0003677

FBgn0005617msl-1 / male-specific lethal 1CG10385 MSL MSL-1 MSL1 Msl1 i94 km(2)B kmB mls-1 msl msl-1 msl1CG10385-RA (1039): PFAM 
CG10385-RA (1039): Superfamily 
DNA binding: NO

GO:0003677

FBgn0005624Psc / Posterior sex combs49Ea CG3886 D-Bmi PSC Psc Su(z)2-C l(2)49Ea l(2)Psc l(2)vr14 psc vr14CG3886-RA (1601): PFAM (zf-C3HC4)
CG3886-RA (1601): Superfamily (0007174)
DNA binding: maybe

(TF, long range)

GO:0003677 GO:0006357 GO:0030528

FBgn0005630lola / longitudinals lackingBEST:LD03274 BTB-IV BcDNA:LD17006 BcDNA:RH31485 BtbIV CG12052 CG18376 CG18378 CG18379 CG18380 CG18381 CG30012 CG30013 CG30014 LD03274 NEST:bs06a08 bs06a08.y1 l(2)00642 l(2)s3697 lola sw59CG12052-RR (856): PFAM 
CG12052-RR (856): Superfamily (0001007)
CG12052-RI (970): PFAM (BTB) (zf-C2H2)2
CG12052-RI (970): Superfamily (0001007)
CG12052-RL (608): PFAM (BTB) (zf-C2H2)2
CG12052-RL (608): Superfamily (0001007)
CG12052-RG (891): PFAM (BTB) (zf-C2H2)2
CG12052-RG (891): Superfamily (0001007)
CG12052-RQ (603): PFAM (BTB) (zf-C2H2)
CG12052-RQ (603): Superfamily (0001007)
CG12052-RN (878): PFAM (BTB) (zf-C2H2)2
CG12052-RN (878): Superfamily (0001007)
CG12052-RH (518): PFAM (BTB)
CG12052-RH (518): Superfamily (0001007)
CG12052-RF (565): PFAM (BTB) (zf-C2H2)2
CG12052-RF (565): Superfamily (0001007)
CG12052-RS (720): PFAM (BTB)
CG12052-RS (720): Superfamily (0001007)
CG12052-RX (602): PFAM (BTB) (zf-C2H2)
CG12052-RX (602): Superfamily (0001007)
CG12052-RA (706): PFAM (BTB) (zf-C2H2)2
CG12052-RA (706): Superfamily (0001007)
CG12052-RU (575): PFAM (BTB) (zf-C2H2)
CG12052-RU (575): Superfamily (0001007)
CG12052-RO (668): PFAM (BTB)
CG12052-RO (668): Superfamily (0001007)
CG12052-RP (963): PFAM (BTB)
CG12052-RP (963): Superfamily (0001007)
CG12052-RD (748): PFAM (BTB) (zf-C2H2)2
CG12052-RD (748): Superfamily (0001007)
CG12052-RM (465): PFAM (BTB)
CG12052-RM (465): Superfamily (0001007)
CG12052-RV (549): PFAM (BTB)
CG12052-RV (549): Superfamily (0001007)
CG12052-RC (787): PFAM (BTB) (zf-C2H2)
CG12052-RC (787): Superfamily (0001007)
CG12052-RY (577): PFAM (BTB) (zf-C2H2)
CG12052-RY (577): Superfamily (0001007)
CG12052-RT (575): PFAM (BTB) (zf-C2H2)
CG12052-RT (575): Superfamily (0001007)
CG12052-RB (748): PFAM (BTB) (zf-C2H2)2
CG12052-RB (748): Superfamily (0001007)
CG12052-RK (546): PFAM (BTB) (zf-C2H2)2
CG12052-RK (546): Superfamily (0001007)
CG12052-RW (771): PFAM (BTB) (zf-C2H2)
CG12052-RW (771): Superfamily (0001007)
CG12052-RE (748): PFAM (BTB) (zf-C2H2)2
CG12052-RE (748): Superfamily (0001007)
CG12052-RJ (757): PFAM (BTB) (zf-C2H2)2
CG12052-RJ (757): Superfamily (0001007)
DNA binding: maybe

(TF, short range)

GO:0003702 GO:0003704 GO:0003704 GO:0006357

DBD
FBgn0005636nvy / nervyCG3385 nvyCG3385-RA (743): PFAM (TAFH) (zf-MYND)
CG3385-RA (743): Superfamily 
DNA binding: NO

GO:0003700 GO:0006355 GO:0006357

FBgn0005638slbo / slow border cellsC/EBP CG4354 DC/EBP DmC/EBP fs(2)7 fs(2)8 fs(2)ry7 fs(2)ry8 slbo sloboCG4354-RA (449): PFAM (bZIP_2)
CG4354-RA (449): Superfamily 
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003677 GO:0006355 GO:0030528

DBD FlyReg FlyMine
FBgn0005642wdn / wings downCG1454 Sryc pqp sry h-l sry-c sry-h1 wdnCG1454-RA (869): PFAM (zf-C2H2)6
CG1454-RA (869): Superfamily (0005623) (0000051) (0003882)
DNA binding: maybe

GO:0003702 GO:0006355 GO:0006357

DBD
FBgn0005655mus209 / mutagen-sensitive 20953/13 CG9193 DmPCNA PCNA Pcna l(2)02448 l(2)56F l(2)56Fa l(2)s1534 mus209 pcnaCG9193-RA (260): PFAM (PCNA_N) (PCNA_C)
CG9193-RA (260): Superfamily (0000504) (0000505)
CG9193-RB (260): PFAM (PCNA_N) (PCNA_C)
CG9193-RB (260): Superfamily (0000504) (0000505)
DNA binding: NO

GO:0003677

FBgn0005658Ets65A / Ets at 65ACG13294 CG6882 CG7018 D-Ets-3 D-ets-3 ETS3 Ets Ets3 Ets65A ets65ACG7018-RA (490): PFAM (Ets)
CG7018-RA (490): Superfamily (0006195)
CG7018-RB (257): PFAM (Ets)
CG7018-RB (257): Superfamily (0006195)
DNA binding: maybe

(TF, short range)

GO:0003677 GO:0003677 GO:0003700 GO:0003700 GO:0006355 GO:0006357

DBD
FBgn0005659Ets98B / Ets at 98BCG5583 D-Ets-4 D-ets-4 ETS4 Ets Ets4 Ets98B ets98BCG5583-RA (518): PFAM (SAM_PNT) (Ets)
CG5583-RA (518): Superfamily (0000959) (0006195)
DNA binding: maybe

(TF, short range)

GO:0003677 GO:0003700 GO:0006357

DBD
FBgn0005660Ets21C / Ets at 21CCG2914 D-Ets-6 D-ets-6 ETS6 Ets Ets21C Ets6 ets21C ets21cCG2914-RA (475): PFAM (Ets)
CG2914-RA (475): Superfamily (0000959) (0006195)
DNA binding: maybe

(TF, short range)

GO:0003677 GO:0003700 GO:0006357

DBD
FBgn0005677dac / dachshundBG:DS02780.3 CG4952 Dac Dm-DAC dac dach l(2)36Ae l(2)rK364 spnCG4952-RF (1072): PFAM (Ski_Sno)
CG4952-RF (1072): Superfamily (0007867)
CG4952-RC (1065): PFAM (Ski_Sno)
CG4952-RC (1065): Superfamily (0007867)
CG4952-RA (1072): PFAM (Ski_Sno)
CG4952-RA (1072): Superfamily (0007867)
CG4952-RB (1081): PFAM (Ski_Sno)
CG4952-RB (1081): Superfamily (0007867)
CG4952-RE (1081): PFAM (Ski_Sno)
CG4952-RE (1081): Superfamily (0007867)
CG4952-RD (1074): PFAM (Ski_Sno)
CG4952-RD (1074): Superfamily (0007867)
CG4952-RG (1063): PFAM (Ski_Sno)
CG4952-RG (1063): Superfamily (0007867)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003702 GO:0006350

FBgn0005694Aef1 / Adult enhancer factor 1AEF-1 Aef1 CG5683CG5683-RA (308): PFAM (zf-C2H2)4
CG5683-RA (308): Superfamily (0003882)2
CG5683-RB (308): PFAM (zf-C2H2)4
CG5683-RB (308): Superfamily (0003882)2
CG5683-RC (308): PFAM (zf-C2H2)4
CG5683-RC (308): Superfamily (0003882)2
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0000122 GO:0003700 GO:0003702 GO:0003702 GO:0016566

DBD FlyReg FlyMine
FBgn0005696DNApol-&agr;73 / DNA polymerase &agr; 73kDCG5923 DNA pol&agr; DNApol&agr; DNApol-&agr; DNApol-&agr;72 DNApol-&agr;73 DNApol-alpha73 POLA Pol&agr; pol &agr; pol&agr;CG5923-RB (653): PFAM (DNA_pol_alp)
CG5923-RB (653): Superfamily 
CG5923-RA (653): PFAM (DNA_pol_alp)
CG5923-RA (653): Superfamily 
DNA binding: NO

FBgn0005771noc / no ocelliBG:DS04641.1 CG4491 Sco br22 br29 l(2)35Ba l(2)35Ba/nocA l(2)br22 l(2)br29 l35Ba noc nocACG4491-RA (537): PFAM (zf-C2H2)
CG4491-RA (537): Superfamily 
DNA binding: maybe

(TF, short range)

GO:0003702 GO:0006357

DBD
FBgn0008636hbn / homeobrain57San CG10614 CG15647 CG15648 CG33152 hbnCG33152-RA (409): PFAM (Homeobox)
CG33152-RA (409): Superfamily (0000647)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003700 GO:0003700 GO:0006355 GO:0006357

DBD
FBgn0008646E5 / E5CG9930 E5CG9930-RA (524): PFAM (Homeobox)
CG9930-RA (524): Superfamily (0000647)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003700 GO:0006355 GO:0006355

DBD
FBgn0008649dei / delilahCG5441 Delilah dei delCG5441-RA (384): PFAM (HLH)
CG5441-RA (384): Superfamily (0003775)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003700 GO:0003704

DBD
FBgn0008651lbl / ladybird lateCG6570 Lb NK? NKch4 lb lbl nkch4CG6570-RA (372): PFAM (Homeobox)
CG6570-RA (372): Superfamily (0005281)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003677 GO:0003700 GO:0003704 GO:0006355 GO:0045449

DBD
FBgn0008654Su(z)2 / Suppressor of zeste 2Arp CG3905 SUZ2 Su(z)2 Su(z)2 l(2)k06344 su(z)2CG3905-RA (1368): PFAM (zf-C3HC4)
CG3905-RA (1368): Superfamily (0007174)
DNA binding: maybe

(TF, long range)

GO:0003677 GO:0006357 GO:0030528

FBgn0010109dpn / deadpan44C CG3161 CG8704 Dpn anon-EST:fe1B12 dpnCG3161-RC (159): PFAM (ATP-synt_C)2
CG3161-RC (159): Superfamily (0001186)
CG3161-RD (159): PFAM (ATP-synt_C)2
CG3161-RD (159): Superfamily (0001186)
CG3161-RA (159): PFAM (ATP-synt_C)2
CG3161-RA (159): Superfamily (0001186)
CG8704-RA (435): PFAM (HLH) (Hairy_orang)
CG8704-RA (435): Superfamily (0003356)
CG3161-RB (159): PFAM (ATP-synt_C)2
CG3161-RB (159): Superfamily (0001186)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0000122 GO:0003677 GO:0003702 GO:0003704 GO:0006357 GO:0016481 GO:0016564

DBD FlyReg FlyMine
FBgn0010228HmgZ / HMG protein ZBcDNA:RE28596 CG17921 HMG-Z HmgZ anon-EST:Liang-1.58 clone 1.58 dHMG-Z hmg-ZCG17921-RA (111): PFAM (HMG_box)
CG17921-RA (111): Superfamily (0005279)
CG17921-RB (111): PFAM (HMG_box)
CG17921-RB (111): Superfamily (0005279)
DNA binding: YES

(TF, long range)

GO:0003677 GO:0006357 GO:0030528

FBgn0010229Hr39 / Hormone receptor-like in 39&bgr;FTZ-F1 CG8676 DHR30 DHR39 DHR39/Ftz-F1&bgr; EP(2)2490 FTZ-F1 FTZ-F1&bgr; FTZ-F1B Hr39 NR5B1 dFTZ-F1&bgr; ftz-F1 ftz-F1&bgr; ftz-f1&bgr; i70CG8676-RB (808): PFAM (zf-C4) (Hormone_rec)
CG8676-RB (808): Superfamily (0005367)2
CG8676-RA (808): PFAM (zf-C4) (Hormone_rec)
CG8676-RA (808): Superfamily (0005367)2
CG8676-RD (808): PFAM (zf-C4) (Hormone_rec)
CG8676-RD (808): Superfamily (0005367)2
CG8676-RC (701): PFAM (zf-C4) (Hormone_rec)
CG8676-RC (701): Superfamily (0005367)2
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003677 GO:0003700 GO:0003712 GO:0006355 GO:0006357

DBD FlyReg FlyMine
FBgn0010247Parp / Poly-(ADP-ribose) polymeraseBEST:LD21673 CG17685 CG17696 CG17718 CG40411 D.PARP LD21673.3prime PARP PARP-1 Parp dPARPDNA binding: NO

GO:0003677 GO:0006355 GO:0009303

FBgn0010271Sry-rDM10 / Sry-related DM10DM10 Sry-rDM10DNA binding: maybe

GO:0003677 GO:0003677 GO:0006355

FBgn0010272Sry-rDM17 / Sry-related DM17DM17 Sry-rDM17DNA binding: maybe

GO:0003677 GO:0003677 GO:0006355

FBgn0010273Sry-rDM23 / Sry-related DM23DM23 Sry-rDM23DNA binding: maybe

GO:0003677 GO:0003677 GO:0006355

FBgn0010274Sry-rDM33 / Sry-related DM33DM33 Sry-rDM33DNA binding: maybe

GO:0003677 GO:0003677 GO:0006355

FBgn0010275Sry-rDM36 / Sry-related DM36DM36 Sry-rDM36DNA binding: maybe

GO:0003677 GO:0003677 GO:0006355

FBgn0010276Sry-rDM63 / Sry-related DM63DM63 Sry-rDM63DNA binding: maybe

GO:0003677 GO:0006355

FBgn0010277Sry-rDM64 / Sry-related DM64DM64 Sry-rDM64DNA binding: maybe

GO:0003677 GO:0003677 GO:0006355

FBgn0010278Ssrp / Structure specific recognition proteinCG4817 Cf5 DssRP SSRP SSRP1 Ssrp dSSRP dSSRP1CG4817-RA (723): PFAM (SSrecog) (HMG_box)
CG4817-RA (723): Superfamily (0006903)
DNA binding: NO

GO:0003697 GO:0003697 GO:0003697 GO:0006357 GO:0030528

FBgn0010280Taf4 / TBP-associated factor 4CG5444 SR3-3 SY3-2 TAF110 TAF TAF110 TAF4 TAFII TAFII110 TAFII110 TAFII110 TFIID TFIID 110 Taf110 Taf4 TafII110 d110 dTAFII110 dTAFII110 dmTAF4 l(3)72Dj p110 taf110CG5444-RA (921): PFAM (TAFH) (TAF4)
CG5444-RA (921): Superfamily 
CG5444-RB (921): PFAM (TAFH) (TAF4)
CG5444-RB (921): Superfamily 
CG5444-RD (851): PFAM (TAFH) (TAF4)
CG5444-RD (851): Superfamily 
CG5444-RC (851): PFAM (TAFH) (TAF4)
CG5444-RC (851): Superfamily 
DNA binding: NO

GO:0003700 GO:0005669 GO:0005669 GO:0006355 GO:0006355 GO:0006367 GO:0006367 GO:0016251 GO:0016251 GO:0016986

FBgn0010282TfIIF&agr; / Transcription factor IIF&agr;CG10281 F5a TFIIF TFIIF&agr; TFIIF-L TfIIF TfIIF&agr; TfIIFalphaCG10281-RA (577): PFAM (TFIIF_alpha)
CG10281-RA (577): Superfamily (0002618) (0006306)
DNA binding: NO

GO:0003677 GO:0005674 GO:0005674 GO:0005674 GO:0006366 GO:0006367 GO:0016251 GO:0016251 GO:0016251 GO:0016563 GO:0016986 GO:0045941

FBgn0010287Trf / TBP-related factorCG7562 TRF TRF1 Trf Trf1 X70838 dTRF1 trfCG7562-RA (224): PFAM (TBP)2
CG7562-RA (224): Superfamily (0004383) (0000311)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003677 GO:0003677 GO:0003677 GO:0003702 GO:0003704 GO:0003709 GO:0003709 GO:0005667 GO:0005669 GO:0005669 GO:0005669 GO:0006357 GO:0006359 GO:0006359 GO:0006367 GO:0006367 GO:0006367 GO:0006384 GO:0008134 GO:0008134 GO:0016251 GO:0016251 GO:0045944

FlyReg FlyMine
FBgn0010300brat / brain tumorCG10719 Cf E60 anon-37CDa brat fs(2)ltoPM43 l(2)37Cf l(2)E60 l(2)bratCG10719-RC (1037): PFAM (zf-B_box)2 (NHL)4
CG10719-RC (1037): Superfamily (0005813)
CG10719-RB (1037): PFAM (zf-B_box)2 (NHL)4
CG10719-RB (1037): Superfamily (0005813)
CG10719-RA (1037): PFAM (zf-B_box)2 (NHL)4
CG10719-RA (1037): Superfamily (0005813)
DNA binding: NO

GO:0006357 GO:0009303 GO:0030528

FBgn0010313corto / corto7128 CG2530 CP-1 Ccf anon-WO02059370.59 ccf corto l(3)07128 l(3)neo31 l(3)neo32CG2530-RA (550): PFAM 
CG2530-RA (550): Superfamily 
DNA binding: maybe

(TF, long range)

GO:0003702

FBgn0010317CycJ / Cyclin JCDI5 CG10308 Cdi5 CycJ cdi5 cycJCG10308-RA (386): PFAM (Cyclin_N) (Cyclin_C)
CG10308-RA (386): Superfamily (0003581) (0003595)
CG10308-RB (261): PFAM (Cyclin_N)
CG10308-RB (261): Superfamily (0002638)
DNA binding: NO

GO:0003700 GO:0006355

FBgn0010323Gsc / Goosecoid60Mun1 60Mun2 CG2851 D-Gsc D-gsc Gsc M72 PPH25 Pph25 gsc l(2)05341CG2851-RA (419): PFAM (Homeobox)
CG2851-RA (419): Superfamily (0000647)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003677 GO:0003700 GO:0003700 GO:0006355 GO:0006357 GO:0016481 GO:0016564

DBD
FBgn0010328woc / without childrenCG5965 wocCG5965-RA (1688): PFAM (zf-MYM)6
CG5965-RA (1688): Superfamily 
DNA binding: maybe

GO:0003677 GO:0006355 GO:0006366 GO:0030528

FBgn0010355Taf1 / TBP-associated factor 1BG:DS00004.13 CG17603 EfW1 SR3-5 TAF TAF1 TAF200 TAF230 TAF250 TAF250/230 TAFII TAFII230 TAFII250 TAFII250/230 TAFII250 TAFII-250 TAFII250 TFIID TFIID TAF250 Taf1 Taf200 Taf230 Taf250 TafCG17603-RC (2098): PFAM (Bromodomain)2 (AT_hook)
CG17603-RC (2098): Superfamily (0004725) (0007615) (0002416)
CG17603-RB (2129): PFAM (Bromodomain)2 (AT_hook)
CG17603-RB (2129): Superfamily (0004725) (0007615) (0002416)
CG17603-RA (2065): PFAM (Bromodomain)2
CG17603-RA (2065): Superfamily (0004725) (0007615) (0002416)
DNA binding: NO

GO:0003677 GO:0005669 GO:0005669 GO:0006355 GO:0006367 GO:0016251 GO:0016563

FBgn0010417Taf6 / TBP-associated factor 6CG32211 CG9348 SR3-4B TAF TAF6 TAF60 TAF60/62 TAFII TAFII60 TAFII60/62 TAFII62 TAFII60 TAFII60(62) TFIID TFIID 62 Taf6 Taf60 Taf62 TafII60 d60 dTAF62 dTAFII262 dTAFIICG32211-RA (606): PFAM (TAF) (DUF1546)
CG32211-RA (606): Superfamily (0006523)
DNA binding: NO

GO:0003677 GO:0005669 GO:0006355 GO:0006367 GO:0016251 GO:0016986

FBgn0010422TfIIS / RNA polymerase II elongation factorBG:DS00929.12 CG3710 DmS-II DmSII RnpSII TFIIS TFIISA TFS-II TfIIS br52 l(2)35Cf l(2)35cF l(2)br52 l35CfCG3710-RA (313): PFAM (TFIIS_M) (TFIIS_C)
CG3710-RA (313): Superfamily (0002387) (0002384) (0006327)
DNA binding: NO

GO:0003677 GO:0003700 GO:0003702 GO:0003711 GO:0003711 GO:0003711 GO:0006355 GO:0016251 GO:0045449

FBgn0010433ato / atonalATO CG7508 ato ato1CG7508-RA (312): PFAM (HLH)
CG7508-RA (312): Superfamily (0000366)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003677 GO:0003700 GO:0003700 GO:0006355

DBD
FBgn0010460bun / bunched1550 CG5461 EP(2)0488 TSC-22 Tsc22 bun l(2)00255 l(2)02687 l(2)05479 l(2)06475 l(2)k02903 l(2)rI043 shsCG5461-RC (189): PFAM (TSC22)
CG5461-RC (189): Superfamily 
CG5461-RB (219): PFAM (TSC22)
CG5461-RB (219): Superfamily 
CG5461-RA (1206): PFAM (TSC22)
CG5461-RA (1206): Superfamily 
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003700 GO:0003702 GO:0003702 GO:0006357

FBgn0010575sbb / scribblerBks CG5580 GM04742 Group IIa Scrib bks disc6 l(2)04440 mtv sbbCG5580-RB (939): PFAM 
CG5580-RB (939): Superfamily 
CG5580-RA (2280): PFAM 
CG5580-RA (2280): Superfamily 
CG5580-RC (929): PFAM 
CG5580-RC (929): Superfamily 
DNA binding: maybe

(TF, short range)

GO:0000122 GO:0003700

FBgn0010768sqz / squeezeCG5557 anon-WO0118547.697 l(3)02102 sqzCG5557-RA (535): PFAM (zf-C2H2)5
CG5557-RA (535): Superfamily (0003882) (0005933) (0003882)
DNA binding: maybe

(TF, short range)

GO:0003700 GO:0006357 GO:0045449

DBD
FBgn0010825Gug / GrungeAtro CG6964 Gug atro gug l(3)01323 l(3)03928 l(3)j5A3 l(3)rO116CG6964-RC (1988): PFAM (ELM2)
CG6964-RC (1988): Superfamily 
CG6964-RD (1985): PFAM (ELM2)
CG6964-RD (1985): Superfamily 
CG6964-RB (1985): PFAM (ELM2)
CG6964-RB (1985): Superfamily 
CG6964-RA (1966): PFAM (ELM2)
CG6964-RA (1966): Superfamily 
DNA binding: maybe

(TF, short range)

GO:0003677 GO:0003714 GO:0003714 GO:0016481

FBgn0011232scat / scatteredCG3766 ms(2)05289 ms(2)30B scatCG3766-RA (940): PFAM (Vps54)
CG3766-RA (940): Superfamily 
DNA binding: NO

FBgn0011236ken / ken and barbie2970 3907 5029 8253 CG5575 P420 ken l(2)00628 l(2)02970 l(2)05029 ok okinaCG5575-RA (601): PFAM (BTB) (zf-C2H2)
CG5575-RA (601): Superfamily (0001007) (0005594)
DNA binding: maybe

(TF, short range)

GO:0003700

DBD
FBgn0011271Bbbf1 / Box B-binding factor 1BBF-1 Bbbf1DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003702 GO:0003702 GO:0006366

FBgn0011274Dif / Dorsal-related immunity factorCG6794 DIF Dif difCG6794-RB (667): PFAM (RHD) (TIG)
CG6794-RB (667): Superfamily (0000084) (0007709)
CG6794-RA (667): PFAM (RHD) (TIG)
CG6794-RA (667): Superfamily (0000084) (0007709)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003677 GO:0003700 GO:0003700 GO:0006357

DBD
FBgn0011276HLH3B / Helix loop helix protein 3BCG2655 DroSCL EG:155E2.2 HLH3B HLH3bCG2655-RA (376): PFAM (HLH)
CG2655-RA (376): Superfamily (0003356)
DNA binding: maybe

(TF, short range)

GO:0003700 GO:0006357

DBD
FBgn0011277HLH4C / Helix loop helix protein 4CCG3052 DroNHLH EG:84H4.2 HLH4CCG3052-RA (167): PFAM (HLH)
CG3052-RA (167): Superfamily (0003356)
DNA binding: maybe

(TF, short range)

GO:0003700 GO:0045449

DBD
FBgn0011278lbe / ladybird earlyCG6545 Hox11-D125 Lb Lbe NK? lb lbeCG6545-RA (479): PFAM (Homeobox)
CG6545-RA (479): Superfamily (0005281)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003700 GO:0003700 GO:0006355 GO:0006355

DBD
FBgn0011289TfIIA-L / Transcription factor IIA LCG5930 TFIIA TFIIA-L TfIIA-L dTFIIACG5930-RC (324): PFAM (TFIIA)
CG5930-RC (324): Superfamily (0005019)
CG5930-RA (366): PFAM (TFIIA)
CG5930-RA (366): Superfamily (0005018) (0005019)
CG5930-RB (363): PFAM (TFIIA)
CG5930-RB (363): Superfamily (0005018) (0005019)
DNA binding: NO

GO:0005672 GO:0006357 GO:0006367 GO:0016251 GO:0016986

FBgn0011290Taf12 / TBP-associated factor 12CG17358 TAF TAF12 TAF30&agr; TAF30&agr;/28 TAF30&agr;/28/22 TAF30a TAFII TAFII230 TAFII30&agr; TAFII30&agr;/28 TAFII22 TAFII30&agr;/28/22 TAFII30&agr; TAFII30&agr;CG17358-RB (196): PFAM (TFIID_20kDa)
CG17358-RB (196): Superfamily (0006927)
CG17358-RA (196): PFAM (TFIID_20kDa)
CG17358-RA (196): Superfamily (0006927)
CG17358-RC (196): PFAM (TFIID_20kDa)
CG17358-RC (196): Superfamily (0006927)
DNA binding: NO

GO:0003677 GO:0005669 GO:0006355 GO:0006357 GO:0006367 GO:0016251

FBgn0011291Taf11 / TBP-associated factor 11CG4079 TAF TAF11 TAF30&bgr; TAF30b TAFII TAFII30&bgr; TAFII30&bgr; TFIID TFIID 28 beta TFIID-p28beta Taf11 Taf30&bgr; TafII30&bgr; d30&bgr; dTAFII30 dTAFII30&bgr; dTAFII30 dTAFCG4079-RA (196): PFAM (TAFII28)
CG4079-RA (196): Superfamily (0000828)
DNA binding: NO

GO:0003677 GO:0003700 GO:0005669 GO:0006355 GO:0006367 GO:0016251

FBgn0011425DNAprim / BcDNA:GM13640 CG5553 DNAprim S(faf)240 l(3)77ABe l(3)j10B2CG5553-RA (533): PFAM (DNA_primase)
CG5553-RA (533): Superfamily 
DNA binding: NO

FBgn0011604Iswi / Imitation SWIACF CG8625 CHRAC ISW ISWI Iswi NURF NURF-140 Nurf-140 SWI anon-EP1279744.124 dCHRAC dISWI dNURF iswi p140 p140/ISWICG8625-RB (1027): PFAM (SNF2_N) (Helicase_C)
CG8625-RB (1027): Superfamily (0007069)2
CG8625-RA (1027): PFAM (SNF2_N) (Helicase_C)
CG8625-RA (1027): Superfamily (0007069)2
CG8625-RC (1027): PFAM (SNF2_N) (Helicase_C)
CG8625-RC (1027): Superfamily (0007069)2
DNA binding: NO

GO:0003677 GO:0005667 GO:0006350 GO:0006355 GO:0006357 GO:0016251 GO:0045941

FBgn0011648Mad / Mothers against dpp2/23 CG12399 E(zen)2 En(vvl) MAD Mad apg l(2)K00237 l(2)k00237 mad pMADCG12399-RA (455): PFAM (MH1) (MH2)
CG12399-RA (455): Superfamily (0003795) (0001682)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003677 GO:0003702 GO:0003702 GO:0003702 GO:0003702 GO:0003702 GO:0006357 GO:0006357

DBD FlyReg FlyMine
FBgn0011655Med / MedeaCG1775 E(zen)3 Med anon-EST:Posey121 dSmad4 l(3)11m-254 l(3)12m-137 l(3)SG36 l(3)SG70 l(3)XIIm137 med medeaCG1775-RB (697): PFAM (MH1) (MH2)
CG1775-RB (697): Superfamily (0003795) (0001682)
CG1775-RA (771): PFAM (MH1) (MH2)
CG1775-RA (771): Superfamily (0003795) (0001682)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003677 GO:0003702 GO:0006355 GO:0006357

DBD FlyReg FlyMine
FBgn0011656Mef2 / Myocyte enhancing factor 222.21 BEST:SD04091 C CG1429 D-MEF2 D-Mef2 D-mef2 DMEF-2 DMEF2 DMedf2 DMef-2 DMef2 Dmef Dmef-2 Dmef2 MEF-2 MEF2 MEF2# Mef Mef2 SD04091 dMEF2 dMef2 dmef2 l(2)46CFr mef mef-2 mef2CG1429-RB (509): PFAM (SRF-TF)
CG1429-RB (509): Superfamily (0004693)
CG1429-RE (193): PFAM (SRF-TF)
CG1429-RE (193): Superfamily (0004693)
CG1429-RC (515): PFAM (SRF-TF)
CG1429-RC (515): Superfamily (0004693)
CG1429-RD (540): PFAM (SRF-TF)
CG1429-RD (540): Superfamily (0004693)
CG1429-RA (516): PFAM (SRF-TF)
CG1429-RA (516): Superfamily (0004693)
CG1429-RF (501): PFAM (SRF-TF)
CG1429-RF (501): Superfamily (0004693)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003700 GO:0003702 GO:0006355 GO:0006357 GO:0006366

DBD DBSD
FBgn0011659Mlh1 / Mlh1CG11482 Mlh1 dmlh-1 dmlh1CG11482-RA (664): PFAM (HATPase_c) (DNA_mis_rep)
CG11482-RA (664): Superfamily (0007050) (0007047)
DNA binding: NO

FBgn0011701repo / reversed polarity3702 AbRK2 CG31240 CG8045(CT24072) CT24072 REPO RK2 l(3)03702 repo rk2CG31240-RA (612): PFAM (Homeobox)
CG31240-RA (612): Superfamily (0005281)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003677 GO:0003700 GO:0003702 GO:0006357

DBD
FBgn0011715Snr1 / Snf5-related 1BAP45 CG1064 SNR1 Snr1 l(3)01319 snr snr1CG1064-RA (370): PFAM (SNF5)
CG1064-RA (370): Superfamily 
DNA binding: NO

GO:0003702 GO:0003713 GO:0016251 GO:0045449 GO:0045449 GO:0045893

FBgn0011723byn / brachyenteronByn CG7260 D-TRA D-Trg DTrg Dm-BYN Tra Trg apro byn byn/apro dm-Trg trgCG7260-RA (747): PFAM (T-box)
CG7260-RA (747): Superfamily (0004955)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003677 GO:0003700 GO:0006355 GO:0006357

DBD FlyReg FlyMine
FBgn0011758B-H1 / BarH1B-H1 Bar Bar H1 Bar-H1 BarHI CG5529 barH1 barh1CG5529-RA (544): PFAM (Homeobox)
CG5529-RA (544): Superfamily (0005281)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003677 GO:0003700 GO:0003704 GO:0006355

DBD
FBgn0011763Dp / DP transcription factor49Fk CG4654 DP DP1 DmDP Dp dDP dDP1 dDp l(2)49Fk l(2)vr10 vr10CG4654-RB (441): PFAM (E2F_TDP)
CG4654-RB (441): Superfamily (0001270)
CG4654-RA (445): PFAM (E2F_TDP)
CG4654-RA (445): Superfamily (0001270)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003677 GO:0003700 GO:0003702 GO:0003704 GO:0005667 GO:0006357

DBD
FBgn0011764Dsp1 / Dorsal switch protein 1CG12223 DSP1 Dsp1 Hmg14D Ssrp2 dsp1 ssrp2CG12223-RA (385): PFAM (HMG_box)2
CG12223-RA (385): Superfamily (0001288)2
CG12223-RD (386): PFAM (HMG_box)2
CG12223-RD (386): Superfamily (0001288)2
CG12223-RB (385): PFAM (HMG_box)2
CG12223-RB (385): Superfamily (0001288)2
CG12223-RC (385): PFAM (HMG_box)2
CG12223-RC (385): Superfamily (0001288)2
CG12223-RE (393): PFAM (HMG_box)2
CG12223-RE (393): Superfamily (0001288)2
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003697 GO:0003697 GO:0003714 GO:0003714 GO:0006357

FBgn0011766E2f / E2F transcription factorCG6376 DRTF1/E2F DmE2F-1 E(Sev-CycE)3A E(var)3-93E E(var)3-95E E(var)93E E2F E2F-1 E2F1 E2f E2f1 Evar(3)164 dE2F dE2F1 dE2f dE2f1 de2f1 def21 drosE2F1 e2f e2f1 l(3)07172 l(3)j3B1 l(3)j3C2 l(3)rM729CG6376-RB (805): PFAM (E2F_TDP)
CG6376-RB (805): Superfamily (0001269)
CG6376-RC (805): PFAM (E2F_TDP)
CG6376-RC (805): Superfamily (0001269)
CG6376-RA (805): PFAM (E2F_TDP)
CG6376-RA (805): Superfamily (0001269)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0000083 GO:0003677 GO:0003700 GO:0003702 GO:0003702 GO:0003702 GO:0003702 GO:0005667 GO:0006357 GO:0016563 GO:0045941

DBD
FBgn0011774Irbp / Inverted repeat-binding proteinCG5247 DmKu70 IRBP IRBP/Ku70 Irbp Ku Ku70 YPF1 YPF1&bgr; Ypf1b dp70 p70CG5247-RA (631): PFAM (Ku_N) (Ku) (Ku_C)
CG5247-RA (631): Superfamily (0007096)
DNA binding: YES

(TF, short range)

GO:0003677 GO:0003677 GO:0003677 GO:0003677

FBgn0011836Taf2 / TBP-associated factor 2CG6711 TAF TAF150 TAF2 TAFII TAFII150 TAFII150 TAFII150 TFIID Taf150 Taf2 TafII150 TafII150 dTAF II 150 dTAF150 dTAFII150 dTAFII150CG6711-RA (1221): PFAM 
CG6711-RA (1221): Superfamily (0006242)2 (0006243)
DNA binding: NO

GO:0003677 GO:0005669 GO:0006355 GO:0006357 GO:0006367 GO:0016251

FBgn0011837Tis11 / Tis11 homologBcDNA:GH04518 CG4070 DTIS11 TIS11cc1 TIScc1 Tis11 anon-EST:Liang-1.28 clone 1.28 l(1)G0124CG4070-RA (436): PFAM (zf-CCCH)2
CG4070-RA (436): Superfamily 
CG4070-RB (408): PFAM (zf-CCCH)2
CG4070-RB (408): Superfamily 
DNA binding: NO

GO:0003677

FBgn0012049BtbVII / BTB-protein-VIIBTB-VII BtbVII CG11494CG11494-RB (743): PFAM (BTB) (HTH_psq)
CG11494-RB (743): Superfamily (0001007)
CG11494-RA (743): PFAM (BTB) (HTH_psq)
CG11494-RA (743): Superfamily (0001007)
DNA binding: maybe

(TF, short range)

GO:0003677 GO:0006357 GO:0030528

DBD
FBgn0012066DNApol-&dgr; / DNA-polymerase-&dgr;CAA61369 CG5949 DNApol-&dgr; DNApol-delta Dm Pol&dgr;CG5949-RA (1092): PFAM (DNA_pol_B_e) (DNA_pol_B)
CG5949-RA (1092): Superfamily (0003933) (0001374)
DNA binding: NO

GO:0003677

FBgn0013263Trl / Trithorax-likeAdf-2 Adf-2-519 Adf2 CG13470 CG33261 CG9343 E(var)3-trl E(var)62 GAF GAGA Gaf Gaga NC70F Nc70F TfGAGA/Adf-2 Trl Trl-GAGA anon-EST:fe2E12 l(3)s2325 trlCG33261-RF (582): PFAM (BTB)
CG33261-RF (582): Superfamily (0001007) (0005027)
CG33261-RE (519): PFAM (BTB)
CG33261-RE (519): Superfamily (0001007) (0005027)
CG33261-RA (582): PFAM (BTB)
CG33261-RA (582): Superfamily (0001007) (0005027)
CG33261-RD (519): PFAM (BTB)
CG33261-RD (519): Superfamily (0001007) (0005027)
CG33261-RB (519): PFAM (BTB)
CG33261-RB (519): Superfamily (0001007) (0005027)
CG33261-RC (519): PFAM (BTB)
CG33261-RC (519): Superfamily (0001007) (0005027)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF) (TF, long

GO:0003677 GO:0003702 GO:0003704 GO:0003704 GO:0006357 GO:0045449 GO:0045893

DBD FlyReg FlyMine
FBgn0013347TfIIA-S / Transcription-factor-IIA-SBcDNA:RE44302 CG5163 F121 TFIIA TFIIA-S TfIIA-S dTFIIA dTFIIA-SCG5163-RA (106): PFAM (TFIIA_gamma)2
CG5163-RA (106): Superfamily (0005020) (0005021)
DNA binding: NO

GO:0005672 GO:0006357 GO:0006367 GO:0016251

FBgn0013469klu / klumpfussCG12296 P09036 klu l(3)09036 l(3)10052CG12296-RA (803): PFAM (zf-C2H2)4
CG12296-RA (803): Superfamily (0005623) (0003882)
DNA binding: maybe

(TF, short range)

GO:0006357 GO:0030528

DBD
FBgn0013591Mi-2 / 0006/06 0854/01 CG8103 Dm-Mi-2 MI2 Mi 2 Mi-2 Mi2 Pha dMI-2 dMi dMi-2 hip76 l(3)01058 l(3)A154.3M3 l(3)S000606 l(3)S085401 l(3)j3D4 phaCG8103-RB (1983): PFAM (PHD)2 (Chromo) (SNF2_N) (Helicase_C) (DUF1087) (DUF1086)
CG8103-RB (1983): Superfamily (0000057) (0007069) (0000403) (0006090) (0007069) (0000057) (0007069) (0000057)
CG8103-RA (1982): PFAM (PHD)2 (Chromo) (SNF2_N) (Helicase_C) (DUF1087) (DUF1086)
CG8103-RA (1982): Superfamily (0000057) (0007069) (0000403) (0006090) (0007069) (0000057) (0007069) (0000057)
DNA binding: YES

(TF, long range)

GO:0003677 GO:0006357 GO:0016564

FBgn0013717not / non-stopCG4166 anon-WO0257455.9 i155 l(3)02069 l(3)j9A6 notCG4166-RA (735): PFAM (UCH)
CG4166-RA (735): Superfamily 
DNA binding: NO

FBgn0013751Awh / ArrowheadAwh CG1072 l(3)63Ea l(3)63Ea/Awh l(3)64Ea l(3)SH9 l63EaCG1072-RB (275): PFAM (LIM)2 (Homeobox)
CG1072-RB (275): Superfamily (0000681) (0000647)
CG1072-RA (214): PFAM (LIM)2 (Homeobox)
CG1072-RA (214): Superfamily (0000681) (0000647)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003700 GO:0003700 GO:0006355 GO:0006355 GO:0006357

DBD
FBgn0013753Bgb / Big brotherBgb CG7959 bgb en(lz)D/9 rp&bgr;2CG7959-RA (213): PFAM (CBF_beta)
CG7959-RA (213): Superfamily (0001357)
DNA binding: maybe

(TF, short range)

GO:0003713 GO:0003713 GO:0003713 GO:0003713 GO:0006357 GO:0008134 GO:0045944

FBgn0013755Bro / BrotherBro CG7960 bro rp&bgr;1CG7960-RA (213): PFAM (CBF_beta)
CG7960-RA (213): Superfamily (0001357)
DNA binding: maybe

(TF, short range)

GO:0003713 GO:0003713 GO:0006357 GO:0008134 GO:0045944

FBgn0013764Chi / ChipCG3924 Chi Ldb chip dLDB/Chip dLdb l(2)04405 l(2)k04405CG3924-RA (577): PFAM (LIM_bind)
CG3924-RA (577): Superfamily 
CG3924-RB (596): PFAM (LIM_bind)
CG3924-RB (596): Superfamily 
DNA binding: NO

GO:0003712 GO:0006350 GO:0006357

FBgn0013799Deaf1 / Deformed epidermal autoregulatory factor-1CG8567 DEAF-1 Deaf-1 Deaf1CG8567-RA (576): PFAM (SAND) (zf-MYND)
CG8567-RA (576): Superfamily (0006153)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003677 GO:0003702 GO:0003702 GO:0030528

DBD FlyReg FlyMine
FBgn0013910Dtf-1 / Dtf-1DTF-1 Dtf-1DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003702

DBSD
FBgn0013948Eip93F / CG18389 E93 Eip93F anon-WO02059370.58CG18389-RA (1165): PFAM (HTH_psq)
CG18389-RA (1165): Superfamily 
DNA binding: maybe

(TF, short range)

GO:0003677 GO:0003700 GO:0045449 GO:0045893

DBD
FBgn0013970Gebf-I / glue enhancer binding factor-IGEBF-I Gebf-IDNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003677 GO:0003702

DBSD
FBgn0014018Rel / RelishCG11992 Rel ird ird4 l(3)neo36 relCG11992-RD (859): PFAM (RHD) (TIG) (Ank)3
CG11992-RD (859): Superfamily (0003530) (0003904) (0007709) (0003530)
CG11992-RA (971): PFAM (RHD) (TIG) (Ank)3
CG11992-RA (971): Superfamily (0003904) (0007709) (0003530)
CG11992-RB (971): PFAM (RHD) (TIG) (Ank)3
CG11992-RB (971): Superfamily (0003904) (0007709) (0003530)
CG11992-RC (971): PFAM (RHD) (TIG) (Ank)3
CG11992-RC (971): Superfamily (0003904) (0007709) (0003530)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003700 GO:0003700 GO:0003704 GO:0006357 GO:0030528 GO:0045449 GO:0045944

DBD
FBgn0014143croc / crocodileCG5069 Dmfd1 FD1 croc fd1 fd78ECG5069-RA (508): PFAM (Fork_head)
CG5069-RA (508): Superfamily (0006804)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003677 GO:0003677 GO:0003700 GO:0003702 GO:0003702 GO:0006357

DBD
FBgn0014179gcm / glial cells missingCG12245 GCM Gcm N7-4 gcm glide glide/gcm l(2)N7-4 uccCG12245-RA (504): PFAM (GCM)
CG12245-RA (504): Superfamily 
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003677 GO:0003677 GO:0003700 GO:0006355 GO:0045449

DBD DBSD
FBgn0014343mirr / mirrorCG10601 DH1 De1 De3 IRO-C Iro Iro-C Mrr Sai cre crep iro iro-C l(3)69Ca l(3)69Da l(3)6D1 l(3)A5-3-42 mir mirr mrrCG10601-RA (641): PFAM (Homeobox)
CG10601-RA (641): Superfamily (0003830)
CG10601-RB (641): PFAM (Homeobox)
CG10601-RB (641): Superfamily (0003830)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003700 GO:0003700 GO:0006355 GO:0006357 GO:0016563 GO:0045941

DBD
FBgn0014467CrebB-17A / Cyclic-AMP response element binding protein B at 17ACG6103 CREB CREB-B CREB-b CREB2 CREB2a CREB2b Creb Creb2b CrebB-17A CrebB17-A S162 dCREB dCREB-2 dCREB-2a dCREB-B dCREB2 dCREB2-a dCREB2-b dCREB2a dCREB2b dCbz l(1)17AfCG6103-RF (285): PFAM (pKID) (bZIP_1)
CG6103-RF (285): Superfamily 
CG6103-RD (331): PFAM (pKID) (bZIP_1)
CG6103-RD (331): Superfamily 
CG6103-RG (281): PFAM (pKID) (bZIP_1)
CG6103-RG (281): Superfamily 
CG6103-RE (359): PFAM (pKID) (bZIP_1)
CG6103-RE (359): Superfamily 
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003677 GO:0003677 GO:0003700 GO:0003702 GO:0003702 GO:0006355

DBD
FBgn0014857His3.3A / Histone H3.3ACG5825 H3.3 His3.3 His3.3A PH3CG5825-RA (136): PFAM (Histone)
CG5825-RA (136): Superfamily (0002423)
DNA binding: NO

GO:0003677

FBgn0014858Hmx / H6-like-homeoboxCG5832 HmxCG5832-RA (263): PFAM (Homeobox)
CG5832-RA (263): Superfamily (0000647)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003700 GO:0006357

DBD
FBgn0014859Hr38 / Hormone receptor-like in 3838E.3 38E.7 CG1864 DHR38 Dhr38 HR38 Hr38 NR4A4 l(2)02306CG1864-RC (556): PFAM (zf-C4) (Hormone_rec)
CG1864-RC (556): Superfamily (0005367)
CG1864-RB (1078): PFAM (zf-C4) (Hormone_rec)
CG1864-RB (1078): Superfamily (0005367)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003677 GO:0003700 GO:0006357 GO:0030528

DBD
FBgn0014861Mcm2 / Minichromosome maintenance 2CG7538 DmMCM2 DmMcm2 MCM2 Mcm2 PCR3 dMCM2 l(3)rL074CG7538-RA (887): PFAM (MCM)
CG7538-RA (887): Superfamily (0006106)2
DNA binding: NO

GO:0003677

FBgn0014931CG2678 / CG2678B CG2678 anon-84EbCG2678-RA (434): PFAM (zf-AD) (zf-C2H2)6
CG2678-RA (434): Superfamily (0003882)
DNA binding: maybe

(TF, short range)

GO:0003700 GO:0006355

DBD
FBgn0014949btn / buttonless1261/13 CG5264 btn btn/MEOXCG5264-RA (158): PFAM (Homeobox)
CG5264-RA (158): Superfamily (0005281)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003677 GO:0003677 GO:0003700 GO:0003700 GO:0006355 GO:0006357

DBD
FBgn0015014tgo / tangoARNT Arnt CG11987 DARNT HIF-1&bgr; HIF1b Hif1 TGO Tango arnt dARNT darnt prd7 tgoCG11987-RA (642): PFAM (HLH) (PAS)
CG11987-RA (642): Superfamily (0003356) (0001082)2
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003677 GO:0003700 GO:0003702 GO:0003702 GO:0003702 GO:0003702 GO:0006357 GO:0045449

DBD
FBgn0015025CkII&agr;-i1 / CKII-&agr; subunit interactor-1CG6215 CKIIalpha-I1 CkII&agr;-i1 CkIIalpha-i1CG6215-RA (410): PFAM (zf-C2H2)2
CG6215-RA (410): Superfamily 
DNA binding: maybe

(TF, short range)

DBD
FBgn0015232GpHLH / Glial precursor HLH proteinGPHLH GpHLHDNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003700

FBgn0015234HLH106 / Helix loop helix protein 106CG8522 HLH106 SREBP Srebp dSREBPCG8522-RA (1113): PFAM (HLH)
CG8522-RA (1113): Superfamily (0000355)
CG8522-RC (1113): PFAM (HLH)
CG8522-RC (1113): Superfamily (0000355)
CG8522-RB (1113): PFAM (HLH)
CG8522-RB (1113): Superfamily (0000355)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003700 GO:0003700 GO:0006366 GO:0045941

DBD
FBgn0015239Hr78 / Hormone-receptor-like in 78CG7199 DHR78 Dhr78 HR78 Hr78 Hr78D NR2D1 XR78E/FCG7199-RC (601): PFAM (zf-C4) (Hormone_rec)
CG7199-RC (601): Superfamily (0005367)3
CG7199-RB (601): PFAM (zf-C4) (Hormone_rec)
CG7199-RB (601): Superfamily (0005367)3
CG7199-RA (599): PFAM (zf-C4) (Hormone_rec)
CG7199-RA (599): Superfamily (0005367)3
CG7199-RD (601): PFAM (zf-C4) (Hormone_rec)
CG7199-RD (601): Superfamily (0005367)3
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003677 GO:0003677 GO:0003700 GO:0006357

DBD
FBgn0015240Hr96 / Hormone receptor-like in 96CG11783 DHR96 Dhr96 Hr96 NR1J1CG11783-RA (723): PFAM (zf-C4) (Hormone_rec)
CG11783-RA (723): Superfamily (0005367)2
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003677 GO:0003700 GO:0006357

DBD
FBgn0015287RfC40 / Replication-factor-C 40kD subunitBEST:GH24992 CG14999 DRas2 RfC40 Rfc40 l(3)64Ai l(3)SH17 l(3)rfc40 rfc rfc4 rfc40CG14999-RA (331): PFAM (AAA)
CG14999-RA (331): Superfamily (0000122) (0006459)
DNA binding: NO

GO:0003677 GO:0003677

FBgn0015299Ssb-c31a / Single stranded-binding protein c31AC31A CG8396 Ssb-c31a p11CG8396-RA (110): PFAM (PC4)
CG8396-RA (110): Superfamily (0004036)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003697 GO:0003697 GO:0003713 GO:0005667 GO:0006357

FBgn0015331abs / abstraktABS CG14637 DmRH23 abs anon-WO0118547.315 l(3)00620 l(3)04505 l(3)06862 l(3)06863CG14637-RA (619): PFAM (DEAD) (Helicase_C) (zf-CCHC)
CG14637-RA (619): Superfamily (0004224) (0007070)2
DNA binding: NO

FBgn0015371chn / charlatanCG11798 EPIL#6 EPIL6 anon-EST:Liang-1.13 chn clone 1.13 l(2)02064 l(2)k04218 tacoCG11798-RA (1108): PFAM (zf-C2H2)2
CG11798-RA (1108): Superfamily 
CG11798-RB (1108): PFAM (zf-C2H2)2
CG11798-RB (1108): Superfamily 
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0000122 GO:0003700 GO:0003700 GO:0003705 GO:0045944

DBD
FBgn0015376cutlet / cutletCG10030 CG33122 ctl cutletCG33122-RA (993): PFAM (AAA)
CG33122-RA (993): Superfamily (0006460)
DNA binding: NO

GO:0003677

FBgn0015381dsf / dissatisfactionCG9019 DSF dsfCG9019-RA (691): PFAM (zf-C4) (Hormone_rec)
CG9019-RA (691): Superfamily (0005367)2
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003700 GO:0006357

DBD
FBgn0015391glu / gluonBcDNA.LD20207 BcDNA:LD20207 CG11397 DmSMC4/gluon Gluon SMC4 anon-WO0118547.156 glu l(2)k08819CG11397-RA (1409): PFAM (SMC_N) (SMC_hinge) (SMC_C)
CG11397-RA (1409): Superfamily (0002113) (0007433) (0002113)
DNA binding: NO

GO:0003677

FBgn0015396jumu / jumeau5295 CG4029 Dmjumu Dom Dwhn E(var)631 Scim31 Whn jumu jumu/Dom l(3)06142 l(3)06439CG4029-RA (719): PFAM (Fork_head)
CG4029-RA (719): Superfamily (0006804)
DNA binding: maybe

(TF, short range)

GO:0003700 GO:0003700 GO:0003700 GO:0003700 GO:0006350 GO:0006355 GO:0006366

DBD
FBgn0015524otp / orthopediaBcDNA:RE58095 CG10036 CG2965 Otp W26 bk24 otp w26CG10036-RB (293): PFAM (Homeobox)
CG10036-RB (293): Superfamily (0000647)
CG10036-RA (264): PFAM (Homeobox)
CG10036-RA (264): Superfamily (0000647)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003677 GO:0003700 GO:0003704 GO:0006357 GO:0045449

DBD
FBgn0015542sima / similarCG7951 DMU43090 Hif-1A SIMA Sima l(3)j11B7 simaCG7951-RA (1507): PFAM (PAS) (PAC)
CG7951-RA (1507): Superfamily (0000355) (0002500) (0001082)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003700 GO:0003702 GO:0006355 GO:0006357 GO:0016563

DBD
FBgn0015550tap / target of PoxnCG7659 bps l(3)01658 tapCG7659-RA (398): PFAM (HLH)
CG7659-RA (398): Superfamily (0000366)
DNA binding: maybe

(TF, short range)

GO:0003704 GO:0006357

DBD
FBgn0015561unpg / unpluggedCG1650 Gbx anon-45C unp unpg upgCG1650-RA (485): PFAM (Homeobox)
CG1650-RA (485): Superfamily (0005281)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003677 GO:0003700 GO:0003702 GO:0006357

DBD
FBgn0015602BEAF-32 / Boundary element-associated factor of 32kDBEAF BEAF-32 BEAF-32A BEAF-32B BEAF32 BEAF32A BEAF32B Beaf-32 CG10159 bs04c01.y1CG10159-RA (283): PFAM (zf-BED) (BESS)
CG10159-RA (283): Superfamily 
CG10159-RB (282): PFAM (zf-BED) (BESS)
CG10159-RB (282): Superfamily 
DNA binding: YES

(TF, long range)

GO:0003677 GO:0006357

DBD FlyReg FlyMine
FBgn0015615Cap / Chromosome-associated proteinCG9802 Cap DmSMC3 DmSMC3/Cap SMC3 Smc3 capCG9802-RB (1054): PFAM (SMC_hinge) (SMC_C)
CG9802-RB (1054): Superfamily (0002113) (0007433) (0002113)
CG9802-RA (1200): PFAM (SMC_N) (SMC_hinge) (SMC_C)
CG9802-RA (1200): Superfamily (0002113) (0007433) (0002113)
DNA binding: NO

FBgn0015624nej / nejireCBP CBP/p300 CG15319 Cbp Crbp anon-WO0147981.11 anon-WO03040301.89 cbp dCBP dmCBP nej p300/CBPCG15319-RB (3276): PFAM (zf-TAZ) (KIX) (Bromodomain) (DUF902) (DUF906) (zf-TAZ)
CG15319-RB (3276): Superfamily (0007371) (0002666)
DNA binding: YES

(TF, long range)

GO:0003713 GO:0003713 GO:0006357

DBD
FBgn0015664Dref / DNA replication-related element factorCG5838 DREF DmDREF Dref dDREF p80 p80/DREFCG5838-RA (709): PFAM (zf-BED)
CG5838-RA (709): Superfamily 
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003700 GO:0005667 GO:0006355 GO:0006357

DBD FlyReg FlyMine
FBgn0015721king-tubby / king tubby87D3S CG9398 D-tulp Dtulp ESTS:87D3S TULP Tulp king-tubbyCG9398-RB (460): PFAM (Tub)
CG9398-RB (460): Superfamily (0001185)
CG9398-RA (443): PFAM (Tub)
CG9398-RA (443): Superfamily (0001185)
DNA binding: maybe

(TF, short range)

DBD
FBgn0015799Rbf / Retinoblastoma-family proteinCG7413 EG:34F3.3 FBF RBF RBF1 Rb Rb1 RbF Rbf Rbf1 dRBF rb rbf rbf1CG7413-RA (845): PFAM (RB_A) (RB_B)
CG7413-RA (845): Superfamily (0003275) (0003276)
DNA binding: maybe

(TF, long range)

GO:0000122 GO:0000122 GO:0000122 GO:0000122 GO:0003677 GO:0006357 GO:0008134 GO:0030528 GO:0051101

FBgn0015805Rpd3 / Rpd3CG7471 DmHDAC1 E(var)3-64BC HDAC HDAC-1 HDAC1 Hdac1 RPD3 Rpd3 Rpd3/HDAC Su(var)326 Su(var)328 dHDAC-1 dHDAC1 dRPD3 dRpd3 dmHDA401 l(3)04556 l(3)64Cc rpd3 rpd3CG7471-RA (521): PFAM (Hist_deacet)
CG7471-RA (521): Superfamily (0001140)
DNA binding: NO

GO:0003714 GO:0006357 GO:0016481 GO:0016481

FBgn0015844Xpd / Xeroderma pigmentosum DCG9433 DhR3 DhXPD DmXPD XPD XPD/ERCC2 XpdCG9433-RB (745): PFAM (DEAD_2) (DUF1227)
CG9433-RB (745): Superfamily (0001151) (0001640) (0001151) (0001640)
CG9433-RA (769): PFAM (DEAD_2) (DUF1227)
CG9433-RA (769): Superfamily (0001151) (0001640) (0001151) (0001640)
DNA binding: NO

GO:0003677 GO:0005675 GO:0005675 GO:0006367 GO:0016251

FBgn0015903apt / apontic3041 CG5393 TDF TDF/APT apt l(2)03041 l(2)06369 l(2)09049 l(2)59Ea l(2)k11531 tdfCG5393-RD (483): PFAM 
CG5393-RD (483): Superfamily 
CG5393-RC (483): PFAM 
CG5393-RC (483): Superfamily 
CG5393-RA (483): PFAM 
CG5393-RA (483): Superfamily 
CG5393-RE (469): PFAM 
CG5393-RE (469): Superfamily 
CG5393-RB (489): PFAM 
CG5393-RB (489): Superfamily 
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003677 GO:0003702 GO:0006357

FBgn0015904ara / araucanCG10571 IRO-C Iro Iro-C ara iro iro-CCG10571-RA (717): PFAM (Homeobox)
CG10571-RA (717): Superfamily (0003830)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003677 GO:0003677 GO:0003700 GO:0003700 GO:0003704 GO:0006352 GO:0006355 GO:0006357 GO:0030528 GO:0045893

DBD FlyReg FlyMine
FBgn0015908bangdoo / bangdoobangdooDNA binding: NO

GO:0003677

FBgn0015919caup / caupolicanCG10605 IRO-C Iro Iro-C caup iro iro-CCG10605-RA (693): PFAM (Homeobox)
CG10605-RA (693): Superfamily (0003830)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003677 GO:0003700 GO:0003704 GO:0006357 GO:0030528

DBD
FBgn0015929dpa / disc proliferation abnormal43Ca CG1616 DmMCM4 DmMcm4 Dpa MCM4 Mcm4 dpa l(2)43CaCG1616-RA (866): PFAM (MCM)
CG1616-RA (866): Superfamily (0006106)2
DNA binding: NO

GO:0003677

FBgn0016076vri / vrilleCG14029 argo jf23 l(2)25Db l(2)jf23 mat(2)ea-G mat(2)earlyRS32 vriCG14029-RC (610): PFAM (bZIP_2)
CG14029-RC (610): Superfamily 
CG14029-RA (729): PFAM (bZIP_2)
CG14029-RA (729): Superfamily 
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003677 GO:0003702 GO:0006351 GO:0006355 GO:0030528

DBD
FBgn0016132Chd1 / Chromodomain-helicase-DNA-binding proteinCG3733 CHD-1 CHD1 Chd1 DmCHD1 chd1 dCHD1CG3733-RA (1883): PFAM (Chromo)2 (SNF2_N) (Helicase_C)
CG3733-RA (1883): Superfamily (0000403)3 (0001151) (0000057)
DNA binding: NO

GO:0006357

FBgn0016660H15 / H15CG6604 Dm-H15 H15 dm-H15 nmr nmr1CG6604-RA (660): PFAM (T-box)
CG6604-RA (660): Superfamily (0004955)
DNA binding: maybe

(TF, short range)

GO:0003700 GO:0006357

DBD
FBgn0016685Nlp / NucleoplasminCG7917 CRP1 Crp1 Nlp dNLP dNLP-S p22CG7917-RA (152): PFAM (Nucleoplasm)
CG7917-RA (152): Superfamily (0006890)
DNA binding: NO

FBgn0016694Pdp1 / PAR-domain protein 1CG17888 PDP1 Pdp1 Pdp1&egr; anon-WO0140519.206 pdp1CG17888-RC (570): PFAM (bZIP_2)
CG17888-RC (570): Superfamily 
CG17888-RD (647): PFAM (bZIP_2)
CG17888-RD (647): Superfamily 
CG17888-RB (270): PFAM (bZIP_2)
CG17888-RB (270): Superfamily 
CG17888-RE (284): PFAM (bZIP_2)
CG17888-RE (284): Superfamily 
CG17888-RA (270): PFAM (bZIP_2)
CG17888-RA (270): Superfamily 
CG17888-RH (353): PFAM (bZIP_2)
CG17888-RH (353): Superfamily 
CG17888-RF (250): PFAM (bZIP_2)
CG17888-RF (250): Superfamily 
CG17888-RG (284): PFAM (bZIP_2)
CG17888-RG (284): Superfamily 
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003677 GO:0003700 GO:0006350 GO:0006357

DBD
FBgn0016754 / FBgn0016754 sba six-banded six-banded TF125 type II Tf125 AAF56201 six-banded CG13598 Dm Sba F125 TF125CG13598-RB (1362): PFAM (MBD) (PWWP)
CG13598-RB (1362): Superfamily (0001637) (0006932)
CG13598-RA (1182): PFAM (MBD)
CG13598-RA (1182): Superfamily (0001637)
DNA binding: maybe

DBD
FBgn0016917Stat92E / Signal-transducer and activator of transcription protein at 92ECG4257 D-STAT D-Stat D-stat D-stat/stat92E DRODSRC DSRC DSTAT DmSTAT Dstat Dstat 92E Dstat92E SD-stat STAT STAT 92E STAT92E Stat Stat1&agr;-like Stat92E Stat92E/marelle d-STAT dSTAT dSTAT92E/marelle l(3)06346 l(3)j6C8 mrL mrl mrl stat92E stat stat92ECG4257-RB (628): PFAM (STAT_alpha) (STAT_bind)
CG4257-RB (628): Superfamily (0000802) (0000803) (0000790)
CG4257-RG (635): PFAM (STAT_alpha) (STAT_bind)
CG4257-RG (635): Superfamily (0000802) (0000803) (0000790)
CG4257-RF (761): PFAM (STAT_int) (STAT_alpha) (STAT_bind)
CG4257-RF (761): Superfamily (0000802) (0000803) (0000790)
CG4257-RE (754): PFAM (STAT_int) (STAT_alpha) (STAT_bind)
CG4257-RE (754): Superfamily (0000802) (0000803) (0000790)
CG4257-RC (754): PFAM (STAT_int) (STAT_alpha) (STAT_bind)
CG4257-RC (754): Superfamily (0000802) (0000803) (0000790)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003677 GO:0003677 GO:0003700 GO:0003702 GO:0003702 GO:0006357 GO:0045449

DBD DBSD
FBgn0016970l(2)k10201 / lethal (2) k10201B CG13951 CG8803 l(2)k10201CG13951-RA (221): PFAM 
CG13951-RA (221): Superfamily 
DNA binding: maybe

FBgn0016977spen / split ends136/24 BcDNA:GM01870 CG18497 E(E2F)2A E(Raf)2A E(Sev-CycE)2A EK2-9 EY2-7 En(yanACT)2-7 l(2)03350 l(2)k06805 l(2)k07612 l(2)k08102 poc rno spe spen yip1CG18497-RA (5560): PFAM 
CG18497-RA (5560): Superfamily (0001632)2 (0006554)
CG18497-RB (5533): PFAM 
CG18497-RB (5533): Superfamily (0001632)2 (0006554)
CG18497-RC (5476): PFAM 
CG18497-RC (5476): Superfamily (0001632) (0004368) (0006554)
DNA binding: NO

GO:0003712 GO:0030528 GO:0045449

FBgn0017543SRp30 / SRp30SRp30 dSRp30DNA binding: NO

GO:0003677

FBgn0017550Rga / RegenaCG2138 CG2161 NOT2 Rga l(3)03834CG2161-RA (585): PFAM (NOT2_3_5)
CG2161-RA (585): Superfamily 
CG2161-RB (579): PFAM (NOT2_3_5)
CG2161-RB (579): Superfamily 
DNA binding: NO

GO:0006366 GO:0009299 GO:0030528 GO:0030528 GO:0045449

FBgn0017562Oef2 / oe1 binding factor 2OEF2 Oef2DNA binding: YES

GO:0003677

FBgn0017563Oef1 / oe1 binding factor 1OEF1 Oef1DNA binding: YES

GO:0003677

FBgn0017578Max / CG9648 Max dMax dmax maxCG9648-RA (161): PFAM (HLH)
CG9648-RA (161): Superfamily (0000366)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003700 GO:0003700 GO:0006355 GO:0006357 GO:0045449

DBD
FBgn0019650toy / twin of eyelessCG11186 l(4)102CDg l(4)8 toyCG11186-RA (543): PFAM (PAX) (Homeobox)
CG11186-RA (543): Superfamily (0004048) (0000647)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003677 GO:0003700 GO:0003704 GO:0006357 GO:0045449

DBD FlyReg FlyMine
FBgn0019664pan / pangolinCG17964 DTCF DTcf IA5 LEF-1 LEF/TCF LEF/TCF-1 Pan TCF TCF/LEF TCF/LEF1 Tcf Tcf-1 Tcf/LEF cTCF dTCF dTcf l(4)102ABb l(4)13 lef1 panCG17964-RA (751): PFAM (HMG_box)
CG17964-RA (751): Superfamily (0005279)
CG17964-RG (751): PFAM (HMG_box)
CG17964-RG (751): Superfamily (0005279)
CG17964-RF (751): PFAM (HMG_box)
CG17964-RF (751): Superfamily (0005279)
CG17964-RB (751): PFAM (HMG_box)
CG17964-RB (751): Superfamily (0005279)
CG17964-RH (747): PFAM (HMG_box)
CG17964-RH (747): Superfamily (0005279)
CG17964-RE (751): PFAM (HMG_box)
CG17964-RE (751): Superfamily (0005279)
CG17964-RD (751): PFAM (HMG_box)
CG17964-RD (751): Superfamily (0005279)
CG17964-RC (751): PFAM (HMG_box)
CG17964-RC (751): Superfamily (0005279)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0005667 GO:0006355 GO:0006357 GO:0030528

FlyReg FlyMine
FBgn0019809gcm2 / CG3858 dGCM2 gcm2CG3858-RB (613): PFAM (GCM)
CG3858-RB (613): Superfamily 
CG3858-RA (606): PFAM (GCM)
CG3858-RA (606): Superfamily 
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003677 GO:0003700 GO:0003700 GO:0006355

DBD
FBgn0019828dj / don juanCG1980 DJ bs02h03.y1 djCG1980-RA (248): PFAM 
CG1980-RA (248): Superfamily 
CG1980-RB (218): PFAM 
CG1980-RB (218): Superfamily 
DNA binding: NO

GO:0003677

FBgn0019938RpI1 / RNA polymerase I subunitCG10122 DmRPA1 RPA1 RpI1CG10122-RA (1642): PFAM (RNA_pol_Rpb)5
CG10122-RA (1642): Superfamily (0006321)4
DNA binding: NO

GO:0003677 GO:0006360 GO:0006360

FBgn0019949Cdk9 / Cyclin-dependent kinase 9CDK9 CG5179 Cdk9 P-TEF P-TEFb PTefb cdk9CG5179-RA (404): PFAM (Pkinase)
CG5179-RA (404): Superfamily (0001381)
DNA binding: NO

GO:0003702 GO:0006350 GO:0008024 GO:0008159

FBgn0019950PTefa / Positive transcription elongation factor aP-TEF P-TEFa PTefaDNA binding: NO

GO:0003702 GO:0006350 GO:0008159

FBgn002023814-3-3&egr; / 14-3-3 14-3-3&egr; 14-3-3-e 14-3-3e 14-3-3epsilon CG31196 CT24092 D14-3-3&egr; D14-3-3e EK3-5 PAR5 Par-5 SR3-9 Su(Raf)3B anon-WO0172774.141 anon-WO02059370.52 d14-3-3&egr; l(3)j2B10 par-5CG31196-RC (256): PFAM (14-3-3)
CG31196-RC (256): Superfamily (0004317)
CG31196-RD (260): PFAM (14-3-3)
CG31196-RD (260): Superfamily (0004317)
CG31196-RB (261): PFAM (14-3-3)
CG31196-RB (261): Superfamily (0004317)
CG31196-RA (262): PFAM (14-3-3)
CG31196-RA (262): Superfamily (0004317)
DNA binding: NO

GO:0030528

FBgn0020261pcm / pacmanCG3291 XRN1 pcmCG3291-RA (1612): PFAM (XRN_N)
CG3291-RA (1612): Superfamily (0000157)2
DNA binding: NO

FBgn0020270mre11 / meiotic recombination 11CG16928 MRE11 Mre11 mre11CG16928-RA (620): PFAM (Metallophos) (Mre11_DNA_b)
CG16928-RA (620): Superfamily (0006426)2
DNA binding: NO

FBgn0020275maf2 / maf2maf2DNA binding: NO

GO:0003702 GO:0006366

FBgn0020276maf1 / maf1maf1DNA binding: NO

GO:0003702 GO:0006366

FBgn0020306dom / domino27/4 CG9696 anon-WO0172774.190 dom l(2)81/8 l(2)k02704 l(2)k08108CG9696-RA (3198): PFAM (HSA) (SNF2_N) (Helicase_C)
CG9696-RA (3198): Superfamily (0000057) (0001151) (0000057)
CG9696-RD (3183): PFAM (HSA) (SNF2_N) (Helicase_C)
CG9696-RD (3183): Superfamily (0000057) (0001151) (0000057)
CG9696-RE (2497): PFAM (HSA) (SNF2_N) (Helicase_C)
CG9696-RE (2497): Superfamily (0000057) (0001151) (0000057)
DNA binding: YES

(TF, long range)

GO:0003677 GO:0006357 GO:0016251

FBgn0020307dve / defective proventriculusCG5799 Dve Dve-s dep dve l(2)01738CG5799-RB (780): PFAM (Homeobox)2
CG5799-RB (780): Superfamily (0000647) (0005281)
CG5799-RA (1024): PFAM (Homeobox)2
CG5799-RA (1024): Superfamily (0000647) (0005281)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003680 GO:0003700 GO:0003700 GO:0003700 GO:0006355 GO:0006355 GO:0045449

DBD
FBgn0020309crol / crooked legsCG14938 anon-EST:Liang-1.74 anon-EST:Liang-2.48 clone 1.74 clone 2.48 crol crol alpha crol beta crol gamma l(2)04418 l(2)s2346CG14938-RC (756): PFAM (zf-C2H2)12
CG14938-RC (756): Superfamily (0003882)5 (0005933) (0003882)2
CG14938-RD (878): PFAM (zf-C2H2)15
CG14938-RD (878): Superfamily (0003882) (0004681) (0003882)5
CG14938-RB (891): PFAM (zf-C2H2)16
CG14938-RB (891): Superfamily (0003882) (0004681) (0000834) (0004681) (0005594) (0003882)4 (0005933) (0003882)
CG14938-RA (962): PFAM (zf-C2H2)18
CG14938-RA (962): Superfamily (0003882) (0004681) (0000834) (0004681) (0005594) (0003882)4 (0005933) (0003882)2
DNA binding: maybe

(TF, short range)

GO:0003702 GO:0006357 GO:0006357

DBD
FBgn0020378Sp1 / CG1343 D-Sp1 D.Sp1 Sp1CG1343-RA (691): PFAM (zf-C2H2)3
CG1343-RA (691): Superfamily (0003882) (0005933)
CG1343-RB (520): PFAM (zf-C2H2)3
CG1343-RB (520): Superfamily (0003882) (0005933)
DNA binding: maybe

(TF, short range)

GO:0003702 GO:0006357 GO:0045449

DBD
FBgn0020379Rfx / CG6312 RFX Rfx dRFX dRfx rfxCG6312-RA (897): PFAM (RFX_DNA_bin)
CG6312-RA (897): Superfamily (0001882)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003677 GO:0003702 GO:0006357 GO:0045449

DBD
FBgn0020426HLH44A / HLH44A44A HLH44ADNA binding: NO

GO:0003700

FBgn0020493Dad / Daughters against dpp1883 CG5201 DAD Dad Dad1 EP(3)3196 EP3196 anon-EST:fe1F5 dad l(3)j1E4CG5201-RB (568): PFAM (MH1) (MH2)
CG5201-RB (568): Superfamily (0003795) (0001682)
CG5201-RC (568): PFAM (MH1) (MH2)
CG5201-RC (568): Superfamily (0003795) (0001682)
CG5201-RA (568): PFAM (MH1) (MH2)
CG5201-RA (568): Superfamily (0003795) (0001682)
DNA binding: NO

GO:0006357

DBD
FBgn0020617Rx / Retinal HomeoboxCG10052 DRx Drx E97 PPH17 Rx W60 bk50 drx womCG10052-RA (873): PFAM (Homeobox) (OAR)
CG10052-RA (873): Superfamily (0005281)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003677 GO:0003700 GO:0003704 GO:0006357

DBD
FBgn0020756DNApol-&egr; / DNA polymerase &egr;BAB17608 CG6768 DNApol-&egr; DNApol-epsilon pol-&egr;CG6768-RA (2236): PFAM (DNA_pol_B_e)
CG6768-RA (2236): Superfamily (0003933) (0001374)2
DNA binding: NO

GO:0003677

FBgn0020887Su(z)12 / Su(z)12CG8013 SU(Z)12 Su(z)12 l(3)76BDoCG8013-RB (900): PFAM 
CG8013-RB (900): Superfamily 
CG8013-RA (855): PFAM 
CG8013-RA (855): Superfamily 
DNA binding: maybe

(TF, long range)

GO:0003677

FBgn0020912Ptx1 / CG1447 D-Ptx1 Ptx Ptx1 ptx1CG1447-RA (509): PFAM (Homeobox) (OAR)
CG1447-RA (509): Superfamily (0000647)
CG1447-RC (514): PFAM (Homeobox) (OAR)
CG1447-RC (514): Superfamily (0000647)
CG1447-RB (318): PFAM (Homeobox) (OAR)
CG1447-RB (318): Superfamily (0000647)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003677 GO:0003700 GO:0003700 GO:0005667 GO:0006357 GO:0045449

DBD
FBgn0021738Crg-1 / Circadianly Regulated GeneCG32788 Crg-1 crg1CG32788-RB (114): PFAM (Fork_head)
CG32788-RB (114): Superfamily (0001605)
DNA binding: maybe

(TF, short range)

GO:0003700 GO:0003702 GO:0006357

DBD
FBgn0021767org-1 / optomotor-blind-related-gene-1CG11202 Dm-ORG-1 Org-1 org-1CG11202-RA (699): PFAM (T-box)
CG11202-RA (699): Superfamily (0004955)
DNA binding: maybe

(TF, short range)

GO:0003700 GO:0006357 GO:0045449

DBD
FBgn0021872Xbp1 / X box binding protein-1138/3 CG9415 Xbp1 anon-EST:Liang-1.41 clone 1.41 l(2)k13803 xbp1CG9415-RB (488): PFAM (bZIP_2)
CG9415-RB (488): Superfamily 
CG9415-RA (307): PFAM (bZIP_2)
CG9415-RA (307): Superfamily 
DNA binding: maybe

(TF, short range)

GO:0003700 GO:0003700 GO:0006355 GO:0045449

DBD
FBgn0021875Zfrp8 / Zinc finger protein RP-8137/5 CG3260 Zfrp8 l(2)k13705 zfrp8CG3260-RA (347): PFAM (zf-MYND) (PDCD2_C)
CG3260-RA (347): Superfamily 
DNA binding: NO

GO:0003677 GO:0006357

FBgn0022238lolal / lola like25/12 Ban CG5738 EP0647 EP647 anon-EST:fe3D3 anon-WO0172774.186 l(2)k02512 l(2)kO2512 lolalCG5738-RB (127): PFAM (BTB)
CG5738-RB (127): Superfamily (0001007)
CG5738-RC (127): PFAM (BTB)
CG5738-RC (127): Superfamily (0001007)
CG5738-RA (127): PFAM (BTB)
CG5738-RA (127): Superfamily (0001007)
CG5738-RD (127): PFAM (BTB)
CG5738-RD (127): Superfamily (0001007)
DNA binding: NO

(TF, short range)

GO:0003704 GO:0006357

FBgn0022347CG11971 / CG119711E9 Anon1E9 CG11971 anon-EST:fe1E9 anon1E9CG11971-RA (588): PFAM (zf-AD) (zf-C2H2)2
CG11971-RA (588): Superfamily 
DNA binding: maybe

GO:0006357

DBD
FBgn0022665Dep4 / Dep4DEP4 Dep4DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003677

FBgn0022666Dep3 / Dep3DEP3 Dep3DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003677

DBSD
FBgn0022667Dep2 / Dep2DEP2 Dep2DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003677

DBSD
FBgn0022699D19B / D19BCG10270 D19BCG10270-RA (774): PFAM (zf-AD) (zf-C2H2)8
CG10270-RA (774): Superfamily (0004844) (0004888)
DNA binding: maybe

GO:0006357 GO:0006366 GO:0030528

DBD
FBgn0022720zf30C / Zinc finger protein 30CCG3998 anon-EST:Liang-1.52 clone 1.52 l(2)k02506 zf30CCG3998-RA (777): PFAM (zf-C2H2)7
CG3998-RA (777): Superfamily 
DNA binding: maybe

(TF, short range)

GO:0003700 GO:0006357

DBD
FBgn0022740HLH54F / HLH54FCG5005 HLH102C HLH54F bHLH54FCG5005-RA (242): PFAM (HLH)
CG5005-RA (242): Superfamily (0003356)
DNA binding: maybe

(TF, short range)

GO:0003700

DBD
FBgn0022764Sin3A / 159A11T 27/3 97/15 CG8815 ES2-3 ESTS:159A11T EY2-9 SIN3 Sin 3A Sin3 Sin3A dSin3 dSin3A l(2)08269 l(2)k02703 l(2)k05415 l(2)k09715 ld sin3 sni3CG8815-RA (1776): PFAM (PAH)3
CG8815-RA (1776): Superfamily (0002156) (0003066)2
CG8815-RD (1751): PFAM (PAH)3
CG8815-RD (1751): Superfamily (0002156) (0003066)2
CG8815-RC (2062): PFAM (PAH)3
CG8815-RC (2062): Superfamily (0002156) (0003066)2
CG8815-RB (2062): PFAM (PAH)3
CG8815-RB (2062): Superfamily (0002156) (0003066)2
DNA binding: NO

GO:0003700 GO:0003702 GO:0003712 GO:0006357 GO:0016481 GO:0016564 GO:0045449 GO:0045892 GO:0045892

FBgn0022772Orc1 / Origin recognition complex subunit 1CG10667 DmORC1 ORC ORC1 Orc1 dORC1 rDmORCCG10667-RA (924): PFAM (BAH) (AAA)
CG10667-RA (924): Superfamily (0002901)
DNA binding: NO

GO:0003677

FBgn0022787Hel89B / Helicase 89B89B BTAF1 CG4261 Hel89BCG4261-RA (1929): PFAM (HEAT)2 (SNF2_N) (Helicase_C)
CG4261-RA (1929): Superfamily (0000057) (0004204)6 (0000057)2
DNA binding: NO

GO:0003677 GO:0006357

FBgn0022935D19A / D19ACG10269 D19ACG10269-RA (845): PFAM (zf-AD) (zf-C2H2)6
CG10269-RA (845): Superfamily (0000050)2 (0005068) (0000834)
DNA binding: maybe

GO:0006357 GO:0006366 GO:0030528

DBD
FBgn0022945CFDD / Common regulatory Factor for DNA replication and DREF genesCFDDDNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003677

FBgn0022959yps / ypsilon schachtelCG5654 YPS Yps p45 p57 ypsCG5654-RA (352): PFAM (CSD)
CG5654-RA (352): Superfamily (0007303)
DNA binding: NO

GO:0003677 GO:0006357 GO:0030528

DBD
FBgn0023076Clk / ClockCG7391 CLOCK Clk Jerk Jrk PAS1 clk clock dCLK dCLK/JRK dCLOCK dClck dClk jrkCG7391-RB (1023): PFAM (HLH) (PAS) (PAC)
CG7391-RB (1023): Superfamily (0000355) (0002500)2
CG7391-RE (87): PFAM (HLH)
CG7391-RE (87): Superfamily (0003356)
CG7391-RF (961): PFAM (PAS) (PAC)
CG7391-RF (961): Superfamily (0002500)2
CG7391-RA (1023): PFAM (HLH) (PAS) (PAC)
CG7391-RA (1023): Superfamily (0000355) (0002500)2
CG7391-RC (1027): PFAM (HLH) (PAS) (PAC)
CG7391-RC (1027): Superfamily (0000355) (0002500)2
CG7391-RD (1027): PFAM (HLH) (PAS) (PAC)
CG7391-RD (1027): Superfamily (0000355) (0002500)2
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0000122 GO:0003677 GO:0003677 GO:0003700 GO:0003702 GO:0003702 GO:0045893 GO:0045893 GO:0045893 GO:0045893 GO:0045944 GO:0045944

DBD DBSD
FBgn0023091dimm / dimmedCG8667 Dimm Mistr dimmCG8667-RA (390): PFAM (HLH)
CG8667-RA (390): Superfamily (0000355)
DNA binding: maybe

(TF, short range)

GO:0003700 GO:0045449

DBD
FBgn0023094cyc / cycleBMAL1 Bmal1 CG8727 CYCLE Cyc Cycle MOP3 Mop3 bMAL1 bmal1 cyc dBMAL dBMAL1 dBma1 dBmal dCYC dbmal dbmal1CG8727-RA (413): PFAM (HLH) (PAS)
CG8727-RA (413): Superfamily (0003356) (0002500)2
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0000122 GO:0003700 GO:0003702 GO:0003704 GO:0045893 GO:0045893 GO:0045944 GO:0045944

DBD DBSD
FBgn0023097bon / bonus0241/08 0249/12 0434/20 0487/06 Bonus CG15687 CG5206 anon-WO0118547.418 bon l(3)S043420CG5206-RA (1133): PFAM (zf-B_box)2 (PHD) (Bromodomain)
CG5206-RA (1133): Superfamily (0007197) (0007615)
DNA binding: maybe

(TF, short range)

GO:0003677 GO:0003713 GO:0006355 GO:0006366

FBgn0023214edl / ETS-domain lackingCG15085 EDL Edl Mae anon-WO02077276.2 anon-WO02077276.3 edl edl/mae l(2)k06602 maeCG15085-RA (177): PFAM (SAM_PNT)
CG15085-RA (177): Superfamily (0000959)
DNA binding: NO

GO:0003677 GO:0006355 GO:0016481

FBgn0023215Mnt / CG13316 CG2856 DmMnt EG:114E2.2 Mad Mad-3E Mnt dMad dMntCG13316-RA (582): PFAM (HLH)
CG13316-RA (582): Superfamily (0000366)
CG13316-RB (595): PFAM (HLH)
CG13316-RB (595): Superfamily (0000366)
CG13316-RC (582): PFAM (HLH)
CG13316-RC (582): Superfamily (0000366)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003677 GO:0003700 GO:0003702 GO:0045449

DBD FlyReg FlyMine
FBgn0023395Chd3 / Chd3CG9594 CHD-3 CHD3 Chd3 DmCHD3 chd3CG9594-RA (892): PFAM (PHD) (Chromo) (SNF2_N) (Helicase_C)
CG9594-RA (892): Superfamily (0002927) (0006090) (0007069)2
DNA binding: NO

GO:0006357

FBgn0023417AP-2 / AP-2 CG7807 DAP-2 dAP-2 dAP-2&agr;CG7807-RB (465): PFAM (TF_AP-2)
CG7807-RB (465): Superfamily 
CG7807-RA (461): PFAM (TF_AP-2)
CG7807-RA (461): Superfamily 
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003700 GO:0003700 GO:0003702 GO:0006355 GO:0006357

DBD
FBgn0023444ebi / ebiCG4063 Ebi Tb11 Tbl1 ebi l(2)k16213CG4063-RA (700): PFAM (WD40)6
CG4063-RA (700): Superfamily (0003232)3
DNA binding: NO

GO:0003677

FBgn0023489Pph13 / PvuII-PstI homology 1360Mun1 CG2819 Mu PPH13 Pph13CG2819-RA (357): PFAM (Homeobox)
CG2819-RA (357): Superfamily (0000647)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003700 GO:0003702 GO:0006357 GO:0045449

DBD
FBgn0023509mip130 / Myb-interacting protein 13086E4.4 CG3480 EG:86E4.4 Mip130 mip130 twitCG3480-RA (986): PFAM (DIRP)
CG3480-RA (986): Superfamily 
DNA binding: NO

GO:0000122 GO:0000122 GO:0003677

FBgn0023518trr / trithorax-relatedCG3848 EG:63B12.3 anon-2Bb trrCG3848-RD (2431): PFAM (FYRN) (FYRC) (SET)
CG3848-RD (2431): Superfamily 
CG3848-RC (2410): PFAM (FYRN) (FYRC) (SET)
CG3848-RC (2410): Superfamily 
DNA binding: maybe

(TF, long range)

GO:0003677 GO:0003713 GO:0006357 GO:0006367 GO:0030528 GO:0045941

FBgn0023546Hr4 / Hr4CG16902 DHR4 EG:133E12.2 GRF Hr4 NR6A2CG16902-RB (1521): PFAM (zf-C4) (Hormone_rec)
CG16902-RB (1521): Superfamily (0005367)3
CG16902-RA (1543): PFAM (zf-C4) (Hormone_rec)
CG16902-RA (1543): Superfamily (0005367)3
DNA binding: maybe

(TF, short range)

GO:0003677 GO:0003700 GO:0006357 GO:0030528

DBD
FBgn0024184unc-4 / unc-4CG6269 DPHD-1 Dunc-4 unc-4CG6269-RA (428): PFAM (Homeobox)
CG6269-RA (428): Superfamily (0000647)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003700 GO:0006357 GO:0045449

DBD
FBgn0024244drm / drumstickCG10016 drm drumCG10016-RA (81): PFAM (zf-C2H2)2
CG10016-RA (81): Superfamily 
CG10016-RB (81): PFAM (zf-C2H2)2
CG10016-RB (81): Superfamily 
DNA binding: maybe

(TF, short range)

DBD
FBgn0024249cato / cousin of atonalCG7760 Cato DATH-B catoCG7760-RA (189): PFAM (HLH)
CG7760-RA (189): Superfamily (0000366)
DNA binding: maybe

(TF, short range)

GO:0003700 GO:0006355

DBD
FBgn0024250brk / brinkerBrk CG9653 brk ssg-1CG9653-RA (704): PFAM 
CG9653-RA (704): Superfamily 
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0000122 GO:0000122 GO:0000122 GO:0003700 GO:0003702 GO:0016564 GO:0016566 GO:0016566

FlyReg FlyMine
FBgn0024251bbx / bobby soxCG1414 CG32527 anon-19Fb bbx tu2CG32527-RC (769): PFAM (HMG_box)
CG32527-RC (769): Superfamily (0005279)
CG32527-RB (696): PFAM (GTP_EFTU) (EFG_C) (LepA_C)
CG32527-RB (696): Superfamily (0001648) (0002525) (0002899) (0001650)
CG32527-RA (769): PFAM (HMG_box)
CG32527-RA (769): Superfamily (0005279)
DNA binding: maybe

GO:0003677 GO:0003700 GO:0006355

FBgn0024288Sox100B / Sox100BCG12098 CG15552 CG18674 SOX100B SOXE Sox100B Sox9 SoxBCG15552-RA (529): PFAM (HMG_box)
CG15552-RA (529): Superfamily (0005279)
DNA binding: maybe

GO:0003700 GO:0006357 GO:0045449

FBgn0024308Smr / SmrterCG4013 E52 Smr anon-WO0153538.73 l(1)G0361CG4013-RB (3604): PFAM 
CG4013-RB (3604): Superfamily (0003490)
CG4013-RA (3604): PFAM 
CG4013-RA (3604): Superfamily (0003490)
CG4013-RC (3604): PFAM 
CG4013-RC (3604): Superfamily (0003490)
DNA binding: NO

GO:0003677 GO:0003714 GO:0003714 GO:0003714 GO:0006357 GO:0045892

FBgn0024321NK7.1 / NK7.1CG8524 NK7.1CG8524-RA (721): PFAM (Homeobox)
CG8524-RA (721): Superfamily (0000647)
CG8524-RB (721): PFAM (Homeobox)
CG8524-RB (721): Superfamily (0000647)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003700 GO:0006355

DBD
FBgn0024371E2f2 / E2F transcription factor 2CG1071 E2F E2F2 E2f2 dE2F-2 dE2F2 dE2f2 de2f2CG1071-RA (370): PFAM (E2F_TDP)
CG1071-RA (370): Superfamily (0001270)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0000122 GO:0000122 GO:0003700 GO:0003702 GO:0005667 GO:0006357 GO:0016481 GO:0016564 GO:0045449

DBD
FBgn002450733-13 / 33-1333-13DNA binding: NO

GO:0003677

FBgn0024887kin17 / kin17CG5649 kin17CG5649-RA (390): PFAM 
CG5649-RA (390): Superfamily 
DNA binding: maybe

(TF, short range)

FBgn0024909Taf7 / TBP-associated factor 7CG2670 E TAF TAF55 TAF7 TAFII TAFII55 TFIID Taf55 Taf7 anon-84Ec dTAFII55CG2670-RA (479): PFAM (TAFII55_N)
CG2670-RA (479): Superfamily 
DNA binding: NO

GO:0003700 GO:0005669 GO:0006355 GO:0006357 GO:0006367 GO:0016251

FBgn0024968FebpN / ftz enhancer binding protein NFebpNDNA binding: maybe

(sequence-specific TF)

GO:0003677

FBgn0024975CG2712 / CG2712CG2712 EG:95B7.7 III anon-3BeCG2712-RA (501): PFAM (zf-AD) (zf-C2H2)8
CG2712-RA (501): Superfamily (0003882)2
DNA binding: maybe

GO:0006357 GO:0006366 GO:0030528

DBD
FBgn0025140pit / pitchouneCG6375 DmRH15 PIT pitCG6375-RB (680): PFAM (DEAD) (Helicase_C)
CG6375-RB (680): Superfamily (0007198)2 (0004840) (0007198)
CG6375-RA (680): PFAM (DEAD) (Helicase_C)
CG6375-RA (680): Superfamily (0007198)2 (0004840) (0007198)
DNA binding: NO

FBgn0025185az2 / az2CG1605 az2 zf43CCG1605-RA (593): PFAM (zf-C2H2)6
CG1605-RA (593): Superfamily 
DNA binding: maybe

GO:0006357 GO:0030528

DBD
FBgn0025334PHDP / Putative homeodomain proteinCG11182 PHDP anon-60AcCG11182-RA (220): PFAM (Homeobox)
CG11182-RA (220): Superfamily (0000647)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003700 GO:0006357 GO:0045449

DBD
FBgn0025336CG4882 / CG4882CG4882 GM14313 LD24471 UD1 anon-60AaCG4882-RA (406): PFAM 
CG4882-RA (406): Superfamily 
DNA binding: NO

GO:0003700

FBgn0025360Optix / OptixCG18455 D-Six3 Dsix3 Optix Six3 anon-WO0153538.79 opt optixCG18455-RA (487): PFAM (Homeobox)
CG18455-RA (487): Superfamily (0000647)
CG18455-RB (259): PFAM 
CG18455-RB (259): Superfamily 
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003677 GO:0003700 GO:0003702 GO:0006357 GO:0045449

DBD
FBgn0025455CycT / Cyclin TCG6292 CycT Dmcyclin T P-TEFb anon-74EFc dT p124CG6292-RA (884): PFAM 
CG6292-RA (884): Superfamily (0004909)
CG6292-RB (1097): PFAM (Cyclin_N)
CG6292-RB (1097): Superfamily (0003581) (0004909)
DNA binding: NO

GO:0003711 GO:0006350 GO:0006357 GO:0008024 GO:0008024 GO:0008159

FBgn0025525bab2 / BAB2 BTB-II BtbII CG13911 CG9102 bab bab-II bab2CG9102-RA (1067): PFAM (BTB) (HTH_psq)
CG9102-RA (1067): Superfamily (0001007)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003677 GO:0003700 GO:0003700 GO:0006350 GO:0006357 GO:0045449

DBD
FBgn0025635CG17829 / CG17829CG17829 EG:115C2.6CG17829-RB (467): PFAM (zf-C2H2)4
CG17829-RB (467): Superfamily 
CG17829-RA (467): PFAM (zf-C2H2)4
CG17829-RA (467): Superfamily 
CG17829-RC (448): PFAM (zf-C2H2)4
CG17829-RC (448): Superfamily 
DNA binding: maybe

DBD
FBgn0025679Bteb2 / Bteb2Bteb2 CG2932CG2932-RA (311): PFAM (zf-C2H2)3
CG2932-RA (311): Superfamily (0000834) (0003882)
DNA binding: maybe

GO:0003702 GO:0006357

DBD
FBgn0025680cry / cryptochromeCG3772 CRY Cry DCry Dm-CRY1 DmCRY1 anon-WO0140519.17 anon-WO0140519.19 anon-WO0140519.20 anon-WO0172774.15 cry cryb dCRY dCry dcryCG3772-RA (542): PFAM (DNA_photoly) (FAD_binding)
CG3772-RA (542): Superfamily (0001856) (0004385)
DNA binding: NO

FBgn0025684CG15438 / CG15438BEST:CK02623 CG15438 CK02623CG15438-RA (439): PFAM (MFS_1)
CG15438-RA (439): Superfamily 
DNA binding: NO

FBgn0025776ind / intermediate neuroblasts defectiveCG11551 indCG11551-RA (391): PFAM (Homeobox)
CG11551-RA (391): Superfamily (0000647)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003700 GO:0006355 GO:0045449

DBD
FBgn0025800Smox / Smad on XCG2262 DSMAD2 SMAD2 Sad Smad2 Smox dSMAD2 dSmad2 l(1)G0348 sad smad2 smox ted tmpCG2262-RA (486): PFAM (MH1) (MH2)
CG2262-RA (486): Superfamily (0003795) (0001682)
DNA binding: maybe

(TF, short range)

GO:0006357 GO:0030528

DBD
FBgn0025808Rad17 / Rad17CG7825 Rad17CG7825-RA (535): PFAM (Rad17)
CG7825-RA (535): Superfamily (0005819) (0006460) (0005819) (0006460)
DNA binding: NO

GO:0003677

FBgn0025825Hdac3 / Hdac3CG2128 DmHDAC3 HDAC HDAC3 Hdac3 dHDAC3 dmHDA402CG2128-RA (438): PFAM (Hist_deacet)
CG2128-RA (438): Superfamily (0001140)
DNA binding: NO

GO:0006357

FBgn0025832Fen1 / Flap endonuclease 1CG8648 DmFEN-1 EG:EG0003.3 FEN1 Fen1CG8648-RA (385): PFAM (XPG_N) (XPG_I)
CG8648-RA (385): Superfamily (0000611) (0000610)
DNA binding: NO

GO:0003677

FBgn0025874Meics / Meiotic central spindleCG8474 MeicsCG8474-RA (583): PFAM (zf-AD) (zf-C2H2)12
CG8474-RA (583): Superfamily (0005594) (0005219) (0005069) (0005219) (0005069) (0004746)2 (0005933) (0003882)
DNA binding: NO

GO:0003700 GO:0006357

DBD
FBgn0026058OdsH / Ods-site homeoboxCG6352 OdsH OdsHmelCG6352-RA (382): PFAM (Homeobox)
CG6352-RA (382): Superfamily (0000647)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003700 GO:0006357 GO:0045449

DBD
FBgn0026080Tip60 / Tip60CG6121 DmEG0007.7 EG0007.7 EG:EG0007.7 Tip60 dmHAG405CG6121-RA (541): PFAM (MOZ_SAS)
CG6121-RA (541): Superfamily (0003036)
DNA binding: maybe

(TF, long range)

GO:0006357 GO:0030528

FBgn0026143CDC45L / CDC45LCDC45L CG3658 Cdc45 D DmCdc45 EG:BACR7A4.11 anon-1EcCG3658-RA (575): PFAM (CDC45)
CG3658-RA (575): Superfamily (0007760)
DNA binding: NO

GO:0003677

FBgn0026160tna / tonalli0583/02 CG7958 anon-WO0118547.590 l(3)L6731 l(3)S058302 l(3)rI075 tnaCG7958-RA (1135): PFAM (zf-MIZ)
CG7958-RA (1135): Superfamily 
CG7958-RB (1149): PFAM (zf-MIZ)
CG7958-RB (1149): Superfamily 
DNA binding: NO

GO:0048096

DBD
FBgn0026208mbf1 / multiprotein bridging factor 1BcDNA:GH10148 BcDNA:GM01267 CG4143 MBF1 mbf1CG4143-RB (145): PFAM (HTH_3)
CG4143-RB (145): Superfamily (0000251)
CG4143-RA (145): PFAM (HTH_3)
CG4143-RA (145): Superfamily (0000251)
DNA binding: maybe

(TF, short range)

GO:0003713 GO:0006357

DBD
FBgn0026262bip2 / bip2BIP2 CG2009 TAF3 TAFII155 TAFII155 TFIID bip-II bip2 dBIP2 dTAFII155 i163 i31CG2009-RA (1406): PFAM (Bromo_TP) (PHD)
CG2009-RA (1406): Superfamily (0004723)
DNA binding: NO

GO:0003677 GO:0005669 GO:0006357 GO:0016251

FBgn0026324Taf10b / TBP-associated factor 10bCG3069 TAF TAF10b TAFII TAFII16 TAFII16 TFIID Taf10b Taf16 TafII16 dTAFII16 dmTAF10b dtafII16CG3069-RA (146): PFAM (TFIID_30kDa)
CG3069-RA (146): Superfamily 
DNA binding: NO

GO:0003700 GO:0003702 GO:0005669 GO:0005669 GO:0006367 GO:0006367 GO:0016251

FBgn0026411Lim1 / BcDNA:GH04929 CG10760 CG11354 Dlim1 Lim1 dLim1 dlim-1 dlim1CG11354-RA (505): PFAM (LIM)2 (Homeobox)
CG11354-RA (505): Superfamily (0000681) (0003830)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003700 GO:0006355 GO:0006357

DBD
FBgn0026533Dek / DekCG593 CG5935 DEK Dek EG:EG0003.6 anon-WO0172774.191 anon-WO0172774.192 anon-WO0172774.194 dDEK l(2)04154 l(2)k09907CG5935-RA (663): PFAM 
CG5935-RA (663): Superfamily 
CG5935-RC (667): PFAM 
CG5935-RC (667): Superfamily 
CG5935-RD (612): PFAM 
CG5935-RD (612): Superfamily 
CG5935-RB (669): PFAM 
CG5935-RB (669): Superfamily 
DNA binding: maybe

(TF, long range)

GO:0003677

FBgn0026573CG8290 / CG8290BEST:LD29214 CG8290 LD29214CG8290-RA (1199): PFAM 
CG8290-RA (1199): Superfamily (0002927)
CG8290-RB (1125): PFAM 
CG8290-RB (1125): Superfamily (0002927)
DNA binding: maybe

GO:0003677 GO:0016251

FBgn0026575hang / hangoverBcDNA:GM07804 BcDNA:LD22118 CG32575 CG4411 CG4416 LD22118 hangCG32575-RB (1959): PFAM (zf-AD) (zf-C2H2)12
CG32575-RB (1959): Superfamily 
CG32575-RA (1955): PFAM (zf-AD) (zf-C2H2)12
CG32575-RA (1955): Superfamily 
DNA binding: maybe

DBD
FBgn0026582CG9418 / CG9418BEST:LD07122 CG9418 LD07122CG9418-RA (376): PFAM (HMG_box)
CG9418-RA (376): Superfamily (0006903)
DNA binding: maybe

GO:0003677 GO:0006355 GO:0006367 GO:0030528

FBgn0026751XRCC1 / XRCC1CG4208 XRCC1 Xrcc1CG4208-RA (614): PFAM (XRCC1_N) (BRCT)
CG4208-RA (614): Superfamily (0004964) (0007960)
DNA binding: NO

GO:0003684

FBgn0026758Trf2 / TATA box binding protein-related factor 2CG11195 CG18009 TLF TRF2 Trf2 dTRF2 p79/TRF2 trf2CG18009-RA (632): PFAM (TBP)2
CG18009-RA (632): Superfamily (0001237) (0000311)
CG18009-RD (632): PFAM (TBP)2
CG18009-RD (632): Superfamily (0001237) (0000311)
DNA binding: NO

GO:0003677 GO:0003704 GO:0003704 GO:0005667 GO:0005669 GO:0006357 GO:0006357 GO:0006367 GO:0006367 GO:0016251

FBgn0026876CG11403 / CG11403CG11403 EG:33C11.2 cg11403CG11403-RA (861): PFAM (DEAD_2)
CG11403-RA (861): Superfamily (0007069) (0001640)3 (0007069)
DNA binding: NO

GO:0003677

FBgn0027339jim / jimBcDNA:SD14927 CG11352 OVK jim ovfc.K ovkCG11352-RC (820): PFAM (zf-C2H2)8
CG11352-RC (820): Superfamily (0005623) (0005069) (0000834)2 (0003882)
CG11352-RB (820): PFAM (zf-C2H2)8
CG11352-RB (820): Superfamily (0005623) (0005069) (0000834)2 (0003882)
CG11352-RD (820): PFAM (zf-C2H2)8
CG11352-RD (820): Superfamily (0005623) (0005069) (0000834)2 (0003882)
DNA binding: maybe

GO:0003700 GO:0006357

DBD
FBgn0027364Six4 / Six4CG3871 D-Six4 Dsix4 Six4 six4 six4/5CG3871-RA (392): PFAM (Homeobox)
CG3871-RA (392): Superfamily (0000647)
CG3871-RB (392): PFAM (Homeobox)
CG3871-RB (392): Superfamily (0000647)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003677 GO:0003700 GO:0003702 GO:0003702 GO:0006357 GO:0045449

DBD
FBgn0027378MRG15 / MRG15CG6363 DmMRG15 Dmrg15 MRG15 dMRG15 l(3)j6A3CG6363-RA (424): PFAM (MRG)
CG6363-RA (424): Superfamily 
DNA binding: NO

GO:0006357 GO:0030528

FBgn0027503CG11970 / CG11970BcDNA:LD23876 CG11970CG11970-RA (1658): PFAM 
CG11970-RA (1658): Superfamily 
DNA binding: NO

GO:0003700 GO:0006357

FBgn0027514 / FBgn0027514 CG1024 BcDNA:LD21969CG1024-RA (448): PFAM (zf-C2H2)2
CG1024-RA (448): Superfamily 
DNA binding: maybe

DBD
FBgn0027524CG3909 / CG3909BcDNA:LD21537 CG3909CG3909-RA (331): PFAM (WD40)6
CG3909-RA (331): Superfamily (0007453)2
DNA binding: NO

GO:0003700

FBgn0027567CG8108 / CG8108BcDNA:GH07921 CG8108CG8108-RB (919): PFAM 
CG8108-RB (919): Superfamily 
CG8108-RA (919): PFAM 
CG8108-RA (919): Superfamily 
DNA binding: maybe

FBgn0027599CG2790 / CG2790BcDNA:GH03108 CG2790CG2790-RA (540): PFAM (DnaJ)
CG2790-RA (540): Superfamily (0007162)
DNA binding: maybe

FBgn0027620Acf1 / ATP-dependent chromatin assembly factor large subunitACF ACF1 Acf Acf-1 Acf1 CAF CG1966 CHRAC CHRAC-175 acf1 dACF dCHRAC p170/p185CG1966-RA (1476): PFAM (PHD) (Bromodomain)
CG1966-RA (1476): Superfamily (0007615)
DNA binding: NO

GO:0003677 GO:0006355 GO:0006357 GO:0030528

FBgn0027783SMC2 / SMC2CG10212 DmSMC2 SMC2CG10212-RA (1179): PFAM (SMC_N) (SMC_hinge) (SMC_C)
CG10212-RA (1179): Superfamily (0002113) (0007433) (0002113)
DNA binding: NO

GO:0003677

FBgn0027788Hey / Hairy/E(spl)-related with YRPW motifCG11194 Hesr-1 Hey d-hey dHey hesr-1CG11194-RA (425): PFAM (HLH) (Hairy_orang)
CG11194-RA (425): Superfamily (0000366)
DNA binding: maybe

(TF, short range)

GO:0003700 GO:0006357

DBD
FBgn0027790GV1 / GV1BcDNA:RH49123 CG12023 DIP1 GV1CG12023-RA (354): PFAM 
CG12023-RA (354): Superfamily 
CG12023-RB (180): PFAM 
CG12023-RB (180): Superfamily 
DNA binding: NO

GO:0003677

FBgn0027864Ogg1 / Ogg1BcDNA:LD19945 CG1795 Ogg1 dOGG1CG1795-RA (343): PFAM (OGG_N) (HhH-GPD) (HHH)
CG1795-RA (343): Superfamily (0002179) (0002178)
DNA binding: NO

GO:0003677

FBgn0027866CG9776 / CG9776BcDNA:LD19168 CG9776CG9776-RA (1260): PFAM 
CG9776-RA (1260): Superfamily 
CG9776-RB (685): PFAM 
CG9776-RB (685): Superfamily 
DNA binding: maybe

FBgn0027903CG12018 / CG12018BcDNA:HL03874 CG12018CG12018-RA (431): PFAM (DNA_pol_alp)
CG12018-RA (431): Superfamily 
DNA binding: NO

FBgn0027930CG1102 / CG1102BEST:GH02921 CG1102 SP25 proPO-AECG1102-RA (390): PFAM (Trypsin)
CG1102-RA (390): Superfamily (0005659)
DNA binding: NO

GO:0003677 GO:0003700 GO:0006355

FBgn0027950MBD-like / MBD-likeCG8208 Dm Mbd2/3 DmMbd2/3 MBD-like MBD2-3 MBD2/3 dMBD-like dMBD2/3 dMbD2/3CG8208-RB (226): PFAM (MBD)
CG8208-RB (226): Superfamily 
CG8208-RA (339): PFAM (MBD)2
CG8208-RA (339): Superfamily (0001637)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0006357 GO:0030528 GO:0045892 GO:0045892

DBD
FBgn0027951MTA1-like / MTA1-likeCG2244 MTA1-like dMTA dMTA1-like p120CG2244-RB (844): PFAM (BAH) (ELM2) (Myb_DNA-bin) (GATA) (zf-C2H2)
CG2244-RB (844): Superfamily 
CG2244-RA (880): PFAM (BAH) (ELM2) (Myb_DNA-bin) (GATA) (zf-C2H2)
CG2244-RA (880): Superfamily 
DNA binding: YES

(TF, long range)

DBD FlyReg
FBgn0028386cic / capicuaCG5067 E(Dl)D49 cic fetCG5067-RA (1403): PFAM (HMG_box)
CG5067-RA (1403): Superfamily (0005279)
DNA binding: maybe

(TF, short range)

GO:0003700 GO:0003702 GO:0003712 GO:0006355 GO:0016481 GO:0016481 GO:0030528

FBgn0028387chm / chameauCG5229 HAT HAT1 chm dmHAG404CG5229-RA (811): PFAM (zf-C2HC) (MOZ_SAS)
CG5229-RA (811): Superfamily (0003036)
DNA binding: maybe

GO:0003700 GO:0006357 GO:0016481 GO:0030528

DBD
FBgn0028398Taf10 / TBP-associated factor 10BcDNA:RE73934 CG2859 TAF TAF10 TAFII TAFII24 TFIID Taf10 Taf24 TafII24 dTAFII24 dTAFII24 dmTAF10 dmTaf10 dtafII24 taf24CG2859-RA (167): PFAM (TFIID_30kDa)
CG2859-RA (167): Superfamily 
DNA binding: NO

GO:0003700 GO:0003702 GO:0005669 GO:0005669 GO:0006367 GO:0006367 GO:0016251

FBgn0028420Kr-h1 / Kruppel homolog 144/11 CG18783 CG9167 Kr h Kr-h Kr-h1 P381 Pow l(2)05208 l(2)10642CG18783-RA (791): PFAM (zf-C2H2)7
CG18783-RA (791): Superfamily (0000834) (0003882)3
CG18783-RB (845): PFAM (zf-C2H2)7
CG18783-RB (845): Superfamily (0005594) (0003882)3
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003700 GO:0006357 GO:0045449

DBD
FBgn0028434Ercc1 / Ercc1CG10215 ERCC1 Ercc1CG10215-RA (259): PFAM (Rad10)
CG10215-RA (259): Superfamily (0001753)
DNA binding: NO

GO:0003677 GO:0003684

FBgn0028531CG15286 / CG15286BG:DS01068.11 CG15286CG15286-RA (511): PFAM (ZZ)
CG15286-RA (511): Superfamily 
DNA binding: maybe

FBgn0028550A3-3 / A3-3A3-3 CG11405 EG:33C11.1CG11405-RA (613): PFAM (bZIP_1)
CG11405-RA (613): Superfamily 
DNA binding: maybe

(TF, short range)

GO:0003677 GO:0006355

DBD
FBgn0028642esn / espinasCG12833 esnCG12833-RA (785): PFAM (PET) (LIM)2
CG12833-RA (785): Superfamily (0000681) (0001471)
CG12833-RB (785): PFAM (PET) (LIM)2
CG12833-RB (785): Superfamily (0000681) (0001471)
DNA binding: NO

FBgn0028647CG11902 / CG11902CG11902 anon-96CDaCG11902-RA (1266): PFAM (zf-AD) (zf-C2H2)15
CG11902-RA (1266): Superfamily (0005623) (0005594) (0003882)
DNA binding: maybe

GO:0006357 GO:0006366 GO:0030528

DBD
FBgn0028741CG6355 / CG6355CG6355 EG:52C10.5CG6355-RB (1809): PFAM (FYVE) (Cpn60_TCP1) (PIP5K)
CG6355-RB (1809): Superfamily (0005033) (0007744) (0000921)2
CG6355-RA (1809): PFAM (FYVE) (Cpn60_TCP1) (PIP5K)
CG6355-RA (1809): Superfamily (0005033) (0007744) (0000921)2
DNA binding: NO

FBgn0028789Doc1 / Dorsocross1CG5133 Dm-DOC1 Doc Doc1 Ect2 Tb66F2CG5133-RA (391): PFAM (T-box)
CG5133-RA (391): Superfamily (0007559)
DNA binding: maybe

(TF, short range)

GO:0003700 GO:0006355 GO:0006357

DBD
FBgn0028878CG15269 / CG15269BG:DS04929.3 CG15269 DS04929.3CG15269-RA (587): PFAM (zf-C2H2)8
CG15269-RA (587): Superfamily (0003882)2 (0005933)
DNA binding: maybe

GO:0006357 GO:0030528

DBD
FBgn0028887CG3491 / CG3491BG:DS03323.1 CG3491CG3491-RA (1801): PFAM 
CG3491-RA (1801): Superfamily 
DNA binding: maybe

GO:0003677 GO:0006355

FBgn0028895CG17328 / CG17328BG:DS02740.8 CG17328 DS02740.8CG17328-RA (413): PFAM (zf-AD) (zf-C2H2)5
CG17328-RA (413): Superfamily (0003882) (0005933) (0003882)
DNA binding: maybe

GO:0006357 GO:0030528

DBD
FBgn0028926NC2&bgr; / NC2&bgr;BG:DS00929.3 CG4185 Dr1 NC2&bgr; NC2beta dDr1 dNC2CG4185-RA (183): PFAM (CBFD_NFYB_H)
CG4185-RA (183): Superfamily (0006523)
DNA binding: maybe

(TF, short range)

GO:0000122 GO:0003677 GO:0003702 GO:0016563 GO:0016564 GO:0016565 GO:0016565 GO:0017055 GO:0045944

FBgn0028931CG16863 / CG16863BG:DS00797.6 CG16863 DS00797.6CG16863-RA (555): PFAM 
CG16863-RA (555): Superfamily 
DNA binding: maybe

(TF, short range)

GO:0003677

FBgn0028979tiptop / tiptopCG12630 tiptopCG12630-RA (1024): PFAM (zf-C2H2)4
CG12630-RA (1024): Superfamily 
DNA binding: maybe

GO:0003677 GO:0003700 GO:0006355 GO:0045449

DBD
FBgn0028991seq / sequoia49Fc CG17724b CG32904 CG4037 CG4055 l(2)49Fc l(2)vr5 seq vr5CG17724-RA (518): PFAM 
CG17724-RA (518): Superfamily 
DNA binding: maybe

(TF, short range)

FBgn0028993scro / scarecrowCG17594 CG17595 CG18452 scro scrouDNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003677 GO:0003700 GO:0006355 GO:0006357 GO:0030528

FBgn0028996onecut / onecutA1 CG1922 onecutCG1922-RA (1081): PFAM (CUT) (Homeobox)
CG1922-RA (1081): Superfamily 
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003677 GO:0003700 GO:0003702 GO:0006350 GO:0006355 GO:0006357 GO:0030528

DBD
FBgn0028999nerfin-1 / nervous fingers 1CG13906 nerfin-1CG13906-RA (469): PFAM (zf-C2H2)2
CG13906-RA (469): Superfamily 
DNA binding: maybe

(TF, short range)

GO:0003702 GO:0006357

DBD
FBgn0029123SoxN / SoxNeuroCG18024 SOX29F SOXB1 Sox B1 SoxN soxNCG18024-RA (572): PFAM (HMG_box)
CG18024-RA (572): Superfamily (0000212)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003700 GO:0006357 GO:0045449

FBgn0029161slmo / slowmoCG9131 kisir slmoCG9131-RB (215): PFAM (MSF1)
CG9131-RB (215): Superfamily 
CG9131-RA (215): PFAM (MSF1)
CG9131-RA (215): Superfamily 
DNA binding: NO

GO:0003700 GO:0006355

FBgn0029173fu2 / fu2CG9233 FU12 fu2CG9233-RA (558): PFAM (zf-AD) (zf-C2H2)6
CG9233-RA (558): Superfamily (0000051) (0005594) (0003882)
DNA binding: maybe

GO:0003700 GO:0006357

DBD
FBgn0029504CHES-1-like / Checkpoint suppressor homologueCG12690 CHES-1-like Dmches-1 anon-EST:Posey7CG12690-RA (1255): PFAM (Fork_head)
CG12690-RA (1255): Superfamily (0006804)
CG12690-RB (1255): PFAM (Fork_head)
CG12690-RB (1255): Superfamily (0006804)
DNA binding: maybe

GO:0003700 GO:0006355 GO:0006355 GO:0006366

DBD
FBgn0029711Usf / UsfCG17592 Dm Usf DmUsf UsfCG17592-RA (348): PFAM (HLH)
CG17592-RA (348): Superfamily (0000367)2
CG17592-RB (437): PFAM (HLH)
CG17592-RB (437): Superfamily (0000367)2
DNA binding: maybe

(TF, short range)

GO:0003700 GO:0006350

DBD
FBgn0029773CG15782 / CG15782CG15782CG15782-RA (142): PFAM (Homeobox)
CG15782-RA (142): Superfamily (0000647)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003700 GO:0006355 GO:0006357

DBD
FBgn0029775CG4136 / CG4136CG4136CG4136-RA (837): PFAM (Homeobox)
CG4136-RA (837): Superfamily (0000647)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003677 GO:0003700 GO:0006357 GO:0006366 GO:0030528

DBD
FBgn0029798CG4078 / CG4078CG4078CG4078-RA (985): PFAM (DEAD_2)
CG4078-RA (985): Superfamily (0001151) (0001640) (0001151) (0001640) (0001151) (0001640)2
DNA binding: NO

GO:0003677

FBgn0029822CG12236 / CG12236CG12236CG12236-RA (553): PFAM (BTB)
CG12236-RA (553): Superfamily (0001007)
CG12236-RB (510): PFAM (BTB) (zf-C2H2)
CG12236-RB (510): Superfamily (0001007)
DNA binding: maybe

GO:0006357 GO:0006366 GO:0030528

DBD
FBgn0029824CG3726 / CG3726CG3726CG3726-RA (676): PFAM (BTB) (HTH_psq)
CG3726-RA (676): Superfamily (0001007)
DNA binding: maybe

(TF, short range)

GO:0003677 GO:0003700 GO:0006357 GO:0030528

DBD
FBgn0029861CG3815 / CG3815CG3815CG3815-RA (878): PFAM (PHD)2
CG3815-RA (878): Superfamily (0002927) (0002648)
DNA binding: maybe

GO:0003700 GO:0006355

FBgn0029867CG3847 / CG3847CG3847CG3847-RA (380): PFAM (zf-C2H2)3
CG3847-RA (380): Superfamily 
DNA binding: maybe

DBD
FBgn0029895CG14441 / CG14441CG14441CG14441-RA (1125): PFAM (zf-AD)
CG14441-RA (1125): Superfamily 
DNA binding: maybe

FBgn0029899CG14438 / CG14438CG14438CG14438-RA (3313): PFAM 
CG14438-RA (3313): Superfamily 
CG14438-RB (3313): PFAM 
CG14438-RB (3313): Superfamily 
DNA binding: maybe

FBgn0029905CG3075 / CG3075CG3075CG3075-RA (601): PFAM (CBFD_NFYB_H)
CG3075-RA (601): Superfamily (0006983)
DNA binding: maybe

GO:0003700 GO:0006357

FBgn0029912CG4557 / CG4557CG4557CG4557-RA (933): PFAM 
CG4557-RA (933): Superfamily 
DNA binding: NO

GO:0003700

FBgn0029920CG4575 / CG4575CG4575CG4575-RA (94): PFAM (bZIP_2)
CG4575-RA (94): Superfamily 
DNA binding: maybe

(TF, short range)

GO:0003700 GO:0006355

DBD
FBgn0029928CG3032 / CG3032CG3032CG3032-RA (431): PFAM (zf-AD) (zf-C2H2)7
CG3032-RA (431): Superfamily (0003882)
DNA binding: maybe

GO:0006357 GO:0006366 GO:0030528

DBD
FBgn0029939CG9650 / CG9650CG9650CG9650-RB (979): PFAM (zf-C2H2)4
CG9650-RB (979): Superfamily (0005623) (0000050)
CG9650-RA (807): PFAM (zf-C2H2)4
CG9650-RA (807): Superfamily (0005623) (0000050)
CG9650-RC (965): PFAM (zf-C2H2)4
CG9650-RC (965): Superfamily (0005623) (0000050)
DNA binding: maybe

GO:0006357 GO:0006366 GO:0030528

DBD
FBgn0029941CG1677 / CG1677CG1677CG1677-RA (1000): PFAM 
CG1677-RA (1000): Superfamily 
DNA binding: NO

FBgn0030003CG2116 / CG2116CG2116CG2116-RA (598): PFAM (zf-C2H2)3
CG2116-RA (598): Superfamily 
DNA binding: maybe

DBD
FBgn0030005CG2120 / CG2120CG2120CG2120-RA (344): PFAM (zf-C2H2)6
CG2120-RA (344): Superfamily (0000834) (0003882)2
DNA binding: maybe

GO:0006357 GO:0006366 GO:0030528

DBD
FBgn0030008CG2129 / CG2129CG2129CG2129-RA (465): PFAM (zf-C2H2)8
CG2129-RA (465): Superfamily (0000834) (0003882)2
DNA binding: maybe

GO:0006357 GO:0006366 GO:0030528

DBD
FBgn0030009CG15336 / CG15336CG15336CG15336-RA (181): PFAM (zf-C2H2)2
CG15336-RA (181): Superfamily (0003882)2
DNA binding: maybe

DBD
FBgn0030010CG10959 / CG10959CG10959CG10959-RA (443): PFAM (zf-C2H2)8
CG10959-RA (443): Superfamily (0000834)2 (0003882)
DNA binding: maybe

GO:0006357 GO:0006366 GO:0030528

DBD
FBgn0030012CG18262 / CG18262CG18262CG18262-RA (469): PFAM (zf-C2H2)6
CG18262-RA (469): Superfamily (0003882) (0005594) (0000834) (0003882)
DNA binding: maybe

GO:0006357 GO:0006366 GO:0030528

DBD
FBgn0030058CG11294 / CG11294CG11294CG11294-RA (261): PFAM (Homeobox)
CG11294-RA (261): Superfamily (0000647)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003700 GO:0006357

DBD
FBgn0030065CG12075 / CG12075CG12075CG12075-RB (1006): PFAM 
CG12075-RB (1006): Superfamily (0001698)
CG12075-RA (1006): PFAM 
CG12075-RA (1006): Superfamily (0001698)
DNA binding: maybe

GO:0003677

FBgn0030081CG7246 / CG7246CG7246CG7246-RA (602): PFAM 
CG7246-RA (602): Superfamily 
DNA binding: NO

GO:0003684 GO:0006366 GO:0030528

FBgn0030082HP1b / HP1bCG7041 HP1 HP1b Hp1bCG7041-RA (240): PFAM (Chromo) (Chromo_shad)
CG7041-RA (240): Superfamily (0000403) (0002033)
DNA binding: maybe

(TF, long range)

GO:0006357

FBgn0030093dalao / dalaoBAF57 BAP111 Bap111 CG7055 anon-EST:Liang-1.83 clone 1.83 dalaoCG7055-RA (749): PFAM (HMG_box)
CG7055-RA (749): Superfamily (0005279)
DNA binding: NO

GO:0003677 GO:0003713 GO:0016251 GO:0045893

FBgn0030112CG12124 / CG12124CG12124CG12124-RA (1837): PFAM 
CG12124-RA (1837): Superfamily 
DNA binding: maybe

GO:0003677 GO:0006355

FBgn0030170CG2990 / CG2990CG2990CG2990-RA (1119): PFAM 
CG2990-RA (1119): Superfamily (0005685)2
CG2990-RB (1100): PFAM 
CG2990-RB (1100): Superfamily (0005685)2
DNA binding: NO

GO:0006357

FBgn0030206CG2889 / CG2889CG2889CG2889-RA (581): PFAM (zf-AD) (zf-C2H2)6
CG2889-RA (581): Superfamily 
DNA binding: maybe

DBD
FBgn0030219CG9817 / CG9817CG9817CG9817-RA (2090): PFAM 
CG9817-RA (2090): Superfamily 
DNA binding: maybe

FBgn0030240CG2202 / CG2202CG2202CG2202-RA (889): PFAM (zf-AD) (zf-C2H2)12
CG2202-RA (889): Superfamily (0000051) (0005594)
DNA binding: maybe

GO:0006357 GO:0006366 GO:0030528

DBD
FBgn0030266CG11122 / CG11122CG11122CG11122-RA (3539): PFAM 
CG11122-RA (3539): Superfamily 
DNA binding: maybe

FBgn0030314CG11696 / CG11696CG11696 bCG11696-RA (664): PFAM (zf-AD) (zf-C2H2)4
CG11696-RA (664): Superfamily 
DNA binding: maybe

GO:0003677 GO:0006355

DBD
FBgn0030316CG11695 / CG11695CG11695 cCG11695-RA (544): PFAM (zf-AD) (zf-C2H2)5
CG11695-RA (544): Superfamily 
DNA binding: maybe

GO:0006357 GO:0006366 GO:0030528

DBD
FBgn0030408CG11085 / CG11085CG11085CG11085-RA (275): PFAM (Homeobox)
CG11085-RA (275): Superfamily (0000647)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003700

DBD
FBgn0030432CG4404 / CG4404CG4404CG4404-RA (308): PFAM (BESS)
CG4404-RA (308): Superfamily 
DNA binding: maybe

(TF, short range)

GO:0003677

DBD
FBgn0030455CG4318 / CG4318CG4318CG4318-RA (232): PFAM (zf-AD) (zf-C2H2)2
CG4318-RA (232): Superfamily (0005594) (0003882)
DNA binding: maybe

DBD
FBgn0030477dmrt11E / doublesex-Mab related 11ECG15749 dmrt11ECG15749-RA (377): PFAM (DM)
CG15749-RA (377): Superfamily 
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003700 GO:0006355

DBD
FBgn0030486CG1716 / CG1716CG1716CG1716-RA (2362): PFAM (AT_hook)2 (SET) (WW)
CG1716-RA (2362): Superfamily 
DNA binding: NO

GO:0003677 GO:0003712 GO:0006357 GO:0008134

FBgn0030505NFAT / CG11172 EP1335 MESR1 NF-AT5 NFAT NFAT5 dNFATCG11172-RA (1419): PFAM (RHD) (TIG)
CG11172-RA (1419): Superfamily (0006845) (0000017)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003700 GO:0003700 GO:0003702 GO:0006350 GO:0006350 GO:0006355

DBD
FBgn0030506Lig4 / Ligase4CG12176 Lig4 RE37186 lig4CG12176-RA (918): PFAM (DNA_ligase_)3
CG12176-RA (918): Superfamily (0000033) (0008072)
DNA binding: NO

FBgn0030532CG11071 / CG11071CG11071CG11071-RA (802): PFAM (zf-C2H2)5
CG11071-RA (802): Superfamily (0005623) (0004752)
DNA binding: maybe

GO:0003700

DBD
FBgn0030627gce / germ cell-expressed bHLH-PASCG6211 gceCG6211-RA (689): PFAM (HLH)
CG6211-RA (689): Superfamily (0000355) (0001082)2
DNA binding: maybe

(TF, short range)

GO:0003700 GO:0006357 GO:0045449

DBD
FBgn0030659CG9215 / CG9215CG9215CG9215-RA (560): PFAM (zf-AD) (zf-C2H2)5
CG9215-RA (560): Superfamily (0000834) (0003882) (0005933)
DNA binding: maybe

GO:0006357 GO:0006366 GO:0030528

DBD
FBgn0030663CG8117 / CG8117CG8117CG8117-RA (162): PFAM (TFIIS_M) (TFIIS_C)
CG8117-RA (162): Superfamily (0002384) (0006327)
DNA binding: NO

GO:0003677 GO:0003700 GO:0003711 GO:0006355 GO:0016251

FBgn0030664CG8119 / CG8119CG8119CG8119-RA (244): PFAM (BESS)
CG8119-RA (244): Superfamily 
DNA binding: maybe

(TF, short range)

GO:0003677

DBD
FBgn0030680CG8944 / CG8944CG8944CG8944-RB (762): PFAM (zf-C2H2)5
CG8944-RB (762): Superfamily 
CG8944-RA (380): PFAM 
CG8944-RA (380): Superfamily 
DNA binding: maybe

DBD
FBgn0030699CG8578 / CG8578CG8578CG8578-RA (396): PFAM 
CG8578-RA (396): Superfamily 
DNA binding: NO

GO:0003700 GO:0006355

FBgn0030706CG8909 / CG8909CG8909 CT25574CG8909-RB (2009): PFAM (Ldl_recept_)7 (EGF_CA) (Ldl_recept_)4 (EGF) (Ldl_recept_)4 (EGF) (Ldl_recept_)3
CG8909-RB (2009): Superfamily (0006431) (0001442) (0003685) (0007581)3 (0003685) (0002643) (0000413) (0006431) (0003633) (0006431) (0003633) (0006431)2
DNA binding: NO

GO:0003700 GO:0006355

FBgn0030710CG8924 / CG8924CG8924CG8924-RA (514): PFAM (BTB)
CG8924-RA (514): Superfamily (0001007)
CG8924-RB (514): PFAM (BTB)
CG8924-RB (514): Superfamily (0001007)
DNA binding: maybe

(TF, short range)

GO:0003677 GO:0006357 GO:0030528

FBgn0030787CG9609 / CG9609CG9609CG9609-RA (403): PFAM (zf-C2H2)7
CG9609-RA (403): Superfamily (0003882)2
DNA binding: maybe

GO:0003709 GO:0006357

DBD
FBgn0030800CG9104 / CG9104CG9104CG9104-RA (412): PFAM (NPR2)
CG9104-RA (412): Superfamily 
DNA binding: NO

GO:0003700

FBgn0030878CG6769 / CG6769CG6769CG6769-RA (409): PFAM 
CG6769-RA (409): Superfamily 
DNA binding: maybe

FBgn0030899Her / HES-relatedCG5927 HerCG5927-RA (149): PFAM (HLH)
CG5927-RA (149): Superfamily (0000366)
DNA binding: maybe

(TF, short range)

GO:0000122 GO:0016564

DBD
FBgn0030914CG6106 / CG6106CG6106CG6106-RA (486): PFAM (Amidohydro_)
CG6106-RA (486): Superfamily (0007406) (0007827) (0007406)
DNA binding: NO

GO:0003677

FBgn0030933CG6470 / CG6470CG6470 anon-WO0140519.137CG6470-RA (337): PFAM 
CG6470-RA (337): Superfamily 
DNA binding: maybe

FBgn0030963CG7101 / CG7101CG7101CG7101-RA (352): PFAM (zf-C2H2)3
CG7101-RA (352): Superfamily (0003882)
DNA binding: maybe

DBD
FBgn0030965CG7274 / CG7274CG7274CG7274-RA (622): PFAM (ARID)
CG7274-RA (622): Superfamily (0001120)
DNA binding: maybe

GO:0003677 GO:0003712 GO:0006357 GO:0006366 GO:0030528

DBD
FBgn0030990CG7556 / CG7556CG7556CG7556-RA (522): PFAM (DnaJ) (Myb_DNA-bin)2
CG7556-RA (522): Superfamily (0003319) (0000119)2
DNA binding: NO

GO:0003677

FBgn0031023CG14200 / CG14200CG14200CG14200-RA (2037): PFAM 
CG14200-RA (2037): Superfamily (0006932)
DNA binding: maybe

FBgn0031071CG12701 / CG12701CG12701CG12701-RA (1596): PFAM 
CG12701-RA (1596): Superfamily 
CG12701-RB (1596): PFAM 
CG12701-RB (1596): Superfamily 
DNA binding: maybe

FBgn0031086CG9571 / CG9571CG9571 Dmcg9571CG9571-RA (260): PFAM (Fork_head)
CG9571-RA (260): Superfamily (0006804)
DNA binding: maybe

(TF, short range)

GO:0003700 GO:0006357

DBD
FBgn0031121CG15455 / CG15455CG15455CG15455-RA (306): PFAM (Runt)
CG15455-RA (306): Superfamily (0001385)
DNA binding: maybe

GO:0003700 GO:0003700 GO:0006355 GO:0006355

DBD
FBgn0031124CG1379 / CG1379CG1379CG1379-RA (368): PFAM (Runt)
CG1379-RA (368): Superfamily (0001385)
DNA binding: maybe

GO:0003700 GO:0006357

DBD
FBgn0031144CG1529 / CG1529CG1529CG1529-RA (295): PFAM (zf-C2H2)4
CG1529-RA (295): Superfamily 
DNA binding: maybe

DBD
FBgn0031232CG11617 / CG11617CG11617CG11617-RA (294): PFAM (Homeobox)
CG11617-RA (294): Superfamily (0000329)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003700 GO:0006355

DBD
FBgn0031264CG11835 / CG11835CG11835CG11835-RA (795): PFAM (NAC)
CG11835-RA (795): Superfamily 
DNA binding: NO

GO:0003700 GO:0006355 GO:0006357 GO:0006367 GO:0016251

FBgn0031275GABA-B-R3 / metabotropic GABA-B receptor subtype 3CG3022 D-GABABR3 D-Gaba3 GABA-B-R3 GB3 anon-WO0170980.13 anon-WO0170980.14CG3022-RA (1305): PFAM (ANF_recepto) (7tm_3)
CG3022-RA (1305): Superfamily (0006513)2
CG3022-RB (874): PFAM (ANF_recepto) (7tm_3)
CG3022-RB (874): Superfamily (0006513)
DNA binding: NO

GO:0003700 GO:0006355

FBgn0031309Tfb4 / Tfb4CG5041 TFB4 Tfb4CG5041-RA (299): PFAM (Tfb4)
CG5041-RA (299): Superfamily 
DNA binding: NO

GO:0003700 GO:0005675 GO:0006355 GO:0006367 GO:0016251

FBgn0031375CG31670 / CG31670CG31670 CG7312CG31670-RA (611): PFAM (zf-C2H2)6
CG31670-RA (611): Superfamily (0000051) (0005594) (0003882)2
DNA binding: maybe

GO:0006357 GO:0006366 GO:0030528

DBD
FBgn0031391CG11723 / CG11723CG11723CG11723-RA (350): PFAM (BESS)
CG11723-RA (350): Superfamily 
DNA binding: maybe

(TF, short range)

GO:0003677

DBD
FBgn0031444CG9879 / CG9879CG9879CG9879-RA (331): PFAM (TBP)2
CG9879-RA (331): Superfamily (0001237) (0005015)
DNA binding: NO

GO:0003677 GO:0003702 GO:0005669 GO:0006355 GO:0006367

FBgn0031446CG15398 / CG15398CG15398CG15398-RA (294): PFAM (TBP)
CG15398-RA (294): Superfamily (0005015)
DNA binding: NO

GO:0003700 GO:0003702 GO:0005669 GO:0006355 GO:0006367

FBgn0031456Trn-SR / Transportin-Serine/Arginine richCG2848 Trn-SR anon-EST:Posey294 dTRN-SRCG2848-RA (932): PFAM (IBN_N) (HEAT)
CG2848-RA (932): Superfamily (0004276)3
DNA binding: NO

GO:0003677 GO:0006355

FBgn0031510CG18555 / CG18555CG18555CG18555-RA (345): PFAM (zf-AD) (zf-C2H2)5
CG18555-RA (345): Superfamily (0003882)2
DNA binding: maybe

GO:0006357 GO:0006366 GO:0030528

DBD
FBgn0031511CG3485 / CG3485CG3485CG3485-RA (330): PFAM (zf-AD) (zf-C2H2)4
CG3485-RA (330): Superfamily (0005933) (0003882)
DNA binding: maybe

GO:0006357 GO:0006366 GO:0030528

DBD
FBgn0031556CG2808 / CG2808CG2808CG2808-RA (319): PFAM (Homeobox)
CG2808-RA (319): Superfamily (0002984)
CG2808-RB (236): PFAM 
CG2808-RB (236): Superfamily 
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003700 GO:0006355

DBD
FBgn0031573CG3407 / CG3407CG3407CG3407-RA (714): PFAM (zf-C2H2)5
CG3407-RA (714): Superfamily (0000051)
DNA binding: maybe

GO:0006357 GO:0006366 GO:0030528

DBD
FBgn0031597CG17612 / CG17612CG17612CG17612-RB (618): PFAM (zf-AD) (zf-C2H2)5
CG17612-RB (618): Superfamily 
CG17612-RA (618): PFAM (zf-AD) (zf-C2H2)5
CG17612-RA (618): Superfamily 
DNA binding: maybe

GO:0006357 GO:0006366 GO:0030528

DBD
FBgn0031607CG15440 / CG15440CG15440 cg15440CG15440-RA (336): PFAM (RRM_1)2
CG15440-RA (336): Superfamily (0004712)2
DNA binding: NO

GO:0003677

FBgn0031608CG15435 / CG15435CG15435CG15435-RA (503): PFAM (zf-AD)
CG15435-RA (503): Superfamily 
DNA binding: maybe

FBgn0031610CG15436 / CG15436CG15436CG15436-RA (346): PFAM (zf-AD) (zf-C2H2)8
CG15436-RA (346): Superfamily (0003882)2 (0005219)
DNA binding: maybe

GO:0006357 GO:0006366 GO:0030528

DBD
FBgn0031613CG15636 / CG15636CG15636CG15636-RA (106): PFAM (Chromo_shad)
CG15636-RA (106): Superfamily (0002033)
DNA binding: NO

GO:0003677

FBgn0031706 / FBgn0031706 nmr2 neuromancer2 neuromancer2 CG6634 H15r H15-related H15r: H15-related neuromancer2CG6634-RA (580): PFAM (T-box)
CG6634-RA (580): Superfamily (0007559)
DNA binding: maybe

DBD
FBgn0031759lid / little imaginal discsCG9088 l(2)10424 lidCG9088-RA (1838): PFAM (JmjN) (ARID) (PHD) (JmjC) (zf-C5HC2) (PHD)2
CG9088-RA (1838): Superfamily (0001120) (0002648)
CG9088-RB (1838): PFAM (JmjN) (ARID) (PHD) (JmjC) (zf-C5HC2) (PHD)2
CG9088-RB (1838): Superfamily (0001120) (0002648)
DNA binding: maybe

(TF, long range)

GO:0003677 GO:0006355 GO:0030528

DBD
FBgn0031779CG9175 / CG9175CG9175CG9175-RA (445): PFAM (WD40)
CG9175-RA (445): Superfamily (0002427)2
CG9175-RB (445): PFAM (WD40)
CG9175-RB (445): Superfamily (0002427)2
DNA binding: NO

GO:0003677 GO:0006357

FBgn0031868CG10354 / CG10354CG10354 RAT1 dhp1CG10354-RA (908): PFAM (XRN_N)
CG10354-RA (908): Superfamily (0000157)3
DNA binding: NO

FBgn0031874 / FBgn0031874 CG13775CG13775-RA (611): PFAM (zf-BED) (hATC)
CG13775-RA (611): Superfamily 
DNA binding: maybe

DBD
FBgn0031894CG4496 / CG4496CG4496CG4496-RA (580): PFAM (zf-C2H2)5
CG4496-RA (580): Superfamily (0003882)2
DNA binding: maybe

DBD
FBgn0031939CG13796 / CG13796CG13796 CG18590CG13796-RC (561): PFAM (SNF)
CG13796-RC (561): Superfamily 
CG13796-RA (561): PFAM (SNF)
CG13796-RA (561): Superfamily 
CG13796-RB (561): PFAM (SNF)
CG13796-RB (561): Superfamily 
DNA binding: NO

GO:0003700 GO:0006355

FBgn0031947CG7154 / CG7154CG7154CG7154-RA (861): PFAM (Bromodomain)
CG7154-RA (861): Superfamily (0002416)
DNA binding: NO

GO:0003677

FBgn0031967snoN / snoNCG7233 snoNCG7233-RA (338): PFAM (Ski_Sno)
CG7233-RA (338): Superfamily (0007867)
DNA binding: maybe

GO:0006357 GO:0030528

FBgn0031977CG7380 / CG7380CG7380 anon-WO0172774.178CG7380-RA (90): PFAM (BAF)
CG7380-RA (90): Superfamily (0001310)
DNA binding: NO

GO:0003677

FBgn0031991CG8506 / CG8506CG8506CG8506-RA (505): PFAM (FYVE)
CG8506-RA (505): Superfamily (0005033)
DNA binding: maybe

FBgn0032016CG7818 / CG7818CG7818CG7818-RA (397): PFAM (MT-A70)
CG7818-RA (397): Superfamily 
DNA binding: NO

GO:0003700

FBgn0032130CG3838 / CG3838CG3838 NEST:bs09e08 anon-WO0118547.445 bs09e08.y1CG3838-RB (435): PFAM (BESS)
CG3838-RB (435): Superfamily 
CG3838-RA (435): PFAM (BESS)
CG3838-RA (435): Superfamily 
DNA binding: maybe

(TF, short range)

GO:0003677

DBD
FBgn0032150CG13123 / CG13123CG13123CG13123-RA (323): PFAM (zf-AD) (zf-C2H2)2
CG13123-RA (323): Superfamily 
DNA binding: maybe

DBD
FBgn0032157CG5899 / CG5899CG5899CG5899-RA (844): PFAM (SNF2_N) (Helicase_C)
CG5899-RA (844): Superfamily (0007069)4
DNA binding: NO

GO:0003677 GO:0006357

FBgn0032202CG18619 / CG18619BcDNA:RH73910 CG18619CG18619-RB (117): PFAM (bZIP_2)
CG18619-RB (117): Superfamily 
CG18619-RA (118): PFAM (bZIP_2)
CG18619-RA (118): Superfamily 
CG18619-RD (94): PFAM (bZIP_2)
CG18619-RD (94): Superfamily 
CG18619-RC (93): PFAM (bZIP_2)
CG18619-RC (93): Superfamily 
DNA binding: maybe

GO:0003677 GO:0006355

DBD
FBgn0032209Hand / HandCG18144 Dhand Hand dHAND dHand handCG18144-RA (174): PFAM (HLH)
CG18144-RA (174): Superfamily (0000366)
DNA binding: maybe

(TF, short range)

GO:0003700 GO:0006357 GO:0045449

DBD
FBgn0032210CYLD / CYLDCG5603 CYLDCG5603-RB (551): PFAM (CAP_GLY)
CG5603-RB (551): Superfamily (0007940)
CG5603-RE (639): PFAM (CAP_GLY)
CG5603-RE (639): Superfamily (0007940)
CG5603-RD (639): PFAM (CAP_GLY)
CG5603-RD (639): Superfamily (0007940)
CG5603-RC (550): PFAM (CAP_GLY)
CG5603-RC (550): Superfamily (0007940)
CG5603-RA (517): PFAM (CAP_GLY)
CG5603-RA (517): Superfamily (0007940)
DNA binding: NO

GO:0003700

FBgn0032223GATAd / GATAdCG5034 GATAd dGATA-D dGATAdCG5034-RA (842): PFAM (zf-AD) (GATA)
CG5034-RA (842): Superfamily (0005212)
DNA binding: maybe

(TF, short range)

GO:0003700 GO:0006355 GO:0016251

DBD
FBgn0032227CG5369 / CG5369CG5369CG5369-RA (281): PFAM (Homeobox)
CG5369-RA (281): Superfamily (0000647)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003700 GO:0006357

DBD
FBgn0032248CG5343 / CG5343CG5343CG5343-RA (199): PFAM (DUF667)
CG5343-RA (199): Superfamily 
DNA binding: NO

GO:0003700 GO:0045449

FBgn0032291CG17118 / CG17118CG17118CG17118-RA (281): PFAM (DUF667)
CG17118-RA (281): Superfamily 
DNA binding: NO

GO:0003700

FBgn0032295CG12299 / CG12299CG12299CG12299-RA (736): PFAM (zf-C2H2)9
CG12299-RA (736): Superfamily (0005594) (0000834) (0005035) (0003882)2 (0005933)
DNA binding: maybe

GO:0006357 GO:0006366 GO:0030528

DBD
FBgn0032321 / FBgn0032321 CG4621CG4621-RA (351): PFAM (YL1)
CG4621-RA (351): Superfamily 
DNA binding: maybe

DBD
FBgn0032388CG6686 / CG6686CG6686CG6686-RA (970): PFAM (SART-1)
CG6686-RA (970): Superfamily 
CG6686-RB (964): PFAM (SART-1)
CG6686-RB (964): Superfamily 
DNA binding: maybe

GO:0006366 GO:0030528

DBD
FBgn0032401CG6792 / CG6792CG6792CG6792-RA (469): PFAM (zf-C2H2)3
CG6792-RA (469): Superfamily (0001007) (0003882)2
DNA binding: maybe

GO:0006357 GO:0006366 GO:0030528

DBD
FBgn0032404CG5317 / CG5317CG5317CG5317-RA (257): PFAM 
CG5317-RA (257): Superfamily (0002769)
DNA binding: NO

GO:0030528

FBgn0032469CG9932 / CG9932CG9932CG9932-RA (2171): PFAM 
CG9932-RA (2171): Superfamily 
DNA binding: maybe

FBgn0032473CG5204 / CG5204CG5204 anon-WO0118547.212CG5204-RA (747): PFAM 
CG5204-RA (747): Superfamily 
DNA binding: maybe

FBgn0032475CG16975 / CG16975CG16975CG16975-RB (1220): PFAM (MBT)4 (SAM_1)
CG16975-RB (1220): Superfamily 
CG16975-RA (868): PFAM (MBT)4 (SAM_1)
CG16975-RA (868): Superfamily (0007398)
DNA binding: NO

GO:0030528 GO:0045449

FBgn0032512CG9305 / CG9305CG9305CG9305-RA (695): PFAM (Myb_DNA-bin)
CG9305-RA (695): Superfamily 
DNA binding: maybe

GO:0003700

FBgn0032517CG7099 / CG7099CG7099CG7099-RA (1906): PFAM 
CG7099-RA (1906): Superfamily 
DNA binding: maybe

GO:0003677 GO:0003700 GO:0003712 GO:0006355 GO:0030528

FBgn0032525CG16954 / CG16954CG16954CG16954-RA (558): PFAM (Cpn60_TCP1)
CG16954-RA (558): Superfamily (0003973) (0003974) (0003631) (0003974) (0003973)
CG16954-RB (558): PFAM (Cpn60_TCP1)
CG16954-RB (558): Superfamily (0003973) (0003974) (0003631) (0003974) (0003973)
DNA binding: NO

GO:0003700 GO:0006355

FBgn0032600CG17912 / CG17912BcDNA:LD27810 CG17912CG17912-RA (357): PFAM 
CG17912-RA (357): Superfamily 
DNA binding: maybe

GO:0003677

FBgn0032634Rpb11 / Rpb11BcDNA:GM15177 CG6840 RPB11 Rpb11CG6840-RA (117): PFAM (RNA_pol_L)
CG6840-RA (117): Superfamily (0006329)
DNA binding: NO

GO:0003677 GO:0006350 GO:0006366 GO:0009299

FBgn0032651Oli / Olig familyCG5545 Doli OliCG5545-RA (232): PFAM (HLH)
CG5545-RA (232): Superfamily (0000366)
DNA binding: maybe

(TF, short range)

GO:0003700 GO:0006357 GO:0045449

DBD
FBgn0032685CG10211 / CG10211CG10211CG10211-RA (1394): PFAM (An_peroxida)2
CG10211-RA (1394): Superfamily (0001430)2 (0005656)
DNA binding: NO

GO:0003677

FBgn0032707CG10348 / CG10348CG10348CG10348-RA (530): PFAM (zf-C2H2)3
CG10348-RA (530): Superfamily (0005594) (0004018) (0000834)
DNA binding: maybe

DBD
FBgn0032730CG10431 / CG10431CG10431 dmCG10431CG10431-RA (716): PFAM (THAP) (zf-AD) (zf-C2H2)2
CG10431-RA (716): Superfamily 
DNA binding: maybe

DBD
FBgn0032741Side / similar to DeadpanCG10446 SideCG10446-RA (507): PFAM (HLH) (Hairy_orang)
CG10446-RA (507): Superfamily (0000355)
DNA binding: maybe

(TF, short range)

GO:0000122 GO:0003677 GO:0006357 GO:0016564 GO:0045449

DBD
FBgn0032763CG17568 / CG17568CG17568CG17568-RA (502): PFAM (zf-AD) (zf-C2H2)4
CG17568-RA (502): Superfamily 
DNA binding: maybe

GO:0006357 GO:0006366 GO:0030528

DBD
FBgn0032813CG10262 / CG10262CG10262CG10262-RA (255): PFAM (PCNA_N) (PCNA_C)
CG10262-RA (255): Superfamily (0000504) (0000505)
DNA binding: NO

GO:0003677

FBgn0032814CG10366 / CG10366CG10366CG10366-RA (578): PFAM (zf-AD) (zf-C2H2)7
CG10366-RA (578): Superfamily (0000834) (0003882)
DNA binding: maybe

GO:0006357 GO:0006366 GO:0030528

DBD
FBgn0032815CG10462 / CG10462BcDNA:SD07008 CG10462CG10462-RA (812): PFAM (zf-C2H2)3
CG10462-RA (812): Superfamily (0005594) (0003882)
DNA binding: maybe

GO:0006357 GO:0006366 GO:0030528

DBD
FBgn0032816CG10447 / CG10447BcDNA:RH50436 CG10447CG10447-RA (156): PFAM (CBFD_NFYB_H)
CG10447-RA (156): Superfamily (0006983)
DNA binding: NO

GO:0003700 GO:0006350 GO:0006357

FBgn0032817CG10631 / CG10631CG10631CG10631-RA (3781): PFAM (zf-C2H2) (THAP)26
CG10631-RA (3781): Superfamily 
DNA binding: maybe

DBD
FBgn0032858CG10949 / CG1094938C.46 CG10949 FBgn0032858CG10949-RA (459): PFAM 
CG10949-RA (459): Superfamily 
DNA binding: maybe

GO:0003677 GO:0006355

FBgn0032904CG9342 / CG9342CG9342CG9342-RA (886): PFAM 
CG9342-RA (886): Superfamily (0007726) (0007629)
DNA binding: maybe

GO:0003677

FBgn0032940Mio / Mlx interactorCG18362 Mio anon-39Da dmondoCG18362-RA (1119): PFAM (HLH)
CG18362-RA (1119): Superfamily (0000367)
CG18362-RB (1119): PFAM (HLH)
CG18362-RB (1119): Superfamily (0000367)
CG18362-RC (1070): PFAM (HLH)
CG18362-RC (1070): Superfamily (0000367)
CG18362-RE (925): PFAM (HLH)
CG18362-RE (925): Superfamily (0000366)
CG18362-RD (836): PFAM (HLH)
CG18362-RD (836): Superfamily (0000366)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003700 GO:0003700 GO:0045449

DBD
FBgn0032978CG15216 / CG15216CG15216CG15216-RA (439): PFAM (zf-MYND)
CG15216-RA (439): Superfamily 
DNA binding: maybe

FBgn0032979CG1832 / CG1832CG1832CG1832-RA (561): PFAM (zf-C2H2)7
CG1832-RA (561): Superfamily (0004844) (0005219) (0003882) (0005933)2
CG1832-RB (566): PFAM (zf-C2H2)7
CG1832-RB (566): Superfamily (0004844) (0005219) (0003882) (0005933)2
DNA binding: maybe

GO:0006357 GO:0006366 GO:0030528

DBD
FBgn0033010CG3136 / CG3136CG3136CG3136-RB (739): PFAM (bZIP_1)
CG3136-RB (739): Superfamily 
CG3136-RA (739): PFAM (bZIP_1)
CG3136-RA (739): Superfamily 
CG3136-RC (741): PFAM (bZIP_1)
CG3136-RC (741): Superfamily 
DNA binding: maybe

GO:0003677 GO:0006355

DBD
FBgn0033015d4 / d4CG2682 d4 dd4CG2682-RC (495): PFAM (PHD)2
CG2682-RC (495): Superfamily (0002927)
CG2682-RA (497): PFAM (PHD)2
CG2682-RA (497): Superfamily (0002927)
DNA binding: maybe

GO:0003700 GO:0006357 GO:0045449

FBgn0033029l(2)NC136 / lethal (2) NC136CG8426 NOT3/5 l(2)NC136CG8426-RA (844): PFAM (Not3) (NOT2_3_5)
CG8426-RA (844): Superfamily 
DNA binding: NO

GO:0006350 GO:0006357 GO:0030528 GO:0030528

FBgn0033155CG1845 / CG1845CG1845CG1845-RA (1430): PFAM (zf-C2H2) (PHD) (Bromodomain) (PWWP)
CG1845-RA (1430): Superfamily (0002927) (0007615) (0006932)
DNA binding: maybe

GO:0003677 GO:0006355 GO:0006366 GO:0006367 GO:0030528

DBD
FBgn0033182CG1621 / CG1621CG1621CG1621-RA (358): PFAM (BESS)
CG1621-RA (358): Superfamily 
DNA binding: maybe

(TF, short range)

GO:0003677

DBD
FBgn0033183CG1620 / CG1620CG1620CG1620-RA (586): PFAM (ELM2) (Myb_DNA-bin)
CG1620-RA (586): Superfamily 
DNA binding: maybe

GO:0003677

FBgn0033185CG1603 / CG1603CG1603CG1603-RA (586): PFAM (zf-C2H2)5
CG1603-RA (586): Superfamily (0005594)
DNA binding: maybe

DBD
FBgn0033186CG1602 / CG1602CG1602CG1602-RA (539): PFAM (zf-C2H2)6
CG1602-RA (539): Superfamily (0003882)2 (0005933)
DNA binding: maybe

GO:0006357 GO:0006366 GO:0030528

DBD
FBgn0033252CG12769 / CG12769CG12769CG12769-RA (706): PFAM (zf-C2H2)3
CG12769-RA (706): Superfamily (0003882) (0004018)
CG12769-RB (702): PFAM (zf-C2H2)3
CG12769-RB (702): Superfamily (0003882) (0004018)
DNA binding: maybe

DBD
FBgn0033288CG11641 / CG11641BcDNA:AT16994 CG11641CG11641-RA (994): PFAM (Pou) (Homeobox)
CG11641-RA (994): Superfamily (0000458) (0005281)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003700 GO:0006357

DBD
FBgn0033310rgr / regularCG14751 CG8643 rgrCG8643-RA (856): PFAM (zf-C2H2)6
CG8643-RA (856): Superfamily (0005594) (0000050) (0004888)
DNA binding: maybe

(TF, short range)

GO:0003700 GO:0006357 GO:0045449

DBD
FBgn0033358CG8216 / CG8216CG8216CG8216-RA (245): PFAM 
CG8216-RA (245): Superfamily 
DNA binding: maybe

GO:0003677

FBgn0033417Camta / Calmodulin-binding transcription activatorCG8809 Camta DmCAMTA camtaCG8809-RA (1504): PFAM (TIG) (IQ)3
CG8809-RA (1504): Superfamily (0004710)2 (0000661) (0004710)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003677 GO:0003700 GO:0045941

FBgn0033424CG1884 / CG1884CG1884 NOT1 anon-EST:Liang-1.29 anon-WO0118547.221 clone 1.29CG1884-RA (2172): PFAM (Not1)
CG1884-RA (2172): Superfamily 
CG1884-RB (2170): PFAM (Not1)
CG1884-RB (2170): Superfamily 
DNA binding: NO

GO:0017163

DBD
FBgn0033449CG1663 / CG1663CG1663CG1663-RA (387): PFAM (zf-C2H2)3
CG1663-RA (387): Superfamily (0003882)
DNA binding: maybe

DBD
FBgn0033458CG18446 / CG18446CG18446CG18446-RA (487): PFAM (zf-C2H2)2
CG18446-RA (487): Superfamily 
DNA binding: maybe

DBD
FBgn0033459CG12744 / CG12744CG12744CG12744-RB (160): PFAM (zf-C2H2)
CG12744-RB (160): Superfamily 
CG12744-RA (160): PFAM (zf-C2H2)
CG12744-RA (160): Superfamily 
DNA binding: maybe

DBD
FBgn0033491CG18011 / CG18011CG17847 CG18011CG18011-RA (985): PFAM (zf-C2H2)4
CG18011-RA (985): Superfamily 
DNA binding: maybe

DBD
FBgn0033528translin / translinCG11761 translinCG11761-RA (235): PFAM (Translin)
CG11761-RA (235): Superfamily (0007676)
DNA binding: NO

GO:0003677

FBgn0033569CG12942 / CG12942CG12942CG12942-RA (686): PFAM (zf-AD) (zf-C2H2)4
CG12942-RA (686): Superfamily 
DNA binding: maybe

GO:0006357 GO:0006366 GO:0030528

DBD
FBgn0033581CG12391 / CG12391CG12391 anon-WO0140519.201CG12391-RA (587): PFAM (zf-AD) (zf-C2H2)4
CG12391-RA (587): Superfamily 
DNA binding: maybe

DBD
FBgn0033627CG13204 / CG13204CG13204CG13204-RA (605): PFAM (BESS)
CG13204-RA (605): Superfamily 
CG13204-RB (504): PFAM (BESS)
CG13204-RB (504): Superfamily 
DNA binding: maybe

(TF, short range)

GO:0003677

DBD
FBgn0033661CG13185 / CG13185CG13185 CG18329CG13185-RA (5303): PFAM (AAA_5)2 (AAA_3)
CG13185-RA (5303): Superfamily (0005819) (0001561)3 (0005819) (0001561) (0005819)
DNA binding: NO

GO:0003700 GO:0006355 GO:0019237

FBgn0033744CG12370 / CG12370CG12370 anon-WO0170980.103 anon-WO0170980.104CG12370-RA (388): PFAM (HRM) (7tm_2)
CG12370-RA (388): Superfamily (0002667)
CG12370-RB (350): PFAM (HRM) (7tm_2)
CG12370-RB (350): Superfamily (0002667)
DNA binding: maybe

FBgn0033748vis / vismayCG8821 vis zaaCG8821-RB (524): PFAM (Homeobox)
CG8821-RB (524): Superfamily (0000648)
CG8821-RA (424): PFAM (Homeobox)
CG8821-RA (424): Superfamily (0000648)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003700 GO:0003714 GO:0006357

DBD
FBgn0033749achi / achintyaCG8819 achi zaaCG8819-RC (555): PFAM (Homeobox)
CG8819-RC (555): Superfamily (0000648)
CG8819-RA (426): PFAM (Homeobox)
CG8819-RA (426): Superfamily (0000648)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003700 GO:0003714 GO:0006357 GO:0045449

DBD
FBgn0033782sug / sugarbabeCG3850 sugCG3850-RA (384): PFAM (zf-C2H2)4
CG3850-RA (384): Superfamily (0005217) (0005218) (0003882) (0005933)
DNA binding: maybe

(TF, short range)

GO:0006357 GO:0006366 GO:0030528

DBD
FBgn0033846mip120 / Myb-interacting protein 120CG6061 Mip120 l(3)L4569 mip120 p120CG6061-RA (950): PFAM (CXC)2
CG6061-RA (950): Superfamily 
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0000122 GO:0000122 GO:0003677 GO:0006357 GO:0006366 GO:0030528

FlyReg
FBgn0033859CG6197 / CG6197CG6197CG6197-RA (883): PFAM 
CG6197-RA (883): Superfamily (0001626) (0002363) (0001626) (0002363) (0001626)2 (0002363)
DNA binding: NO

GO:0003684 GO:0006366 GO:0030528

FBgn0033889CG6701 / CG6701CG6701 EP(2)2054 EP2054CG6701-RA (1251): PFAM 
CG6701-RA (1251): Superfamily (0005685)2
DNA binding: maybe

FBgn0033934CG17385 / CG17385CG17385CG17385-RA (278): PFAM (zf-C2H2)5
CG17385-RA (278): Superfamily (0000834) (0003882)2
DNA binding: maybe

GO:0006357 GO:0006366 GO:0030528

DBD
FBgn0033939CG17390 / CG17390CG17390CG17390-RA (1290): PFAM (zf-C2H2)6
CG17390-RA (1290): Superfamily (0003882) (0005933)
DNA binding: maybe

DBD
FBgn0033971 / FBgn0033971 CG10209CG10209-RA (501): PFAM (BESS)
CG10209-RA (501): Superfamily 
DNA binding: maybe

DBD
FBgn0033993CG8089 / CG8089CG8089CG8089-RA (624): PFAM (zf-C2H2)3
CG8089-RA (624): Superfamily 
DNA binding: maybe

DBD
FBgn0033998CG8092 / CG8092CG8092 anon-WO0118547.194CG8092-RA (1281): PFAM 
CG8092-RA (1281): Superfamily 
CG8092-RB (602): PFAM 
CG8092-RB (602): Superfamily 
DNA binding: maybe

GO:0003677 GO:0006355

FBgn0034012CG16801 / CG16801CG16801 NR2E3 PNRCG16801-RA (532): PFAM (zf-C4) (Hormone_rec)
CG16801-RA (532): Superfamily (0005367)
CG16801-RB (744): PFAM (zf-C4) (Hormone_rec)
CG16801-RB (744): Superfamily (0003386) (0005367) (0003386) (0005367)
DNA binding: maybe

(TF, short range)

GO:0003700 GO:0006357

DBD
FBgn0034062CG8388 / CG8388CG8388CG8388-RA (572): PFAM (zf-AD) (AT_hook) (zf-C2H2)7
CG8388-RA (572): Superfamily 
DNA binding: maybe

GO:0003677 GO:0006357 GO:0006366 GO:0030528

DBD
FBgn0034065Rrp42 / Rrp42CG8395 Rrp42 anon-EST:Posey140 anon-EST:Posey187 dRrp42CG8395-RA (296): PFAM (RNase_PH) (RNase_PH_C)
CG8395-RA (296): Superfamily (0002082)
DNA binding: NO

FBgn0034096CG7786 / CG7786CG7786CG7786-RA (192): PFAM (bZIP_2)
CG7786-RA (192): Superfamily 
DNA binding: maybe

GO:0003700 GO:0006350 GO:0006355

DBD
FBgn0034114CG4282 / CG4282CG4282CG4282-RA (652): PFAM (zf-AD) (zf-C2H2)3
CG4282-RA (652): Superfamily 
DNA binding: maybe

GO:0003677 GO:0006357 GO:0006366 GO:0030528

DBD
FBgn0034120CG15710 / CG15710CG15710CG15710-RA (265): PFAM (zf-C2H2)2
CG15710-RA (265): Superfamily 
DNA binding: maybe

DBD
FBgn0034217 / FBgn0034217 CG18468CG18468-RA (334): PFAM (BESS)
CG18468-RA (334): Superfamily 
DNA binding: maybe

DBD
FBgn0034240MESR4 / Misexpression suppressor of ras 4CG4903 EP0386 MESR4CG4903-RA (2171): PFAM (zf-C2H2)2 (PHD)
CG4903-RA (2171): Superfamily 
DNA binding: maybe

GO:0003677 GO:0006355

DBD
FBgn0034379CG15073 / CG15073CG15073CG15073-RA (580): PFAM (zf-AD) (zf-C2H2)5
CG15073-RA (580): Superfamily (0000834)
DNA binding: maybe

GO:0006357 GO:0006366 GO:0030528

DBD
FBgn0034425CG11906 / CG1190611906 CG11906CG11906-RA (634): PFAM (zf-C2H2)
CG11906-RA (634): Superfamily 
DNA binding: maybe

DBD
FBgn0034431CG7417 / CG74177417 CG7417 ORF1CG7417-RA (831): PFAM (CUE)
CG7417-RA (831): Superfamily 
DNA binding: NO

GO:0003700 GO:0045449

FBgn0034520CG13424 / CG13424CG13424CG13424-RA (411): PFAM (Homeobox)
CG13424-RA (411): Superfamily (0000647)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003700 GO:0006355

DBD
FBgn0034534maf-S / CG9954 anon-EST:Posey173 maf-SCG9954-RA (132): PFAM (bZIP_Maf)
CG9954-RA (132): Superfamily (0004651)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003700 GO:0006350 GO:0006357

DBD
FBgn0034570CG10543 / CG10543CG10543CG10543-RA (1634): PFAM (zf-C2H2)5
CG10543-RA (1634): Superfamily 
CG10543-RB (889): PFAM (zf-C2H2)4
CG10543-RB (889): Superfamily (0003882)
CG10543-RC (1024): PFAM (zf-C2H2)5
CG10543-RC (1024): Superfamily (0003882)
DNA binding: maybe

GO:0006357 GO:0006366 GO:0030528

DBD
FBgn0034599CG9437 / CG9437CG9437CG9437-RA (315): PFAM (BESS)
CG9437-RA (315): Superfamily 
DNA binding: maybe

(TF, short range)

GO:0003677

DBD
FBgn0034643CG10321 / CG10321CG10321CG10321-RA (835): PFAM (zf-AD) (zf-C2H2)3
CG10321-RA (835): Superfamily 
DNA binding: maybe

DBD
FBgn0034650NC2&agr; / NC2&agr;CG10318 Drap1 NC2&agr; NC2alpha dDrap dDrap1 dDrap1/dNC2a dNC2CG10318-RA (341): PFAM (CBFD_NFYB_H)
CG10318-RA (341): Superfamily (0002649)
CG10318-RB (321): PFAM (CBFD_NFYB_H)
CG10318-RB (321): Superfamily (0006523)
DNA binding: maybe

(TF, short range)

GO:0003677 GO:0016565 GO:0016565 GO:0017055

FBgn0034667comr / cookie monsterCG13493 Z2-1340 comrCG13493-RA (600): PFAM 
CG13493-RA (600): Superfamily (0003351)
DNA binding: maybe

(TF, short range)

GO:0016563 GO:0045944

DBD
FBgn0034795MED23 / Mediator complex subunit 23CG3695 Gal11/SUR2 MED23 Trap150&bgr; dSUR2 dTRAP150&bgr;CG3695-RA (1439): PFAM 
CG3695-RA (1439): Superfamily 
DNA binding: NO

GO:0006357 GO:0006366 GO:0006367 GO:0016455 GO:0016455

FBgn0034810CG9895 / CG9895CG9895CG9895-RA (410): PFAM (zf-C2H2)3
CG9895-RA (410): Superfamily (0004846) (0000834) (0005933)
DNA binding: maybe

GO:0003700 GO:0006357 GO:0045449

DBD
FBgn0034814CG9890 / CG9890CG9890 anon-EST:Posey169 ld46465CG9890-RA (452): PFAM (zf-C2H2)
CG9890-RA (452): Superfamily 
DNA binding: maybe

DBD
FBgn0034821CG9876 / CG9876CG9876CG9876-RA (275): PFAM (Homeobox)
CG9876-RA (275): Superfamily (0000647)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003700 GO:0006357

DBD
FBgn0034878pita / CG3941 pitaCG3941-RA (683): PFAM (zf-AD) (zf-C2H2)8
CG3941-RA (683): Superfamily (0005623) (0000051) (0000834) (0003882)
CG3941-RB (623): PFAM (zf-AD) (zf-C2H2)8
CG3941-RB (623): Superfamily (0003882) (0000834) (0003882)
DNA binding: maybe

GO:0006357 GO:0006366 GO:0030528

DBD
FBgn0034926CG5591 / CG5591CG5591CG5591-RA (1482): PFAM (PHD)4
CG5591-RA (1482): Superfamily (0002927) (0004728) (0002648) (0002927)2
DNA binding: maybe

GO:0003677 GO:0006357 GO:0030528 GO:0030528

FBgn0034946CG3065 / CG3065CG3065CG3065-RB (400): PFAM (zf-C2H2)5
CG3065-RB (400): Superfamily (0004846) (0000834) (0005933) (0003882)
CG3065-RA (400): PFAM (zf-C2H2)5
CG3065-RA (400): Superfamily (0004846) (0000834) (0005933) (0003882)
CG3065-RC (378): PFAM (zf-C2H2)5
CG3065-RC (378): Superfamily (0004846) (0000834) (0005933) (0003882)
DNA binding: maybe

GO:0006357 GO:0006366 GO:0030528

DBD
FBgn0034975enok / enoki mushroomCG11290 S1 anon-60Ba anon-WO0200864.1 anon-WO0200864.2 dmHAG406 enok rotCG11290-RA (2291): PFAM (PHD) (MOZ_SAS)
CG11290-RA (2291): Superfamily (0003206) (0002927) (0003036)
DNA binding: NO

GO:0003677 GO:0006357 GO:0030528

FBgn0034976CG4049 / CG4049BEST:LD04705 CG4049CG4049-RA (1669): PFAM (SNF2_N) (Helicase_C)
CG4049-RA (1669): Superfamily (0003417)2
DNA binding: NO

GO:0003677 GO:0006357

FBgn0035024CG11414 / CG11414CG11414CG11414-RA (867): PFAM (zf-C2H2)
CG11414-RA (867): Superfamily (0007197)
DNA binding: maybe

DBD
FBgn0035036CG4707 / CG4707CG4707CG4707-RA (673): PFAM (zf-AD) (zf-C2H2)8
CG4707-RA (673): Superfamily (0000051)
DNA binding: maybe

GO:0006357 GO:0006366 GO:0030528

DBD
FBgn0035106rno / rhinocerosCG7036 rnoCG7036-RA (3201): PFAM 
CG7036-RA (3201): Superfamily (0002927)
CG7036-RB (3241): PFAM 
CG7036-RB (3241): Superfamily (0002927)
DNA binding: NO

GO:0003677 GO:0006355 GO:0006367 GO:0030528

FBgn0035136CG6905 / CG6905CG6905CG6905-RA (814): PFAM (Myb_DNA-bin)2
CG6905-RA (814): Superfamily (0007530) (0000118)
DNA binding: NO

GO:0003677 GO:0006357 GO:0030528

FBgn0035137CG1233 / CG1233CG1233CG1233-RB (1129): PFAM (zf-C2H2)5
CG1233-RB (1129): Superfamily 
CG1233-RA (941): PFAM (zf-C2H2)5
CG1233-RA (941): Superfamily 
DNA binding: maybe

DBD
FBgn0035144CG17181 / CG17181CG17181CG17181-RA (442): PFAM (zf-C2H2)4
CG17181-RA (442): Superfamily (0003882)2
DNA binding: maybe

GO:0006357 GO:0006366 GO:0030528

DBD
FBgn0035153CG3371 / CG3371CG3371 EP3592CG3371-RA (581): PFAM (CENP-B_N)
CG3371-RA (581): Superfamily (0007307)
DNA binding: NO

GO:0003677

FBgn0035158CG13895 / CG13895CG13895CG13895-RA (499): PFAM (CENP-B_N)
CG13895-RA (499): Superfamily (0007307)2
DNA binding: NO

GO:0003677

FBgn0035160CG13897 / CG13897CG13897 anon-WO0118547.557CG13897-RA (333): PFAM (BESS)
CG13897-RA (333): Superfamily 
DNA binding: maybe

(TF, short range)

GO:0003677

DBD
FBgn0035202CG9139 / CG9139CG9139CG9139-RA (696): PFAM (zf-A20) (VPS9)
CG9139-RA (696): Superfamily 
DNA binding: maybe

GO:0003677

DBD
FBgn0035213CG2199 / CG2199CG2199CG2199-RB (733): PFAM (zf-C2H2)2
CG2199-RB (733): Superfamily 
CG2199-RA (724): PFAM (zf-C2H2)2
CG2199-RA (724): Superfamily 
DNA binding: maybe

DBD
FBgn0035292CG12361 / CG12361CG12361CG12361-RA (553): PFAM (Homeobox)
CG12361-RA (553): Superfamily (0005281)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003700 GO:0006355 GO:0006357

DBD
FBgn0035357CG1244 / CG1244CG1244 anon-EST:Liang-1.37 anon-WO0118547.584 clone 1.37CG1244-RE (1152): PFAM 
CG1244-RE (1152): Superfamily 
CG1244-RF (1152): PFAM 
CG1244-RF (1152): Superfamily 
CG1244-RA (1152): PFAM 
CG1244-RA (1152): Superfamily 
CG1244-RD (1152): PFAM 
CG1244-RD (1152): Superfamily 
CG1244-RC (1152): PFAM 
CG1244-RC (1152): Superfamily 
CG1244-RB (1152): PFAM 
CG1244-RB (1152): Superfamily 
DNA binding: maybe

FBgn0035405pfk / piefkeCG15812 pfkCG15812-RA (518): PFAM (BTB) (HTH_psq)2
CG15812-RA (518): Superfamily (0001007)
CG15812-RB (512): PFAM (BTB) (HTH_psq)2
CG15812-RB (512): Superfamily (0001007)
DNA binding: maybe

(TF, short range)

GO:0003677

DBD
FBgn0035407CG14962 / CG14962CG14962CG14962-RA (388): PFAM 
CG14962-RA (388): Superfamily 
DNA binding: maybe

FBgn0035454CG12029 / CG12029CG12029CG12029-RA (109): PFAM (zf-C2H2)3
CG12029-RA (109): Superfamily (0003882) (0005933)
DNA binding: maybe

DBD
FBgn0035481CG12605 / CG12605CG12605 anon-WO0140519.93CG12605-RC (474): PFAM (Atrophin-1) (zf-C2H2)5
CG12605-RC (474): Superfamily (0003882)
CG12605-RB (619): PFAM (Atrophin-1) (zf-C2H2)5
CG12605-RB (619): Superfamily (0000051)
CG12605-RA (619): PFAM (Atrophin-1) (zf-C2H2)5
CG12605-RA (619): Superfamily (0000051)
DNA binding: maybe

GO:0006357 GO:0006366 GO:0030528

DBD
FBgn0035518CG15011 / CG15011CG15011CG15011-RA (840): PFAM (zf-NF-X1)7
CG15011-RA (840): Superfamily 
DNA binding: maybe

GO:0003700 GO:0006357

DBD
FBgn0035625 / FBgn0035625 Blimp-1 CG5249CG5249-RA (1203): PFAM (zf-C2H2)5
CG5249-RA (1203): Superfamily (0000051)2 (0005594)
DNA binding: maybe

DBD
FBgn0035626lin-28 / lin-28BcDNA:RE05342 CG17334 EP(3)0915 lin-28CG17334-RA (195): PFAM (CSD) (zf-CCHC)
CG17334-RA (195): Superfamily (0003809) (0000214)
DNA binding: NO

GO:0003677 GO:0006355

DBD
FBgn0035630CG10576 / CG10576BEST:CK00496 CG10576CG10576-RA (391): PFAM (Peptidase_M)
CG10576-RA (391): Superfamily (0000637) (0004958) (0000637)
CG10576-RB (207): PFAM (Peptidase_M)
CG10576-RB (207): Superfamily (0000637) (0004958) (0000637)
DNA binding: NO

GO:0030528

FBgn0035643CG13287 / CG13287CG13287CG13287-RA (461): PFAM (zf-C2H2)2
CG13287-RA (461): Superfamily 
DNA binding: maybe

DBD
FBgn0035687CG13296 / CG13296CG13296CG13296-RA (465): PFAM (zf-C2H2)4
CG13296-RA (465): Superfamily (0003882)
DNA binding: maybe

DBD
FBgn0035690CG10274 / CG10274CG10274CG10274-RA (514): PFAM (zf-C2H2)6
CG10274-RA (514): Superfamily (0003882)2 (0005933) (0003882)
DNA binding: maybe

GO:0006357 GO:0006366 GO:0030528

DBD
FBgn0035691CG7386 / CG7386CG7386CG7386-RA (662): PFAM (zf-AD) (zf-C2H2)8
CG7386-RA (662): Superfamily (0000834) (0003882)2
DNA binding: maybe

GO:0006357 GO:0006366 GO:0030528

DBD
FBgn0035702CG10147 / CG10147CG10147CG10147-RA (448): PFAM (zf-AD) (zf-C2H2)8
CG10147-RA (448): Superfamily (0003882)
DNA binding: maybe

GO:0006357 GO:0006366 GO:0030528

DBD
FBgn0035769CTCF / CTCFCG8591 CTCF dCTCFCG8591-RA (818): PFAM (zf-C2H2)9
CG8591-RA (818): Superfamily (0000834) (0003882)
DNA binding: YES

(TF, long range)

GO:0003700 GO:0006357

DBD
FBgn0035849ERR / estrogen-related receptorCG7404 ERR dERRCG7404-RA (484): PFAM (zf-C4) (Hormone_rec)
CG7404-RA (484): Superfamily (0005367)2
CG7404-RB (496): PFAM (zf-C4) (Hormone_rec)
CG7404-RB (496): Superfamily (0005367)2
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003677 GO:0003700 GO:0006355 GO:0006366 GO:0030528

DBD
FBgn0035889mkg-p / monkey king proteinCG7163 mkg mkg-pCG7163-RB (659): PFAM (NTP_transf_)
CG7163-RB (659): Superfamily (0002633)
CG7163-RA (659): PFAM (NTP_transf_)
CG7163-RA (659): Superfamily (0002633)
DNA binding: NO

FBgn0035895CG7015 / CG7015CG7015CG7015-RA (1039): PFAM (CSD)5
CG7015-RA (1039): Superfamily (0007303)5
DNA binding: maybe

GO:0003677 GO:0006355

DBD
FBgn0035903CG6765 / CG6765CG6765CG6765-RA (681): PFAM (BTB) (zf-C2H2)
CG6765-RA (681): Superfamily (0001007)
DNA binding: maybe

DBD
FBgn0035954Doc3 / Dorsocross3CG5093 Dm-DOC3 Doc3CG5093-RA (424): PFAM (T-box)
CG5093-RA (424): Superfamily (0007559)
DNA binding: maybe

(TF, short range)

GO:0003700 GO:0006357

DBD
FBgn0035956Doc2 / Dorsocross2CG5187 Dm-DOC2 Doc2CG5187-RA (469): PFAM (T-box)
CG5187-RA (469): Superfamily (0004955)
CG5187-RB (469): PFAM (T-box)
CG5187-RB (469): Superfamily (0004955)
DNA binding: maybe

(TF, short range)

GO:0003700 GO:0006357 GO:0045449

DBD
FBgn0035976PGRP-LC / Peptidoglycan recognition protein LCCG4432 PGRP-LC PGRP-LCx ird7 totCG4432-RC (511): PFAM (Amidase_2)
CG4432-RC (511): Superfamily (0003676)
CG4432-RB (520): PFAM (Amidase_2)
CG4432-RB (520): Superfamily (0003676)
CG4432-RA (500): PFAM (Amidase_2)
CG4432-RA (500): Superfamily (0003676)
DNA binding: NO

GO:0003700 GO:0006355

FBgn0035993CG3891 / CG3891CG3891CG3891-RA (399): PFAM (CBFB_NFYA)
CG3891-RA (399): Superfamily 
DNA binding: maybe

(TF, short range)

GO:0003700 GO:0006357

DBD
FBgn0035997phol / pleiohomeotic likeCG3445 pholCG3445-RA (669): PFAM (zf-C2H2)4
CG3445-RA (669): Superfamily (0004843)
DNA binding: YES

(TF, long range)

GO:0003677 GO:0006357 GO:0030528

DBD
FBgn0036004CG3654 / CG3654CG3654CG3654-RD (2351): PFAM (JmjN) (JmjC)
CG3654-RD (2351): Superfamily 
DNA binding: maybe

GO:0003677 GO:0006357 GO:0030528

FBgn0036124CG7839 / CG7839CG7839 anon-EST:fe2H6CG7839-RA (1174): PFAM (CBF)
CG7839-RA (1174): Superfamily 
DNA binding: maybe

GO:0003700 GO:0006357 GO:0045449

FBgn0036126CG6272 / CG6272BcDNA:GH10915 CG6272CG6272-RA (113): PFAM (bZIP_2)
CG6272-RA (113): Superfamily 
DNA binding: maybe

GO:0003677 GO:0006355

DBD
FBgn0036134Mnf / MnfCG11799 DmLD16137 DmMNF MNF MnfCG11799-RA (740): PFAM (FHA) (Fork_head)
CG11799-RA (740): Superfamily (0007997) (0001605)
CG11799-RB (740): PFAM (FHA) (Fork_head)
CG11799-RB (740): Superfamily (0007997) (0001605)
CG11799-RE (699): PFAM (FHA) (Fork_head)
CG11799-RE (699): Superfamily (0007997) (0001605)
CG11799-RD (740): PFAM (FHA) (Fork_head)
CG11799-RD (740): Superfamily (0007997) (0001605)
CG11799-RC (740): PFAM (FHA) (Fork_head)
CG11799-RC (740): Superfamily (0007997) (0001605)
DNA binding: maybe

(TF, short range)

GO:0003700 GO:0003700 GO:0006357

DBD
FBgn0036179CG7368 / CG7368CG7368CG7368-RA (530): PFAM (zf-C2H2)3
CG7368-RA (530): Superfamily (0005068) (0000050)
DNA binding: maybe

DBD
FBgn0036239CG5684 / CG5684CAF1 CG5684CG5684-RC (293): PFAM (CAF1)
CG5684-RC (293): Superfamily 
CG5684-RB (293): PFAM (CAF1)
CG5684-RB (293): Superfamily 
CG5684-RA (297): PFAM (CAF1)
CG5684-RA (297): Superfamily 
DNA binding: NO

GO:0006357 GO:0016251 GO:0016481 GO:0016564

FBgn0036274CG4328 / CG4328CG4328CG4328-RA (530): PFAM (LIM)2 (Homeobox)
CG4328-RA (530): Superfamily (0000681) (0000647)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003700 GO:0006357

DBD
FBgn0036285toe / twin of eygCG10704 anon-WO0172774.89 toeCG10704-RA (640): PFAM (PAX) (Homeobox)
CG10704-RA (640): Superfamily (0007306) (0000647)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003700 GO:0003700 GO:0005667 GO:0006357 GO:0045449

DBD
FBgn0036294CG10654 / CG10654CG10654CG10654-RA (386): PFAM (zf-AD) (zf-C2H2)5
CG10654-RA (386): Superfamily 
DNA binding: maybe

DBD
FBgn0036331CG14117 / CG14117BcDNA:RE44251 CG14117CG14117-RA (222): PFAM 
CG14117-RA (222): Superfamily 
DNA binding: maybe

FBgn0036395CG17361 / CG17361CG17361CG17361-RA (210): PFAM (zf-AD) (zf-C2H2)
CG17361-RA (210): Superfamily (0004844)
DNA binding: maybe

DBD
FBgn0036396CG17359 / CG17359CG17359CG17359-RA (339): PFAM (zf-AD) (zf-C2H2)4
CG17359-RA (339): Superfamily (0003882)2
DNA binding: maybe

GO:0006357 GO:0006366 GO:0030528

DBD
FBgn0036411Sox21a / Sox21aCG7345 SOXB2.3 Sox B2-3 Sox21a SoxB2.3CG7345-RA (388): PFAM (HMG_box)
CG7345-RA (388): Superfamily (0005279)
DNA binding: maybe

GO:0003700 GO:0006357 GO:0045449

FBgn0036423CG3919 / CG3919CG3919CG3919-RA (392): PFAM (BESS)
CG3919-RA (392): Superfamily 
DNA binding: maybe

GO:0003677

DBD
FBgn0036436CG4914 / CG4914CG4914 SP39CG4914-RA (374): PFAM (Trypsin)
CG4914-RA (374): Superfamily (0005659)
DNA binding: NO

GO:0003677 GO:0003700 GO:0006355

FBgn0036451CG9425 / CG9425CG9425CG9425-RB (2103): PFAM 
CG9425-RB (2103): Superfamily (0006416) (0005685)2 (0006416)
CG9425-RA (2061): PFAM 
CG9425-RA (2061): Superfamily (0006416) (0005685)2 (0006416)
DNA binding: NO

FBgn0036478CG6854 / CG6854CG6854 anon-WO0172774.90 anon-WO0172774.92CG6854-RB (623): PFAM (CTP_synth_N) (GATase)
CG6854-RB (623): Superfamily (0006278)2 (0000208) (0006278) (0000208)
CG6854-RA (429): PFAM (BESS)
CG6854-RA (429): Superfamily 
CG6854-RC (627): PFAM (CTP_synth_N) (GATase)
CG6854-RC (627): Superfamily (0002621) (0000208) (0002621) (0000208)
DNA binding: maybe

(TF, short range)

GO:0003700

DBD
FBgn0036513Tfb2 / Tfb2CG7764 TFB2 Tfb2 anon-WO0118547.648CG7764-RA (499): PFAM (Tfb2)
CG7764-RA (499): Superfamily 
DNA binding: NO

GO:0003700 GO:0005675 GO:0006355 GO:0006367 GO:0016251

FBgn0036522CG7372 / CG7372CG7372CG7372-RA (971): PFAM (zf-C2H2)7
CG7372-RA (971): Superfamily (0005623)2 (0005594)
DNA binding: maybe

GO:0006357 GO:0006366 GO:0030528

DBD
FBgn0036538CG15715 / CG15715BcDNA:RE26825 CG15715CG15715-RA (77): PFAM 
CG15715-RA (77): Superfamily 
DNA binding: maybe

FBgn0036661CG9705 / CG9705CG9705CG9705-RB (143): PFAM (CSD)
CG9705-RB (143): Superfamily (0007303)
CG9705-RA (143): PFAM (CSD)
CG9705-RA (143): Superfamily (0007303)
DNA binding: maybe

GO:0003677 GO:0006355

DBD
FBgn0036672Lmpt / LimpetBcDNA:RE37250 CG11914 CG11916 CG32171 CG9959 LmptCG32171-RA (245): PFAM (LIM)3
CG32171-RA (245): Superfamily (0000681)2
CG32171-RH (558): PFAM (PET) (LIM)6
CG32171-RH (558): Superfamily (0000681)2 (0001471) (0000681)2
CG32171-RE (245): PFAM (LIM)3
CG32171-RE (245): Superfamily (0000681)2
CG32171-RB (559): PFAM (PET) (LIM)6
CG32171-RB (559): Superfamily (0000681)2 (0001471) (0000681)2
CG32171-RG (559): PFAM (PET) (LIM)6
CG32171-RG (559): Superfamily (0000681)2 (0001471) (0000681)2
CG32171-RC (339): PFAM (LIM)5
CG32171-RC (339): Superfamily (0000681) (0001471) (0000681)2
CG32171-RF (286): PFAM (LIM)5
CG32171-RF (286): Superfamily (0000681) (0001471) (0000681)2
CG32171-RD (558): PFAM (PET) (LIM)6
CG32171-RD (558): Superfamily (0000681)2 (0001471) (0000681)2
DNA binding: maybe

(TF, short range)

GO:0003700

FBgn0036725CG18265 / CG18265CG18265CG18265-RA (1322): PFAM (zf-C2H2)
CG18265-RA (1322): Superfamily 
DNA binding: maybe

DBD
FBgn0036791CG7271 / CG7271CG7271CG7271-RA (427): PFAM 
CG7271-RA (427): Superfamily 
DNA binding: maybe

FBgn0036900CG8765 / CG8765CG8765CG8765-RA (690): PFAM 
CG8765-RA (690): Superfamily 
CG8765-RB (600): PFAM 
CG8765-RB (600): Superfamily 
DNA binding: maybe

GO:0003677

FBgn0037031CG11456 / CG11456CG11456CG11456-RA (445): PFAM (zf-C2H2)4
CG11456-RA (445): Superfamily (0003882)
DNA binding: maybe

DBD
FBgn0037051CG10565 / CG10565CG10565CG10565-RA (646): PFAM 
CG10565-RA (646): Superfamily (0007162) (0000119)
DNA binding: maybe

GO:0003677

FBgn0037066Z4 / Z4CG7752 Z4 p160CG7752-RA (996): PFAM (zf-C2H2)3
CG7752-RA (996): Superfamily 
DNA binding: maybe

GO:0003677

DBD
FBgn0037085Neu2 / Neu2CG7204 Neu2CG7204-RA (382): PFAM (zf-AD) (zf-C2H2)6
CG7204-RA (382): Superfamily (0003882)2 (0000834) (0003882)
DNA binding: maybe

GO:0006357 GO:0006366 GO:0030528

DBD
FBgn0037120CG11247 / CG11247CG11247CG11247-RB (522): PFAM (zf-C2H2)9
CG11247-RB (522): Superfamily (0003882)3
CG11247-RA (522): PFAM (zf-C2H2)9
CG11247-RA (522): Superfamily (0003882)3
DNA binding: maybe

GO:0006357 GO:0006366 GO:0030528

DBD
FBgn0037183CG14451 / CG14451CG14451CG14451-RA (264): PFAM 
CG14451-RA (264): Superfamily 
DNA binding: maybe

FBgn0037202Ssl1 / Ssl1CG11115 SSL1 Ssl1CG11115-RA (438): PFAM (Ssl1)
CG11115-RA (438): Superfamily (0002106)
DNA binding: NO

GO:0003700 GO:0005675 GO:0006367 GO:0016251 GO:0045449

FBgn0037262MED31 / Mediator complex subunit 31BcDNA:GM28912 CG1057 MED31 Trap18 dSOH1 dTRAP18 p36CG1057-RA (204): PFAM (SOH1)
CG1057-RA (204): Superfamily 
CG1057-RB (204): PFAM (SOH1)
CG1057-RB (204): Superfamily 
DNA binding: NO

GO:0003702 GO:0006367 GO:0006367 GO:0016455 GO:0045449

DBD
FBgn0037275CG14655 / CG14655CG14655CG14655-RA (525): PFAM (zf-C2H2)5
CG14655-RA (525): Superfamily (0003882)2
DNA binding: maybe

GO:0006357 GO:0006366 GO:0030528

DBD
FBgn0037301Mms19 / Mms19CG12005 Mms19 NEST:bs07f08 dMMS19CG12005-RB (959): PFAM 
CG12005-RB (959): Superfamily (0004276) (0000609)3 (0004276) (0000609)2 (0004276)
DNA binding: NO

GO:0003712 GO:0006357

FBgn0037317CG14667 / CG14667CG14667CG14667-RA (258): PFAM (zf-AD) (zf-C2H2)
CG14667-RA (258): Superfamily 
CG14667-RB (337): PFAM (zf-AD) (zf-C2H2)2
CG14667-RB (337): Superfamily (0004888)
DNA binding: maybe

DBD
FBgn0037359MED27 / Mediator complex subunit 27CG1245 CRSP34 MED27 Trap37 dCRSP34 dTRAP37CG1245-RA (293): PFAM 
CG1245-RA (293): Superfamily 
DNA binding: NO

GO:0003712 GO:0006357 GO:0006366 GO:0006367 GO:0016455 GO:0016455

FBgn0037379CG10979 / CG10979CG10979CG10979-RA (959): PFAM (zf-C2H2)3
CG10979-RA (959): Superfamily 
DNA binding: maybe

DBD
FBgn0037436CG10296 / CG10296CG10296 FAX-1 NR2E5CG10296-RA (278): PFAM (zf-C4)
CG10296-RA (278): Superfamily (0005320) (0005367)
DNA binding: maybe

(TF, short range)

GO:0003677 GO:0003700 GO:0006357 GO:0030528

DBD
FBgn0037445CG9727 / CG9727CG9727CG9727-RA (1280): PFAM (RFX_DNA_bin)
CG9727-RA (1280): Superfamily (0001882)
DNA binding: maybe

GO:0003677 GO:0006355

DBD
FBgn0037446CG10267 / CG10267CG10267 anon-WO0118547.391CG10267-RA (388): PFAM (zf-AD) (zf-C2H2)3
CG10267-RA (388): Superfamily (0003882)
DNA binding: maybe

GO:0006357 GO:0006366 GO:0030528

DBD
FBgn0037466CG1965 / CG1965CG1965CG1965-RA (905): PFAM (GCFC)
CG1965-RA (905): Superfamily 
DNA binding: NO

GO:0003677 GO:0006357 GO:0030528

FBgn0037471Alh / AlhambraAF10 Alh CG1070 Dalf anon-WO0118547.226 l(3)j13A6 l(3)j8C8CG1070-RA (1376): PFAM 
CG1070-RA (1376): Superfamily (0002927)
CG1070-RB (824): PFAM 
CG1070-RB (824): Superfamily 
CG1070-RC (976): PFAM 
CG1070-RC (976): Superfamily 
CG1070-RD (1323): PFAM 
CG1070-RD (1323): Superfamily (0002927)
DNA binding: maybe

(TF, long range)

GO:0003677 GO:0003700 GO:0003700 GO:0006355 GO:0006367

FBgn0037475Fer1 / 48 related 1BcDNA:RH30329 CG10066 CG14611 CG33323 Fer1CG33323-RA (251): PFAM (HLH)
CG33323-RA (251): Superfamily (0000366)
DNA binding: maybe

(TF, short range)

GO:0003700 GO:0045449

DBD
FBgn0037493CG10032 / CG10032CG10032CG10032-RA (270): PFAM (Ldl_recept_)
CG10032-RA (270): Superfamily (0003685)
DNA binding: NO

FBgn0037531CG10445 / CG10445CG10445CG10445-RA (965): PFAM (SNF2_N) (Helicase_C)
CG10445-RA (965): Superfamily (0007069)3
DNA binding: NO

GO:0003677 GO:0003717 GO:0006357

FBgn0037540CG2702 / CG2702BEST:LD28511 CG2702 anon-WO0118547.359CG2702-RA (721): PFAM (Myb_DNA-bin)2
CG2702-RA (721): Superfamily (0007530)2 (0003490) (0007530)
DNA binding: maybe

GO:0003677

FBgn0037555Ada2b / Ada2bAda2S Ada2b BcDNA:LD24527 CG9638 ada2b dAda2S dAda2bCG9638-RA (418): PFAM (ZZ) (Myb_DNA-bin)
CG9638-RA (418): Superfamily (0006748)
DNA binding: maybe

GO:0003677 GO:0006357 GO:0030528

FBgn0037584CG7963 / CG7963CG7963CG7963-RA (321): PFAM (zf-AD) (zf-C2H2)3
CG7963-RA (321): Superfamily (0003882)2 (0000834)
DNA binding: maybe

GO:0006357 GO:0006366 GO:0030528

DBD
FBgn0037617CG8145 / CG8145CG8145CG8145-RA (370): PFAM (zf-AD) (zf-C2H2)3
CG8145-RA (370): Superfamily (0003882)
DNA binding: maybe

GO:0006357 GO:0006366 GO:0030528

DBD
FBgn0037618CG11762 / CG11762CG11762 i36CG11762-RA (312): PFAM (zf-AD) (zf-C2H2)4
CG11762-RA (312): Superfamily (0003882)2
DNA binding: maybe

GO:0006357 GO:0006366 GO:0030528

DBD
FBgn0037619CG8159 / CG8159CG8159CG8159-RA (397): PFAM (zf-AD) (zf-C2H2)3
CG8159-RA (397): Superfamily (0003882)2
DNA binding: maybe

GO:0006357 GO:0006366 GO:0030528

DBD
FBgn0037620CG9793 / CG9793CG9793CG9793-RA (346): PFAM (zf-AD) (zf-C2H2)4
CG9793-RA (346): Superfamily (0000834) (0003882)
DNA binding: maybe

GO:0006357 GO:0006366 GO:0030528

DBD
FBgn0037621CG9797 / CG9797CG9797CG9797-RA (418): PFAM (zf-AD) (zf-C2H2)4
CG9797-RA (418): Superfamily (0003882)
DNA binding: maybe

GO:0006357 GO:0006366 GO:0030528

DBD
FBgn0037634CG8359 / CG8359CG8359CG8359-RA (254): PFAM (BESS)
CG8359-RA (254): Superfamily 
DNA binding: maybe

(TF, short range)

GO:0003677

DBD
FBgn0037645CG11966 / CG11966CG11966CG11966-RA (587): PFAM (zf-C2H2)2
CG11966-RA (587): Superfamily 
DNA binding: maybe

DBD
FBgn0037655CG11984 / CG11984CG11984CG11984-RC (643): PFAM (ZZ)
CG11984-RC (643): Superfamily 
CG11984-RB (643): PFAM (ZZ)
CG11984-RB (643): Superfamily 
CG11984-RA (643): PFAM (ZZ)
CG11984-RA (643): Superfamily 
DNA binding: maybe

FBgn0037659CG11033 / CG11033CG11033CG11033-RA (1368): PFAM (JmjC) (zf-CXXC) (F-box)
CG11033-RA (1368): Superfamily (0000108)2
DNA binding: maybe

GO:0003677 GO:0030528

FBgn0037672sage / salivary gland-expressed bHLHCG12952 Sage sageCG12952-RB (178): PFAM (HLH)
CG12952-RB (178): Superfamily (0000366)
CG12952-RA (268): PFAM (HLH)
CG12952-RA (268): Superfamily (0000366)
DNA binding: maybe

(TF, short range)

GO:0003700 GO:0045449

DBD
FBgn0037675CG8120 / CG8120CG8120CG8120-RA (174): PFAM (Chromo) (Chromo_shad)
CG8120-RA (174): Superfamily (0000403) (0002033)
DNA binding: NO

GO:0006357 GO:0006366

FBgn0037698CG16779 / CG16779CG16779CG16779-RA (1980): PFAM (zf-C2H2)3 (ELM2) (Myb_DNA-bin) (zf-C2H2)2
CG16779-RA (1980): Superfamily (0003882) (0004748)
DNA binding: maybe

GO:0003677

DBD
FBgn0037711CG8228 / CG8228CG8228CG8228-RA (574): PFAM (Sec1)
CG8228-RA (574): Superfamily (0002407)
DNA binding: maybe

GO:0003700 GO:0006355

FBgn0037717CG8301 / CG8301CG8301CG8301-RA (607): PFAM (zf-AD) (zf-C2H2)8
CG8301-RA (607): Superfamily (0005069) (0005594) (0003882)
DNA binding: maybe

GO:0006357 GO:0006366 GO:0030528

DBD
FBgn0037722CG8319 / CG8319CG8319CG8319-RA (383): PFAM 
CG8319-RA (383): Superfamily (0004681) (0003882)
DNA binding: maybe

GO:0006357 GO:0030528

DBD
FBgn0037735CG16899 / CG16899CG16899 Dmcg16899CG16899-RA (357): PFAM (Fork_head)
CG16899-RA (357): Superfamily (0001605)
DNA binding: maybe

(TF, short range)

GO:0003700 GO:0006355

DBD
FBgn0037746CG8478 / CG8478CG8478CG8478-RA (552): PFAM (zf-C2H2)
CG8478-RA (552): Superfamily 
CG8478-RB (571): PFAM (zf-C2H2)
CG8478-RB (571): Superfamily 
DNA binding: maybe

DBD
FBgn0037751topi / matotopetliCG8484 topiCG8484-RA (814): PFAM (zf-C2H2)6
CG8484-RA (814): Superfamily (0005594) (0004748) (0000050) (0005594) (0005933)
DNA binding: maybe

(TF, short range)

GO:0003677 GO:0006355 GO:0006357 GO:0030528

DBD
FBgn0037771CG11676 / CG11676CG11676CG11676-RA (316): PFAM 
CG11676-RA (316): Superfamily 
DNA binding: maybe

FBgn0037794CG6254 / CG6254CG6254CG6254-RA (634): PFAM (zf-AD) (zf-C2H2)7
CG6254-RA (634): Superfamily (0005594)
DNA binding: maybe

GO:0006357 GO:0006366 GO:0030528

DBD
FBgn0037800CG3996 / CG3996CG3996CG3996-RA (3111): PFAM 
CG3996-RA (3111): Superfamily (0002855) (0002856)2
DNA binding: NO

GO:0003677

FBgn0037802Sirt6 / Sirt6CG6284 D.mel4 Sirt6 dSIRT6 dmSRT408CG6284-RA (317): PFAM (SIR2)
CG6284-RA (317): Superfamily (0006476)
DNA binding: NO

GO:0006355 GO:0030528

FBgn0037813CG17100 / CG17100AAF24476.1 CG17100 GM05287CG17100-RA (698): PFAM (HLH) (Hairy_orang)
CG17100-RA (698): Superfamily (0003356)
DNA binding: maybe

(TF, short range)

GO:0003677 GO:0003702 GO:0006355 GO:0045449

DBD
FBgn0037844CG4570 / CG4570CG4570CG4570-RA (275): PFAM 
CG4570-RA (275): Superfamily 
DNA binding: NO

GO:0003677

FBgn0037876CG4820 / CG4820CG4820CG4820-RA (383): PFAM (zf-AD) (zf-C2H2)2
CG4820-RA (383): Superfamily (0003882)
DNA binding: maybe

DBD
FBgn0037877CG6689 / CG6689CG6689 dmCG6689CG6689-RA (613): PFAM (THAP) (zf-AD) (zf-C2H2)5
CG6689-RA (613): Superfamily (0005594)
DNA binding: maybe

GO:0006357 GO:0006366 GO:0030528

DBD
FBgn0037918CG6791 / CG6791CG6791CG6791-RB (1243): PFAM (zf-C2H2)5
CG6791-RB (1243): Superfamily 
CG6791-RA (1112): PFAM (zf-C2H2)5
CG6791-RA (1112): Superfamily 
DNA binding: maybe

DBD
FBgn0037920CG14710 / CG14710CG14710CG14710-RA (447): PFAM (zf-AD) (zf-C2H2)4
CG14710-RA (447): Superfamily (0005594) (0003882)
DNA binding: maybe

GO:0006357 GO:0030528

DBD
FBgn0037921CG6808 / CG6808CG31372 CG6808CG6808-RA (375): PFAM (zf-AD) (zf-C2H2)3
CG6808-RA (375): Superfamily (0003882) (0000834)
DNA binding: maybe

GO:0006357 GO:0006366 GO:0030528

DBD
FBgn0037922CG14711 / CG14711CG14711CG14711-RA (377): PFAM (zf-AD) (zf-C2H2)5
CG14711-RA (377): Superfamily (0005623) (0005219) (0005035) (0005933)
DNA binding: maybe

GO:0003677 GO:0006357 GO:0006366 GO:0030528

DBD
FBgn0037923CG6813 / CG6813CG31372 CG6813CG6813-RA (213): PFAM (zf-AD) (zf-C2H2)2
CG6813-RA (213): Superfamily (0003882)
DNA binding: maybe

DBD
FBgn0037931CG18476 / CG18476CG17822 CG18476CG18476-RA (936): PFAM (zf-AD) (zf-C2H2)14
CG18476-RA (936): Superfamily (0005594) (0003882) (0005933)
DNA binding: maybe

GO:0006357 GO:0006366 GO:0030528

DBD
FBgn0037937Fer3 / 48 related 3BcDNA:LD04689 CG6913 Dnato3 Fer3 nato3CG6913-RA (195): PFAM (HLH)
CG6913-RA (195): Superfamily (0000366)
DNA binding: maybe

(sequence-specific TF)

GO:0003700 GO:0003714 GO:0016481 GO:0045449

DBD
FBgn0037947CG6930 / CG6930CG6930CG6930-RA (380): PFAM (zf-C2H2)4
CG6930-RA (380): Superfamily (0005594)
DNA binding: maybe

DBD
FBgn0037967CG3281 / CG3281CG3281 anon-WO0140519.243CG3281-RA (538): PFAM (zf-AD) (zf-C2H2)6
CG3281-RA (538): Superfamily (0003882)2 (0005933)
DNA binding: maybe

GO:0003677 GO:0006357 GO:0006366 GO:0030528

DBD
FBgn0037981Spt3 / Spt3CG3169 SPT3 Spt3 TFIID dSpt3CG3169-RA (384): PFAM (TFIID-18kDa)
CG3169-RA (384): Superfamily 
DNA binding: NO

GO:0003700 GO:0005669 GO:0006357 GO:0006367 GO:0016251 GO:0045449

FBgn0038016MBD-R2 / MBD-R2CG10042 CG17393 Dm Tam3 MBD-R2 TAM3 dMBD-R2CG10042-RB (1169): PFAM (THAP) (MBD) (zf-C2H2) (PHD)
CG10042-RB (1169): Superfamily (0001637)
CG10042-RA (1081): PFAM (MBD) (zf-C2H2) (PHD)
CG10042-RA (1081): Superfamily (0001637)
DNA binding: maybe

GO:0003677 GO:0006355

DBD
FBgn0038046CG5641 / CG5641CG5641CG5641-RA (396): PFAM (DZF)
CG5641-RA (396): Superfamily 
DNA binding: NO

GO:0003677 GO:0003702 GO:0003712 GO:0030528 GO:0030528 GO:0045893

FBgn0038047CG5245 / CG5245CG5245 anon-WO0118547.611CG5245-RA (501): PFAM (zf-C2H2)13
CG5245-RA (501): Superfamily (0003882)6 (0005933) (0003882) (0005933)
DNA binding: maybe

GO:0006357 GO:0006366 GO:0030528

DBD
FBgn0038108CG7518 / CG7518CG7518CG7518-RB (2347): PFAM 
CG7518-RB (2347): Superfamily 
CG7518-RA (2451): PFAM 
CG7518-RA (2451): Superfamily 
DNA binding: maybe

GO:0003677

FBgn0038128Ravus / RavusCG15889 RavusCG15889-RA (359): PFAM (BESS)
CG15889-RA (359): Superfamily 
DNA binding: maybe

(TF, short range)

GO:0003677

DBD
FBgn0038144CG8870 / CG8870CG8870 SP38CG8870-RA (356): PFAM (Trypsin)
CG8870-RA (356): Superfamily (0005652)
DNA binding: NO

GO:0003677 GO:0003700 GO:0006355

FBgn0038197foxo / forkhead box, sub-group OAfx CG3143 Dfoxo DmQ95V5 FKHR FOXO Foxo Q95V55 anon-WO0118547.374 cg3143 dFOXO foxoCG3143-RC (613): PFAM (Fork_head)
CG3143-RC (613): Superfamily (0002061)
CG3143-RB (613): PFAM (Fork_head)
CG3143-RB (613): Superfamily (0002061)
CG3143-RA (798): PFAM (Fork_head)
CG3143-RA (798): Superfamily (0002061)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003700 GO:0006355

DBD
FBgn0038244CG7987 / CG7987CG7987 anon-WO0118547.245CG7987-RA (1283): PFAM (zf-C2H2)10
CG7987-RA (1283): Superfamily (0005594) (0003882) (0004888)
CG7987-RB (1283): PFAM (zf-C2H2)10
CG7987-RB (1283): Superfamily (0005594) (0003882) (0004888)
DNA binding: maybe

GO:0006357 GO:0006366 GO:0030528

DBD
FBgn0038252CG3509 / CG3509CG3509CG3509-RA (353): PFAM (Linker_hist)
CG3509-RA (353): Superfamily (0003401)
DNA binding: NO

GO:0003677

FBgn0038301CG6654 / CG6654CG6654CG6654-RA (639): PFAM (zf-AD) (zf-C2H2)9
CG6654-RA (639): Superfamily (0005623) (0000051) (0003882)2
DNA binding: maybe

GO:0006357 GO:0006366 GO:0030528

DBD
FBgn0038316 / FBgn0038316 CG6276CG6276-RA (470): PFAM (BESS)
CG6276-RA (470): Superfamily 
DNA binding: maybe

DBD
FBgn0038390Rbf2 / Retinoblastoma-family protein 2CG5083 RBF2 Rbf2 rbf2CG5083-RA (783): PFAM (RB_A) (RB_B)
CG5083-RA (783): Superfamily (0003275) (0003276)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0000122 GO:0003677 GO:0006357 GO:0030528

FBgn0038391GATAe / GATAeCG10278 GATAe dGATA-E dGATAeCG10278-RA (746): PFAM (GATA)
CG10278-RA (746): Superfamily (0005212)
DNA binding: maybe

(TF, short range)

GO:0003700 GO:0006357 GO:0016251 GO:0016251

DBD
FBgn0038402Fer2 / 48 related 2CG5952 Fer2CG5952-RA (279): PFAM (HLH)
CG5952-RA (279): Superfamily (0000366)
DNA binding: maybe

(TF, short range)

GO:0003700 GO:0045449

DBD
FBgn0038418CG10309 / CG10309CG10309CG10309-RA (925): PFAM (zf-AD) (zf-C2H2)3
CG10309-RA (925): Superfamily 
DNA binding: maybe

GO:0006357 GO:0006366 GO:0030528

DBD
FBgn0038472 / FBgn0038472 CG3995CG3995-RA (322): PFAM (zf-BED)
CG3995-RA (322): Superfamily 
DNA binding: maybe

DBD
FBgn0038547CG17803 / CG17803CG17803CG17803-RA (443): PFAM (zf-C2H2)7
CG17803-RA (443): Superfamily (0003882)
DNA binding: maybe

GO:0006357 GO:0006366 GO:0030528

DBD
FBgn0038548CG17806 / CG17806CG17806CG17806-RA (421): PFAM (zf-AD) (zf-C2H2)3
CG17806-RA (421): Superfamily (0000834) (0005594)
DNA binding: maybe

GO:0006357 GO:0006366 GO:0030528

DBD
FBgn0038549CG17802 / CG17802CG17802CG17802-RA (439): PFAM (zf-AD) (zf-C2H2)3
CG17802-RA (439): Superfamily (0000834)
DNA binding: maybe

GO:0006357 GO:0006366 GO:0030528

DBD
FBgn0038550CG17801 / CG17801CG17801CG17801-RA (345): PFAM (zf-AD) (zf-C2H2)3
CG17801-RA (345): Superfamily (0003882)2
DNA binding: maybe

DBD
FBgn0038551CG7357 / CG7357CG7357CG7357-RA (430): PFAM (zf-AD) (zf-C2H2)3
CG7357-RA (430): Superfamily 
DNA binding: maybe

DBD
FBgn0038552CG18012 / CG18012CG18012CG18012-RA (446): PFAM (Glycos_tran)
CG18012-RA (446): Superfamily (0002568)
DNA binding: NO

GO:0003677

FBgn0038578MED17 / Mediator complex subunit 17CG7957 MED17 TRAP80 Trap80 dTRAP80 dTRAP80/SRB4 dTrap80 l(3)s2956 p70CG7957-RA (642): PFAM 
CG7957-RA (642): Superfamily 
DNA binding: NO

GO:0003712 GO:0006357 GO:0006366 GO:0006367 GO:0016455 GO:0016455

FBgn0038592 / FBgn0038592 CG18599CG18599-RA (475): PFAM (Homeobox)
CG18599-RA (475): Superfamily (0000647)
DNA binding: maybe

DBD
FBgn0038626CG7691 / CG7691CG7691CG7691-RA (283): PFAM (zf-C2H2)3
CG7691-RA (283): Superfamily (0003882)
DNA binding: maybe

DBD
FBgn0038661CG17836 / CG17836CG17836 anon-EST:Liang-2.44 clone 2.44CG17836-RA (668): PFAM (AT_hook)
CG17836-RA (668): Superfamily 
CG17836-RD (406): PFAM (AT_hook)
CG17836-RD (406): Superfamily 
CG17836-RB (668): PFAM (AT_hook)
CG17836-RB (668): Superfamily 
CG17836-RC (406): PFAM (AT_hook)
CG17836-RC (406): Superfamily 
DNA binding: maybe

GO:0003677 GO:0006355

FBgn0038678mRpL55 / mitochondrial ribosomal protein L55BcDNA:RH10246 CG14283 MRP-L55 mRpL55 tmbCG14283-RA (107): PFAM 
CG14283-RA (107): Superfamily 
DNA binding: NO

GO:0003700

FBgn0038741CG17186 / CG17186CG17186CG17186-RA (381): PFAM 
CG17186-RA (381): Superfamily 
DNA binding: maybe

FBgn0038765CG4424 / CG4424CG4424CG4424-RA (345): PFAM (zf-AD) (zf-C2H2)5
CG4424-RA (345): Superfamily (0003882) (0005219) (0005594) (0005933)
DNA binding: maybe

GO:0006357 GO:0006366 GO:0030528

DBD
FBgn0038766CG4854 / CG4854CG4854CG4854-RA (319): PFAM (zf-AD) (zf-C2H2)5
CG4854-RA (319): Superfamily (0003882)2 (0000834)
DNA binding: maybe

GO:0006357 GO:0006366 GO:0030528

DBD
FBgn0038767CG4413 / CG4413CG4413CG4413-RA (439): PFAM (zf-AD) (zf-C2H2)5
CG4413-RA (439): Superfamily (0005623) (0005219) (0005594) (0005933)
DNA binding: maybe

GO:0006357 GO:0006366 GO:0030528

DBD
FBgn0038768CG4936 / CG4936CG4936CG4936-RA (521): PFAM (zf-AD) (zf-C2H2)5
CG4936-RA (521): Superfamily (0004844) (0005623) (0000050)
DNA binding: maybe

GO:0006357 GO:0006366 GO:0030528

DBD
FBgn0038787CG4360 / CG4360CG4360CG4360-RA (556): PFAM (zf-C2H2)9
CG4360-RA (556): Superfamily (0003882) (0005933) (0003882) (0005219) (0003882) (0005933)
DNA binding: maybe

GO:0006357 GO:0006366 GO:0030528

DBD
FBgn0038805TFAM / mitochondrial transcription factor ACG4217 D-mtTFA TFAM Tfam d-TFAM d-mttfa d-tfam mttfaCG4217-RB (284): PFAM (HMG_box)2
CG4217-RB (284): Superfamily (0001288) (0006903)
CG4217-RA (257): PFAM (HMG_box)2
CG4217-RA (257): Superfamily (0001288) (0006903)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003700 GO:0003700 GO:0003700 GO:0003700 GO:0006357 GO:0045449 GO:0045893

FBgn0038833CG15696 / CG15696CG15696CG15696-RA (179): PFAM (Homeobox)
CG15696-RA (179): Superfamily (0005281)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003700 GO:0006355 GO:0006355

DBD
FBgn0038851dmrt93B / doublesex-Mab related 93BCG5737 dmrt93BCG5737-RA (325): PFAM (DM) (DMA)
CG5737-RA (325): Superfamily 
DNA binding: maybe

(TF, short range)

GO:0003700 GO:0006355

DBD
FBgn0038852CG7056 / CG7056CG7056CG7056-RA (272): PFAM (Homeobox)
CG7056-RA (272): Superfamily (0000647)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003700 GO:0006357 GO:0045449

DBD
FBgn0038903RpI12 / RpI12CG13418 RpI12CG13418-RA (120): PFAM (TFIIS_C)
CG13418-RA (120): Superfamily (0006327)
DNA binding: NO

GO:0003677 GO:0003700 GO:0006355 GO:0006360

FBgn0038951CG5380 / CG5380CG5380CG5380-RA (293): PFAM (RNA_pol_Rpc)
CG5380-RA (293): Superfamily 
DNA binding: NO

GO:0003677 GO:0006383

FBgn0038978CG7045 / CG7045CG7045CG7045-RA (126): PFAM (HMG_box)
CG7045-RA (126): Superfamily (0006903)
DNA binding: maybe

GO:0003677 GO:0006355

FBgn0038979CG7046 / CG7046BcDNA:AT28425 CG7046CG7046-RA (133): PFAM (HMG_box)
CG7046-RA (133): Superfamily (0006903)
DNA binding: maybe

GO:0003677 GO:0006355

FBgn0039019HP1c / HP1cCG6990 HP1 HP1c Hp1cCG6990-RA (237): PFAM (Chromo) (Chromo_shad)
CG6990-RA (237): Superfamily (0000403) (0002033)
DNA binding: maybe

(TF, long range)

GO:0006357

FBgn0039039lmd / lame duckCG4677 K Lmd anon-EST:CL2d4 gfl lmd mincCG4677-RA (692): PFAM (zf-C2H2)3
CG4677-RA (692): Superfamily (0005217) (0005218) (0004753)2 (0000834)
CG4677-RB (866): PFAM (zf-C2H2)3
CG4677-RB (866): Superfamily (0005217) (0005218) (0004753) (0004752) (0000834)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003700 GO:0003700 GO:0006355 GO:0006357 GO:0045449

DBD
FBgn0039044p53 / CG10873 CG31325 CG33336 Dm-P53 DmP53 Dmp53 dmp53 dp53 p53 pracCG33336-RA (385): PFAM (P53)
CG33336-RA (385): Superfamily (0004992)
CG33336-RB (495): PFAM (P53)
CG33336-RB (495): Superfamily (0004992)
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003677 GO:0003700 GO:0003702 GO:0006357 GO:0006357

DBD DBSD
FBgn0039078CG4374 / CG4374CG4374CG4374-RA (858): PFAM (zf-C2H2)2
CG4374-RA (858): Superfamily 
DNA binding: maybe

DBD
FBgn0039108CG10232 / CG10232CG10232 SP14CG10232-RA (302): PFAM (Trypsin)
CG10232-RA (302): Superfamily (0005659)
DNA binding: NO

GO:0003677 GO:0003700 GO:0006355

FBgn0039115CG10214 / CG10214CG10214CG10214-RA (211): PFAM (Exonuc_X-T)
CG10214-RA (211): Superfamily (0003034)
DNA binding: NO

FBgn0039164CG5524 / CG5524CG5524CG5524-RA (1122): PFAM (SMC_N)
CG5524-RA (1122): Superfamily (0006729)2
DNA binding: NO

FBgn0039169CG5669 / CG5669CG5669CG5669-RA (968): PFAM (zf-C2H2)3
CG5669-RA (968): Superfamily (0004846) (0004753)
DNA binding: maybe

DBD
FBgn0039201CG13617 / CG13617CG13617CG13617-RA (737): PFAM (zf-C2H2)
CG13617-RA (737): Superfamily 
DNA binding: maybe

DBD
FBgn0039207CG5789 / CG5789CG5789CG5789-RA (1402): PFAM (ABC_membran) (ABC_tran) (ABC_membran) (ABC_tran)
CG5789-RA (1402): Superfamily (0006089) (0003110)2 (0006089) (0003110)
DNA binding: NO

GO:0003677

FBgn0039209CG13624 / CG13624CG13624 anon-WO0153538.65CG13624-RA (755): PFAM 
CG13624-RA (755): Superfamily 
CG13624-RB (755): PFAM 
CG13624-RB (755): Superfamily 
CG13624-RC (755): PFAM 
CG13624-RC (755): Superfamily 
CG13624-RD (755): PFAM 
CG13624-RD (755): Superfamily 
DNA binding: maybe

GO:0003677 GO:0006355

FBgn0039211CG13620 / CG13620CG13620CG13620-RA (1730): PFAM (zf-AD) (zf-C2H2)3
CG13620-RA (1730): Superfamily 
DNA binding: maybe

DBD
FBgn0039218Rpb10 / Rpb10BcDNA:SD08670 CG13628 RPB10 Rpb10CG13628-RA (67): PFAM (RNA_pol_N)
CG13628-RA (67): Superfamily (0006328)
DNA binding: NO

GO:0006350 GO:0006366

FBgn0039225Ets96B / Ets96BCG6892 Ets Ets96BCG6892-RA (637): PFAM (Ets)
CG6892-RA (637): Superfamily (0006195)
CG6892-RB (640): PFAM (Ets)
CG6892-RB (640): Superfamily (0006195)
DNA binding: maybe

(TF, short range)

GO:0003677 GO:0003700 GO:0006355 GO:0006357

DBD
FBgn0039251CG17462 / CG17462AAF56369 CG17462CG17462-RA (407): PFAM (NTP_transf_) (PAP_assoc)
CG17462-RA (407): Superfamily (0002633)
DNA binding: NO

FBgn0039283danr / distal antenna-relatedCG13651 danrCG13651-RA (419): PFAM (CENP-B_N)
CG13651-RA (419): Superfamily (0007305)
DNA binding: NO

GO:0003677

FBgn0039286dan / distal antennaCG11849 Dan danCG11849-RA (678): PFAM (CENP-B_N)
CG11849-RA (678): Superfamily (0007305)
DNA binding: NO

GO:0003677

FBgn0039329CG10669 / CG10669CG10669CG10669-RA (933): PFAM (zf-AD) (zf-C2H2)11
CG10669-RA (933): Superfamily (0005594) (0005933)
DNA binding: maybe

GO:0006357 GO:0006366 GO:0030528

DBD
FBgn0039338XNP / XNPCG4548 EP(3)0635 EP635 XNP xnp/atr-xCG4548-RB (1311): PFAM (SNF2_N) (Helicase_C)
CG4548-RB (1311): Superfamily (0007069)3
CG4548-RA (1311): PFAM (SNF2_N) (Helicase_C)
CG4548-RA (1311): Superfamily (0007069)3
DNA binding: NO

GO:0003677 GO:0006350 GO:0006357 GO:0016251

FBgn0039355CG4730 / CG4730CG4730CG4730-RA (392): PFAM (zf-AD) (zf-C2H2)4
CG4730-RA (392): Superfamily (0003882) (0004846)
DNA binding: maybe

GO:0006357 GO:0006366 GO:0030528

DBD
FBgn0039411dys / dysfusionCG12561 CG14552 CG14553 CG14554 CG32474 Dys dysCG32474-RA (881): PFAM (HLH)
CG32474-RA (881): Superfamily (0003356) (0002500)2
DNA binding: YES

(sequence-specific TF)

GO:0003700 GO:0006355 GO:0045449

DBD
FBgn0039509bigmax / bigmaxBIGMAX CG3350 DmMlx bigmaxCG3350-RA (254): PFAM (HLH)
CG3350-RA (254): Superfamily (0003356)
DNA binding: maybe

(TF, short range)

GO:0003700 GO:0003700 GO:0006350 GO:0006357 GO:0045449

DBD
FBgn0039530Tusp / TuspCG5586 TUSP TuspCG5586-RB (1497): PFAM (SOCS_box) (Tub)
CG5586-RB (1497): Superfamily (0007341) (0001185)
DNA binding: maybe

DBD
FBgn0039559Mes-4 / Mes-4CG4976 Mes-4 dMES-4 dMes-4CG4976-RA (1427): PFAM (PWWP) (PHD) (PWWP) (SET)
CG4976-RA (1427): Superfamily (0006932)2
DNA binding: NO

GO:0003677 GO:0003712 GO:0006357 GO:0008134

FBgn0039602CG1647 / CG1647CG1647CG1647-RA (1222): PFAM (zf-AD) (zf-C2H2)
CG1647-RA (1222): Superfamily 
DNA binding: maybe

DBD
FBgn0039631Sirt7 / Sirt7CG11305 D.mel5 Sirt7 dSIRT7 dmSRT409CG11305-RA (771): PFAM (SIR2)
CG11305-RA (771): Superfamily (0006476)
DNA binding: NO

GO:0006355 GO:0030528

FBgn0039635CG11876 / CG11876CG11876CG11876-RA (365): PFAM (Transket_py) (Transketola)
CG11876-RA (365): Superfamily (0007264) (0001950)
CG11876-RC (273): PFAM (Transket_py)
CG11876-RC (273): Superfamily (0007264)
CG11876-RB (273): PFAM (Transket_py)
CG11876-RB (273): Superfamily (0007264)
CG11876-RD (365): PFAM (Transket_py) (Transketola)
CG11876-RD (365): Superfamily (0007264) (0001950)
DNA binding: NO

GO:0003700 GO:0006355

FBgn0039680CAP-D2 / CAP-D2 condensin subunitCAP-D2 CG1911CG1911-RA (1380): PFAM 
CG1911-RA (1380): Superfamily (0004204)3
DNA binding: NO

FBgn0039683dmrt99B / doublesex-Mab related 99BCG15504 dmrt99BCG15504-RA (510): PFAM (DM) (DMA)
CG15504-RA (510): Superfamily 
DNA binding: maybe

(TF, short range)

GO:0003700 GO:0006355

DBD
FBgn0039712CG15514 / CG15514CG15514CG15514-RA (309): PFAM (zf-BED)2
CG15514-RA (309): Superfamily 
DNA binding: maybe

GO:0003677

DBD
FBgn0039735CG7911 / CG7911CG7911CG7911-RA (156): PFAM (Nucleoplasm)
CG7911-RA (156): Superfamily (0006890)
DNA binding: NO

FBgn0039740CG7928 / CG7928CG7928CG7928-RA (457): PFAM (zf-C2H2)5
CG7928-RA (457): Superfamily (0000834)
DNA binding: maybe

GO:0006357 GO:0006366 GO:0030528

DBD
FBgn0039808CG12071 / CG12071CG12071CG12071-RB (578): PFAM (zf-C2H2)3
CG12071-RB (578): Superfamily (0003882)
CG12071-RA (217): PFAM (zf-C2H2)
CG12071-RA (217): Superfamily (0005069)
DNA binding: maybe

DBD
FBgn0039816CG11317 / CG11317CG11317CG11317-RA (295): PFAM 
CG11317-RA (295): Superfamily 
DNA binding: maybe

FBgn0039831CG12054 / CG12054CG12054CG12054-RA (628): PFAM (zf-C2H2)
CG12054-RA (628): Superfamily (0005217) (0004748)
DNA binding: maybe

DBD
FBgn0039860CG1792 / CG1792CG1792CG1792-RA (372): PFAM (zf-AD) (zf-C2H2)4
CG1792-RA (372): Superfamily (0003882) (0000834)
DNA binding: maybe

GO:0006357 GO:0006366 GO:0030528

DBD
FBgn0039904Hcf / Host cell factorCG1710 HCF Hcf anon-WO0172774.48 dHCFCG1710-RA (1500): PFAM (Kelch_1) (Kelch_2)2 (fn3)
CG1710-RA (1500): Superfamily (0002892) (0003230) (0002892) (0002275)
CG1710-RC (1500): PFAM (Kelch_1) (Kelch_2)2 (fn3)
CG1710-RC (1500): Superfamily (0002892) (0003230) (0002892) (0002275)
CG1710-RB (1500): PFAM (Kelch_1) (Kelch_2)2 (fn3)
CG1710-RB (1500): Superfamily (0002892) (0003230) (0002892) (0002275)
CG1710-RD (1500): PFAM (Kelch_1) (Kelch_2)2 (fn3)
CG1710-RD (1500): Superfamily (0002892) (0003230) (0002892) (0002275)
DNA binding: NO

GO:0003700 GO:0003713

FBgn0039905CG2052 / CG2052CG10204 CG2052CG2052-RA (1150): PFAM (zf-C2H2)5
CG2052-RA (1150): Superfamily (0004844) (0005594) (0005933)
CG2052-RB (1140): PFAM (zf-C2H2)5
CG2052-RB (1140): Superfamily (0004844) (0005594) (0005933)
DNA binding: maybe

GO:0006357 GO:0006366 GO:0030528

DBD
FBgn0039923MED26 / Mediator complex subunit 26Arc70 CG1793 CG1823 MED26 dARC70CG1793-RB (1483): PFAM 
CG1793-RB (1483): Superfamily (0002387)
CG1793-RA (1483): PFAM 
CG1793-RA (1483): Superfamily (0002387)
DNA binding: NO

GO:0003700 GO:0006367 GO:0016455

FBgn0039937CG11152 / CG11152CG11152 Dmcg11152CG11152-RA (599): PFAM (Fork_head)
CG11152-RA (599): Superfamily (0006804)
DNA binding: maybe

(TF, short range)

GO:0003700 GO:0006357

DBD
FBgn0039938Sox102F / Sox102FCG11153 SOX102D SOXD